49 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ppha_0018  CDS  NC_011060  19790  20410  621  ribonuclease HII  YP_002016994  unclonable  6.92909e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0026  CDS  NC_011060  24313  25176  864  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_002017000  unclonable  2.76826e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0095  CDS  NC_011060  98858  99253  396  iojap-like protein  YP_002017068  unclonable  2.7247e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0097  CDS  NC_011060  101966  103663  1698  CTP synthetase  YP_002017070  unclonable  8.52269e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0107  CDS  NC_011060  122545  122949  405  30S ribosomal protein S6  YP_002017080  unclonable  2.36636e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0108  CDS  NC_011060  123016  123489  474  single-strand binding protein  YP_002017081  unclonable  3.26316e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0277  CDS  NC_011060  274166  275878  1713  transposase IS4 family protein  YP_002017228  unclonable  1.94582e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0313  CDS  NC_011060  299968  300345  378  30S ribosomal protein S13  YP_002017263  unclonable  3.33021e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0314  CDS  NC_011060  300394  300777  384  30S ribosomal protein S11  YP_002017264  unclonable  3.33021e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0398  CDS  NC_011060  383447  386407  2961  translation initiation factor IF-2  YP_002017344  unclonable  0.0010836  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0587  CDS  NC_011060  571882  572676  795  hypothetical protein  YP_002017515  unclonable  3.52272e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0588    NC_011060  573012  573955  944      unclonable  4.76489e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0626  CDS  NC_011060  601035  601625  591  NusG antitermination factor  YP_002017543  unclonable  4.97813e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0627  CDS  NC_011060  601745  602998  1254  major facilitator superfamily MFS_1  YP_002017544  unclonable  1.23626e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0635  CDS  NC_011060  634425  637475  3051  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  YP_002017551  unclonable  0.000920365  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0834  CDS  NC_011060  871847  873490  1644  chaperonin GroEL  YP_002017740  unclonable  3.96118e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1080  CDS  NC_011060  1112340  1112645  306  hypothetical protein  YP_002017977  unclonable  2.39095e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1081    NC_011060  1112722  1112811  90      unclonable  1.10592e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1082  CDS  NC_011060  1113001  1113591  591  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_002017978  unclonable  9.00173e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1105  CDS  NC_011060  1136946  1137665  720  Curli production assembly/transport component CsgG  YP_002018001  unclonable  1.29155e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1106  CDS  NC_011060  1137899  1138318  420  NUDIX hydrolase  YP_002018002  unclonable  3.61121e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1114  CDS  NC_011060  1145733  1146620  888  hypothetical protein  YP_002018010  unclonable  6.83896e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1173  CDS  NC_011060  1227638  1228621  984  Transketolase central region  YP_002018065  unclonable  3.93635e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1394  CDS  NC_011060  1459032  1459319  288  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_002018274  unclonable  3.46845e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1429    NC_011060  1500981  1501749  769      unclonable  8.05861e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1436  CDS  NC_011060  1512689  1514764  2076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  YP_002018310  unclonable  6.31982e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1493  CDS  NC_011060  1572440  1573789  1350  signal recognition particle protein  YP_002018360  unclonable  2.65163e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1503  CDS  NC_011060  1582865  1583716  852  hypothetical protein  YP_002018370  unclonable  3.00085e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1504  CDS  NC_011060  1583698  1584402  705  hypothetical protein  YP_002018371  unclonable  1.29155e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1830  CDS  NC_011060  1932945  1934090  1146  Extracellular ligand-binding receptor  YP_002018678  unclonable  5.59355e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1940  CDS  NC_011060  2026658  2027266  609  hypothetical protein  YP_002018774  unclonable  7.36005e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1941  CDS  NC_011060  2027361  2028227  867  hypothetical protein  YP_002018775  unclonable  1.6272e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2083  CDS  NC_011060  2170243  2170920  678  hypothetical protein  YP_002018907  unclonable  1.09984e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2084  CDS  NC_011060  2171168  2171347  180  hypothetical protein  YP_002018908  unclonable  1.15145e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2160  CDS  NC_011060  2243473  2243946  474  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002018980  unclonable  8.05861e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2187    NC_011060  2271168  2272566  1399      unclonable  2.34856e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2238  CDS  NC_011060  2322147  2322947  801  hypothetical protein  YP_002019051  unclonable  3.97726e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2286  CDS  NC_011060  2364020  2364454  435  transcriptional regulator, TraR/DksA family  YP_002019098  unclonable  3.87566e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2287  CDS  NC_011060  2364529  2367786  3258  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_002019099  unclonable  0.00241936  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2319  CDS  NC_011060  2395056  2396792  1737  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  YP_002019131  unclonable  6.48814e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2533  CDS  NC_011060  2603482  2604801  1320  hypothetical protein  YP_002019314  unclonable  2.2557e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2630  CDS  NC_011060  2720907  2721389  483  hypothetical protein  YP_002019407  unclonable  3.75985e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2684  CDS  NC_011060  2773792  2774367  576  NusG antitermination factor  YP_002019460  unclonable  7.36005e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2693  CDS  NC_011060  2783686  2785881  2196  photosystem P840 reaction center, large subunit  YP_002019469  unclonable  0.00010493  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2870  CDS  NC_011060  2954900  2955547  648  NgoMIIIM  YP_002019633  unclonable  6.52337e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2888  CDS  NC_011060  2970762  2971580  819  protein of unknown function DUF152  YP_002019648  unclonable  1.59444e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2891  CDS  NC_011060  2974287  2975588  1302  cell division protein FtsA  YP_002019651  unclonable  9.23792e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2921  CDS  NC_011060  3015046  3016797  1752  60 kDa inner membrane insertion protein  YP_002019680  unclonable  8.70087e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2922  CDS  NC_011060  3016790  3017083  294  protein of unknown function DUF37  YP_002019681  unclonable  2.41578e-08  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>