168 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
RoseRS_0001  CDS  NC_009523  415  1860  +  1446  chromosomal replication initiation protein  YP_001274394  unclonable  0.00000056365  unclonable  0.0000112062  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0002  CDS  NC_009523  2021  3196  +  1176  class II aldolase/adducin family protein  YP_001274395  normal  0.0529715  unclonable  0.0000097128  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0003  CDS  NC_009523  3243  3956  +  714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001274396  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0191  CDS  NC_009523  237364  238572  +  1209  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001274577  unclonable  0.000000166048  decreased coverage  0.00192271  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0258  CDS  NC_009523  327630  327959  +  330  XRE family transcriptional regulator  YP_001274644  unclonable  0.00000000138252  normal  0.0122449  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0271  CDS  NC_009523  343703  345277  +  1575  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001274656  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0272    NC_009523  345904  346263  +  360      normal  0.176503  unclonable  0.00000792317  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0273  CDS  NC_009523  346256  347299  +  1044  hypothetical protein  YP_001274657  normal  0.214242  unclonable  0.0000101179  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0274  CDS  NC_009523  347289  347579  +  291  DNA polymerase beta subunit  YP_001274658  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0275  CDS  NC_009523  347661  347942  +  282  hypothetical protein  YP_001274659  normal  0.270958  unclonable  0.00000842033  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0276  CDS  NC_009523  348028  349191  +  1164  filamentation induced by cAMP protein Fic  YP_001274660  normal  0.475066  unclonable  0.0000132219  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0277    NC_009523  349230  351467  +  2238      normal  1  unclonable  0.0000179844  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0278    NC_009523  350267  351046  +  780      normal  0.61153  unclonable  0.0000104282  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0279  CDS  NC_009523  351461  355276  +  3816  hypothetical protein  YP_001274661  normal  0.0426649  unclonable  0.0000349797  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0280  CDS  NC_009523  355485  356474  +  990  death-on-curing protein  YP_001274662  normal  1  unclonable  0.0000133606  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0281  CDS  NC_009523  356471  359557  +  3087  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  YP_001274663  normal  1  unclonable  0.0000241298  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0369  CDS  NC_009523  468315  470489  -  2175  hydrolase  YP_001274750  normal  1  unclonable  0.0000218288  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0370  CDS  NC_009523  470744  471796  -  1053  hypothetical protein  YP_001274751  normal  0.0146406  unclonable  0.0000143605  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0371  CDS  NC_009523  472080  473132  +  1053  nuclease  YP_001274752  unclonable  0.000000121604  unclonable  0.0000145112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0443    NC_009523  562774  564481  -  1708      unclonable  0.00000207672  normal  0.0506116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0461  CDS  NC_009523  585367  588327  -  2961  helicase domain-containing protein  YP_001274836  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0462  CDS  NC_009523  588443  588751  -  309  hypothetical protein  YP_001274837  normal  0.602139  unclonable  0.00000981253  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0463  CDS  NC_009523  588748  590922  -  2175  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001274838  normal  1  unclonable  0.0000181731  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0464  CDS  NC_009523  590923  591708  -  786  transcriptional regulator, TrmB  YP_001274839  normal  0.872456  unclonable  0.00001282  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0465  CDS  NC_009523  591861  593261  +  1401  type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase  YP_001274840  normal  0.267369  unclonable  0.000014976  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0466  CDS  NC_009523  593252  594160  +  909  glycosyl transferase family protein  YP_001274841  normal  0.0600433  unclonable  0.0000113237  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0467  CDS  NC_009523  594157  595086  +  930  methyltransferase type 11  YP_001274842  normal  0.167206  unclonable  0.0000104282  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0468  CDS  NC_009523  595099  595914  +  816  methyltransferase type 11  YP_001274843  normal  0.0745455  unclonable  0.0000106435  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0470  CDS  NC_009523  597504  599183  +  1680  type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase  YP_001274845  unclonable  0.00000156785  hitchhiker  0.00144539  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0471  CDS  NC_009523  599305  600840  +  1536  hypothetical protein  YP_001274846  unclonable  0.000000504828  hitchhiker  0.00568147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0592  CDS  NC_009523  740337  741470  +  1134  permease  YP_001274964  normal  0.568348  unclonable  0.00000859412  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0593  CDS  NC_009523  741574  742038  -  465  ferric uptake regulator family protein  YP_001274965  normal  0.211078  unclonable  0.00000627235  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0594  CDS  NC_009523  742137  742871  +  735  hypothetical protein  YP_001274966  normal  0.0863941  unclonable  0.00000715537  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0595  CDS  NC_009523  742964  743650  +  687  CRP/FNR family transcriptional regulator  