46 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Msed_0015  CDS  NC_009440  12337  13350  1014  adenylosuccinate synthetase  YP_001190116  unclonable  1.96036e-10  normal  0.0126394  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0070  CDS  NC_009440  65368  66018  651  50S ribosomal protein L15e  YP_001190171  unclonable  5.12869e-11  normal  0.0100764  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0071  CDS  NC_009440  66024  66467  444  hypothetical protein  YP_001190172  unclonable  2.62103e-11  hitchhiker  0.00974404  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0092  CDS  NC_009440  84378  85169  792  50S ribosomal protein L4P  YP_001190193  hitchhiker  1.65336e-09  unclonable  3.83631e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0093  CDS  NC_009440  85166  85411  246  50S ribosomal protein L23P  YP_001190194  hitchhiker  2.49681e-09  unclonable  3.35999e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0094  CDS  NC_009440  85421  86137  717  50S ribosomal protein L2P  YP_001190195  hitchhiker  1.27555e-09  unclonable  4.29528e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0095  CDS  NC_009440  86170  86592  423  30S ribosomal protein S19P  YP_001190196  hitchhiker  6.07429e-10  unclonable  3.87819e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0096  CDS  NC_009440  86598  87068  471  50S ribosomal protein L22P  YP_001190197  hitchhiker  7.29368e-10  unclonable  4.29528e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0097  CDS  NC_009440  87072  87794  723  30S ribosomal protein S3P  YP_001190198  hitchhiker  1.79661e-07  unclonable  5.00549e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0098  CDS  NC_009440  87775  87981  207  50S ribosomal protein L29P  YP_001190199  hitchhiker  3.37188e-08  unclonable  4.12154e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0099  CDS  NC_009440  87968  88222  255  ribonuclease P, Rpp29  YP_001190200  hitchhiker  4.56403e-08  unclonable  4.38583e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0100  CDS  NC_009440  88227  88562  336  30S ribosomal protein S17P  YP_001190201  hitchhiker  5.85841e-08  unclonable  4.66105e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0101  CDS  NC_009440  88569  88985  417  50S ribosomal protein L14P  YP_001190202  hitchhiker  7.31136e-08  unclonable  4.56679e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0102  CDS  NC_009440  88995  89330  336  KOW domain-containing protein  YP_001190203  hitchhiker  5.12448e-08  unclonable  4.70993e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0103  CDS  NC_009440  89327  90052  726  30S ribosomal protein S4e  YP_001190204  hitchhiker  2.59785e-09  unclonable  5.58992e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0104  CDS  NC_009440  90054  90578  525  50S ribosomal protein L5P  YP_001190205  unclonable  3.10804e-11  unclonable  4.85545e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0105  CDS  NC_009440  90589  90753  165  30S ribosomal protein S14P  YP_001190206  unclonable  5.595e-12  unclonable  3.83631e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0106  CDS  NC_009440  90759  91160  402  30S ribosomal protein S8P  YP_001190207  unclonable  1.61976e-11  unclonable  4.16476e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0107  CDS  NC_009440  91170  91715  546  50S ribosomal protein L6P  YP_001190208  unclonable  2.49213e-11  unclonable  4.20842e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0108  CDS  NC_009440  91715  92119  405  50S ribosomal protein L32e  YP_001190209  unclonable  9.70998e-12  unclonable  3.53529e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0109  CDS  NC_009440  92122  92577  456  50S ribosomal protein L19e  YP_001190210  unclonable  1.23544e-11  unclonable  3.42934e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0110  CDS  NC_009440  92584  93171  588  50S ribosomal protein L18P  YP_001190211  unclonable  1.73795e-11  unclonable  3.75712e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0111  CDS  NC_009440  93171  93815  645  30S ribosomal protein S5P  YP_001190212  hitchhiker  5.7291e-10  unclonable  3.79651e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0112  CDS  NC_009440  93823  94284  462  50S ribosomal protein L30P  YP_001190213  hitchhiker  2.10294e-10  unclonable  3.57235e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0114  CDS  NC_009440  94737  96128  1392  preprotein translocase subunit SecY  YP_001190215  unclonable  4.41427e-10  hitchhiker  8.10769e-06  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0115  CDS  NC_009440  96131  96715  585  adenylate kinase  YP_001190216  unclonable  1.49459e-11  hitchhiker  4.75665e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0116  CDS  NC_009440  96717  97160  444  hypothetical protein  YP_001190217  unclonable  7.55569e-12  hitchhiker  4.38676e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0117  CDS  NC_009440  97168  97416  249  ribosomal protein L34e  YP_001190218  unclonable  3.03876e-12  hitchhiker  3.72706e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0118  CDS  NC_009440  97413  97955  543  cytidylate kinase  YP_001190219  unclonable  8.7822e-12  hitchhiker  4.42728e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0119  CDS  NC_009440  97974  98210  237  hypothetical protein  YP_001190220  unclonable  2.61436e-12  hitchhiker  3.79633e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0514  CDS  NC_009440  470094  471260  1167  peptidase U32  YP_001190613  unclonable  2.52039e-10  hitchhiker  0.000774187  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0687  CDS  NC_009440  627777  628766  990  FAD dependent oxidoreductase  YP_001190786  decreased coverage  3.30964e-08  unclonable  3.00742e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0688  CDS  NC_009440  628763  629230  468  AsnC family transcriptional regulator  YP_001190787  hitchhiker  3.13702e-08  unclonable  2.26618e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0689  CDS  NC_009440  629264  630073  810  5'-methylthioadenosine phosphorylase II  YP_001190788  hitchhiker  1.66903e-05  unclonable  2.63743e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_0690  CDS  NC_009440  630070  630813  744  hypothetical protein  YP_001190789  hitchhiker  0.000505457  unclonable  2.53293e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_1134  CDS  NC_009440  1066056  1070423  4368  hypothetical protein  YP_001191219  unclonable  3.77058e-05  normal  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_1390  CDS  NC_009440  1363859  1364758  900  hexokinase  YP_001191472  normal  0.637507  unclonable  3.91885e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_1391  CDS  NC_009440  1364799  1365278  480  deoxyUTP pyrophosphatase  YP_001191473  normal  0.45866  unclonable  2.74623e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_1392  CDS  NC_009440  1365319  1365861  543  hypothetical protein  YP_001191474  normal  0.158541  unclonable  2.85952e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_1393  CDS  NC_009440  1365939  1367024  1086  peptidase M28  YP_001191475  normal  0.0177008  unclonable  3.10034e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2134  CDS  NC_009440  2054536  2055498  963  glycosyl transferase family protein  YP_001192197  normal  0.127687  unclonable  6.69525e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2145  CDS  NC_009440  2061782  2062570  789  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  YP_001192208  unclonable  3.43639e-11  hitchhiker  0.000345758  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2146  CDS  NC_009440  2062572  2062970  399  30S ribosomal protein S11P  YP_001192209  unclonable  1.001e-11  hitchhiker  0.000312913  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2153  CDS  NC_009440  2067211  2068452  1242  DNA primase  YP_001192216  unclonable  5.61406e-10  hitchhiker  0.000473756  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2226  CDS  NC_009440  2131226  2131786  561  RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase  YP_001192288  normal  unclonable  2.26618e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Msed_2227  CDS  NC_009440  2131844  2132812  969  aldo/keto reductase  YP_001192289  normal  unclonable  2.3844e-07  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>