23 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Amuc_0075  CDS  NC_010655  97286  98353  1068  PfkB domain protein  YP_001876701  unclonable  5.23624e-08  normal  0.570334  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0198  CDS  NC_010655  247900  248247  348  ribosomal protein L19  YP_001876823  unclonable  4.92639e-09  normal  0.504324  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0281  CDS  NC_010655  341069  341374  306  histone family protein DNA-binding protein  YP_001876904  unclonable  5.12973e-09  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0308  CDS  NC_010655  363808  364191  384  30S ribosomal protein S12  YP_001876931  unclonable  7.73303e-09  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0371  CDS  NC_010655  439476  442052  2577  two component regulator propeller domain protein  YP_001876991  unclonable  8.33804e-06  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0544  CDS  NC_010655  642890  646123  3234  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_001877163  unclonable  3.21228e-05  normal  0.11155  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0799  CDS  NC_010655  937083  940661  3579  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein  YP_001877414  unclonable  7.6441e-05  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_0824  CDS  NC_010655  969353  973147  3795  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  YP_001877438  unclonable  9.54733e-05  decreased coverage  0.00757756  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1048  CDS  NC_010655  1249991  1251175  1185  elongation factor Tu  YP_001877655  unclonable  7.67064e-08  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1085  CDS  NC_010655  1296592  1297809  1218  Carbohydrate-selective porin OprB  YP_001877692  unclonable  1.16954e-07  decreased coverage  8.02155e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1086  CDS  NC_010655  1298356  1298763  408  hypothetical protein  YP_001877693  unclonable  8.29745e-09  hitchhiker  1.57217e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1255  CDS  NC_010655  1514755  1515003  249  protein of unknown function DUF37  YP_001877861  unclonable  2.04155e-09  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1256  CDS  NC_010655  1515000  1515347  348  ribonuclease P protein component  YP_001877862  unclonable  2.86956e-09  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1257  CDS  NC_010655  1515436  1515621  186  ribosomal protein L34  YP_001877863  unclonable  1.62136e-09  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1364  CDS  NC_010655  1633843  1634412  570  hypothetical protein  YP_001877969  hitchhiker  1.32195e-05  unclonable  9.75382e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1365  CDS  NC_010655  1634688  1635446  759  hypothetical protein  YP_001877970  hitchhiker  4.79833e-07  unclonable  1.94638e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1366  CDS  NC_010655  1635562  1635774  213  hypothetical protein  YP_001877971  hitchhiker  6.68463e-08  unclonable  6.93938e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1367  CDS  NC_010655  1635927  1636721  795  prophage antirepressor  YP_001877972  unclonable  2.14644e-08  unclonable  1.53039e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1539  CDS  NC_010655  1849845  1851008  1164  homoserine O-acetyltransferase  YP_001878141  unclonable  1.20571e-07  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1710  CDS  NC_010655  2076603  2078753  2151  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  YP_001878309  hitchhiker  1.63586e-06  unclonable  9.26658e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1714  CDS  NC_010655  2082977  2084275  1299  Histidinol dehydrogenase  YP_001878313  unclonable  1.3465e-07  hitchhiker  4.0894e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1769  CDS  NC_010655  2151739  2155254  3516  Non-specific serine/threonine protein kinase  YP_001878368  unclonable  8.89358e-05  normal  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Amuc_1813  CDS  NC_010655  2199958  2201343  1386  MATE efflux family protein  YP_001878412  unclonable  1.45997e-07  normal  0.0820418  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>