100 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Patl_0108  CDS  NC_008228  123970  124719  750  peptidylprolyl isomerase  YP_659694  unclonable  8.8366e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0183  CDS  NC_008228  216079  217122  1044  rod shape-determining protein MreB  YP_659769  unclonable  1.47765e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0251  CDS  NC_008228  292531  293967  1437  replicative DNA helicase  YP_659837  unclonable  6.86038e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0267  CDS  NC_008228  314049  314855  807  hypothetical protein  YP_659853  unclonable  4.50935e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0286  CDS  NC_008228  332361  333713  1353  glutamate dehydrogenase  YP_659872  unclonable  7.07094e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0334  CDS  NC_008228  389502  391949  2448  TonB-dependent receptor  YP_659919  unclonable  6.17894e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0470  CDS  NC_008228  548622  549227  606  50S ribosomal protein L4  YP_660054  unclonable  1.63865e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0471  CDS  NC_008228  549224  549526  303  50S ribosomal protein L23  YP_660055  unclonable  3.95002e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0472  CDS  NC_008228  549541  550365  825  50S ribosomal protein L2  YP_660056  unclonable  3.11263e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0607  CDS  NC_008228  701738  702358  621  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_660190  unclonable  5.91521e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0648  CDS  NC_008228  749183  750232  1050  galactose-1-phosphate uridylyltransferase  YP_660231  unclonable  1.33641e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0666  CDS  NC_008228  769036  769551  516  shikimate kinase I  YP_660249  unclonable  3.17623e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0726  CDS  NC_008228  823247  824323  1077  Type II site-specific deoxyribonuclease  YP_660308  unclonable  1.23282e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0767  CDS  NC_008228  875474  878125  2652  TonB-dependent receptor  YP_660349  unclonable  0.000108797  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0777  CDS  NC_008228  890327  892759  2433  twin-arginine translocation pathway signal  YP_660359  unclonable  5.64309e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0809  CDS  NC_008228  937015  940671  3657  TonB-dependent receptor  YP_660391  unclonable  0.00325409  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0821  CDS  NC_008228  957359  960598  3240  glycoside hydrolase family protein  YP_660403  unclonable  0.00114768  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0822  CDS  NC_008228  960764  961120  357  hypothetical protein  YP_660404  unclonable  9.53829e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0823  CDS  NC_008228  961282  962886  1605  Alpha-L-fucosidase  YP_660405  unclonable  1.44391e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0831  CDS  NC_008228  974691  976304  1614  Alpha-L-fucosidase  YP_660413  unclonable  1.99076e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0878  CDS  NC_008228  1036136  1036765  630  hypothetical protein  YP_660458  unclonable  5.56946e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_0946  CDS  NC_008228  1130247  1131113  867  beta-lactamase-like  YP_660526  unclonable  1.01762e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1041  CDS  NC_008228  1246086  1246301  216  30S ribosomal protein S21  YP_660621  unclonable  2.08407e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1110  CDS  NC_008228  1338748  1340625  1878  TonB-dependent receptor  YP_660690  unclonable  4.59108e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1334  CDS  NC_008228  1598187  1598954  768  putative lipoprotein  YP_660914  unclonable  7.08503e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1430  CDS  NC_008228  1718674  1720185  1512  putative lipoprotein  YP_661007  unclonable  1.20466e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1452  CDS  NC_008228  1746252  1747838  1587  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  YP_661029  unclonable  1.41499e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1556  CDS  NC_008228  1860166  1861338  1173  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_661132  unclonable  4.11201e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1557  CDS  NC_008228  1861515  1862480  966  rare lipoprotein A  YP_661133  unclonable  3.68198e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1571  CDS  NC_008228  1877366  1879336  1971  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_661147  unclonable  1.44806e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1826  CDS  NC_008228  2196716  2199601  2886  TonB-dependent receptor  YP_661400  unclonable  0.000380617  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1827  CDS  NC_008228  2200054  2202789  2736  peptidase M14, carboxypeptidase A  YP_661401  unclonable  0.000101368  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1832  CDS  NC_008228  2206622  2207374  753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_661406  unclonable  7.15788e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1840  CDS  NC_008228  2225731  2228373  2643  TonB-dependent receptor  YP_661414  unclonable  0.00015166  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1966  CDS  NC_008228  2383917  2387639  3723  TonB-dependent receptor  YP_661538  unclonable  0.00321927  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1993  CDS  NC_008228  2422147  2424186  2040  carboxy-terminal protease  YP_661565  unclonable  9.30411e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_1998  CDS  NC_008228  2430380  2432446  2067  hypothetical protein  YP_661570  unclonable  8.75403e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
 
