85 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cphamn1_0096  CDS  NC_010831  88279  89352  1074  peptide chain release factor 1  YP_001958560  unclonable  1.53667e-07  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0097  CDS  NC_010831  89382  90743  1362  membrane-associated zinc metalloprotease  YP_001958561  unclonable  5.12767e-07  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0119    NC_010831  110847  112156  1310      unclonable  8.14156e-07  normal  0.0307809  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0120  CDS  NC_010831  112153  112728  576  hypothetical protein  YP_001958581  unclonable  4.09076e-08  normal  0.0263054  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0124  CDS  NC_010831  115935  116366  432  iojap-like protein  YP_001958585  unclonable  2.25979e-08  hitchhiker  0.00822144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0125  CDS  NC_010831  116456  118942  2487  DNA gyrase, A subunit  YP_001958586  unclonable  5.07659e-05  decreased coverage  0.00116524  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0214  CDS  NC_010831  208476  209330  855  hypothetical protein  YP_001958668  normal  0.343161  unclonable  9.6619e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0215  CDS  NC_010831  209445  209741  297  putative excisionase  YP_001958669  normal  0.113601  unclonable  7.33316e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0216  CDS  NC_010831  209745  209909  165  hypothetical protein  YP_001958670  normal  0.0537434  unclonable  6.97016e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0217  CDS  NC_010831  209906  211366  1461  P4 family phage/plasmid primase  YP_001958671  normal  0.01089  unclonable  1.11311e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0218    NC_010831  211422  212324  903      hitchhiker  0.000105682  unclonable  9.56207e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0219  CDS  NC_010831  212696  212881  186  hypothetical protein  YP_001958672  unclonable  7.4189e-09  unclonable  7.33316e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0220  CDS  NC_010831  212972  213472  501  phage terminase, small subunit, , P27 family  YP_001958673  unclonable  2.28338e-08  unclonable  7.41257e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0221  CDS  NC_010831  213469  213573  105  hypothetical protein  YP_001958674  hitchhiker  1.13267e-07  unclonable  6.09472e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0222    NC_010831  213804  213932  129      hitchhiker  8.59973e-06  unclonable  6.62005e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0223  CDS  NC_010831  214319  214504  186  hypothetical protein  YP_001958675  hitchhiker  1.13143e-05  unclonable  7.1852e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0224    NC_010831  214489  214787  299      hitchhiker  9.05547e-05  unclonable  8.04851e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0278  CDS  NC_010831  268720  270045  1326  outer membrane efflux protein  YP_001958728  unclonable  6.26538e-07  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0309  CDS  NC_010831  306772  308085  1314  phosphopyruvate hydratase  YP_001958759  unclonable  3.8709e-07  hitchhiker  0.000950319  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0310  CDS  NC_010831  308249  308545  297  Septum formation initiator  YP_001958760  unclonable  8.20228e-09  decreased coverage  9.68931e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0311  CDS  NC_010831  308651  310711  2061  1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase  YP_001958761  unclonable  7.65194e-06  decreased coverage  0.000149444  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0355  CDS  NC_010831  366156  368717  2562  ATPase AAA-2 domain protein  YP_001958803  unclonable  7.16084e-05  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0402  CDS  NC_010831  426304  429039  2736  translation initiation factor IF-2  YP_001958848  unclonable  0.000176778  normal  0.341297  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0431  CDS  NC_010831  456165  456761  597  protein of unknown function DUF151  YP_001958876  unclonable  2.35563e-08  normal  0.0443152  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0432  CDS  NC_010831  456852  457547  696  porin, opacity type  YP_001958877  unclonable  4.90319e-08  normal  0.0458911  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0433  CDS  NC_010831  457850  458539  690  hypothetical protein  YP_001958878  unclonable  3.21544e-08  normal  0.196957  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0718  CDS  NC_010831  762443  763636  1194  hypothetical protein  YP_001959155  normal  unclonable  8.90529e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0719  CDS  NC_010831  764007  764135  129  hypothetical protein  YP_001959156  normal  unclonable  5.9078e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0720  CDS  NC_010831  764197  764466  270  transcriptional regulator, CopG family  YP_001959157  normal  unclonable  5.9078e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0721  