168 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sama_0010  CDS  NC_008700  9581  9835  255  hypothetical protein  YP_925892  unclonable  3.52572e-10  hitchhiker  0.000527838  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0011  CDS  NC_008700  9802  10158  357  ribonuclease P  YP_925893  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0012  CDS  NC_008700  10175  10312  138  50S ribosomal protein L34  YP_925894  unclonable  2.02932e-10  hitchhiker  0.000509962  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0013  CDS  NC_008700  10775  12148  1374  chromosomal replication initiation protein  YP_925895  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0091  CDS  NC_008700  102313  102933  621  cytochrome c, class I  YP_925973  unclonable  1.45105e-09  normal  0.1806  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0100  CDS  NC_008700  113051  114313  1263  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid (KDO) transferase  YP_925982  normal  0.014553  unclonable  2.01805e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0101  CDS  NC_008700  114298  115050  753  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  YP_925983  normal  unclonable  1.39094e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0102  CDS  NC_008700  115093  116145  1053  glycosyl transferase family protein  YP_925984  normal  unclonable  1.36303e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0103  CDS  NC_008700  116150  117250  1101  hypothetical protein  YP_925985  normal  unclonable  1.46304e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0104  CDS  NC_008700  117247  118344  1098  glycosyl transferase, group 1 family protein  YP_925986  normal  unclonable  1.508e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0105  CDS  NC_008700  118400  119377  978  hypothetical protein  YP_925987  normal  unclonable  1.508e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0199  CDS  NC_008700  233618  234802  1185  elongation factor Tu  YP_926080  unclonable  5.63397e-08  hitchhiker  0.000127621  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0208  CDS  NC_008700  247158  247532  375  30S ribosomal protein S12  YP_926089  hitchhiker  1.37299e-07  unclonable  7.63444e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0209  CDS  NC_008700  247612  248082  471  30S ribosomal protein S7  YP_926090  hitchhiker  2.77948e-07  unclonable  8.38241e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0210  CDS  NC_008700  248164  250260  2097  elongation factor G  YP_926091  hitchhiker  4.06039e-05  unclonable  1.40529e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0211  CDS  NC_008700  250344  251528  1185  elongation factor Tu  YP_926092  hitchhiker  4.53651e-06  unclonable  9.37964e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0212  CDS  NC_008700  251892  252203  312  30S ribosomal protein S10  YP_926093  unclonable  2.77123e-10  unclonable  6.93674e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0213  CDS  NC_008700  252232  252870  639  50S ribosomal protein L3  YP_926094  hitchhiker  4.6877e-07  unclonable  7.31174e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0214  CDS  NC_008700  252888  253493  606  50S ribosomal protein L4  YP_926095  hitchhiker  3.22212e-06  unclonable  7.55245e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0215  CDS  NC_008700  253490  253792  303  50S ribosomal protein L23  YP_926096  hitchhiker  9.57762e-07  unclonable  6.93674e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0216  CDS  NC_008700  253804  254628  825  50S ribosomal protein L2  YP_926097  hitchhiker  1.16204e-05  unclonable  8.65154e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0217  CDS  NC_008700  254644  254922  279  30S ribosomal protein S19  YP_926098  hitchhiker  1.02796e-06  unclonable  7.23515e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0218  CDS  NC_008700  254938  255270  333  50S ribosomal protein L22  YP_926099  hitchhiker  9.66371e-07  unclonable  7.08625e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0219  CDS  NC_008700  255284  255976  693  30S ribosomal protein S3  YP_926100  unclonable  2.84252e-09  unclonable  7.95871e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0220  CDS  NC_008700  255988  256398  411  50S ribosomal protein L16  YP_926101  unclonable  8.96692e-10  unclonable  7.08625e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0221  CDS  NC_008700  256398  256589  192  50S ribosomal protein L29  YP_926102  unclonable  3.22056e-10  unclonable  6.5932e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0222  CDS  NC_008700  256589  256837  249  30S ribosomal subunit protein S17  YP_926103  unclonable  6.18059e-10  unclonable  6.93674e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0223  CDS  NC_008700  257010  257378  369  50S ribosomal protein L14  YP_926104  unclonable  1.01155e-09  unclonable  7.31174e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0224  CDS  NC_008700  257390  257704  315  50S ribosomal protein L24  YP_926105  unclonable  8.6996e-10  unclonable  7.23515e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0225  CDS  NC_008700  257717  258256  540  50S ribosomal protein L5  YP_926106  unclonable  3.3393e-09  unclonable  8.47343e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0226  CDS  NC_008700  258268  258573  306  30S ribosomal protein S14  YP_926107  unclonable  6.24437e-10  unclonable  7.39307e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0227  CDS  NC_008700  258598  258993  396  30S ribosomal protein S8  YP_926108  unclonable  1.03227e-09  unclonable  7.39307e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0228  CDS  NC_008700  259004  259537  534  50S ribosomal protein L6  YP_926109  hitchhiker  4.31714e-08  unclonable  8.04298e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0229  CDS  NC_008700  259547  259897  351  50S