Patl_2121  CDS  NC_008228  2569883  2570122  240  acyl carrier protein  YP_661693  unclonable  8.62864e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2451  CDS  NC_008228  2982284  2982952  669  hypothetical protein  YP_662021  unclonable  5.036e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2452  CDS  NC_008228  2983028  2983417  390  DsrE-like protein  YP_662022  unclonable  2.23621e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2460  CDS  NC_008228  2988301  2990814  2514  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_662030  unclonable  4.38856e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2461  CDS  NC_008228  2990939  2991424  486  leucine-responsive transcriptional regulator  YP_662031  unclonable  1.8296e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2462  CDS  NC_008228  2991575  2992705  1131  alanine dehydrogenase  YP_662032  unclonable  2.20592e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2463  CDS  NC_008228  2992813  2993508  696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_662033  unclonable  2.96014e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2464  CDS  NC_008228  2993515  2994684  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_662034  unclonable  3.01038e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2465  CDS  NC_008228  2995156  2995446  291  integration host factor subunit beta  YP_662035  unclonable  8.04162e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2492  CDS  NC_008228  3023111  3025576  2466  acyl-CoA dehydrogenase  YP_662062  unclonable  8.35865e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2547  CDS  NC_008228  3089048  3091822  2775  TonB-dependent receptor  YP_662117  unclonable  0.000166222  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2557  CDS  NC_008228  3100960  3102069  1110  biotin synthase  YP_662127  unclonable  7.30416e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2756  CDS  NC_008228  3345789  3348014  2226  TonB-dependent receptor, plug  YP_662321  unclonable  2.84329e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2777  CDS  NC_008228  3369555  3371024  1470  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_662342  unclonable  9.75793e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2778  CDS  NC_008228  3371259  3372299  1041  succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase  YP_662343  unclonable  1.35015e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2779  CDS  NC_008228  3372302  3373210  909  alpha-L-glutamate ligase  YP_662344  unclonable  5.13891e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2856  CDS  NC_008228  3462220  3463617  1398  hypothetical protein  YP_662418  unclonable  9.75793e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2865  CDS  NC_008228  3475211  3477607  2397  TonB-dependent receptor  YP_662427  unclonable  3.08376e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2866  CDS  NC_008228  3477914  3478255  342  hypothetical protein  YP_662428  unclonable  1.39541e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2904  CDS  NC_008228  3517075  3519819  2745  TonB-dependent receptor  YP_662466  unclonable  0.000193402  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2954  CDS  NC_008228  3576185  3577828  1644  peptidase M28  YP_662516  unclonable  3.16234e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2964  CDS  NC_008228  3588554  3589915  1362  MATE efflux family protein  YP_662526  unclonable  6.32854e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_2993  CDS  NC_008228  3617682  3620582  2901  TonB-dependent receptor  YP_662555  unclonable  0.000340556  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3132  CDS  NC_008228  3773178  3775061  1884  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_662692  unclonable  3.94697e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3133  CDS  NC_008228  3775231  3775503  273  histone-like DNA-binding protein  YP_662693  unclonable  4.5924e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3134  CDS  NC_008228  3775742  3778108  2367  ATP-dependent protease La  YP_662694  unclonable  3.24341e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3151  CDS  NC_008228  3794371  3796167  1797  GTP-binding protein LepA  YP_662711  unclonable  5.23336e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3153  CDS  NC_008228  3796856  3797857  1002  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  YP_662713  unclonable  1.22027e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3154  CDS  NC_008228  3797898  3798500  603  sigma-E factor negative regulatory protein  YP_662714  unclonable  2.14803e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3225  CDS  NC_008228  3874320  