83 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SaurJH9_0025  CDS  NC_009487  34548  35804  1257  hypothetical protein  YP_001245415  unclonable  5.09485e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0102  CDS  NC_009487  121392  122384  993  periplasmic binding protein  YP_001245485  unclonable  1.4163e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0413  CDS  NC_009487  448656  448952  297  30S ribosomal protein S6  YP_001245795  unclonable  2.59691e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0414  CDS  NC_009487  448973  449476  504  single-strand binding protein  YP_001245796  unclonable  7.19074e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0432  CDS  NC_009487  463592  464548  957  hypothetical protein  YP_001245813  unclonable  7.81133e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0480  CDS  NC_009487  513410  514750  1341  sodium:neurotransmitter symporter  YP_001245860  unclonable  6.96171e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0483  CDS  NC_009487  517299  518327  1029  ABC transporter related  YP_001245863  unclonable  1.12326e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0519  CDS  NC_009487  561551  561853  303  regulatory protein SpoVG  YP_001245899  unclonable  1.18808e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0530  CDS  NC_009487  573358  573759  402  hypothetical protein  YP_001245910  unclonable  4.17558e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0816  CDS  NC_009487  897320  898006  687  micrococcal nuclease  YP_001246194  unclonable  4.05887e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0943  CDS  NC_009487  988146  989462  1317  Na+/H+ antiporter NhaC  YP_001246320  unclonable  8.51242e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_0983  CDS  NC_009487  1035242  1036486  1245  Beta-ketoacyl synthase-like protein  YP_001246360  unclonable  1.62972e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1084  CDS  NC_009487  1127580  1128149  570  ComK family protein  YP_001246461  unclonable  1.07464e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1085  CDS  NC_009487  1128359  1128577  219  hypothetical protein  YP_001246462  unclonable  1.25015e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1086  CDS  NC_009487  1128658  1129644  987  lipoyltransferase and lipoate-protein ligase  YP_001246463  unclonable  3.89692e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1090    NC_009487  1131654  1131935  282      unclonable  3.24392e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1091  CDS  NC_009487  1131979  1133943  1965  bacteriocin-associated integral membrane protein  YP_001246467  unclonable  6.31297e-06  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1092  CDS  NC_009487  1133946  1134266  321  hypothetical protein  YP_001246468  unclonable  5.15862e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1093  CDS  NC_009487  1134263  1134904  642  ABC transporter related  YP_001246469  unclonable  2.70909e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1094  CDS  NC_009487  1134992  1135282  291  hypothetical protein  YP_001246470  unclonable  5.94224e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1095  CDS  NC_009487  1135423  1135560  138  hypothetical protein  YP_001246471  unclonable  2.90295e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1096  CDS  NC_009487  1135649  1136005  357  DoxX family protein  YP_001246472  unclonable  7.04586e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1107  CDS  NC_009487  1146289  1147317  1029  glutamyl endopeptidase  YP_001246483  unclonable  7.6539e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1112  CDS  NC_009487  1150984  1154730  3747  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase., mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase  YP_001246488  unclonable  0.00229916  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1186  CDS  NC_009487  1228272  1228829  558  hypothetical protein  YP_001246562  unclonable  1.52824e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1187  CDS  NC_009487  1228909  1229082  174  50S ribosomal protein L32  YP_001246563  unclonable  3.73536e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1188  CDS  NC_009487  1229236  1231173  1938  cell wall anchor domain-containing protein  YP_001246564  unclonable  5.65327e-06  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1189  CDS  NC_009487  1231376  1232428  1053  cell wall anchor domain-containing protein  YP_001246565  unclonable  1.10062e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1190  CDS  NC_009487  1232637  1233320  684  NEAr transporter  YP_001246566  unclonable  1.9644e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1244  CDS  NC_009487  1288915  1290327  1413  cell division protein FtsA  YP_001246620  unclonable  3.60396e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1245  CDS  NC_009487  1290360  1291532  1173  cell division protein FtsZ  YP_001246621  unclonable  1.30693e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1296  CDS  NC_009487  1346884  1348251  1368  signal recognition particle protein  YP_001246671  unclonable  3.99025e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1297  CDS  NC_009487  1348686  1348961  276  30S ribosomal protein S16  YP_001246672  unclonable  4.3058e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1298  CDS  NC_009487  1349149  1349652  504  16S rRNA-processing protein RimM  YP_001246673  unclonable  1.05261e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1299  CDS  NC_009487  1349652  1350389  738  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001246674  unclonable  3.15088e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1300  CDS  NC_009487  1350492  1350842  351  50S ribosomal protein L19  YP_001246675  unclonable  3.48159e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1301  CDS  NC_009487  1351086  1353692  2607  membrane protein-like protein  YP_001246676  unclonable  8.16869e-05  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1315  CDS  NC_009487  1368659  1369432  774  transcriptional repressor CodY  YP_001246688  unclonable  1.8867e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1316  CDS  NC_009487  1369779  1370546  768  30S ribosomal protein S2  YP_001246689  unclonable  3.15088e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1385  CDS  NC_009487  1445969  1446541  573  thermonuclease  YP_001246755  unclonable  1.28794e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1386  CDS  NC_009487  1446686  1447540  855  hypothetical protein  YP_001246756  unclonable  