99 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ent638_0192  CDS  NC_009436  222639  223184  546  transcription antitermination protein NusG  YP_001174933  unclonable  1.56554e-08  normal  0.240176  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0336  CDS  NC_009436  385590  386189  600  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001175075  normal  unclonable  2.45981e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0337  CDS  NC_009436  386453  386770  318  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  YP_001175076  normal  unclonable  2.05037e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0338  CDS  NC_009436  386767  387297  531  outer membrane lipoprotein Blc  YP_001175077  normal  unclonable  2.24655e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0339  CDS  NC_009436  387362  388519  1158  beta-lactamase  YP_001175078  normal  unclonable  2.86576e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0340  CDS  NC_009436  388566  388925  360  fumarate reductase subunit D  YP_001175079  normal  unclonable  1.89015e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0341  CDS  NC_009436  388936  389331  396  fumarate reductase subunit C  YP_001175080  normal  unclonable  1.83303e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0342  CDS  NC_009436  389342  390076  735  fumarate reductase iron-sulfur subunit  YP_001175081  normal  unclonable  1.94904e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0343  CDS  NC_009436  390069  391859  1791  fumarate reductase flavoprotein subunit  YP_001175082  normal  0.891485  unclonable  2.64119e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0344  CDS  NC_009436  392168  393145  978  lysyl-tRNA synthetase  YP_001175083  normal  unclonable  1.87091e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0345  CDS  NC_009436  393189  396500  3312  hypothetical protein  YP_001175084  normal  0.742298  unclonable  4.73028e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0346  CDS  NC_009436  396514  397551  1038  phosphatidylserine decarboxylase  YP_001175085  normal  0.0946105  unclonable  2.48623e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0347  CDS  NC_009436  397649  398725  1077  ribosome-associated GTPase  YP_001175086  hitchhiker  0.0044619  unclonable  2.56254e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0348  CDS  NC_009436  398809  399354  546  oligoribonuclease  YP_001175087  hitchhiker  3.55346e-06  unclonable  2.09228e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0349  CDS  NC_009436  400288  401427  1140  putative iron-sulfur cluster binding protein  YP_001175088  unclonable  1.59146e-07  unclonable  2.83659e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0604  CDS  NC_009436  679631  680452  822  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001175342  unclonable  3.56276e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0642  CDS  NC_009436  727497  728414  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001175380  unclonable  2.74391e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0667  CDS  NC_009436  759607  759969  363  hypothetical protein  YP_001175405  unclonable  5.46212e-09  normal  0.390681  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0683  CDS  NC_009436  774280  775593  1314  poly(A) polymerase I  YP_001175421  unclonable  1.90798e-07  normal  0.448758  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0906  CDS  NC_009436  1007211  1009565  2355  DNA-binding ATP-dependent protease La  YP_001175641  unclonable  1.10606e-05  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_0928  CDS  NC_009436  1030947  1034033  3087  beta-D-galactosidase  YP_001175663  unclonable  6.20353e-05  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1007  CDS  NC_009436  1115734  1116024  291  hypothetical protein  YP_001175741  decreased coverage  0.00436476  unclonable  2.24655e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1008  CDS  NC_009436  1116277  1116507  231  hypothetical protein  YP_001175742  decreased coverage  0.00304047  unclonable  2.20106e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1009  CDS  NC_009436  1117108  1117347  240  hypothetical protein  YP_001175743  normal  0.0276943  unclonable  2.41054e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1010  CDS  NC_009436  1117675  1118022  348  hypothetical protein  YP_001175744  normal  0.103443  unclonable  2.45981e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1011  CDS  NC_009436  1118287  1118943  657  putative phage repressor  YP_001175745  normal  0.763396  unclonable  3.01408e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1012  CDS  NC_009436  1119136  1119363  228  regulator protein, putative  YP_001175746  normal  0.465437  unclonable  2.72413e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1013  CDS  NC_009436  1119478  1119762  285  bacteriophage CII family protein  YP_001175747  normal  0.510941  unclonable  2.86576e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1014  CDS  NC_009436  1119862  1120788  927  phage replication protein O domain-containing protein  YP_001175748  normal  0.167273  unclonable  3.57424e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1015  CDS  NC_009436  1120785  1121471  687  phage replication protein P  YP_001175749  normal  0.103385  unclonable  3.39915e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1189  CDS  NC_009436  1306169  1307833  1665  asparagine synthetase B  YP_001175921  unclonable  8.01379e-07  hitchhiker  0.000247502  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1199  CDS  NC_009436  1319394  1319924  531  flavodoxin FldA  YP_001175931  unclonable  1.81933e-08  hitchhiker  0.00018565  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1200  CDS  NC_009436  1320082  1320369  288  LexA