64 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
YpsIP31758_0302  CDS  NC_009708  350366  352012  1647  glucose-6-phosphate isomerase  YP_001399296  unclonable  1.19722e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_0490  CDS  NC_009708  563869  565170  1302  putative hexuronate MFS transporter ExuT  YP_001399483  unclonable  2.40951e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1098  CDS  NC_009708  1299568  1300095  528  replication initiation regulator SeqA  YP_001400079  unclonable  1.2385e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1160  CDS  NC_009708  1364929  1365468  540  attachment invasion locus protein  YP_001400141  unclonable  6.92969e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1193  CDS  NC_009708  1404750  1406126  1377  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_001400174  unclonable  7.10806e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1212  CDS  NC_009708  1423258  1424655  1398  multidrug efflux system protein MdtE  YP_001400193  unclonable  4.5282e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1313  CDS  NC_009708  1538840  1539523  684  transcriptional regulatory protein CpxR  YP_001400292  unclonable  5.18695e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1314  CDS  NC_009708  1539549  1540898  1350  sensor histidine kinase CpxA  YP_001400293  unclonable  2.20791e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1315  CDS  NC_009708  1541081  1541590  510  PTS system glucose-specific transporter subunit  YP_001400294  unclonable  3.20528e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1316  CDS  NC_009708  1541639  1543366  1728  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  YP_001400295  unclonable  1.59263e-15  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1320  CDS  NC_009708  1546282  1547265  984  cell division protein ZipA  YP_001400299  unclonable  2.80007e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1325  CDS  NC_009708  1551458  1552873  1416  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001400304  unclonable  1.99689e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1499  CDS  NC_009708  1740913  1741410  498  acetyltransferase  YP_001400477  unclonable  5.02186e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1500  CDS  NC_009708  1741426  1742313  888  threonine and homoserine efflux system  YP_001400478  unclonable  3.6519e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1501  CDS  NC_009708  1742718  1743242  525  outer membrane protein X  YP_001400479  unclonable  4.02654e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1578  CDS  NC_009708  1835696  1836430  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001400555  unclonable  2.95818e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1579  CDS  NC_009708  1836584  1836820  237  acyl carrier protein  YP_001400556  unclonable  2.86341e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1580  CDS  NC_009708  1836915  1838156  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001400557  unclonable  5.10668e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1748  CDS  NC_009708  2022697  2022933  237  major outer membrane lipoprotein  YP_001400723  unclonable  1.4636e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1749  CDS  NC_009708  2023254  2024666  1413  pyruvate kinase  YP_001400724  unclonable  7.39981e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1764  CDS  NC_009708  2040892  2042529  1638  putative cell division protein  YP_001400739  unclonable  2.95541e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_1765  CDS  NC_009708  2042577  2042942  366  hypothetical protein  YP_001400740  unclonable  5.55498e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2067  CDS  NC_009708  2381660  2382922  1263  glutamyl-tRNA reductase  YP_001401040  unclonable  3.85694e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2250  CDS  NC_009708  2555953  2556969  1017  phage integrase family site specific recombinase  YP_001401219  unclonable  6.15088e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2251  CDS  NC_009708  2557551  2558099  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001401220  unclonable  6.52175e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2376  CDS  NC_009708  2678504  2679343  840  23S rRNA methyltransferase A  YP_001401345  unclonable  9.47252e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2377  CDS  NC_009708  2679739  2680512  774  hypothetical protein  YP_001401346  unclonable  7.52116e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2542  CDS  NC_009708  2874125  2875198  1074  outer membrane protein A  YP_001401507  unclonable  9.37616e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2543  CDS  NC_009708  2875337  2875846  510  IS1541, transposase  YP_001401508  unclonable  3.8293e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2544  CDS  NC_009708  2876015  2876470  456  hypothetical protein  YP_001401509  unclonable  3.10259e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2545  CDS  NC_009708  2876681  2878432  1752  hypothetical protein  YP_001401510  unclonable  2.89623e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2546  CDS  NC_009708  2878501  2879019  519  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_001401511  unclonable  