YP_001274967  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0596  CDS  NC_009523  743964  745370  +  1407  hypothetical protein  YP_001274968  normal  0.0539689  unclonable  0.00000913537  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0597  CDS  NC_009523  745374  746573  +  1200  hypothetical protein  YP_001274969  hitchhiker  0.0000441286  unclonable  0.00000859412  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0598  CDS  NC_009523  746839  747408  +  570  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001274970  unclonable  0.0000000122537  unclonable  0.00000659676  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0599  CDS  NC_009523  747680  748003  -  324  hypothetical protein  YP_001274971  unclonable  0.00000000323945  unclonable  0.00000640043  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0600  CDS  NC_009523  748643  748909  -  267  30S ribosomal protein S18  YP_001274972  unclonable  0.00000000175941  unclonable  0.00000679911  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0601  CDS  NC_009523  748906  749181  -  276  ribosomal protein L28  YP_001274973  unclonable  0.0000000015913  unclonable  0.00000708114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0602  CDS  NC_009523  749205  749438  -  234  hypothetical protein  YP_001274974  unclonable  0.00000000114279  unclonable  0.00000723038  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0603  CDS  NC_009523  749562  750428  +  867  methyltransferase type 11  YP_001274975  hitchhiker  0.0000027512  unclonable  0.00000842033  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0742  CDS  NC_009523  919837  920970  -  1134  hypothetical protein  YP_001275108  unclonable  0.00000011109  hitchhiker  0.00505908  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0751  CDS  NC_009523  930029  931086  +  1058  transposase, IS4 family protein  YP_001275117  unclonable  0.0000000459793  hitchhiker  0.00109121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0829  CDS  NC_009523  1030174  1031685  -  1512  aldehyde dehydrogenase  YP_001275193  normal  0.0391046  unclonable  0.0000197255  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0830  CDS  NC_009523  1031844  1032323  +  480  hypothetical protein  YP_001275194  normal  0.0563869  unclonable  0.0000109748  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0831  CDS  NC_009523  1032440  1033261  -  822  parB-like partition protein  YP_001275195  normal  0.0219556  unclonable  0.000011796  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0832  CDS  NC_009523  1034230  1034526  -  297  hypothetical protein  YP_001275196  unclonable  0.00000000167324  unclonable  0.000011796  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0833  CDS  NC_009523  1034765  1035415  -  651  hypothetical protein  YP_001275197  hitchhiker  0.000000130243  unclonable  0.0000136364  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0834  CDS  NC_009523  1035514  1036571  +  1058  transposase, IS4 family protein  YP_001275198  hitchhiker  0.000000820934  unclonable  0.0000181731  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0835  CDS  NC_009523  1036755  1037648  -  894  hypothetical protein  YP_001275199  hitchhiker  0.0000250053  unclonable  0.0000201328  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0836  CDS  NC_009523  1037790  1038584  -  795  hypothetical protein  YP_001275200  hitchhiker  0.00236993  unclonable  0.0000189313  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0837  CDS  NC_009523  1038674  1039426  -  753  hypothetical protein  YP_001275201  hitchhiker  0.00523358  unclonable  0.0000183638  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0887  CDS  NC_009523  1101214  1102404  -  1191  PUA domain-containing protein  YP_001275249  normal  0.201837  unclonable  0.0000193307  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0888  CDS  NC_009523  1102534  1103217  -  684  hypothetical protein  YP_001275250  normal  0.286544  unclonable  0.0000165799  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0889  CDS  NC_009523  1103378  1104643  +  1266  hypothetical protein  YP_001275251  normal  0.465797  unclonable  0.0000191257  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0890    NC_009523  1104903  1105061  +  159      normal  0.023767  unclonable  0.0000119274  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0891    NC_009523  1105106  1105912  +  807      hitchhiker  0.000765218  unclonable  0.0000148237  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0892  CDS  NC_009523  1105992  1108082  +  2091  WD-40 repeat-containing protein  YP_001275252  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0893  CDS  NC_009523  1108788  1109885  -  1098  hypothetical protein  YP_001275253  normal  0.720634  unclonable  0.0000129544  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0894  CDS  NC_009523  1109969  1110814  +  846  hypothetical protein  YP_001275254  normal  1  unclonable  0.000012433  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0895    NC_009523  1110921  1111286  +  366      normal  1  unclonable  0.0000120526  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0896  CDS  NC_009523  1111474  1111719  -  246  hypothetical protein  YP_001275255  normal  1  unclonable  0.0000110923  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0897  CDS  NC_009523  1111934  1112140  -  207  hypothetical protein  YP_001275256  normal  1  unclonable  0.0000123013  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0898  CDS  NC_009523  1112137  1112442  -  306  hypothetical protein  YP_001275257  normal  0.989039  unclonable  0.0000126897  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0899  CDS  NC_009523  1112592  1112942  -  351  hypothetical protein  YP_001275258  normal  0.84236  unclonable  0.000014673  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0900  CDS  NC_009523  1112923  1113234  -  312  DNA polymerase beta subunit  YP_001275259  normal  1  unclonable  0.000013918  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0901  CDS  NC_009523  1113479  