regulated protein  YP_001175932  unclonable  8.8434e-09  hitchhiker  0.000162968  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1201  CDS  NC_009436  1320498  1321271  774  hypothetical protein  YP_001175933  unclonable  6.12925e-08  hitchhiker  0.000217368  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1202  CDS  NC_009436  1321311  1321997  687  replication initiation regulator SeqA  YP_001175934  unclonable  4.02071e-08  hitchhiker  0.000209881  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1240  CDS  NC_009436  1365035  1365829  795  tol-pal system protein YbgF  YP_001175972  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1270  CDS  NC_009436  1397296  1398018  723  ABC transporter related  YP_001176002  unclonable  2.11424e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1466  CDS  NC_009436  1621455  1621973  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_001176197  unclonable  1.12473e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1467  CDS  NC_009436  1622042  1623802  1761  putative ATP-dependent protease  YP_001176198  unclonable  1.04055e-06  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1603  CDS  NC_009436  1756151  1756672  522  hypothetical protein  YP_001176333  unclonable  1.20656e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1604  CDS  NC_009436  1756689  1756862  174  50S ribosomal protein L32  YP_001176334  unclonable  3.54666e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1605  CDS  NC_009436  1756888  1757976  1089  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001176335  unclonable  7.72854e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1606  CDS  NC_009436  1757983  1758936  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001176336  unclonable  5.32359e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1609  CDS  NC_009436  1760903  1761139  237  acyl carrier protein  YP_001176339  unclonable  3.23844e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1610  CDS  NC_009436  1761231  1762472  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001176340  unclonable  9.73391e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1615  CDS  NC_009436  1766073  1766867  795  putative metallodependent hydrolase  YP_001176345  unclonable  2.36116e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1741  CDS  NC_009436  1889913  1891898  1986  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  YP_001176471  unclonable  1.6514e-06  normal  0.0458944  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1766  CDS  NC_009436  1919556  1920569  1014  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001176496  hitchhiker  2.76408e-06  unclonable  1.69171e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1767  CDS  NC_009436  1920634  1920870  237  LPP repeat-containing protein  YP_001176497  unclonable  8.00001e-09  unclonable  1.27827e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1768  CDS  NC_009436  1921178  1922599  1422  pyruvate kinase  YP_001176498  unclonable  5.14797e-07  unclonable  2.09228e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1799  CDS  NC_009436  1956901  1957146  246  hypothetical protein  YP_001176529  unclonable  2.02172e-09  normal  0.0255641  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_1800  CDS  NC_009436  1957195  1958091  897  aldo/keto reductase  YP_001176530  unclonable  2.8572e-08  normal  0.0307489  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2196  CDS  NC_009436  2385621  2388218  2598  DNA topoisomerase I  YP_001176922  normal  0.735168  unclonable  4.87546e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2258  CDS  NC_009436  2442583  2442738  156  DNA polymerase III subunit theta  YP_001176980  hitchhiker  0.000273189  unclonable  2.64119e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2259  CDS  NC_009436  2443277  2443537  261  hypothetical protein  YP_001176981  hitchhiker  2.15122e-05  unclonable  2.69578e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2260  CDS  NC_009436  2443524  2443958  435  hypothetical protein  YP_001176982  hitchhiker  9.02201e-07  unclonable  2.69578e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2261  CDS  NC_009436  2443973  2444437  465  putative phage replication protein  YP_001176983  hitchhiker  5.54062e-06  unclonable  2.45981e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2262  CDS  NC_009436  2444430  2445362  933  Pyocin large subunit-like protein  YP_001176984  decreased coverage  5.37713e-06  unclonable  2.75213e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2263  CDS  NC_009436  2445433  2445987  555  bacteriophage regulatory protein CII  YP_001176985  hitchhiker  1.07948e-05  unclonable  2.20106e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2264    NC_009436  2446044  2446223  180      hitchhiker  3.27263e-06  unclonable  2.02904e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2265  CDS  NC_009436  2446310  2446747  438  XRE family transcriptional regulator  YP_001176986  hitchhiker  7.80415e-06  unclonable  2.17866e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2266    NC_009436  2447452  2447622  171      hitchhiker  2.05244e-06  unclonable  2.02904e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2267  CDS  NC_009436  2447859  2450363  2505  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  YP_001176987  hitchhiker  0.00156112  unclonable  4.92559e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2499  CDS  NC_009436  2697165  2697713  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001177219  unclonable  1.23121e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2848  CDS  NC_009436  3088064  3088618  555  NUDIX hydrolase  YP_001177564  unclonable  5.62976e-09  normal  0.434056  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2931  CDS  