168 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
RoseRS_0001  CDS  NC_009523  415  1860  1446  chromosomal replication initiation protein  YP_001274394  unclonable  5.6365e-07  unclonable  1.12062e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0002  CDS  NC_009523  2021  3196  1176  class II aldolase/adducin family protein  YP_001274395  normal  0.0529715  unclonable  9.7128e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0003  CDS  NC_009523  3243  3956  714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001274396  normal  0.419442  unclonable  8.16972e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0191  CDS  NC_009523  237364  238572  1209  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001274577  unclonable  1.66048e-07  decreased coverage  0.00192271  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0258  CDS  NC_009523  327630  327959  330  XRE family transcriptional regulator  YP_001274644  unclonable  1.38252e-09  normal  0.0122449  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0271  CDS  NC_009523  343703  345277  1575  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_001274656  normal  0.353808  unclonable  1.23013e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0272    NC_009523  345904  346263  360      normal  0.176503  unclonable  7.92317e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0273  CDS  NC_009523  346256  347299  1044  hypothetical protein  YP_001274657  normal  0.214242  unclonable  1.01179e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0274  CDS  NC_009523  347289  347579  291  DNA polymerase beta subunit  YP_001274658  normal  0.122937  unclonable  8.00451e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0275  CDS  NC_009523  347661  347942  282  hypothetical protein  YP_001274659  normal  0.270958  unclonable  8.42033e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0276  CDS  NC_009523  348028  349191  1164  filamentation induced by cAMP protein Fic  YP_001274660  normal  0.475066  unclonable  1.32219e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0277    NC_009523  349230  351467  2238      normal  unclonable  1.79844e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0278    NC_009523  350267  351046  780      normal  0.61153  unclonable  1.04282e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0279  CDS  NC_009523  351461  355276  3816  hypothetical protein  YP_001274661  normal  0.0426649  unclonable  3.49797e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0280  CDS  NC_009523  355485  356474  990  death-on-curing protein  YP_001274662  normal  unclonable  1.33606e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0281  CDS  NC_009523  356471  359557  3087  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  YP_001274663  normal  unclonable  2.41298e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0369  CDS  NC_009523  468315  470489  2175  hydrolase  YP_001274750  normal  unclonable  2.18288e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0370  CDS  NC_009523  470744  471796  1053  hypothetical protein  YP_001274751  normal  0.0146406  unclonable  1.43605e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0371  CDS  NC_009523  472080  473132  1053  nuclease  YP_001274752  unclonable  1.21604e-07  unclonable  1.45112e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0443    NC_009523  562774  564481  1708      unclonable  2.07672e-06  normal  0.0506116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0461  CDS  NC_009523  585367  588327  2961  helicase domain-containing protein  YP_001274836  normal  0.838477  unclonable  2.48811e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0462  CDS  NC_009523  588443  588751  309  hypothetical protein  YP_001274837  normal  0.602139  unclonable  9.81253e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0463  CDS  NC_009523  588748  590922  2175  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001274838  normal  unclonable  1.81731e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0464  CDS  NC_009523  590923  591708  786  transcriptional regulator, TrmB  YP_001274839  normal  0.872456  unclonable  1.282e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0465  CDS  NC_009523  591861  593261  1401  type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase  YP_001274840  normal  0.267369  unclonable  1.4976e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0466  CDS  NC_009523  593252  594160  909  glycosyl transferase family protein  YP_001274841  normal  0.0600433  unclonable  1.13237e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0467  CDS  NC_009523  594157  595086  930  methyltransferase type 11  YP_001274842  normal  0.167206  unclonable  1.04282e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0468  CDS  NC_009523  595099  595914  816  methyltransferase type 11  YP_001274843  normal  0.0745455  unclonable  1.06435e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0470  CDS  NC_009523  597504  599183  1680  type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase  YP_001274845  unclonable  1.56785e-06  hitchhiker  0.00144539  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0471  CDS  NC_009523  599305  600840  1536  hypothetical protein  YP_001274846  unclonable  5.04828e-07  hitchhiker  0.00568147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0592  CDS  NC_009523  740337  741470  1134  permease  YP_001274964  normal  0.568348  unclonable  8.59412e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0593  CDS  NC_009523  741574  742038  465  ferric uptake regulator family protein  YP_001274965  normal  0.211078  unclonable  6.27235e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0594  CDS  NC_009523  742137  742871  735  hypothetical protein  YP_001274966  normal  0.0863941  unclonable  7.15537e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0595  CDS  NC_009523  742964  743650  687  