117 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Spea_0001  CDS  NC_009901  223  1608  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_001499865  unclonable  1.02323e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0002  CDS  NC_009901  1628  2728  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001499866  unclonable  2.67756e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0163  CDS  NC_009901  178274  178951  678  DNA-binding transcriptional repressor FabR  YP_001500027  unclonable  5.09997e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0164  CDS  NC_009901  179017  180114  1098  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  YP_001500028  unclonable  4.38982e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0165  CDS  NC_009901  180312  181118  807  glutamate racemase  YP_001500029  unclonable  1.22262e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0166  CDS  NC_009901  181132  181587  456  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_001500030  unclonable  2.21523e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0170  CDS  NC_009901  192087  193271  1185  elongation factor Tu  YP_001500034  unclonable  2.10333e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0194  CDS  NC_009901  215545  215913  369  50S ribosomal protein L14  YP_001500058  unclonable  1.68914e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0195  CDS  NC_009901  215925  216239  315  50S ribosomal protein L24  YP_001500059  unclonable  1.00309e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0196  CDS  NC_009901  216253  216792  540  50S ribosomal protein L5  YP_001500060  unclonable  3.88699e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0204  CDS  NC_009901  219584  220924  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001500068  unclonable  6.62692e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0205    NC_009901  220948  221061  114      unclonable  1.41685e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0206  CDS  NC_009901  221174  221530  357  30S ribosomal protein S13  YP_001500069  unclonable  4.58575e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0238  CDS  NC_009901  269451  269966  516  shikimate kinase I  YP_001500101  unclonable  3.34252e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0239  CDS  NC_009901  269970  271049  1080  3-dehydroquinate synthase  YP_001500102  unclonable  3.55339e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0697  CDS  NC_009901  857471  858349  879  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  YP_001500559  unclonable  8.8618e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0731  CDS  NC_009901  906550  907539  990  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_001500593  unclonable  2.93174e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0865  CDS  NC_009901  1063370  1065694  2325  organic solvent tolerance protein  YP_001500727  unclonable  6.34249e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0911  CDS  NC_009901  1116601  1117716  1116  permease YjgP/YjgQ family protein  YP_001500773  unclonable  4.66343e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0958  CDS  NC_009901  1169239  1171089  1851  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  YP_001500820  unclonable  1.23062e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0969  CDS  NC_009901  1179521  1180432  912  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_001500831  unclonable  1.1509e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_0970  CDS  NC_009901  1180629  1180895  267  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_001500832  unclonable  3.94431e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1048  CDS  NC_009901  1271098  1272471  1374  signal recognition particle protein  YP_001500910  unclonable  1.96553e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1142  CDS  NC_009901  1378189  1379205  1017  threonine aldolase  YP_001501004  unclonable  6.36367e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1156  CDS  NC_009901  1399553  1400665  1113  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001501018  unclonable  3.11518e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1182  CDS  NC_009901  1435005  1437212  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001501044  unclonable  4.5957e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1215  CDS  NC_009901  1477930  1481208  3279  peptidase S41  YP_001501077  unclonable  7.36755e-05  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1444  CDS  NC_009901  1758685  1759110  426  hypothetical protein  YP_001501304  unclonable  5.22592e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1456  CDS  NC_009901  1772396  1773805  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001501316  unclonable  1.00274e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1508  CDS  NC_009901  1827540  1830386  2847  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_001501368  unclonable  4.66847e-06  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1533  CDS  NC_009901  1862800  1865223  2424  Ig domain-containing protein  YP_001501393  unclonable  9.67383e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1651  CDS  NC_009901  1996502  1997530  1029  putative periplasmic protease  YP_001501511  unclonable  3.59076e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1746  CDS  NC_009901  2123470  2124144  675  two component transcriptional regulator  YP_001501604  unclonable  4.80188e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_1904  