NC_009436  3181901  3183316  1416  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001177646  unclonable  4.00457e-07  normal  0.117314  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_2940  CDS  NC_009436  3191978  3192931  954  cell division protein ZipA  YP_001177655  unclonable  4.2713e-08  normal  0.111677  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3236  CDS  NC_009436  3523991  3526222  2232  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001177951  unclonable  4.65507e-06  normal  0.0411901  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3272  CDS  NC_009436  3573500  3574030  531  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001177987  unclonable  1.05899e-08  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3329  CDS  NC_009436  3634218  3634547  330  Z-ring-associated protein  YP_001178043  unclonable  6.88409e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3349  CDS  NC_009436  3655784  3656491  708  deoxyribonuclease I  YP_001178062  unclonable  3.15843e-08  decreased coverage  0.00212113  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3458  CDS  NC_009436  3767988  3768611  624  putative signal transduction protein  YP_001178168  unclonable  2.79998e-08  normal  0.164628  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3470  CDS  NC_009436  3777054  3778067  1014  putative DNA-binding/iron metalloprotein/AP endonuclease  YP_001178180  unclonable  9.834e-08  normal  0.209181  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3471  CDS  NC_009436  3778419  3778634  216  30S ribosomal protein S21  YP_001178181  unclonable  5.24554e-09  normal  0.190946  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3621  CDS  NC_009436  3927428  3927685  258  50S ribosomal protein L27  YP_001178329  unclonable  3.51057e-09  normal  0.260967  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3622  CDS  NC_009436  3927705  3928016  312  50S ribosomal protein L21  YP_001178330  unclonable  4.42245e-09  normal  0.259667  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3739  CDS  NC_009436  4047040  4047579  540  50S ribosomal protein L5P  YP_001178447  unclonable  5.68765e-09  hitchhiker  0.00392049  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3740  CDS  NC_009436  4047594  4047908  315  50S ribosomal protein L24  YP_001178448  unclonable  3.37214e-09  hitchhiker  0.00363811  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3741  CDS  NC_009436  4047919  4048290  372  50S ribosomal protein L14  YP_001178449  unclonable  4.0815e-09  hitchhiker  0.0036093  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3757  CDS  NC_009436  4056439  4058553  2115  elongation factor G  YP_001178464  unclonable  1.82593e-06  decreased coverage  0.00156911  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3758  CDS  NC_009436  4058653  4059123  471  30S ribosomal protein S7  YP_001178465  unclonable  6.81403e-09  hitchhiker  0.00363811  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_3759  CDS  NC_009436  4059220  4059594  375  30S ribosomal protein S12  YP_001178466  unclonable  4.74528e-09  hitchhiker  0.00357898  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_4019  CDS  NC_009436  4366047  4366898  852  glutamate racemase  YP_001178725  unclonable  3.94018e-08  decreased coverage  0.00413197  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_4102  CDS  NC_009436  4459400  4462192  2793  DNA polymerase I  YP_001178807  unclonable  1.62392e-05  normal  0.404063  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_4125  CDS  NC_009436  4490619  4490999  381  F0F1 ATP synthase subunit I  YP_001178829  unclonable  5.24554e-09  normal  0.148775  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_4152  CDS  NC_009436  4518545  4518685  141  50S ribosomal protein L34  YP_001178856  unclonable  1.70449e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0012  tRNA  NC_009436  399597  399672  76  tRNA-Gly    hitchhiker  1.03528e-07  unclonable  1.89015e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0013  tRNA  NC_009436  399769  399844  76  tRNA-Gly    hitchhiker  9.58382e-08  unclonable  1.89015e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0014  tRNA  NC_009436  399941  400016  76  tRNA-Gly    unclonable  4.60398e-09  unclonable  1.83303e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0034  tRNA  NC_009436  1305775  1305859  85  tRNA-Leu    unclonable  3.58312e-09  hitchhiker  0.000769415  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0035  tRNA  NC_009436  1305869  1305945  77  tRNA-Met    unclonable  3.30461e-09  hitchhiker  0.000751114  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0036  tRNA  NC_009436  1365991  1366066  76  tRNA-Lys    unclonable  2.25732e-09  normal  0.109866  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0037  tRNA  NC_009436  1366189  1366264  76  tRNA-Val    unclonable  1.98123e-09  normal  0.111595  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0038  tRNA  NC_009436  1366268  1366343  76  tRNA-Lys    unclonable  1.84687e-09  normal  0.110517  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0049  tRNA  NC_009436  2696719  2696804  86  tRNA-Leu    unclonable  2.37414e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0050  tRNA  NC_009436  2696817  2696890  74  tRNA-Cys    unclonable  2.42266e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0051  tRNA  NC_009436  2696937  2697012  76  tRNA-Gly    unclonable  2.28053e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0073  tRNA  NC_009436  3454107  3454183  77  tRNA-Arg    unclonable  6.74469e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Ent638_R0074  tRNA  NC_009436  3454188  3454280  93  tRNA-Ser    unclonable  6.41426e-09  normal  Enterobacter sp. 638  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>