1113736  -  258  hypothetical protein  YP_001275260  normal  1  unclonable  0.0000132219  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1097  CDS  NC_009523  1365717  1370963  -  5247  large extracellular alpha-helical protein-like protein  YP_001275455  normal  1  unclonable  0.0000683737  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1098  CDS  NC_009523  1371053  1372252  -  1200  glycosyl transferase, group 1  YP_001275456  normal  1  unclonable  0.0000174452  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1099  CDS  NC_009523  1372348  1374966  -  2619  glycosyl transferase family protein  YP_001275457  normal  1  unclonable  0.0000342795  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1100  CDS  NC_009523  1375091  1376977  -  1887  glycosyl transferase family protein  YP_001275458  normal  1  unclonable  0.0000283415  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1101  CDS  NC_009523  1377116  1378750  -  1635  hypothetical protein  YP_001275459  unclonable  0.000000465814  unclonable  0.0000243777  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1148  CDS  NC_009523  1433174  1433893  -  720  primosome, DnaD subunit  YP_001275505  unclonable  0.0000000149796  decreased coverage  0.00111014  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1164  CDS  NC_009523  1443995  1444675  -  681  nucleoside-triphosphate--adenylate kinase  YP_001275521  unclonable  0.0000000123796  normal  0.099888  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1392  CDS  NC_009523  1701958  1702581  -  624  hypothetical protein  YP_001275742  decreased coverage  0.0000000986889  unclonable  0.00000859412  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1393  CDS  NC_009523  1702602  1703030  -  429  TadE family protein  YP_001275743  decreased coverage  0.0000000426497  unclonable  0.00000776129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1394  CDS  NC_009523  1703034  1703504  -  471  TadE family protein  YP_001275744  decreased coverage  0.0000000383988  unclonable  0.00000800451  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1395  CDS  NC_009523  1703587  1703829  -  243  hypothetical protein  YP_001275745  decreased coverage  0.000000014782  unclonable  0.00000760434  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1404  CDS  NC_009523  1711608  1712918  -  1311  hypothetical protein  YP_001275754  unclonable  0.000000355362  hitchhiker  0.00105308  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1810  CDS  NC_009523  2234877  2235503  +  627  hypothetical protein  YP_001276150  unclonable  0.0000000127593  normal  0.0100357  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1811  CDS  NC_009523  2235558  2237066  -  1509  phytoene dehydrogenase-related protein  YP_001276151  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1912  CDS  NC_009523  2374082  2375455  -  1374  PUCC protein  YP_001276251  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1913  CDS  NC_009523  2377314  2378282  -  969  hypothetical protein  YP_001276252  unclonable  0.0000000437181  unclonable  0.0000086861  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1914  CDS  NC_009523  2378366  2379235  -  870  alpha/beta hydrolase fold  YP_001276253  hitchhiker  0.0000204003  unclonable  0.0000086861  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1915  CDS  NC_009523  2379369  2381072  +  1704  WD40 domain-containing protein  YP_001276254  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2539  CDS  NC_009523  3134439  3137348  -  2910  helicase domain-containing protein  YP_001276865  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2780  CDS  NC_009523  3466802  3467698  -  897  luciferase family protein  YP_001277101  unclonable  0.0000000437181  normal  1  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2821  CDS  NC_009523  3515401  3516468  -  1068  parB-like partition protein  YP_001277142  unclonable  0.000000101463  normal  1  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2826  CDS  NC_009523  3520282  3522348  -  2067  TAP domain-containing protein  YP_001277145  unclonable  0.00000578424  normal  1  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2832  CDS  NC_009523  3534196  3534339  -  144  hypothetical protein  YP_001277151  unclonable  0.00000000145402  normal  1  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2921  CDS  NC_009523  3655657  3658263  -  2607  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001277239  unclonable  0.0000944502  normal  1  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3070  CDS  NC_009523  3857361  3858308  -  948  periplasmic solute binding protein  YP_001277383  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3076  CDS  NC_009523  3865082  3865354  -  273  30S ribosomal protein S20  YP_001277389  unclonable  0.00000000126326  hitchhiker  0.00230121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3113  CDS  NC_009523  3910455  3911702  +  1248  cysteine desulfurase family protein  YP_001277426  unclonable  0.000000139968  hitchhiker  0.00618461  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3114  CDS  NC_009523  3912204  3913253  +  1050  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001277427  unclonable  0.000000106711  hitchhiker  0.00595378  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3115  CDS  NC_009523  3914222  3915895  -  1674  CTP synthetase  YP_001277428  unclonable  0.00000124409  hitchhiker  0.00148298  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3117  CDS  NC_009523  3916806  3917495  -  690  regulatory protein RecX  YP_001277430  hitchhiker  0.00000463252  unclonable  0.0000145112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3118  CDS  NC_009523  3917502  3918563  -  1062  recombinase A  YP_001277431  hitchhiker  0.00000163831  unclonable  0.0000179844  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3119  CDS  NC_009523  3918777  3919685  -  909  peptidase C60, sortase A and B  YP_001277432  decreased coverage  0.0000120301  unclonable  0.0000160759  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>