104 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Tpet_0019  CDS  NC_009486  18071  20107  2037  flagellar biosynthesis protein FlhA  YP_001243624  unclonable  1.47503e-08  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0020  CDS  NC_009486  20104  21240  1137  flagellar biosynthesis regulator FlhF  YP_001243625  unclonable  3.98912e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0030  CDS  NC_009486  26104  26379  276  stage V sporulation protein S  YP_001243635  unclonable  5.73648e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0081  CDS  NC_009486  73528  73926  399  cytidine deaminase  YP_001243686  unclonable  4.36242e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0082  CDS  NC_009486  73865  75232  1368  hypothetical protein  YP_001243687  unclonable  1.79952e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0092  CDS  NC_009486  84549  85799  1251  cell division protein FtsA  YP_001243697  unclonable  1.48304e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0093  CDS  NC_009486  85801  86355  555  hypothetical protein  YP_001243698  unclonable  1.27724e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0126  CDS  NC_009486  123177  124415  1239  Beta-ketoacyl synthase-like protein  YP_001243731  unclonable  1.7098e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0311  CDS  NC_009486  293110  293985  876  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001243916  unclonable  2.02771e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0312  CDS  NC_009486  294103  294450  348  hypothetical protein  YP_001243917  unclonable  3.3527e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0352  CDS  NC_009486  336907  337101  195  hypothetical protein  YP_001243957  unclonable  3.12434e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0353  CDS  NC_009486  337105  337773  669  sugar fermentation stimulation protein  YP_001243958  unclonable  2.02771e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0354  CDS  NC_009486  337770  338249  480  hypothetical protein  YP_001243959  unclonable  1.26383e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0359  CDS  NC_009486  342768  343823  1056  magnesium and cobalt transport protein CorA  YP_001243964  unclonable  1.01398e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0360  CDS  NC_009486  343905  344453  549  DNA protection protein DPS  YP_001243965  unclonable  1.1303e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0416  CDS  NC_009486  402979  403257  279  co-chaperonin GroES  YP_001244016  unclonable  2.1476e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0417  CDS  NC_009486  403945  404982  1038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001244017  unclonable  4.6996e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0442  CDS  NC_009486  428917  430122  1206  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001244042  unclonable  1.85644e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0443  CDS  NC_009486  430205  431407  1203  S-layer domain-containing protein  YP_001244043  unclonable  1.89503e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0444  CDS  NC_009486  431442  432695  1254  hypothetical protein  YP_001244044  unclonable  2.25914e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0445  CDS  NC_009486  432889  433413  525  isochorismatase hydrolase  YP_001244045  unclonable  1.76183e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0470  CDS  NC_009486  461645  461797  153  hypothetical protein  YP_001244070  unclonable  2.32774e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0471  CDS  NC_009486  461888  462550  663  FAD-dependent thymidylate synthase  YP_001244071  unclonable  1.51559e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0472  CDS  NC_009486  462547  464682  2136  surface antigen (D15)  YP_001244072  unclonable  4.71704e-08  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0528  CDS  NC_009486  522059  523279  1221  glycosyl transferase, group 1  YP_001244126  unclonable  1.05595e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0529  CDS  NC_009486  524293  525309  1017  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  YP_001244127  unclonable  4.0337e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0530  CDS  NC_009486  525416  526747  1332  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001244128  unclonable  1.7098e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0545  CDS  NC_009486  541722  544748  3027  acriflavin resistance protein  YP_001244142  unclonable  5.92729e-07  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0600  CDS  NC_009486  595779  597941  2163  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001244197  unclonable  3.62838e-08  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0636  CDS  NC_009486  639529  640776  1248  extracellular solute-binding protein  YP_001244232  unclonable  2.10277e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0667  CDS  NC_009486  676588  677598  1011  metal dependent phosphohydrolase  YP_001244263  unclonable  4.07652e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0668  CDS  NC_009486  677585  677977  393  hypothetical protein  YP_001244264  unclonable  4.06528e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0669  CDS  NC_009486  678002  678262  261  50S ribosomal protein L28  YP_001244265  