127 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Spro_0377  CDS  NC_009832  424320  425852  1533  catalase  YP_001476613  unclonable  5.607e-09  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0426  CDS  NC_009832  476550  477938  1389  hypothetical protein  YP_001476662  unclonable  3.79244e-09  hitchhiker  9.29429e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0430  CDS  NC_009832  482113  483054  942  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_001476666  hitchhiker  5.93323e-06  unclonable  2.47595e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0431  CDS  NC_009832  483169  483477  309  RNA-binding protein Hfq  YP_001476667  hitchhiker  3.76356e-06  unclonable  2.12811e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0432  CDS  NC_009832  483573  484853  1281  putative GTPase HflX  YP_001476668  hitchhiker  0.000150209  unclonable  3.63353e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0433  CDS  NC_009832  484922  486181  1260  FtsH protease regulator HflK  YP_001476669  normal  0.0562883  unclonable  3.48967e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0434  CDS  NC_009832  486185  487192  1008  FtsH protease regulator HflC  YP_001476670  normal  0.476328  unclonable  3.74568e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0435  CDS  NC_009832  487253  487456  204  hypothetical protein  YP_001476671  normal  0.409321  unclonable  2.47595e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0436  CDS  NC_009832  487554  488852  1299  adenylosuccinate synthetase  YP_001476672  normal  unclonable  4.72279e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0437  CDS  NC_009832  489086  489511  426  transcriptional repressor NsrR  YP_001476673  normal  0.900839  unclonable  2.82304e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0438  CDS  NC_009832  489571  492057  2487  exoribonuclease R  YP_001476674  normal  0.845016  unclonable  6.98245e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0472  CDS  NC_009832  522892  523863  972  octaprenyl diphosphate synthase  YP_001476708  unclonable  4.37093e-10  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0473  CDS  NC_009832  524133  524444  312  50S ribosomal protein L21  YP_001476709  unclonable  6.37379e-11  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0474  CDS  NC_009832  524462  524719  258  50S ribosomal protein L27  YP_001476710  unclonable  5.37628e-11  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0563  CDS  NC_009832  624761  625855  1095  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001476797  unclonable  2.98554e-10  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0728  CDS  NC_009832  806820  807641  822  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001476962  unclonable  3.04706e-10  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0767  CDS  NC_009832  856514  857479  966  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001477001  unclonable  4.98071e-10  normal  0.148797  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0792  CDS  NC_009832  882936  885167  2232  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001477026  unclonable  2.58134e-08  normal  0.259843  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0841  CDS  NC_009832  937070  938131  1062  recombinase A  YP_001477075  normal  0.0280148  unclonable  1.82986e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0842  CDS  NC_009832  938196  938702  507  recombination regulator RecX  YP_001477076  hitchhiker  9.69432e-05  unclonable  1.13027e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0843  CDS  NC_009832  938785  941463  2679  alanyl-tRNA synthetase  YP_001477077  hitchhiker  2.00247e-06  unclonable  3.09197e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0844  CDS  NC_009832  941752  941901  150  carbon storage regulator, CsrA  YP_001477078  unclonable  1.52138e-11  unclonable  9.91899e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_0856  CDS  NC_009832  952334  952552  219  transcriptional activator Ogr/delta  YP_001477090  unclonable  4.14293e-11  hitchhiker  0.000248698  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1090  CDS  NC_009832  1198288  1199238  951  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II  YP_001477322  unclonable  2.86734e-10  hitchhiker  4.62839e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1118  CDS  NC_009832  1232932  1233135  204  hemolysin expression-modulating protein  YP_001477350  normal  0.0524587  unclonable  8.11136e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1119  CDS  NC_009832  1233191  1233559  369  hypothetical protein  YP_001477351  normal  0.0656157  unclonable  9.42965e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1120  CDS  NC_009832  1233722  1234075  354  hypothetical protein  YP_001477352  normal  0.0357256  unclonable  8.70294e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1121  CDS  NC_009832  1234525  1235238  714  ABC transporter-related protein  YP_001477353  normal  0.0122299  unclonable  1.07473e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1122  CDS  NC_009832  1235235  1236092  858  ABC-3 protein  YP_001477354  hitchhiker  9.76582e-05  unclonable  1.10767e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1123  CDS  NC_009832  1236118  1236996  879  periplasmic solute binding protein  YP_001477355  hitchhiker  2.44311e-07  unclonable  1.16493e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1124  CDS  NC_009832  1237110  1237250  141  ribosomal protein L36  YP_001477356  hitchhiker  2.02037e-10  unclonable  8.1945e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1125  CDS  NC_009832  1237263  1237520  258  50S ribosomal protein L31 type B  YP_001477357  unclonable  1.13817e-11  unclonable  9.42965e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1126  CDS  NC_009832  1237701  1240847  3147  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_001477358  hitchhiker  6.46715e-06  unclonable  4.81916e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1127  CDS  NC_009832  1240865  