71 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SbBS512_E0048  CDS  NC_010658  47296  49650  2355  organic solvent tolerance protein  YP_001878867  unclonable  5.76585e-12  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0090  CDS  NC_010658  97526  98443  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001878906  unclonable  3.47236e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0112  CDS  NC_010658  126013  126375  363  hypothetical protein  YP_001878927  unclonable  3.7804e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0194  CDS  NC_010658  209708  210280  573  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001879003  unclonable  6.11751e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0359  CDS  NC_010658  349183  350481  1299  trigger factor  YP_001879147  unclonable  3.25154e-14  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0360  CDS  NC_010658  350727  351350  624  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001879148  unclonable  3.93543e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0464  tRNA  NC_010658  556921  556995  75  tRNA-Gln    unclonable  2.99671e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0564  CDS  NC_010658  541186  541950  765  hypothetical protein  YP_001879316  unclonable  1.07362e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0565  CDS  NC_010658  542090  542383  294  LexA regulated protein  YP_001879317  unclonable  9.1188e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0566  CDS  NC_010658  542406  543053  648  flavodoxin FldA  YP_001879318  unclonable  6.83272e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0578  tRNA  NC_010658  557029  557105  77  tRNA-Gln    unclonable  2.87866e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0583  tRNA  NC_010658  635330  635407  78  tRNA-Lys    unclonable  2.0474e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0614  CDS  NC_010658  585844  586161  318  hypothetical protein  YP_001879352  unclonable  1.11441e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0664  CDS  NC_010658  634375  635166  792  tol-pal system protein YbgF  YP_001879399  unclonable  1.23566e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0693    NC_010658  655461  655613  153      unclonable  3.2146e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0694  CDS  NC_010658  656300  656452  153  hypothetical protein  YP_001879421  unclonable  3.62786e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0992  tRNA  NC_010658  954312  954387  76  tRNA-Gly    unclonable  4.34498e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1039  CDS  NC_010658  954539  955087  549  phosphatidylglycerophosphate synthetase  YP_001879700  unclonable  4.85781e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1372  CDS  NC_010658  1251566  1252417  852  4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase  YP_001879991  unclonable  1.27377e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1373  CDS  NC_010658  1252417  1253040  624  outer membrane lipoprotein LolB  YP_001879992  unclonable  3.52349e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1374  CDS  NC_010658  1253254  1254510  1257  glutamyl-tRNA reductase  YP_001879993  unclonable  8.47987e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1608  CDS  NC_010658  1462880  1463311  432  transposase family  YP_001880198  unclonable  6.61911e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1856  CDS  NC_010658  1700035  1700967  933  putative DNA-binding transcriptional regulator  YP_001880420  unclonable  4.98178e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E1858  CDS  NC_010658  1701080  1702291  1212  inner membrane transport protein YdhC  YP_001880421  unclonable  1.41458e-14  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2089  CDS  NC_010658  1899498  1899707  210  cold shock-like protein CspC  YP_001880620  unclonable  2.57783e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2229  CDS  NC_010658  2028535  2029776  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_001880735  unclonable  3.31849e-14  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2230  CDS  NC_010658  2029864  2030100  237  acyl carrier protein  YP_001880736  unclonable  1.78439e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2231  CDS  NC_010658  2030311  2031045  735  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001880737  unclonable  3.99569e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2232  CDS  NC_010658  2031058  2031987  930  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001880738  unclonable  1.04735e-14  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2233  CDS  NC_010658  2032003  2032956  954  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001880739  unclonable  9.18964e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2234  CDS  NC_010658  2033024  2034094  1071  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001880740  unclonable  9.85973e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2235  CDS  NC_010658  2034175  2034348  174  50S ribosomal protein L32  YP_001880741  unclonable  4.5686e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2236  CDS  NC_010658  2034400  2034921  522  hypothetical protein  YP_001880742  unclonable  3.70485e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2237  CDS  NC_010658  2035669  2035794  126  hypothetical protein  YP_001880744  unclonable  3.28015e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2238  CDS  NC_010658  2035081  2035704  624  Maf-like protein  YP_001880743  unclonable  