3.28183e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1394  CDS  NC_009487  1455022  1456476  1455  amino acid permease-associated region  YP_001246764  unclonable  6.2877e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1398  CDS  NC_009487  1459317  1460294  978  guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase  YP_001246768  unclonable  1.85799e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1684  CDS  NC_009487  1782401  1782823  423  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_001247050  unclonable  4.80817e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1687  CDS  NC_009487  1785577  1787343  1767  aspartyl-tRNA synthetase  YP_001247053  unclonable  2.35097e-06  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1739  CDS  NC_009487  1836860  1838353  1494  amino acid permease-associated region  YP_001247105  unclonable  4.99031e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1901  CDS  NC_009487  2025271  2025735  465  XRE family transcriptional regulator  YP_001247262  unclonable  7.5621e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_1912  CDS  NC_009487  2035212  2036669  1458  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001247273  unclonable  2.91813e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2053  CDS  NC_009487  2166852  2167094  243  hypothetical protein  YP_001247412  unclonable  4.17558e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2054  CDS  NC_009487  2167258  2167974  717  putative phage repressor  YP_001247413  unclonable  3.4182e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2055  CDS  NC_009487  2167986  2168840  855  HIRAN  YP_001247414  unclonable  6.78108e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2056  CDS  NC_009487  2168914  2169060  147  hypothetical protein  YP_001247415  unclonable  3.92964e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2057  CDS  NC_009487  2169057  2169242  186  hypothetical protein  YP_001247416  unclonable  5.42695e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2058  CDS  NC_009487  2169313  2169495  183  hypothetical protein  YP_001247417  unclonable  5.37104e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2082  CDS  NC_009487  2194383  2195462  1080  hypothetical protein  YP_001247440  unclonable  1.00553e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2083  CDS  NC_009487  2195766  2196401  636  redox-sensing transcriptional repressor Rex  YP_001247441  unclonable  1.59118e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2118  CDS  NC_009487  2242249  2243769  1521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001247476  unclonable  7.39492e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2126  CDS  NC_009487  2250970  2251617  648  hypothetical protein  YP_001247484  unclonable  2.79259e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2127  CDS  NC_009487  2252530  2253402  873  60 kDa inner membrane insertion protein  YP_001247485  unclonable  8.05212e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2246  CDS  NC_009487  2390713  2391516  804  tRNA pseudouridine synthase A  YP_001247602  unclonable  3.74145e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2274  CDS  NC_009487  2405647  2406480  834  50S ribosomal protein L2  YP_001247630  unclonable  2.99614e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2275  CDS  NC_009487  2406513  2406788  276  50S ribosomal protein L23  YP_001247631  unclonable  2.27953e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2276  CDS  NC_009487  2406788  2407411  624  50S ribosomal protein L4  YP_001247632  unclonable  9.811e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2277  CDS  NC_009487  2407438  2408100  663  50S ribosomal protein L3  YP_001247633  unclonable  1.05261e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2278  CDS  NC_009487  2408128  2408436  309  30S ribosomal protein S10  YP_001247634  unclonable  2.04136e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2340  CDS  NC_009487  2471540  2472919  1380  amino acid permease-associated region  YP_001247696  unclonable  4.88972e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2341  CDS  NC_009487  2473199  2473555  357  hypothetical protein  YP_001247697  unclonable  5.82251e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2403  CDS  NC_009487  2535093  2536535  1443  PTS system, sucrose-specific IIBC subunit  YP_001247759  unclonable  8.60113e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2404  CDS  NC_009487  2536718  2537101  384  hypothetical protein  YP_001247760  unclonable  1.39622e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2427  CDS  NC_009487  2563401  2564225  825  formate/nitrite transporter  YP_001247782  unclonable  4.01704e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2466  CDS  NC_009487  2603256  2605085  1830  hypothetical protein  YP_001247819  unclonable  3.41492e-06  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2476  CDS  NC_009487  2615114  2615713  600  hypothetical protein  YP_001247829  unclonable  1.34099e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2477  CDS  NC_009487  2615893  2617530  1638  amino acid permease-associated region  YP_001247830  unclonable  8.17564e-07  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2483  CDS  NC_009487  2623946  2624212  267  addiction module antitoxin  YP_001247836  unclonable  3.73536e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_2547  CDS  NC_009487  2695774  2696766  993  D-lactate dehydrogenase  YP_001247900  unclonable  8.30333e-08  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0010  tRNA  NC_009487  584986  585061  76  tRNA-Thr    unclonable  4.09146e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0011  tRNA  NC_009487  585068  585140  73  tRNA-Lys    unclonable  3.44573e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0012  tRNA  NC_009487  585174  585248  75  tRNA-Gly    unclonable  3.11563e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0013  tRNA  NC_009487  585256  585344  89  tRNA-Leu    unclonable  2.93316e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0014  tRNA  NC_009487  585350  585426  77  tRNA-Arg    unclonable  2.81617e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0015  tRNA  NC_009487  585447  585520  74  tRNA-Pro    unclonable  2.78716e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0016  tRNA  NC_009487  585544  585619  76  tRNA-Ala    unclonable  2.67693e-09  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
SaurJH9_R0017  rRNA  NC_009487  585740  587294  1555  16S ribosomal RNA    unclonable  1.0305e-06  n/a    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>