84 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Rcas_0001  CDS  NC_009767  370  1812  1443  chromosomal replication initiation protein  YP_001430158  decreased coverage  0.000170377  unclonable  6.50471e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0002  CDS  NC_009767  1923  3086  1164  secreted hydrolase-like protein  YP_001430159  decreased coverage  0.000706868  unclonable  5.76659e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0003  CDS  NC_009767  3125  3502  378  thioesterase superfamily protein  YP_001430160  hitchhiker  0.00198303  unclonable  3.1845e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0004  CDS  NC_009767  3540  3965  426  hypothetical protein  YP_001430161  hitchhiker  0.00189642  unclonable  2.99771e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0005  CDS  NC_009767  3966  4196  231  hypothetical protein  YP_001430162  hitchhiker  0.00120037  unclonable  2.60435e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0006  CDS  NC_009767  4259  4687  429  histidine triad (HIT) protein  YP_001430163  hitchhiker  0.0070148  unclonable  2.79381e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0007  CDS  NC_009767  4718  6460  1743  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001430164  normal  0.0296814  unclonable  5.65114e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0066  CDS  NC_009767  81867  83078  1212  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  YP_001430222  unclonable  5.58926e-06  hitchhiker  0.00313159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0073  CDS  NC_009767  90026  91207  1182  hypothetical protein  YP_001430228  unclonable  1.46563e-05  unclonable  1.20063e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0074  CDS  NC_009767  91462  92751  1290  phosphopyruvate hydratase  YP_001430229  decreased coverage  0.00475517  unclonable  1.06415e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0217  CDS  NC_009767  274988  275689  702  hypothetical protein  YP_001430368  unclonable  1.29313e-06  normal  0.202334  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0251  CDS  NC_009767  308356  309870  1515  peptidase M1 membrane alanine aminopeptidase  YP_001430402  unclonable  1.8463e-05  normal  0.187628  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0252  CDS  NC_009767  309959  310615  657  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_001430403  unclonable  1.85636e-06  normal  0.131428  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0360  CDS  NC_009767  443972  445921  1950  hypothetical protein  YP_001430510  unclonable  7.45267e-05  normal  0.932895  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0570  CDS  NC_009767  762152  763159  1008  hypothetical protein  YP_001430717  unclonable  5.87846e-06  normal  0.133035  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0696  CDS  NC_009767  915103  915738  636  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  YP_001430836  unclonable  1.47428e-06  decreased coverage  4.46652e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0824  CDS  NC_009767  1080377  1081684  1308  hypothetical protein  YP_001430959  normal  unclonable  6.98259e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0825  CDS  NC_009767  1083158  1084540  1383  phosphotransferase domain-containing protein  YP_001430960  normal  0.360487  unclonable  1.14157e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0826  CDS  NC_009767  1084820  1085623  804  HpcH/HpaI aldolase  YP_001430961  normal  0.146746  unclonable  6.57155e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0827  CDS  NC_009767  1085707  1086393  687  metal dependent phosphohydrolase  YP_001430962  normal  0.0585865  unclonable  6.12454e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0828  CDS  NC_009767  1086412  1087326  915  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  YP_001430963  normal  0.0186144  unclonable  7.49224e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0829  CDS  NC_009767  1087455  1088735  1281  major facilitator transporter  YP_001430964  unclonable  1.11783e-05  unclonable  7.56922e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0830  CDS  NC_009767  1089724  1090434  711  hypothetical protein  YP_001430965  hitchhiker  2.58366e-05  unclonable  5.42713e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0831  CDS  NC_009767  1090658  1091092  435  hypothetical protein  YP_001430966  hitchhiker  0.000499986  unclonable  4.01336e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0832  CDS  NC_009767  1091275  1092477  1203  hypothetical protein  YP_001430967  hitchhiker  0.00828408  unclonable  6.77471e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0833  CDS  NC_009767  1092597  1094765  2169  multi-sensor signal transduction histidine kinase  YP_001430968  normal  0.357142  unclonable  1.04285e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0834  CDS  NC_009767  1094818  1095498  681  two component transcriptional regulator  YP_001430969  normal  0.6033  unclonable  4.0546e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0835  CDS  NC_009767  1095928  1096521  594  hypothetical protein  YP_001430970  normal  0.911593  