CDS  NC_009901  2314764  2315954  1191  lytic murein transglycosylase  YP_001501761  unclonable  4.13322e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2034  CDS  NC_009901  2461238  2462638  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_001501889  unclonable  1.13137e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2072  CDS  NC_009901  2512366  2513058  693  cytidylate kinase  YP_001501927  unclonable  2.70816e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2073  CDS  NC_009901  2513156  2514823  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001501928  unclonable  7.21785e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2074  CDS  NC_009901  2514896  2515183  288  integration host factor subunit beta  YP_001501929  unclonable  5.49511e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2075  CDS  NC_009901  2515294  2515614  321  hypothetical protein  YP_001501930  unclonable  6.13824e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2237  CDS  NC_009901  2710313  2712085  1773  hypothetical protein  YP_001502092  unclonable  5.89696e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2258  CDS  NC_009901  2737834  2738784  951  thioredoxin reductase  YP_001502113  unclonable  6.69147e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2259  CDS  NC_009901  2738883  2739491  609  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001502114  unclonable  1.98313e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2260  CDS  NC_009901  2739653  2740012  360  50S ribosomal protein L20  YP_001502115  unclonable  5.55159e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2261  CDS  NC_009901  2740031  2740225  195  50S ribosomal protein L35  YP_001502116  unclonable  2.46297e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2262  CDS  NC_009901  2740313  2740789  477  translation initiation factor IF-3  YP_001502117  unclonable  7.57605e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2400  CDS  NC_009901  2926979  2928856  1878  sodium/hydrogen exchanger  YP_001502255  unclonable  1.30765e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2401  CDS  NC_009901  2930138  2931472  1335  hypothetical protein  YP_001502256  unclonable  6.96992e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2407  CDS  NC_009901  2935508  2937067  1560  lytic transglycosylase catalytic  YP_001502262  unclonable  2.06679e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2438  CDS  NC_009901  2982409  2983128  720  fatty acid metabolism regulator  YP_001502293  unclonable  5.09997e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2447  CDS  NC_009901  2989575  2990684  1110  ribonuclease D  YP_001502302  unclonable  1.49434e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2494  CDS  NC_009901  3039750  3040496  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001502349  unclonable  8.2608e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2495  CDS  NC_009901  3040506  3041432  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001502350  unclonable  1.55676e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2496  CDS  NC_009901  3041510  3042469  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001502351  unclonable  2.7329e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2497  CDS  NC_009901  3042480  3043508  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001502352  unclonable  2.54521e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2498  CDS  NC_009901  3043524  3043694  171  50S ribosomal protein L32  YP_001502353  unclonable  4.63288e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2499  CDS  NC_009901  3043712  3044236  525  hypothetical protein  YP_001502354  unclonable  2.06501e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2562  CDS  NC_009901  3122035  3122760  726  Tol-Pal system YbgF  YP_001502417  unclonable  4.29972e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2574  CDS  NC_009901  3133262  3133867  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001502429  unclonable  1.94342e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2678  CDS  NC_009901  3263202  3263474  273  histone family protein DNA-binding protein  YP_001502533  unclonable  5.89622e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2679  CDS  NC_009901  3263731  3266088  2358  ATP-dependent protease La  YP_001502534  unclonable  8.48642e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2680  CDS  NC_009901  3266237  3267514  1278  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_001502535  unclonable  3.14721e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2879  CDS  NC_009901  3517781  3518971  1191  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  YP_001502732  unclonable  3.44677e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2880  CDS  NC_009901  3518976  3519833  858  phosphatidate cytidylyltransferase  YP_001502733  unclonable  7.03616e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2881  CDS  NC_009901  3519854  3520654  801  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_001502734  unclonable  5.93074e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2882  CDS  NC_009901  3520906  3521463  558  ribosome recycling factor  YP_001502735  unclonable  3.96733e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2883  CDS  NC_009901  3521496  3522224  729  uridylate kinase  YP_001502736  unclonable  9.41193e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2884  CDS  NC_009901  3522367  3523278  912  elongation factor Ts  YP_001502737  unclonable  