33 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Bphyt_1263  CDS  NC_010681  1419011  1420420  1410  hypothetical protein  YP_001894902  unclonable  2.60346e-08  normal  0.656156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_1381  CDS  NC_010681  1539958  1541073  1116  protein of unknown function UPF0118  YP_001895020  unclonable  1.71014e-08  decreased coverage  0.00070323  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3354  CDS  NC_010681  3772573  3773001  429  50S ribosomal protein L13  YP_001896969  unclonable  1.56516e-10  hitchhiker  4.50928e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3373  CDS  NC_010681  3792381  3803288  10908  YadA domain protein  YP_001896988  normal  unclonable  8.46047e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3485  CDS  NC_010681  3929792  3930568  777  enoyl-CoA hydratase  YP_001897099  unclonable  3.02611e-09  hitchhiker  0.000530427  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3643  CDS  NC_010681  4073555  4074175  621  50S ribosomal protein L4  YP_001897257  unclonable  1.53267e-09  hitchhiker  2.11598e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3644  CDS  NC_010681  4074175  4074834  660  50S ribosomal protein L3  YP_001897258  unclonable  1.85363e-09  hitchhiker  2.00291e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3645  CDS  NC_010681  4075036  4075347  312  30S ribosomal protein S10  YP_001897259  unclonable  4.75308e-10  hitchhiker  1.62231e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3646  CDS  NC_010681  4075478  4076668  1191  elongation factor Tu  YP_001897260  unclonable  1.5318e-08  hitchhiker  3.10582e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3682  CDS  NC_010681  4128559  4129803  1245  putative lipoprotein  YP_001897296  hitchhiker  1.77686e-05  unclonable  1.76343e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3683  CDS  NC_010681  4129978  4130802  825  OmpW family protein  YP_001897297  hitchhiker  2.86443e-08  unclonable  1.06929e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3684  CDS  NC_010681  4131074  4131709  636  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  YP_001897298  hitchhiker  8.29033e-06  unclonable  8.93025e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_3956  CDS  NC_010681  4432103  4432528  426  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_001897567  unclonable  5.20139e-10  normal  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_4581  CDS  NC_010676  659938  660942  1005  Monosaccharide-transporting ATPase  YP_001888324  unclonable  3.18793e-11  normal  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_4764  CDS  NC_010676  872222  872503  282  hypothetical protein  YP_001888499  unclonable  5.27831e-13  hitchhiker  0.00260085  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_5799  CDS  NC_010676  2003146  2003499  354  transcriptional regulator, IclR family  YP_001889506  unclonable  7.95451e-13  normal  0.486664  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6446  CDS  NC_010676  2717481  2718260  780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001890124  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6447  CDS  NC_010676  2718257  2719117  861  amidohydrolase 2  YP_001890125  hitchhiker  4.69414e-10  unclonable  4.69579e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6549  CDS  NC_010676  2840438  2840794  357  hypothetical protein  YP_001890222  unclonable  9.42979e-13  hitchhiker  0.00763492  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6584  CDS  NC_010676  2882060  2884057  1998  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  YP_001890254  unclonable  1.25379e-08  normal  0.0159529  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6585  CDS  NC_010676  2884146  2884526  381  hypothetical protein  YP_001890255  unclonable  2.66861e-12  normal  0.0338077  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6586  CDS  NC_010676  2884978  2885454  477  PRC-barrel domain protein  YP_001890256  unclonable  4.40037e-12  normal  0.0354416  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_6587  CDS  NC_010676  2885800  2886141  342  hypothetical protein  YP_001890257  unclonable  2.03689e-12  normal  0.0217511  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7293  CDS  NC_010679  36932  37393  462  hypothetical protein  YP_001893507  unclonable  2.00713e-08  hitchhiker  0.000172886  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7294  CDS  NC_010679  37402  37695  294  hypothetical protein  YP_001893508  unclonable  7.59951e-09  hitchhiker  0.000157514  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7295  CDS  NC_010679  37705  38094  390  hypothetical protein  YP_001893509  unclonable  1.12304e-08  hitchhiker  0.000159012  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7296  CDS  NC_010679  38102  38296  195  hypothetical protein  YP_001893510  unclonable  4.84371e-09  hitchhiker  0.000151743  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7297  CDS  NC_010679  38296  38571  276  hypothetical protein  YP_001893511  unclonable  7.30056e-09  unclonable  1.18373e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_7298  CDS  NC_010679  38866  40512  1647  DNA restriction methylase  YP_001893512  unclonable  8.85633e-07  unclonable  1.66631e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0027  tRNA  NC_010681  2815388  2815463  76  tRNA-Glu    unclonable  1.2811e-10  hitchhiker  0.00448856  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0028  tRNA  NC_010681  2815619  2815694  76  tRNA-Ala    unclonable  1.02756e-10  hitchhiker  0.00235863  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0040  tRNA  NC_010681  3315547  3315622  76  tRNA-Asn    unclonable  1.58111e-10  normal  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Bphyt_R0041  tRNA  NC_010681  3315700  3315775  76  tRNA-Asn    unclonable  1.36051e-10  normal  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>