5.6461e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2239  CDS  NC_010658  2035816  2036775  960  23S rRNA pseudouridylate synthase C  YP_001880745  unclonable  1.98156e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2327  CDS  NC_010658  2115932  2116144  213  cold shock DNA-binding protein  YP_001880814  unclonable  5.69498e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2359  CDS  NC_010658  2147054  2148094  1041  outer membrane protein A  YP_001880845  unclonable  4.4176e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2360  CDS  NC_010658  2148170  2148622  453  hypothetical protein  YP_001880846  unclonable  1.93337e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2361  CDS  NC_010658  2148808  2150568  1761  peptidase, S16 (lon protease) family  YP_001880847  unclonable  2.51656e-13  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2438  CDS  NC_010658  2236587  2240519  3933  DNA translocase FtsK  YP_001880912  unclonable  3.85986e-08  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2573  CDS  NC_010658  2374042  2376063  2022  excinuclease ABC subunit B  YP_001881035  unclonable  1.76312e-12  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2675  CDS  NC_010658  2479186  2479728  543  hydrolase, NUDIX family protein  YP_001881120  unclonable  9.90885e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2731  misc_RNA  NC_010658  2034958  2035126  169  SraB RNA    unclonable  4.80375e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2837  tRNA  NC_010658  2581382  2581459  78  tRNA-Val    unclonable  1.88964e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E2885  CDS  NC_010658  2683679  2685049  1371  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_001881300  unclonable  2.48025e-14  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3002  CDS  NC_010658  2800987  2801580  594  heat shock protein GrpE  YP_001881403  unclonable  7.86694e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3032  CDS  NC_010658  2829461  2829991  531  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001881429  unclonable  9.33004e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3062  CDS  NC_010658  2860555  2861472  918  DNA-binding transcriptional activator GcvA  YP_001881453  unclonable  8.30878e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3063  CDS  NC_010658  2861491  2861886  396  hypothetical protein  YP_001881454  unclonable  7.47901e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3089  CDS  NC_010658  2886486  2888720  2235  GDP/GTP pyrophosphokinase  YP_001881475  unclonable  1.4869e-12  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3099  CDS  NC_010658  2897169  2897840  672  hypothetical protein  YP_001881485  unclonable  1.09551e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3291  tRNA  NC_010658  2974357  2974451  95  tRNA-Ser    unclonable  1.24422e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3303  tRNA  NC_010658  2974453  2974531  79  tRNA-Arg    unclonable  1.00797e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3311  tRNA  NC_010658  2974727  2974805  79  tRNA-Arg    unclonable  1.02853e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3499  CDS  NC_010658  3251262  3251477  216  30S ribosomal protein S21  YP_001881827  unclonable  2.79306e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3545  CDS  NC_010658  3297390  3297818  429  50S ribosomal protein L13  YP_001881862  unclonable  1.43146e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3584  CDS  NC_010658  3335279  3335590  312  50S ribosomal protein L21  YP_001881899  unclonable  6.68689e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3590  CDS  NC_010658  3340502  3340795  294  RNA-binding protein YhbY  YP_001881905  unclonable  6.48683e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3591  CDS  NC_010658  3340921  3341550  630  23S rRNA methyltransferase J  YP_001881906  unclonable  4.71246e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E3592  CDS  NC_010658  3341641  3343584  1944  ATP-dependent metalloprotease  YP_001881907  unclonable  1.14537e-12  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4322  tRNA  NC_010658  3845224  3845300  77  tRNA-Arg    unclonable  2.17442e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4337  CDS  NC_010658  4051386  4054172  2787  DNA polymerase I  YP_001882560  unclonable  9.47993e-11  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4468  CDS  NC_010658  4176022  4177206  1185  elongation factor Tu  YP_001882665  unclonable  7.22056e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4694  CDS  NC_010658  4387269  4387814  546  oligoribonuclease  YP_001882856  unclonable  4.76072e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4696  tRNA  NC_010658  4175831  4175908  78  tRNA-Thr    unclonable  1.54682e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4746  CDS  NC_010658  4430961  4431599  639  opacity-associated family protein  YP_001882900  unclonable  1.52643e-15  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4910  CDS  NC_010658  4580122  4580469  348  hypothetical protein  YP_001883032  unclonable  1.47534e-16  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4956  tRNA  NC_010658  4580507  4580595  89  tRNA-Leu    unclonable  3.62786e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4957  tRNA  NC_010658  4580629  4580715  87  tRNA-Leu    unclonable  3.4843e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E4958  tRNA  NC_010658  4580743  4580831  89  tRNA-Leu    unclonable  3.4843e-17  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>