135 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Dred_0007  CDS  NC_009253  6995  9451  2457  DNA gyrase, A subunit  YP_001111384  unclonable  3.9295e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0111  CDS  NC_009253  115731  119240  3510  transcription-repair coupling factor  YP_001111486  unclonable  0.00148726  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0112  CDS  NC_009253  119302  120336  1035  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001111487  unclonable  9.42479e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0199  CDS  NC_009253  214459  215661  1203  elongation factor Tu  YP_001111573  unclonable  1.89275e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0208  CDS  NC_009253  223489  227046  3558  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  YP_001111582  unclonable  0.00134006  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0255  CDS  NC_009253  256398  257141  744  tRNA pseudouridine synthase A  YP_001111629  unclonable  2.51416e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0256  CDS  NC_009253  257408  257839  432  50S ribosomal protein L13  YP_001111630  unclonable  7.58972e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0257  CDS  NC_009253  257873  258265  393  30S ribosomal protein S9  YP_001111631  unclonable  6.8634e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0258  CDS  NC_009253  258607  260388  1782  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_001111632  unclonable  2.62004e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0378  CDS  NC_009253  402784  403617  834  hypothetical protein  YP_001111751  unclonable  3.8077e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0423  CDS  NC_009253  462378  463685  1308  hydroxylamine reductase  YP_001111794  unclonable  3.04226e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0424  CDS  NC_009253  463976  464947  972  hypothetical protein  YP_001111795  unclonable  5.98243e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0425  CDS  NC_009253  465487  466920  1434  hypothetical protein  YP_001111796  unclonable  4.28075e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0428  CDS  NC_009253  468771  469448  678  integral membrane protein TerC  YP_001111799  unclonable  2.36492e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0479  CDS  NC_009253  522464  522832  369  hypothetical protein  YP_001111850  unclonable  3.35746e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0490  CDS  NC_009253  531933  532631  699  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001111861  unclonable  2.22654e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0491  CDS  NC_009253  532934  533380  447  deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase Dut  YP_001111862  unclonable  7.74534e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0492  CDS  NC_009253  533866  534492  627  hypothetical protein  YP_001111863  unclonable  2.01285e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0493  CDS  NC_009253  535138  536289  1152  phage integrase family protein  YP_001111864  unclonable  1.32895e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0501  CDS  NC_009253  540133  540486  354  prophage Lp4 protein 11, DNA replication  YP_001111871  unclonable  4.14813e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0502  CDS  NC_009253  540500  541564  1065  hypothetical protein  YP_001111872  unclonable  7.31795e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0503  CDS  NC_009253  541539  542381  843  hypothetical protein  YP_001111873  unclonable  3.58381e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0504  CDS  NC_009253  542628  542972  345  endodeoxyribonuclease RusA  YP_001111874  unclonable  2.74562e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0505  CDS  NC_009253  542998  543330  333  hypothetical protein  YP_001111875  unclonable  2.77403e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0506  CDS  NC_009253  543327  543599  273  hypothetical protein  YP_001111876  unclonable  2.05143e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0507  CDS  NC_009253  543961  545628  1668  hypothetical protein  YP_001111877  unclonable  9.80947e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0547  CDS  NC_009253  592972  593232  261  hypothetical protein  YP_001111916  unclonable  3.06668e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0548  CDS  NC_009253  593435  594391  957  permease  YP_001111917  unclonable  6.95477e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0549  CDS  NC_009253  594534  594863  330  hypothetical protein  YP_001111918  unclonable  4.45285e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0618  CDS  NC_009253  663920  665275  1356  cell wall hydrolase/autolysin  YP_001111983  unclonable  2.53724e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0619  CDS  NC_009253  665264  665548  285  hypothetical protein  YP_001111984  unclonable  3.49551e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0620  CDS  NC_009253  665562  667100  1539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001111985  unclonable  1.06495e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0621  CDS  NC_009253  667304  668260  957  transporter DMT superfamily protein  YP_001111986  unclonable  1.05334e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0622  CDS  NC_009253  668494  669114  621  hypothetical protein  YP_001111987  unclonable  