CDS  NC_010831  764447  764731  285  addiction module toxin, RelE/StbE family  YP_001959158  normal  unclonable  6.22259e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0722  CDS  NC_010831  764750  766246  1497  transposase, IS5 family, putative  YP_001959159  normal  unclonable  9.6619e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0723  CDS  NC_010831  766493  766840  348  transcriptional regulator, XRE family  YP_001959160  normal  unclonable  6.69172e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0724  CDS  NC_010831  766837  767160  324  protein of unknown function DUF891  YP_001959161  normal  unclonable  6.48647e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0725    NC_010831  767870  768052  183      normal  unclonable  6.15832e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0726    NC_010831  768256  769809  1554      normal  unclonable  9.18358e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0756  CDS  NC_010831  805638  806216  579  hypothetical protein  YP_001959189  unclonable  3.55497e-08  normal  0.285689  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0848  CDS  NC_010831  914179  914769  591  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001959280  unclonable  3.18221e-08  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0991  CDS  NC_010831  1065208  1066644  1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001959415  unclonable  9.46283e-07  decreased coverage  0.000107612  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_0992  CDS  NC_010831  1066740  1067282  543  hypothetical protein  YP_001959416  hitchhiker  4.54439e-06  unclonable  5.72883e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1061    NC_010831  1146343  1146492  150      normal  0.0197552  unclonable  5.84679e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1062  CDS  NC_010831  1146548  1147645  1098  DNA binding domain protein, excisionase family  YP_001959483  hitchhiker  0.00013023  unclonable  7.41257e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1063  CDS  NC_010831  1147626  1148399  774  Type II site-specific deoxyribonuclease  YP_001959484  unclonable  4.38907e-08  unclonable  6.28754e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1064  CDS  NC_010831  1148703  1149284  582  pentapeptide repeat protein  YP_001959485  hitchhiker  0.00169254  unclonable  6.82952e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1065    NC_010831  1149659  1151107  1449      normal  0.0493279  unclonable  9.0887e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1258  CDS  NC_010831  1364863  1366269  1407  transposase IS4 family protein  YP_001959671  normal  unclonable  9.86472e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1259  CDS  NC_010831  1367018  1367230  213  hypothetical protein  YP_001959672  normal  unclonable  6.35316e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1260  CDS  NC_010831  1367211  1367507  297  hypothetical protein  YP_001959673  normal  0.848688  unclonable  6.62005e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1261  CDS  NC_010831  1368170  1368472  303  hypothetical protein  YP_001959674  normal  unclonable  6.35316e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1262  CDS  NC_010831  1368469  1368747  279  hypothetical protein  YP_001959675  normal  unclonable  6.03176e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1374  CDS  NC_010831  1488552  1489619  1068  ferredoxin  YP_001959784  unclonable  2.22813e-07  normal  0.259595  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1375  CDS  NC_010831  1489729  1489926  198  hypothetical protein  YP_001959785  unclonable  1.04311e-08  normal  0.226179  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1385  CDS  NC_010831  1502793  1504046  1254  Radical SAM domain protein  YP_001959795  normal  0.0362532  unclonable  1.06904e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1386    NC_010831  1504075  1504328  254      normal  0.099943  unclonable  8.21744e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1387  CDS  NC_010831  1504369  1505850  1482  aminoacyl-histidine dipeptidase  YP_001959796  normal  0.0727929  unclonable  1.23065e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1388  CDS  NC_010831  1506057  1506281  225  hypothetical protein  YP_001959797  hitchhiker  0.00223635  unclonable  8.04851e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1389  CDS  NC_010831  1506285  1506467  183  hypothetical protein  YP_001959798  hitchhiker  0.00193319  unclonable  7.88306e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1390  CDS  NC_010831  1506530  1506703  174  hypothetical protein  YP_001959799  hitchhiker  0.000210686  unclonable  7.96535e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1391  CDS  NC_010831  1506753  1507010  258  transcriptional regulator, ArsR family  YP_001959800  hitchhiker  1.8666e-06  unclonable  7.80162e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1392  CDS  NC_010831  1507155  1507424  270  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_001959801  