28 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dvul_0235  CDS  NC_008751  288966  290699  1734  30S ribosomal protein S1  YP_965686  unclonable  1.20876e-06  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0247  CDS  NC_008751  305103  305879  777  extracellular solute-binding protein  YP_965698  unclonable  3.42463e-08  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0277  CDS  NC_008751  347533  348036  504  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_965727  unclonable  1.32403e-08  hitchhiker  0.000103139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0278  CDS  NC_008751  348236  349627  1392  WD40 domain-containing protein  YP_965728  hitchhiker  6.05867e-06  unclonable  1.00324e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0279  CDS  NC_008751  349683  350348  666  TonB family protein  YP_965729  normal  0.219995  unclonable  7.96861e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_0678  CDS  NC_008751  841212  842396  1185  amidohydrolase  YP_966128  unclonable  2.31632e-07  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_1187  CDS  NC_008751  1456065  1457321  1257  hypothetical protein  YP_966634  unclonable  2.36385e-07  decreased coverage  0.000174597  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2176  CDS  NC_008751  2530073  2531473  1401  hypothetical protein  YP_967619  unclonable  3.12867e-07  normal  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2321  CDS  NC_008751  2705772  2706638  867  hypothetical protein  YP_967764  unclonable  6.30874e-08  unclonable  1.39899e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2322  CDS  NC_008751  2706771  2708159  1389  FAD dependent oxidoreductase  YP_967765  hitchhiker  5.72952e-05  unclonable  1.96984e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2323  CDS  NC_008751  2708439  2709776  1338  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  YP_967766  normal  0.123075  unclonable  1.72862e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2324  CDS  NC_008751  2710269  2711855  1587  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  YP_967767  normal  0.578416  unclonable  2.07214e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2325  CDS  NC_008751  2711870  2712436  567  hypothetical protein  YP_967768  normal  0.176439  unclonable  1.56265e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2326  CDS  NC_008751  2712448  2714871  2424  1A family penicillin-binding protein  YP_967769  normal  0.774073  unclonable  2.91309e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2327  CDS  NC_008751  2715036  2715488  453  cupin 2 domain-containing protein  YP_967770  normal  unclonable  1.39899e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2574  CDS  NC_008751  3005719  3006189  471  nucleoside 2-deoxyribosyltransferase  YP_968017  hitchhiker  3.46796e-06  unclonable  1.16597e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2575  CDS  NC_008751  3006170  3006868  699  nuclease  YP_968018  unclonable  5.42657e-08  unclonable  1.25169e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2576  CDS  NC_008751  3007289  3007885  597  hypothetical protein  YP_968019  hitchhiker  0.000123504  unclonable  1.29022e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2577  CDS  NC_008751  3008033  3009148  1116  radical SAM domain-containing protein  YP_968020  normal  0.014973  unclonable  1.62693e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2578    NC_008751  3009145  3010024  880      normal  0.04354  unclonable  1.32993e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2579  CDS  NC_008751  3010027  3010293  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_968021  normal  0.0712611  unclonable  1.16597e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2580  CDS  NC_008751  3010767  3011786  1020  KpsF/GutQ family protein  YP_968022  normal  0.597133  unclonable  1.62693e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2581  CDS  NC_008751  3012106  3012942  837  ABC-2 type transporter  YP_968023  normal  0.817053  unclonable  1.38463e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2582  CDS  NC_008751  3012939  3013604  666  ABC transporter related  YP_968024  normal  unclonable  1.22652e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2583  CDS  NC_008751  3013591  3014901  1311  capsule polysaccharide export protein-like protein  YP_968025  normal  unclonable  1.74654e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2584  CDS  NC_008751  3014906  3016723  1818  polysaccharide export protein  YP_968026  normal  unclonable  2.40824e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2585  CDS  NC_008751  3017332  3018435  1104  nucleotidyl transferase  YP_968027  normal  unclonable  1.96984e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Dvul_2909  CDS  NC_008751  3408444  3409370  927  GTP-binding protein Era  YP_968347  unclonable  6.18187e-08  normal  0.386752  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>