1242052  1188  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001477359  normal  0.295973  unclonable  2.30672e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1128  CDS  NC_009832  1242195  1242878  684  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  YP_001477360  normal  unclonable  1.81094e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1129  CDS  NC_009832  1242889  1243242  354  DsrE family protein  YP_001477361  normal  unclonable  1.55776e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1130  CDS  NC_009832  1243346  1246738  3393  potassium efflux protein KefA  YP_001477362  normal  unclonable  8.11569e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1131  CDS  NC_009832  1246782  1246961  180  hypothetical protein  YP_001477363  normal  unclonable  1.43743e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1132  CDS  NC_009832  1247068  1247604  537  primosomal replication priB and priC  YP_001477364  normal  unclonable  1.81094e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1133  CDS  NC_009832  1247755  1248135  381  hypothetical protein  YP_001477365  normal  0.88473  unclonable  1.68817e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1134  CDS  NC_009832  1248204  1248800  597  adenine phosphoribosyltransferase  YP_001477366  normal  0.397131  unclonable  1.92445e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1135  CDS  NC_009832  1248884  1250836  1953  DNA polymerase III subunits gamma and tau  YP_001477367  normal  0.239786  unclonable  3.63353e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1136  CDS  NC_009832  1250878  1251207  330  hypothetical protein  YP_001477368  normal  0.226792  unclonable  1.4815e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1137  CDS  NC_009832  1251207  1251812  606  recombination protein RecR  YP_001477369  normal  0.1524  unclonable  1.60552e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1138  CDS  NC_009832  1251942  1253813  1872  heat shock protein 90  YP_001477370  normal  0.145495  unclonable  3.82364e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1139  CDS  NC_009832  1254018  1254662  645  adenylate kinase  YP_001477371  normal  0.498003  unclonable  2.26015e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1140  CDS  NC_009832  1254831  1255964  1134  transcriptional regulator, CdaR  YP_001477372  normal  unclonable  2.52697e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1141  CDS  NC_009832  1256083  1257348  1266  gluconate transporter  YP_001477373  normal  0.881561  unclonable  3.18677e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1142  CDS  NC_009832  1257358  1258506  1149  glycerate kinase  YP_001477374  normal  0.45984  unclonable  3.52544e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1143  CDS  NC_009832  1258641  1259603  963  ferrochelatase  YP_001477375  normal  0.559652  unclonable  3.05999e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1144  CDS  NC_009832  1259695  1260999  1305  inosine kinase  YP_001477376  normal  0.956957  unclonable  3.31815e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1145  CDS  NC_009832  1261048  1262739  1692  putative cation:proton antiport protein  YP_001477377  normal  0.176983  unclonable  4.02209e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1146  CDS  NC_009832  1262985  1264205  1221  major facilitator transporter  YP_001477378  normal  0.155488  unclonable  2.9988e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1147  CDS  NC_009832  1264387  1266042  1656  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  YP_001477379  normal  0.0136849  unclonable  3.74568e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1238  CDS  NC_009832  1363003  1363290  288  LexA regulated protein  YP_001477470  unclonable  3.06733e-11  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1280  CDS  NC_009832  1407037  1407552  516  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  YP_001477512  unclonable  1.37851e-10  hitchhiker  2.38774e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1281  CDS  NC_009832  1407562  1408362  801  tol-pal system protein YbgF  YP_001477513  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1347  CDS  NC_009832  1477531  1478994  1464  amino acid permease-associated region  YP_001477579  unclonable  2.51432e-09  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1754  CDS  NC_009832  1933209  1934285  1077  outer membrane protein A  YP_001477986  unclonable  5.40093e-10  decreased coverage  5.07763e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1810  CDS  NC_009832  1994822  1995619  798  nuclease  YP_001478041  unclonable  2.51579e-10  unclonable  3.38586e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1811  CDS  NC_009832  1995785  1997245  1461  TrkH family potassium uptake protein  YP_001478042  hitchhiker  3.93317e-06  unclonable  5.82873e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1900  CDS  NC_009832  2085655  2086275  621  maf protein  YP_001478131  unclonable  9.61367e-11  hitchhiker  4.30577e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1901  CDS  NC_009832  2086378  2086899  522  hypothetical protein  YP_001478132  unclonable  8.44005e-11  hitchhiker  6.03572e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1903  CDS  NC_009832  2087095  2088129  1035  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001478134  unclonable  5.85193e-10  hitchhiker  7.84442e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1904  CDS  NC_009832  2088136  2089089  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001478135  unclonable  4.98071e-10  hitchhiker  7.36818e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1905  CDS  NC_009832  2089107  2090036  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001478136  unclonable  3.64946e-10  hitchhiker  8.05799e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1906  CDS  NC_009832  2090048  2090782  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001478137  unclonable  1.58661e-10  hitchhiker  7.2353e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1907  