hitchhiker  1.90115e-06  unclonable  7.64419e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1393  CDS  NC_010831  1507744  1509231  1488  hypothetical protein  YP_001959802  unclonable  1.04621e-06  hitchhiker  0.000142618  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1622  CDS  NC_010831  1749217  1750218  1002  Outer membrane protein (porin)-like protein  YP_001960023  unclonable  1.61608e-07  normal  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1709  CDS  NC_010831  1850552  1851355  804  tol-pal system protein YbgF  YP_001960108  unclonable  1.49068e-07  decreased coverage  7.15536e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1710  CDS  NC_010831  1851414  1851890  477  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_001960109  unclonable  4.75645e-08  decreased coverage  6.94892e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1711  CDS  NC_010831  1852499  1853833  1335  WD40 domain protein beta Propeller  YP_001960110  unclonable  7.50977e-07  decreased coverage  9.15698e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1769  CDS  NC_010831  1914569  1915639  1071  hypothetical protein  YP_001960168  unclonable  2.4389e-07  normal  0.478834  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1835  CDS  NC_010831  1989990  1992242  2253  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  YP_001960234  unclonable  1.52117e-05  normal  0.0275614  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1837  CDS  NC_010831  1993633  1995609  1977  adenylylsulfate reductase subunit alpha  YP_001960235  unclonable  3.90023e-06  normal  0.0111603  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_1887  CDS  NC_010831  2048400  2051642  3243  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_001960285  unclonable  0.0011361  decreased coverage  0.00457118  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2000  CDS  NC_010831  2151684  2153459  1776  30S ribosomal protein S1  YP_001960392  unclonable  7.49746e-06  normal  0.10797  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2052  CDS  NC_010831  2214369  2215580  1212  hypothetical protein  YP_001960443  unclonable  3.79131e-07  normal  0.0792841  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2118  CDS  NC_010831  2294239  2294847  609  outer surface protein, putative  YP_001960508  unclonable  7.93309e-08  decreased coverage  0.0018778  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2119  CDS  NC_010831  2295071  2295868  798  Patatin  YP_001960509  unclonable  1.66594e-07  decreased coverage  0.00184806  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2277  CDS  NC_010831  2457461  2458009  549  50S ribosomal protein L15  YP_001960662  unclonable  1.52884e-08  hitchhiker  0.00354072  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2278  CDS  NC_010831  2458044  2458229  186  50S ribosomal protein L30  YP_001960663  unclonable  4.49635e-09  hitchhiker  0.00309208  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2279  CDS  NC_010831  2458247  2458765  519  30S ribosomal protein S5  YP_001960664  unclonable  1.67346e-08  hitchhiker  0.00339787  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2280  CDS  NC_010831  2458787  2459146  360  50S ribosomal protein L18  YP_001960665  unclonable  1.51304e-08  hitchhiker  0.00323172  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2281  CDS  NC_010831  2459201  2459740  540  50S ribosomal protein L6  YP_001960666  unclonable  3.08698e-08  hitchhiker  0.00356938  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2282  CDS  NC_010831  2459769  2460164  396  30S ribosomal protein S8  YP_001960667  unclonable  2.28338e-08  hitchhiker  0.00320437  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2283  CDS  NC_010831  2460226  2460495  270  30S ribosomal protein S14  YP_001960668  unclonable  1.26284e-08  hitchhiker  0.00301418  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2284  CDS  NC_010831  2460513  2461103  591  50S ribosomal protein L5  YP_001960669  unclonable  5.42096e-08  hitchhiker  0.00336631  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2285  CDS  NC_010831  2461163  2461405  243  50S ribosomal protein L24  YP_001960670  unclonable  1.23735e-08  hitchhiker  0.00295844  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2286  CDS  NC_010831  2461528  2461896  369  50S ribosomal protein L14  YP_001960671  unclonable  2.33129e-08  hitchhiker  0.00295844  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2287  CDS  NC_010831  2461939  2462208  270  30S ribosomal protein S17  YP_001960672  unclonable  1.32809e-08  hitchhiker  0.00277508  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_2288  CDS  NC_010831  2462262  2462468  207  50S ribosomal protein L29  YP_001960673  unclonable  1.10804e-08  hitchhiker  0.00284339  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Cphamn1_R0053  tRNA  NC_010831  2461440  2461512  73  tRNA-Gly    unclonable  6.38306e-09  hitchhiker  0.00279768  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>