unclonable  3.52254e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0836  CDS  NC_009767  1096508  1097116  609  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001430971  normal  0.991618  unclonable  3.12074e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0855  CDS  NC_009767  1118031  1121633  3603  chromosome segregation protein SMC  YP_001430989  unclonable  0.00379552  normal  0.0307887  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0856  CDS  NC_009767  1121758  1123365  1608  phosphodiesterase  YP_001430990  unclonable  3.01712e-05  normal  0.0173757  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0874  CDS  NC_009767  1143339  1143767  429  hypothetical protein  YP_001431008  hitchhiker  0.00504983  unclonable  4.0546e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0875  CDS  NC_009767  1143785  1144630  846  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  YP_001431009  decreased coverage  3.14247e-05  unclonable  5.4829e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0876  CDS  NC_009767  1144775  1145332  558  hypothetical protein  YP_001431010  unclonable  1.3737e-06  unclonable  4.35247e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_0944  CDS  NC_009767  1250240  1251592  1353  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001431076  unclonable  1.32586e-05  normal  0.320448  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1104  CDS  NC_009767  1429947  1430378  432  MraZ protein  YP_001431221  unclonable  7.30324e-07  normal  0.996459  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1533  CDS  NC_009767  1954822  1955847  1026  fatty acid desaturase  YP_001431644  unclonable  6.6309e-06  hitchhiker  0.0056563  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1690  CDS  NC_009767  2178719  2181229  2511  DNA topoisomerase I  YP_001431800  normal  0.0132784  unclonable  2.44427e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1691  CDS  NC_009767  2181774  2182442  669  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  YP_001431801  normal  0.176877  unclonable  7.19685e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1692  CDS  NC_009767  2182439  2183878  1440  pyruvate kinase  YP_001431802  normal  0.309469  unclonable  1.34054e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_1938  CDS  NC_009767  2482311  2482976  666  hypothetical protein  YP_001432045  unclonable  2.66256e-06  unclonable  3.66711e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2131  CDS  NC_009767  2740405  2741562  1158  hypothetical protein  YP_001432234  unclonable  9.80684e-06  normal  0.0372378  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2132  CDS  NC_009767  2741682  2742518  837  hypothetical protein  YP_001432235  unclonable  2.94324e-06  normal  0.0323072  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2169  CDS  NC_009767  2786163  2788628  2466  ATP-dependent protease La  YP_001432271  unclonable  0.000197845  unclonable  1.35432e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2170  CDS  NC_009767  2788758  2790788  2031  Amylo-alpha-16-glucosidase  YP_001432272  unclonable  5.56903e-05  unclonable  1.15329e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2226  CDS  NC_009767  2873088  2875601  2514  putative uncharacterized restriction enzyme  YP_001432327  unclonable  0.000214566  decreased coverage  1.61131e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2274  CDS  NC_009767  2927860  2931207  3348  protease domain-containing protein  YP_001432375  normal  0.0667485  unclonable  2.04116e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2275  CDS  NC_009767  2931960  2932649  690  hypothetical protein  YP_001432376  hitchhiker  0.00081012  unclonable  4.30819e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2276  CDS  NC_009767  2933225  2934475  1251  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001432377  unclonable  1.011e-05  unclonable  6.57155e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2277  CDS  NC_009767  2934626  2937370  2745  peptidase C11 clostripain  YP_001432378  unclonable  0.000811314  hitchhiker  3.50123e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2535  CDS  NC_009767  3269858  3271333  1476  zeta-phytoene desaturase  YP_001432632  decreased coverage  0.00482984  unclonable  4.35247e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2536  CDS  NC_009767  3271810  3272559  750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001432633  decreased coverage  0.00129789  unclonable  2.82251e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2552  CDS  NC_009767  3291621  3292358  738  GntR family transcriptional regulator  YP_001432648  unclonable  2.05206e-06  normal  0.288206  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2935  CDS  NC_009767  3809423  3811498  2076  peptidase S41  YP_001433015  unclonable  7.91887e-05  normal  0.0220512  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2936    NC_009767  3811671  3812060  390      unclonable  5.85968e-07  normal  0.0122865  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_2984  CDS  NC_009767  3868307  3870895  2589  helicase superfamily protein  YP_001433059  unclonable  0.000404432  