unclonable  2.39992e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0670  CDS  NC_009486  678265  678717  453  SsrA-binding protein  YP_001244266  unclonable  5.85556e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0731  CDS  NC_009486  736171  736959  789  hypothetical protein  YP_001244327  unclonable  2.07096e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0732  CDS  NC_009486  737450  737713  264  stage V sporulation protein S  YP_001244328  unclonable  1.94114e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0733  CDS  NC_009486  737768  738544  777  ABC transporter related  YP_001244329  unclonable  1.20086e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0734  CDS  NC_009486  738550  739584  1035  transport system permease protein  YP_001244330  unclonable  5.99785e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0780  CDS  NC_009486  792338  793321  984  putative DNA-binding/iron metalloprotein/AP endonuclease  YP_001244375  unclonable  7.05836e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0781  CDS  NC_009486  793318  793545  228  FmdB family regulatory protein  YP_001244376  unclonable  4.92398e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0835  CDS  NC_009486  847529  847990  462  hypothetical protein  YP_001244430  unclonable  1.0963e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0888  CDS  NC_009486  906425  907924  1500  hypothetical protein  YP_001244482  unclonable  5.56545e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0889  CDS  NC_009486  907970  909043  1074  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001244483  unclonable  1.33582e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0923  CDS  NC_009486  946520  946720  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001244517  unclonable  2.00134e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0935  CDS  NC_009486  956902  958194  1293  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  YP_001244529  unclonable  1.36513e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0939  CDS  NC_009486  960272  960757  486  regulatory protein RecX  YP_001244533  unclonable  8.96093e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0940  CDS  NC_009486  960757  962280  1524  phosphodiesterase  YP_001244534  unclonable  5.13456e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0965  CDS  NC_009486  996114  997781  1668  alpha amylase, catalytic region  YP_001244559  unclonable  5.85421e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0966  CDS  NC_009486  998043  999221  1179  extracellular solute-binding protein  YP_001244560  unclonable  1.1003e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0978  CDS  NC_009486  1010614  1012290  1677  metal dependent phosphohydrolase  YP_001244572  unclonable  6.28602e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0979  CDS  NC_009486  1012437  1012637  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001244573  unclonable  1.88175e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0980  CDS  NC_009486  1012759  1012974  216  50S ribosomal protein L31  YP_001244574  unclonable  1.92079e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_0981  CDS  NC_009486  1013008  1013382  375  RNA-binding S1 domain-containing protein  YP_001244575  unclonable  4.45297e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1001  CDS  NC_009486  1032693  1034201  1509  lysyl-tRNA synthetase  YP_001244595  unclonable  3.93607e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1002  CDS  NC_009486  1034215  1034685  471  transcription elongation factor GreA  YP_001244596  unclonable  7.16767e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1003  CDS  NC_009486  1034682  1035152  471  transcriptional regulator NrdR  YP_001244597  unclonable  8.18068e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1023  CDS  NC_009486  1051813  1052601  789  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase  YP_001244617  unclonable  5.8692e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1062  CDS  NC_009486  1090211  1091416  1206  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  YP_001244655  unclonable  1.91517e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1066  CDS  NC_009486  1094028  1094480  453  hypothetical protein  YP_001244659  unclonable  6.74656e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1133  CDS  NC_009486  1156172  1157359  1188  S-adenosylmethionine synthetase  YP_001244723  unclonable  1.11198e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1134  CDS  NC_009486  1157375  1157665  291  30S ribosomal protein S20  YP_001244724  unclonable  5.67629e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1203  CDS  NC_009486  1223249  1223701  453  translation initiation factor IF-3  YP_001244793  unclonable  8.77866e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1204  CDS  NC_009486  1224551  1225096  546  diguanylate cyclase  YP_001244794  unclonable  2.20024e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1221  CDS  NC_009486  1242457  1242804  348  50S ribosomal protein L19  YP_001244811  unclonable  3.3527e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1222  CDS  NC_009486  1242807  1243385  579  hypothetical protein  YP_001244812  unclonable  7.16767e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1223  CDS  NC_009486  1243379  1244116  