2.56648e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0623  CDS  NC_009253  669271  670758  1488  amino acid/peptide transporter  YP_001111988  unclonable  1.00169e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0648  CDS  NC_009253  697624  699576  1953  small GTP-binding protein  YP_001112012  unclonable  4.21975e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0649  CDS  NC_009253  699586  700818  1233  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001112013  unclonable  2.05288e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0731  CDS  NC_009253  784116  786773  2658  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_001112095  unclonable  9.34537e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0733  CDS  NC_009253  787335  789500  2166  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001112097  unclonable  1.78164e-05  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0761  CDS  NC_009253  815254  815994  741  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  YP_001112124  unclonable  1.78365e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0762  CDS  NC_009253  816098  816424  327  thioredoxin  YP_001112125  unclonable  5.61264e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0775  CDS  NC_009253  829403  829816  414  Holliday junction resolvase YqgF  YP_001112138  unclonable  4.63594e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0776  CDS  NC_009253  829913  830176  264  hypothetical protein  YP_001112139  unclonable  2.20147e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0876  CDS  NC_009253  936855  937256  402  transposase IS200-family protein  YP_001112238  unclonable  3.9435e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0877  CDS  NC_009253  937335  938453  1119  IS605 family transposase OrfB  YP_001112239  unclonable  1.22455e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0903  CDS  NC_009253  964055  964822  768  helix-turn-helix domain-containing protein  YP_001112264  unclonable  1.93278e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_0904  CDS  NC_009253  964949  965266  318  thioredoxin  YP_001112265  unclonable  2.01022e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1051  CDS  NC_009253  1124556  1125629  1074  peptidase M24  YP_001112411  unclonable  9.3282e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1052  CDS  NC_009253  1125656  1126213  558  translation elongation factor P  YP_001112412  unclonable  8.83108e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1053  CDS  NC_009253  1126298  1126726  429  hypothetical protein  YP_001112413  unclonable  6.8634e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1054  CDS  NC_009253  1126915  1128609  1695  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001112414  unclonable  1.7459e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1055  CDS  NC_009253  1128754  1130379  1626  copper amine oxidase domain-containing protein  YP_001112415  unclonable  8.77953e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1064  CDS  NC_009253  1136045  1137949  1905  pyruvate carboxylase subunit B  YP_001112424  unclonable  2.14042e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1065  CDS  NC_009253  1137958  1139304  1347  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  YP_001112425  unclonable  1.5139e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1066  CDS  NC_009253  1139378  1139791  414  hypothetical protein  YP_001112426  unclonable  3.9435e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1079  CDS  NC_009253  1150813  1151619  807  hemolysin A  YP_001112439  unclonable  2.41342e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1080  CDS  NC_009253  1151646  1152173  528  hypothetical protein  YP_001112440  unclonable  8.22916e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1081  CDS  NC_009253  1152170  1153036  867  NAD(+) kinase  YP_001112441  unclonable  5.19775e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1082  CDS  NC_009253  1153044  1153601  558  putative rRNA methylase  YP_001112442  unclonable  1.02664e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1189  CDS  NC_009253  1264447  1265004  558  hypothetical protein  YP_001112548  unclonable  1.15787e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1373  CDS  NC_009253  1475854  1477290  1437  amino acid permease-associated region  YP_001112728  unclonable  7.61845e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1376  CDS  NC_009253  1479341  1480012  672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  YP_001112731  unclonable  3.1441e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1611  CDS  NC_009253  1751621  1752223  603  hypothetical protein  YP_001112964  unclonable  4.77853e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1612  CDS  NC_009253  1752538  1754445  1908  threonyl-tRNA synthetase  YP_001112965  unclonable  1.78172e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1613  CDS  NC_009253  1754755  1755192  438  translation initiation factor IF-3  YP_001112966  unclonable  3.06668e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1614  CDS  NC_009253  1755209  1755403  195  50S ribosomal protein L35  YP_001112967  unclonable  1.48702e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1615  CDS  NC_009253  1755440  1755796  357  50S ribosomal protein L20  YP_001112968  unclonable  4.23443e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1616  CDS  NC_009253  1755992  1757326  