hitchhiker  0.00167683  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3055  CDS  NC_009767  3958427  3959203  777  methyltransferase type 11  YP_001433127  unclonable  1.4304e-06  normal  0.795222  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3056  CDS  NC_009767  3959469  3960140  672  methyltransferase type 11  YP_001433128  unclonable  7.99279e-07  normal  0.774854  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3057  CDS  NC_009767  3960142  3960822  681  SNARE associated Golgi protein  YP_001433129  unclonable  8.15606e-07  normal  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3642  CDS  NC_009767  4764581  4765648  1068  methyltransferase type 11  YP_001433709  unclonable  5.00593e-06  decreased coverage  7.79954e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3736  CDS  NC_009767  4902666  4903868  1203  hypothetical protein  YP_001433794  hitchhiker  0.00729537  unclonable  3.41691e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3737  CDS  NC_009767  4904936  4905250  315  iojap-like protein  YP_001433795  hitchhiker  6.9668e-06  unclonable  1.98678e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3738  CDS  NC_009767  4905263  4905451  189  hypothetical protein  YP_001433796  hitchhiker  3.55187e-05  unclonable  1.87067e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3739  CDS  NC_009767  4905509  4906381  873  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  YP_001433797  hitchhiker  0.00386146  unclonable  3.21721e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3740  CDS  NC_009767  4906458  4907180  723  alanine racemase domain-containing protein  YP_001433798  hitchhiker  0.0083568  unclonable  3.41691e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3786  CDS  NC_009767  4957812  4959581  1770  aspartyl-tRNA synthetase  YP_001433843  unclonable  1.7207e-05  normal  0.0478066  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_3874  CDS  NC_009767  5066293  5067045  753  DtxR family iron dependent repressor  YP_001433928  unclonable  1.8192e-06  normal  0.124247  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4005  CDS  NC_009767  5214081  5214761  681  nucleoside-triphosphate--adenylate kinase  YP_001434056  unclonable  9.86709e-07  hitchhiker  1.75975e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4031  CDS  NC_009767  5230049  5230483  435  30S ribosomal protein S12  YP_001434082  unclonable  1.29313e-06  hitchhiker  3.34928e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4032  CDS  NC_009767  5230790  5231704  915  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001434083  unclonable  3.93605e-06  hitchhiker  0.000152914  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4060  CDS  NC_009767  5269613  5270596  984  UbiA prenyltransferase  YP_001434110  unclonable  4.22239e-06  normal  0.0105884  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4131  CDS  NC_009767  5346011  5348044  2034  glycosyl transferase family protein  YP_001434181  hitchhiker  0.00103927  unclonable  8.20148e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4132  CDS  NC_009767  5348252  5349199  948  hypothetical protein  YP_001434182  unclonable  6.56345e-06  unclonable  4.0546e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4133    NC_009767  5349594  5351162  1569      unclonable  4.28918e-05  hitchhiker  1.42738e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4170  CDS  NC_009767  5396332  5399847  3516  acriflavin resistance protein  YP_001434219  unclonable  0.00460578  normal  0.0104573  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4176  CDS  NC_009767  5407008  5407778  771  methyltransferase type 11  YP_001434225  unclonable  1.40176e-06  hitchhiker  4.4225e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4177  CDS  NC_009767  5407934  5408581  648  hypothetical protein  YP_001434226  unclonable  1.11276e-06  unclonable  1.83322e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4178  CDS  NC_009767  5408600  5408806  207  hypothetical protein  YP_001434227  hitchhiker  3.39801e-05  unclonable  1.57752e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4179  CDS  NC_009767  5408961  5410016  1056  oxidoreductase molybdopterin binding  YP_001434228  normal  0.0370615  unclonable  2.55221e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4180  CDS  NC_009767  5410020  5410634  615  dephospho-CoA kinase  YP_001434229  normal  0.376004  unclonable  2.02737e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4181  CDS  NC_009767  5410647  5412638  1992  amidohydrolase  YP_001434230  normal  0.748776  unclonable  4.71707e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4278  CDS  NC_009767  5520204  5521124  921  putative undecaprenol kinase  YP_001434323  unclonable  3.18908e-06  normal  0.0359854  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4279  CDS  NC_009767  5521528  5521893  366  hypothetical protein  YP_001434324  unclonable  8.92613e-07  normal  0.0290084  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Rcas_4422  CDS  NC_009767  5684675  5685646  972  aldo/keto reductase  YP_001434456  unclonable  3.70601e-06  normal  0.543562  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>