CDS  NC_009832  2090937  2091173  237  acyl carrier protein  YP_001478138  unclonable  3.56515e-11  hitchhiker  5.41151e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_1908  CDS  NC_009832  2091255  2092496  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001478139  unclonable  1.16019e-09  hitchhiker  8.65676e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2185  CDS  NC_009832  2386370  2387383  1014  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001478414  unclonable  5.08337e-10  unclonable  2.28332e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2186  CDS  NC_009832  2387524  2387760  237  LPP repeat-containing protein  YP_001478415  unclonable  3.06733e-11  hitchhiker  3.05308e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2206  CDS  NC_009832  2407753  2408664  912  LysR family transcriptional regulator  YP_001478435  unclonable  5.18708e-10  hitchhiker  0.000125224  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2207  CDS  NC_009832  2408686  2408925  240  hypothetical protein  YP_001478436  unclonable  5.11306e-11  hitchhiker  9.30327e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2243  CDS  NC_009832  2443070  2444575  1506  L-arabinose isomerase  YP_001478472  normal  unclonable  3.90243e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2244  CDS  NC_009832  2444607  2446292  1686  ribulokinase  YP_001478473  normal  unclonable  3.78483e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2245  CDS  NC_009832  2446654  2447637  984  monosaccharide-transporting ATPase  YP_001478474  normal  unclonable  2.40134e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2650  CDS  NC_009832  2917534  2918703  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_001478879  decreased coverage  1.74406e-08  unclonable  5.82873e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2651  CDS  NC_009832  2918710  2919012  303  hypothetical protein  YP_001478880  hitchhiker  3.05401e-06  unclonable  3.05999e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2652  CDS  NC_009832  2919474  2920247  774  phosphatidylglycerophosphatase B  YP_001478881  hitchhiker  1.11048e-05  unclonable  4.10416e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2653  CDS  NC_009832  2920525  2921118  594  GTP cyclohydrolase II  YP_001478882  hitchhiker  0.000762781  unclonable  3.2518e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2654  CDS  NC_009832  2921165  2923837  2673  aconitate hydratase  YP_001478883  normal  0.0109909  unclonable  7.64154e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2655  CDS  NC_009832  2924101  2924742  642  hypothetical protein  YP_001478884  hitchhiker  0.00248341  unclonable  2.68429e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2656  CDS  NC_009832  2924870  2925844  975  transcriptional regulator CysB  YP_001478885  hitchhiker  0.00546956  unclonable  3.82364e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2657  CDS  NC_009832  2926204  2928801  2598  DNA topoisomerase I  YP_001478886  hitchhiker  0.000104499  unclonable  8.70588e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2658  CDS  NC_009832  2929228  2929479  252  hypothetical protein  YP_001478887  hitchhiker  0.00672751  unclonable  2.02391e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2659  CDS  NC_009832  2929525  2930571  1047  putative periplasmic protease  YP_001478888  normal  0.0477819  unclonable  2.88065e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2660  CDS  NC_009832  2930863  2931693  831  short chain dehydrogenase  YP_001478889  normal  0.219801  unclonable  2.71181e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2661  CDS  NC_009832  2931707  2932297  591  cob(I)alamin adenosyltransferase  YP_001478890  normal  0.350025  unclonable  2.40134e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2752  CDS  NC_009832  3033444  3033692  249  protein of unknown function DUF883, ElaB  YP_001478981  unclonable  7.18786e-11  hitchhiker  9.53283e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2753  CDS  NC_009832  3033768  3034424  657  hypothetical protein  YP_001478982  unclonable  2.67242e-10  hitchhiker  0.000114559  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2754  CDS  NC_009832  3034508  3035548  1041  lytic murein transglycosylase  YP_001478983  unclonable  1.02797e-09  hitchhiker  0.000133589  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2755  CDS  NC_009832  3035612  3035884  273  hypothetical protein  YP_001478984  unclonable  8.27128e-11  hitchhiker  9.61265e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2756  CDS  NC_009832  3036021  3036722  702  septum formation inhibitor  YP_001478985  unclonable  3.9542e-10  hitchhiker  0.00154059  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2757  CDS  NC_009832  3036748  3037560  813  cell division inhibitor MinD  YP_001478986  unclonable  6.21875e-10  hitchhiker  0.001596  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2758  CDS  NC_009832  3037564  3037833  270  cell division topological specificity factor MinE  YP_001478987  unclonable  7.33452e-11  hitchhiker  0.00128029  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2759  CDS  NC_009832  3038070  3039242  1173  ribonuclease D  YP_001478988  unclonable  1.08089e-09  hitchhiker  0.00170183  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_2926  CDS  NC_009832  3222226  3224373  2148  TonB-dependent receptor  YP_001479155  unclonable  1.98793e-08  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3309  CDS  NC_009832  3664217  3665152  936  LysR family transcriptional regulator  YP_001479535  unclonable  3.01615e-10  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3318  CDS  NC_009832  3675550  3676107  558  NUDIX hydrolase  YP_001479544  unclonable  4.4442e-11  normal  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Spro_3445  CDS  NC_009832  3815627  3816625  999  cell division protein ZipA  YP_001479671  unclonable  7.60929e-10  decreased coverage  3.14053e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>