738  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001244813  unclonable  1.34346e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1276  CDS  NC_009486  1288382  1289455  1074  amidohydrolase  YP_001244866  unclonable  3.71736e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1286  CDS  NC_009486  1297512  1297931  420  hypothetical protein  YP_001244876  unclonable  6.41051e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1287  CDS  NC_009486  1298053  1298436  384  30S ribosomal protein S12  YP_001244877  unclonable  7.77743e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1298  CDS  NC_009486  1305871  1306500  630  ribosomal protein S3  YP_001244888  unclonable  3.09982e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1299  CDS  NC_009486  1306515  1306943  429  50S ribosomal protein L16  YP_001244889  unclonable  1.08479e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1300  CDS  NC_009486  1306940  1307140  201  50S ribosomal protein L29  YP_001244890  unclonable  5.0767e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1301  CDS  NC_009486  1307145  1307468  324  30S ribosomal protein S17  YP_001244891  unclonable  6.54359e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1302  CDS  NC_009486  1307465  1307833  369  50S ribosomal protein L14  YP_001244892  unclonable  7.16767e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1313  CDS  NC_009486  1312783  1313445  663  adenylate kinase  YP_001244903  unclonable  2.94373e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1314  CDS  NC_009486  1313442  1314194  753  methionine aminopeptidase, type I  YP_001244904  unclonable  3.64172e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1315  CDS  NC_009486  1314196  1314420  225  translation initiation factor IF-1  YP_001244905  unclonable  2.70736e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1316  CDS  NC_009486  1314438  1314554  117  50S ribosomal protein L36  YP_001244906  unclonable  1.42066e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1317  CDS  NC_009486  1314570  1314947  378  30S ribosomal protein S13  YP_001244907  unclonable  3.94298e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1318  CDS  NC_009486  1314966  1315358  393  30S ribosomal protein S11  YP_001244908  unclonable  5.13052e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1343  CDS  NC_009486  1332251  1333474  1224  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001244933  unclonable  6.1259e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1355  CDS  NC_009486  1346161  1346916  756  hypothetical protein  YP_001244945  unclonable  3.06727e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1356  CDS  NC_009486  1346921  1348507  1587  hypothetical protein  YP_001244946  unclonable  9.31698e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1384  CDS  NC_009486  1377174  1377731  558  ribosome recycling factor  YP_001244974  unclonable  5.56086e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1500  CDS  NC_009486  1488685  1489206  522  hypothetical protein  YP_001245084  unclonable  1.25057e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1534  CDS  NC_009486  1522251  1523543  1293  extracellular solute-binding protein  YP_001245118  unclonable  1.45285e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1611  CDS  NC_009486  1611532  1612788  1257  hypothetical protein  YP_001245193  unclonable  1.38041e-09  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1657  CDS  NC_009486  1652596  1653264  669  rhomboid family protein  YP_001245238  unclonable  1.07341e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1658  CDS  NC_009486  1653269  1654117  849  hypothetical protein  YP_001245239  unclonable  2.94373e-10  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1757  CDS  NC_009486  1758233  1762837  4605  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  YP_001245334  unclonable  2.89734e-05  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_1778  CDS  NC_009486  1784464  1788522  4059  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  YP_001245354  unclonable  1.45479e-05  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0007  tmRNA  NC_009486  403455  403808  354      unclonable  2.81938e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0011  tRNA  NC_009486  432763  432851  89  tRNA-Ser    unclonable  3.56582e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0016  tRNA  NC_009486  461513  461588  76  tRNA-Met    unclonable  1.53982e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0021  tRNA  NC_009486  737048  737123  76  tRNA-Gly    unclonable  9.04393e-12  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0022  tRNA  NC_009486  737135  737211  77  tRNA-Arg    unclonable  8.50812e-12  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0023  tRNA  NC_009486  737222  737297  76  tRNA-His    unclonable  8.59824e-12  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0024  tRNA  NC_009486  737303  737379  77  tRNA-Arg    unclonable  9.2316e-12  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0033  tRNA  NC_009486  1094542  1094632  91  tRNA-Ser    unclonable  1.07313e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Tpet_R0037  tRNA  NC_009486  1223912  1223987  76  tRNA-Lys    unclonable  2.96875e-11  n/a    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>