CRP/FNR family transcriptional regulator  YP_001274967  normal  0.130469  unclonable  7.08114e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0596  CDS  NC_009523  743964  745370  1407  hypothetical protein  YP_001274968  normal  0.0539689  unclonable  9.13537e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0597  CDS  NC_009523  745374  746573  1200  hypothetical protein  YP_001274969  hitchhiker  4.41286e-05  unclonable  8.59412e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0598  CDS  NC_009523  746839  747408  570  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001274970  unclonable  1.22537e-08  unclonable  6.59676e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0599  CDS  NC_009523  747680  748003  324  hypothetical protein  YP_001274971  unclonable  3.23945e-09  unclonable  6.40043e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0600  CDS  NC_009523  748643  748909  267  30S ribosomal protein S18  YP_001274972  unclonable  1.75941e-09  unclonable  6.79911e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0601  CDS  NC_009523  748906  749181  276  ribosomal protein L28  YP_001274973  unclonable  1.5913e-09  unclonable  7.08114e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0602  CDS  NC_009523  749205  749438  234  hypothetical protein  YP_001274974  unclonable  1.14279e-09  unclonable  7.23038e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0603  CDS  NC_009523  749562  750428  867  methyltransferase type 11  YP_001274975  hitchhiker  2.7512e-06  unclonable  8.42033e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0742  CDS  NC_009523  919837  920970  1134  hypothetical protein  YP_001275108  unclonable  1.1109e-07  hitchhiker  0.00505908  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0751  CDS  NC_009523  930029  931086  1058  transposase, IS4 family protein  YP_001275117  unclonable  4.59793e-08  hitchhiker  0.00109121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0829  CDS  NC_009523  1030174  1031685  1512  aldehyde dehydrogenase  YP_001275193  normal  0.0391046  unclonable  1.97255e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0830  CDS  NC_009523  1031844  1032323  480  hypothetical protein  YP_001275194  normal  0.0563869  unclonable  1.09748e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0831  CDS  NC_009523  1032440  1033261  822  parB-like partition protein  YP_001275195  normal  0.0219556  unclonable  1.1796e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0832  CDS  NC_009523  1034230  1034526  297  hypothetical protein  YP_001275196  unclonable  1.67324e-09  unclonable  1.1796e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0833  CDS  NC_009523  1034765  1035415  651  hypothetical protein  YP_001275197  hitchhiker  1.30243e-07  unclonable  1.36364e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0834  CDS  NC_009523  1035514  1036571  1058  transposase, IS4 family protein  YP_001275198  hitchhiker  8.20934e-07  unclonable  1.81731e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0835  CDS  NC_009523  1036755  1037648  894  hypothetical protein  YP_001275199  hitchhiker  2.50053e-05  unclonable  2.01328e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0836  CDS  NC_009523  1037790  1038584  795  hypothetical protein  YP_001275200  hitchhiker  0.00236993  unclonable  1.89313e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0837  CDS  NC_009523  1038674  1039426  753  hypothetical protein  YP_001275201  hitchhiker  0.00523358  unclonable  1.83638e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0887  CDS  NC_009523  1101214  1102404  1191  PUA domain-containing protein  YP_001275249  normal  0.201837  unclonable  1.93307e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0888  CDS  NC_009523  1102534  1103217  684  hypothetical protein  YP_001275250  normal  0.286544  unclonable  1.65799e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0889  CDS  NC_009523  1103378  1104643  1266  hypothetical protein  YP_001275251  normal  0.465797  unclonable  1.91257e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0890    NC_009523  1104903  1105061  159      normal  0.023767  unclonable  1.19274e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0891    NC_009523  1105106  1105912  807      hitchhiker  0.000765218  unclonable  1.48237e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0892  CDS  NC_009523  1105992  1108082  2091  WD-40 repeat-containing protein  YP_001275252  decreased coverage  0.000103056  unclonable  2.05441e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0893  CDS  NC_009523  1108788  1109885  1098  hypothetical protein  YP_001275253  normal  0.720634  unclonable  1.29544e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0894  CDS  NC_009523  1109969  1110814  846  hypothetical protein  YP_001275254  normal  unclonable  1.2433e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0895    NC_009523  1110921  1111286  366      normal  unclonable  1.20526e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0896  CDS  NC_009523  1111474  1111719  246  hypothetical protein  YP_001275255  normal  unclonable  1.10923e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0897  CDS  NC_009523  1111934  1112140  207  hypothetical protein  YP_001275256  normal  unclonable  1.23013e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0898  CDS  NC_009523  1112137  1112442  306  hypothetical protein  YP_001275257  normal  0.989039  unclonable  1.26897e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0899  CDS  NC_009523  1112592  1112942  351  hypothetical protein  YP_001275258  normal  0.84236  unclonable  1.4673e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0900  CDS  NC_009523  1112923  1113234  312  DNA polymerase beta subunit  YP_001275259  normal  unclonable  1.3918e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_0901  CDS  NC_009523  1113479  1113736  258  hypothetical protein  