ribosomal protein L18  YP_926110  hitchhiker  1.35008e-08  unclonable  8.29235e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0230  CDS  NC_008700  259911  260417  507  30S ribosomal protein S5  YP_926111  hitchhiker  2.59388e-08  unclonable  8.56318e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0231  CDS  NC_008700  260424  260603  180  50S ribosomal protein L30  YP_926112  hitchhiker  5.64159e-09  unclonable  7.31174e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0232  CDS  NC_008700  260606  261040  435  50S ribosomal protein L15  YP_926113  unclonable  1.10741e-09  unclonable  8.29235e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0233  CDS  NC_008700  261048  262388  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_926114  unclonable  1.81445e-07  unclonable  1.05897e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0234  CDS  NC_008700  262410  262523  114  50S ribosomal protein L36  YP_926115  unclonable  2.43083e-10  unclonable  7.71527e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0235  CDS  NC_008700  262638  262994  357  30S ribosomal protein S13  YP_926116  unclonable  7.71174e-10  unclonable  8.29235e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0236  CDS  NC_008700  263009  263401  393  30S ribosomal protein S11  YP_926117  hitchhiker  1.27993e-06  unclonable  9.19144e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0237  CDS  NC_008700  263433  264053  621  30S ribosomal protein S4  YP_926118  hitchhiker  4.35795e-06  unclonable  1.01717e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0238  CDS  NC_008700  264078  265067  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_926119  hitchhiker  0.00110593  unclonable  1.11386e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0239  CDS  NC_008700  265107  265502  396  50S ribosomal protein L17  YP_926120  hitchhiker  0.00616795  unclonable  9.09756e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0240  CDS  NC_008700  265558  266529  972  hypothetical protein  YP_926121  normal  0.0655032  unclonable  9.86847e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0251  CDS  NC_008700  274865  275446  582  thioredoxin, putative  YP_926132  unclonable  2.12412e-09  normal  0.0823497  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0261  CDS  NC_008700  299560  301215  1656  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_926142  unclonable  9.98406e-07  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0339  CDS  NC_008700  408539  409897  1359  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_926220  unclonable  1.48311e-07  normal  0.499418  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0358  CDS  NC_008700  429123  430307  1185  cell division protein FtsZ  YP_926239  unclonable  3.26456e-08  unclonable  7.63444e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0359  CDS  NC_008700  430462  431382  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_926240  unclonable  1.36144e-08  unclonable  7.71527e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0360  CDS  NC_008700  431399  431851  453  hypothetical protein  YP_926241  hitchhiker  2.15067e-07  unclonable  7.08625e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0361  CDS  NC_008700  431879  432778  900  peptidase M23B  YP_926242  hitchhiker  1.66445e-05  unclonable  7.79697e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0362  CDS  NC_008700  432836  435562  2727  preprotein translocase subunit SecA  YP_926243  normal  0.0221508  unclonable  1.24471e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0363  CDS  NC_008700  441876  442271  396  mutator MutT protein  YP_926244  normal  unclonable  7.39307e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0364  CDS  NC_008700  442313  442528  216  hypothetical protein  YP_926245  normal  unclonable  6.93674e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0365  CDS  NC_008700  442590  443324  735  hypothetical protein  YP_926246  normal  unclonable  8.20765e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0366  CDS  NC_008700  443317  443934  618  dephospho-CoA kinase  YP_926247  normal  0.153347  unclonable  7.95871e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0367  CDS  NC_008700  443934  444848  915  prepilin peptidase  YP_926248  normal  0.0600095  unclonable  8.38241e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0368  CDS  NC_008700  444884  446143  1260  type IV pilus biogenesis protein PilC  YP_926249  normal  0.206315  unclonable  9.47643e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0369  CDS  NC_008700  446213  447919  1707  type IV pilus biogenesis protein PilB  YP_926250  normal  0.0217494  unclonable  1.24471e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0370  CDS  NC_008700  447973  448446  474  prepilin-type cleavage/methylation  YP_926251  hitchhiker  4.39379e-07  unclonable  8.38241e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0467  CDS  NC_008700  573182  574231  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_926347  unclonable  3.95514e-08  normal  0.671219  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0544  CDS  NC_008700  669483  670568  1086  outer membrane porin, putative  YP_926424  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0589  CDS  NC_008700  734874  736049  1176  phosphate-selective porin O and P  YP_926467  unclonable  4.99281e-08  unclonable  1.11386e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0590  CDS  NC_008700  736305  738518  2214  putative TonB-dependent receptor protein  YP_926468  unclonable  1.88689e-05  decreased coverage  0.000190482  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0599  CDS  NC_008700  749259  750221  963  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_926477  unclonable  1.76806e-08  normal  0.0298403  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0642  CDS  NC_008700  797333  