5.22914e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2596  CDS  NC_009708  2948829  2952761  3933  DNA translocase FtsK  YP_001401561  unclonable  5.51266e-11  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2635  CDS  NC_009708  2990087  2991178  1092  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  YP_001401600  unclonable  3.97529e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2866  CDS  NC_009708  3236357  3237166  810  tol-pal system protein YbgF  YP_001401829  unclonable  4.8827e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2867  CDS  NC_009708  3237176  3237682  507  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  YP_001401830  unclonable  6.8592e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2887  CDS  NC_009708  3258644  3259222  579  heat shock protein GrpE  YP_001401850  unclonable  6.65498e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2888  CDS  NC_009708  3259346  3260227  882  inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase  YP_001401851  unclonable  3.43845e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2901  CDS  NC_009708  3268615  3269142  528  flavodoxin FldA  YP_001401863  unclonable  4.63473e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_2952  CDS  NC_009708  3324506  3325708  1203  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction A  YP_001401914  unclonable  2.01213e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3016  CDS  NC_009708  3394959  3395681  723  UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase  YP_001401976  unclonable  1.63906e-18  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3069  CDS  NC_009708  3457724  3457984  261  50S ribosomal protein L31 type B  YP_001402029  unclonable  3.10259e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3087  CDS  NC_009708  3475574  3476020  447  putative competence protein ComEA  YP_001402047  unclonable  5.07347e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3088  CDS  NC_009708  3476160  3478046  1887  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  YP_001402048  unclonable  1.03508e-15  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3089  CDS  NC_009708  3478347  3478619  273  transcriptional regulator HU subunit beta  YP_001402049  unclonable  1.42002e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3090  CDS  NC_009708  3478837  3481191  2355  DNA-binding ATP-dependent protease La  YP_001402050  unclonable  5.93102e-15  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3340  CDS  NC_009708  3757212  3758687  1476  poly(A) polymerase I  YP_001402297  unclonable  1.71757e-16  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3341  CDS  NC_009708  3758695  3759174  480  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  YP_001402298  unclonable  6.14058e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3866  CDS  NC_009708  4357571  4357954  384  preprotein translocase subunit SecE  YP_001402817  unclonable  8.21747e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3867  CDS  NC_009708  4358205  4359389  1185  elongation factor Tu  YP_001402818  unclonable  6.62451e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3913  CDS  NC_009708  4393935  4394237  303  50S ribosomal protein L23  YP_001402861  unclonable  1.78804e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3914  CDS  NC_009708  4394234  4394839  606  50S ribosomal protein L4  YP_001402862  unclonable  8.05295e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3915  CDS  NC_009708  4394856  4395485  630  50S ribosomal protein L3  YP_001402863  unclonable  5.44377e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3916  CDS  NC_009708  4395518  4395829  312  ribosomal protein S10  YP_001402864  unclonable  1.06232e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_3917  CDS  NC_009708  4396243  4396716  474  bacterioferritin  YP_001402865  unclonable  4.15009e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4153  CDS  NC_009708  4688891  4690279  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_001403095  unclonable  7.6269e-17  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4154  CDS  NC_009708  4690995  4691135  141  50S ribosomal protein L34  YP_001403096  unclonable  1.84291e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4155  CDS  NC_009708  4691154  4691513  360  ribonuclease P  YP_001403097  unclonable  4.58759e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4186  CDS  NC_009708  4721057  4722946  1890  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_001403128  unclonable  2.26366e-15  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4236  tRNA  NC_009708  2557109  2557194  86  tRNA-Leu    unclonable  5.77082e-20  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4237  tRNA  NC_009708  2557204  2557279  76  tRNA-Cys    unclonable  5.48815e-20  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4238  tRNA  NC_009708  2557331  2557406  76  tRNA-Gly    unclonable  5.11599e-20  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4257  tRNA  NC_009708  3286564  3286638  75  tRNA-Gln    unclonable  2.43895e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
YpsIP31758_4258  tRNA  NC_009708  3286721  3286797  77  tRNA-Gln    unclonable  2.53905e-19  n/a    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>