3875657  1338  hypothetical protein  YP_662785  unclonable  8.47331e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3226  CDS  NC_008228  3876057  3877016  960  hypothetical protein  YP_662786  unclonable  1.03936e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3278  CDS  NC_008228  3933837  3936857  3021  TonB-dependent receptor  YP_662838  unclonable  0.000542759  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3313  CDS  NC_008228  3974674  3976062  1389  phosphate-selective porin O and P  YP_662873  unclonable  9.18115e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3353  CDS  NC_008228  4020808  4022889  2082  endothelin-converting protein 1  YP_662913  unclonable  1.20839e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3354  CDS  NC_008228  4022973  4023293  321  hypothetical protein  YP_662914  unclonable  8.04162e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3355  CDS  NC_008228  4023290  4024231  942  alpha/beta hydrolase fold  YP_662915  unclonable  1.02808e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3356  CDS  NC_008228  4024357  4025187  831  putative signal transduction protein  YP_662916  unclonable  1.02808e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3357  CDS  NC_008228  4025291  4026097  807  putative salt-induced outer membrane protein  YP_662917  unclonable  8.8366e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3418  CDS  NC_008228  4094239  4096446  2208  organic solvent tolerance protein  YP_662978  unclonable  1.12563e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3425  CDS  NC_008228  4103318  4104676  1359  aspartate kinase III  YP_662985  unclonable  5.5532e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3459  CDS  NC_008228  4151323  4153071  1749  gamma-glutamyltransferase  YP_663015  unclonable  2.40901e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3498  CDS  NC_008228  4202361  4202969  609  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  YP_663054  unclonable  4.6015e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3513  CDS  NC_008228  4217612  4218526  915  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_663069  unclonable  1.20785e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3627  CDS  NC_008228  4365763  4367997  2235  TonB-dependent receptor  YP_663183  unclonable  1.39063e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3638  CDS  NC_008228  4382227  4385208  2982  TonB-dependent receptor  YP_663194  unclonable  0.000344146  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3650  CDS  NC_008228  4399376  4402414  3039  TonB-dependent receptor  YP_663206  unclonable  0.000400327  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3666  CDS  NC_008228  4423032  4423937  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_663222  unclonable  1.25802e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3686  CDS  NC_008228  4446550  4449309  2760  TonB-dependent receptor  YP_663242  unclonable  0.00016445  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3704  CDS  NC_008228  4466453  4467040  588  signal transduction protein  YP_663260  unclonable  1.22502e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3839  CDS  NC_008228  4634346  4635638  1293  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_663393  unclonable  6.32854e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3913  CDS  NC_008228  4719461  4720165  705  hypothetical protein  YP_663467  unclonable  3.17623e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3936  CDS  NC_008228  4747817  4748734  918  glutamate--tRNA ligase  YP_663490  unclonable  1.30965e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_3937  CDS  NC_008228  4748799  4749248  450  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_663491  unclonable  1.39541e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4052  CDS  NC_008228  4875715  4876260  546  hypothetical protein  YP_663605  unclonable  1.49727e-08  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4115  CDS  NC_008228  4948630  4950048  1419  hypothetical protein  YP_663668  unclonable  1.61255e-06  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
 
Patl_4161  CDS  NC_008228  5006000  5009026  3027  hypothetical protein  YP_663714  unclonable  0.000881228  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4179  CDS  NC_008228  5031398  5033572  2175  hypothetical protein  YP_663732  unclonable  1.70213e-05  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_4286  CDS  NC_008228  5155545  5158586  3042  TonB-dependent receptor  YP_663839  unclonable  0.00048068  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0056  tRNA  NC_008228  3536466  3536541  76  tRNA-Ala    unclonable  3.137e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0075  tRNA  NC_008228  4810989  4811064  76  tRNA-Thr    unclonable  4.45566e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0076  tRNA  NC_008228  4811071  4811145  75  tRNA-Gly    unclonable  3.90983e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0077  tRNA  NC_008228  4811184  4811268  85  tRNA-Tyr    unclonable  4.07125e-09  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Patl_R0083  rRNA  NC_008228  4837021  4838551  1531  16S ribosomal RNA    unclonable  7.66341e-07  n/a    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>