798097  765  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA  YP_926520  unclonable  6.41545e-09  normal  0.697753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0657  CDS  NC_008700  813803  814861  1059  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_926535  unclonable  1.95666e-08  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0658  CDS  NC_008700  814903  815079  177  hypothetical protein  YP_926536  unclonable  1.48762e-10  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0778  CDS  NC_008700  960154  961428  1275  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  YP_926655  unclonable  6.83144e-08  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0833  CDS  NC_008700  1016164  1016427  264  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_926710  unclonable  2.24334e-10  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0861  CDS  NC_008700  1051168  1052244  1077  adenylate cyclase-related protein  YP_926738  unclonable  4.65021e-08  normal  0.0622951  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0862  CDS  NC_008700  1052366  1053040  675  DNA mismatch repair protein  YP_926739  unclonable  2.78549e-09  normal  0.0577392  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0863  CDS  NC_008700  1053718  1054254  537  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_926740  unclonable  1.45105e-09  normal  0.0591325  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0920  CDS  NC_008700  1112941  1113237  297  transcriptional regulator HlyU  YP_926797  unclonable  3.31953e-10  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0921  CDS  NC_008700  1113292  1113558  267  30S ribosomal protein S20  YP_926798  unclonable  2.53205e-10  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0922  CDS  NC_008700  1113812  1115377  1566  integral membrane protein MviN  YP_926799  unclonable  3.22348e-07  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0954  CDS  NC_008700  1153139  1155091  1953  vesicle-fusing ATPase  YP_926831  unclonable  3.06538e-06  normal  0.326508  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0971  CDS  NC_008700  1174043  1175302  1260  nucleoside transporter  YP_926848  unclonable  5.46598e-08  decreased coverage  0.000216747  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_0972  CDS  NC_008700  1175591  1176400  810  hypothetical protein  YP_926849  unclonable  6.04021e-09  decreased coverage  0.000188692  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1076  CDS  NC_008700  1303044  1304015  972  phosphate-binding protein  YP_926953  unclonable  1.78631e-08  normal  0.472096  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1077  CDS  NC_008700  1304198  1305103  906  collagenase  YP_926954  unclonable  1.4464e-08  normal  0.459952  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1078  CDS  NC_008700  1305235  1307031  1797  M1 family peptidase  YP_926955  unclonable  1.77882e-06  normal  0.812437  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1079  CDS  NC_008700  1307198  1307464  267  hypothetical protein  YP_926956  unclonable  2.45591e-10  normal  0.673952  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1080  CDS  NC_008700  1307678  1308172  495  glutathione peroxidase  YP_926957  unclonable  8.52506e-10  normal  0.679739  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1149  CDS  NC_008700  1399831  1400856  1026  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_927026  unclonable  2.18534e-08  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1226  CDS  NC_008700  1508471  1510828  2358  endopeptidase La  YP_927103  unclonable  2.23975e-05  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1251  CDS  NC_008700  1536292  1537500  1209  outer membrane porin, putative  YP_927128  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1252  CDS  NC_008700  1537855  1540578  2724  TonB-dependent receptor  YP_927129  unclonable  0.000104446  unclonable  1.65135e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1253  CDS  NC_008700  1540648  1542429  1782  hypothetical protein  YP_927130  normal  0.177752  unclonable  1.27054e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1254  CDS  NC_008700  1542695  1543477  783  hypothetical protein  YP_927131  normal  0.0973125  unclonable  1.12566e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1255  CDS  NC_008700  1543477  1544832  1356  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  YP_927132  normal  0.429171  unclonable  1.53929e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1396  CDS  NC_008700  1688784  1691438  2655  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  YP_927273  unclonable  9.05888e-05  normal  0.0353451  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1443  CDS  NC_008700  1753224  1754114  891  heat shock protein HtpX  YP_927320  unclonable  8.16219e-09  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1515  CDS  NC_008700  1843162  1844214  1053  cell division protein ZipA  YP_927392  unclonable  4.03723e-08  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1588  CDS  NC_008700  1933533  1935608  2076  hypothetical protein  YP_927465  unclonable  6.09017e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1594  CDS  NC_008700  1946862  1947395  534  hypothetical protein  YP_927471  unclonable  2.37237e-09  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1606  CDS  NC_008700  1962014  1963744  1731  ATP-dependent protease  YP_927483  unclonable  4.40956e-07  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1666  CDS  NC_008700  2039062  2039340  279  cell wall hydrolase/autolysin  YP_927542  unclonable  4.05771e-10  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Sama_1667  CDS  NC_008700  2039343  2041145  1803  hypothetical protein  YP_927543  unclonable  1.08277e-06  normal  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>