YP_001275260  normal  unclonable  1.32219e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1097  CDS  NC_009523  1365717  1370963  5247  large extracellular alpha-helical protein-like protein  YP_001275455  normal  unclonable  6.83737e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1098  CDS  NC_009523  1371053  1372252  1200  glycosyl transferase, group 1  YP_001275456  normal  unclonable  1.74452e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1099  CDS  NC_009523  1372348  1374966  2619  glycosyl transferase family protein  YP_001275457  normal  unclonable  3.42795e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1100  CDS  NC_009523  1375091  1376977  1887  glycosyl transferase family protein  YP_001275458  normal  unclonable  2.83415e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1101  CDS  NC_009523  1377116  1378750  1635  hypothetical protein  YP_001275459  unclonable  4.65814e-07  unclonable  2.43777e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1148  CDS  NC_009523  1433174  1433893  720  primosome, DnaD subunit  YP_001275505  unclonable  1.49796e-08  decreased coverage  0.00111014  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1164  CDS  NC_009523  1443995  1444675  681  nucleoside-triphosphate--adenylate kinase  YP_001275521  unclonable  1.23796e-08  normal  0.099888  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1392  CDS  NC_009523  1701958  1702581  624  hypothetical protein  YP_001275742  decreased coverage  9.86889e-08  unclonable  8.59412e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1393  CDS  NC_009523  1702602  1703030  429  TadE family protein  YP_001275743  decreased coverage  4.26497e-08  unclonable  7.76129e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1394  CDS  NC_009523  1703034  1703504  471  TadE family protein  YP_001275744  decreased coverage  3.83988e-08  unclonable  8.00451e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1395  CDS  NC_009523  1703587  1703829  243  hypothetical protein  YP_001275745  decreased coverage  1.4782e-08  unclonable  7.60434e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1404  CDS  NC_009523  1711608  1712918  1311  hypothetical protein  YP_001275754  unclonable  3.55362e-07  hitchhiker  0.00105308  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1810  CDS  NC_009523  2234877  2235503  627  hypothetical protein  YP_001276150  unclonable  1.27593e-08  normal  0.0100357  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1811  CDS  NC_009523  2235558  2237066  1509  phytoene dehydrogenase-related protein  YP_001276151  unclonable  6.42179e-07  normal  0.0141145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1912  CDS  NC_009523  2374082  2375455  1374  PUCC protein  YP_001276251  normal  0.199112  unclonable  1.23013e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1913  CDS  NC_009523  2377314  2378282  969  hypothetical protein  YP_001276252  unclonable  4.37181e-08  unclonable  8.6861e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1914  CDS  NC_009523  2378366  2379235  870  alpha/beta hydrolase fold  YP_001276253  hitchhiker  2.04003e-05  unclonable  8.6861e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_1915  CDS  NC_009523  2379369  2381072  1704  WD40 domain-containing protein  YP_001276254  hitchhiker  0.00146751  unclonable  1.19274e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2539  CDS  NC_009523  3134439  3137348  2910  helicase domain-containing protein  YP_001276865  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2780  CDS  NC_009523  3466802  3467698  897  luciferase family protein  YP_001277101  unclonable  4.37181e-08  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2821  CDS  NC_009523  3515401  3516468  1068  parB-like partition protein  YP_001277142  unclonable  1.01463e-07  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2826  CDS  NC_009523  3520282  3522348  2067  TAP domain-containing protein  YP_001277145  unclonable  5.78424e-06  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2832  CDS  NC_009523  3534196  3534339  144  hypothetical protein  YP_001277151  unclonable  1.45402e-09  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_2921  CDS  NC_009523  3655657  3658263  2607  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001277239  unclonable  9.44502e-05  normal  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3070  CDS  NC_009523  3857361  3858308  948  periplasmic solute binding protein  YP_001277383  unclonable  1.01463e-07  hitchhiker  0.00347584  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3076  CDS  NC_009523  3865082  3865354  273  30S ribosomal protein S20  YP_001277389  unclonable  1.26326e-09  hitchhiker  0.00230121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3113  CDS  NC_009523  3910455  3911702  1248  cysteine desulfurase family protein  YP_001277426  unclonable  1.39968e-07  hitchhiker  0.00618461  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3114  CDS  NC_009523  3912204  3913253  1050  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001277427  unclonable  1.06711e-07  hitchhiker  0.00595378  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3115  CDS  NC_009523  3914222  3915895  1674  CTP synthetase  YP_001277428  unclonable  1.24409e-06  hitchhiker  0.00148298  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3117  CDS  NC_009523  3916806  3917495  690  regulatory protein RecX  YP_001277430  hitchhiker  4.63252e-06  unclonable  1.45112e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3118  CDS  NC_009523  3917502  3918563  1062  recombinase A  YP_001277431  hitchhiker  1.63831e-06  unclonable  1.79844e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
RoseRS_3119  CDS  NC_009523  3918777  3919685  909  peptidase C60, sortase A and B  YP_001277432  decreased coverage  1.20301e-05  unclonable  1.60759e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>