3.3426e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_2992  CDS  NC_009901  3664697  3665299  603  heat shock protein GrpE  YP_001502844  unclonable  1.63848e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3049  CDS  NC_009901  3740090  3740953  864  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  YP_001502901  unclonable  1.84608e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3055  CDS  NC_009901  3746741  3748855  2115  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_001502907  unclonable  4.45882e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3067  CDS  NC_009901  3762018  3763970  1953  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001502919  unclonable  7.74852e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3127  CDS  NC_009901  3830048  3831298  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_001502978  unclonable  2.25636e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3147  CDS  NC_009901  3852723  3853052  330  iojap-like protein  YP_001502998  unclonable  8.80611e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3148  CDS  NC_009901  3853052  3853522  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001502999  unclonable  1.32782e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3149  CDS  NC_009901  3853607  3855463  1857  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_001503000  unclonable  7.90878e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3150  CDS  NC_009901  3855460  3856566  1107  rod shape-determining protein RodA  YP_001503001  unclonable  1.82729e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3151  CDS  NC_009901  3856668  3857666  999  lytic murein transglycosylase B  YP_001503002  unclonable  1.09427e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3152  CDS  NC_009901  3857653  3858435  783  rare lipoprotein A  YP_001503003  unclonable  5.93074e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3153  CDS  NC_009901  3858541  3859713  1173  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001503004  unclonable  2.54521e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3509  CDS  NC_009901  4289106  4289741  636  cAMP-regulatory protein  YP_001503357  unclonable  2.47338e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3536  CDS  NC_009901  4319238  4319879  642  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001503384  unclonable  3.21073e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3563  CDS  NC_009901  4350531  4351835  1305  outer membrane channel protein  YP_001503411  unclonable  1.35514e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3581  CDS  NC_009901  4372138  4373544  1407  replicative DNA helicase  YP_001503429  unclonable  1.1661e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3582  CDS  NC_009901  4373668  4375899  2232  hypothetical protein  YP_001503430  unclonable  4.36948e-07  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3591  CDS  NC_009901  4384665  4385288  624  Sel1 domain-containing protein  YP_001503439  unclonable  3.55002e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3592  CDS  NC_009901  4385473  4386768  1296  adenylosuccinate synthetase  YP_001503440  unclonable  8.97035e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3593  CDS  NC_009901  4386835  4387023  189  hypothetical protein  YP_001503441  unclonable  7.73085e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3594  CDS  NC_009901  4387288  4387680  393  30S ribosomal protein S9  YP_001503442  unclonable  1.65532e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3595  CDS  NC_009901  4387695  4388126  432  50S ribosomal protein L13  YP_001503443  unclonable  2.49881e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3721  CDS  NC_009901  4528026  4528892  867  dehydratase  YP_001503567  unclonable  1.01981e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3761  CDS  NC_009901  4574913  4575449  537  MSHA pilin protein MshA  YP_001503607  unclonable  2.02365e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3762  CDS  NC_009901  4575587  4576195  609  methylation site containing protein  YP_001503608  unclonable  2.62752e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3807  CDS  NC_009901  4629096  4630283  1188  cell division protein FtsZ  YP_001503652  unclonable  3.51722e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3852  CDS  NC_009901  4680141  4683110  2970  hypothetical protein  YP_001503697  unclonable  2.34883e-05  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3882  CDS  NC_009901  4727800  4729455  1656  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_001503727  unclonable  2.6311e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_3932  CDS  NC_009901  4780672  4781154  483  protein of unknown function Spy-related  YP_001503777  unclonable  1.05476e-10  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4061  CDS  NC_009901  4937252  4938403  1152  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001503906  unclonable  2.65031e-09  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4223  CDS  NC_009901  5135594  5137015  1422  cytochrome c oxidase cbb3 type accessory protein FixG  YP_001504068  unclonable  1.39673e-08  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4258  CDS  NC_009901  5173629  5173883  255  hypothetical protein  YP_001504103  unclonable  4.31674e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Spea_4259  CDS  NC_009901  5173850  5174212  363  ribonuclease P  YP_001504104  unclonable  7.42435e-11  n/a    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>