1335  TrkH family potassium uptake protein  YP_001112969  unclonable  3.8325e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1617  CDS  NC_009253  1757342  1757995  654  TrkA domain-containing protein  YP_001112970  unclonable  1.38787e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1618  CDS  NC_009253  1757995  1758798  804  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  YP_001112971  unclonable  1.97241e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1684  CDS  NC_009253  1838196  1841411  3216  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  YP_001113036  unclonable  0.000705985  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1817  CDS  NC_009253  1993603  1995378  1776  hypothetical protein  YP_001113167  unclonable  1.72798e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1879  CDS  NC_009253  2063403  2064644  1242  aluminium resistance family protein  YP_001113226  unclonable  2.83572e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1889  CDS  NC_009253  2076175  2077545  1371  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  YP_001113236  unclonable  2.13731e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_1920  CDS  NC_009253  2108950  2109993  1044  recA protein  YP_001113266  unclonable  1.30185e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2063  CDS  NC_009253  2259026  2260282  1257  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  YP_001113405  unclonable  1.72774e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2064  CDS  NC_009253  2260293  2261333  1041  aIF-2BI family translation initiation factor  YP_001113406  unclonable  7.77983e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2072  CDS  NC_009253  2269756  2270499  744  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001113414  unclonable  2.7021e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2073  CDS  NC_009253  2270501  2271445  945  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001113415  unclonable  5.19775e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2186  CDS  NC_009253  2388761  2390188  1428  selenocysteine synthase  YP_001113526  unclonable  1.30274e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2209  CDS  NC_009253  2418090  2419382  1293  hypothetical protein  YP_001113549  unclonable  2.24827e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2261  CDS  NC_009253  2473541  2474914  1374  RNA methyltransferase  YP_001113597  unclonable  5.92232e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2317  CDS  NC_009253  2534440  2534670  231  transcription attenuation protein MtrB  YP_001113652  unclonable  2.66369e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2318  CDS  NC_009253  2534771  2535448  678  TrkA domain-containing protein  YP_001113653  unclonable  1.41633e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2446  CDS  NC_009253  2662317  2662820  504  hypothetical protein  YP_001113781  unclonable  1.20548e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2447  CDS  NC_009253  2662866  2663255  390  NUDIX hydrolase  YP_001113782  unclonable  6.52481e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2448  CDS  NC_009253  2663321  2664094  774  hypothetical protein  YP_001113783  unclonable  2.61989e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2488  CDS  NC_009253  2708706  2709701  996  hypothetical protein  YP_001113823  unclonable  9.14073e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2516  CDS  NC_009253  2737760  2738116  357  iojap-like protein  YP_001113851  unclonable  2.07265e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2574  CDS  NC_009253  2803522  2804580  1059  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001113909  unclonable  1.52958e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2575  CDS  NC_009253  2804765  2805124  360  hypothetical protein  YP_001113910  unclonable  7.98359e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2622  CDS  NC_009253  2846077  2846694  618  BRO domain-containing protein  YP_001113957  unclonable  9.19421e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2715  CDS  NC_009253  2941207  2942604  1398  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_001114044  unclonable  4.97962e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2722  CDS  NC_009253  2948907  2949812  906  hypothetical protein  YP_001114051  unclonable  5.0933e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2723  CDS  NC_009253  2950346  2952241  1896  ferrous iron transport protein B  YP_001114052  unclonable  2.51574e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2736  CDS  NC_009253  2962419  2962916  498  hypothetical protein  YP_001114065  unclonable  4.14813e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2835  CDS  NC_009253  3076683  3078458  1776  putative PAS/PAC sensor protein  YP_001114164  unclonable  2.81177e-06  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2848  CDS  NC_009253  3091326  3091826  501  hypothetical protein  YP_001114177  unclonable  1.29327e-08  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2849  CDS  NC_009253  3092230  3092529  300  hypothetical protein  YP_001114178  unclonable  3.49551e-09  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Dred_2890  CDS  NC_009253  3136512  3137810  1299  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_001114219  unclonable  2.75023e-07  n/a    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>