109 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
STER_0127  CDS  NC_008532  104406  104852  447  50S ribosomal protein L13  YP_819672  unclonable  7.49109e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0191  CDS  NC_008532  157096  158379  1284  trigger factor  YP_819709  unclonable  0.000200487  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0192  CDS  NC_008532  158537  159112  576  DNA-directed RNA polymerase subunit delta  YP_819710  unclonable  1.82723e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0214  CDS  NC_008532  179042  180592  1551  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  YP_819731  unclonable  0.002492  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0234  CDS  NC_008532  198618  199325  708  ABC-type Mn/Zn transport system, ATPase component  YP_819747  unclonable  5.39035e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0235  CDS  NC_008532  199318  200130  813  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  YP_819748  unclonable  2.86144e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0236  CDS  NC_008532  200292  201230  939  AEC family permease  YP_819749  unclonable  7.7424e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0241  CDS  NC_008532  204591  205940  1350  glucose-6-phosphate isomerase  YP_819753  unclonable  0.000576365  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0242  CDS  NC_008532  206128  206844  717  hypothetical protein  YP_819754  unclonable  6.74117e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0292  CDS  NC_008532  253725  254642  918  OxaA-like protein precursor  YP_819797  unclonable  3.76025e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0293  CDS  NC_008532  254729  255007  279  acylphosphatase  YP_819798  unclonable  5.72453e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0299  CDS  NC_008532  258475  259728  1254  diaminopimelate decarboxylase  YP_819804  unclonable  0.000126182  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0313  CDS  NC_008532  269788  270297  510  rRNA methyltransferase, TrmH family  YP_819818  unclonable  1.02446e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0322  CDS  NC_008532  277396  277911  516  Urea transporter  YP_819822  unclonable  1.24071e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0344  CDS  NC_008532  298444  299652  1209  serine/threonine transporter SstT  YP_819843  unclonable  0.000116285  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0354  CDS  NC_008532  310055  310744  690  DNA-binding response regulator  YP_819853  unclonable  4.1064e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0372  CDS  NC_008532  324814  325806  993  mannose PTS system component IIAB  YP_819869  unclonable  1.36714e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0387  CDS  NC_008532  339864  341309  1446  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--L- lysine ligase  YP_819883  unclonable  0.00219663  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0398  CDS  NC_008532  349255  350430  1176  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  YP_819893  unclonable  8.49541e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0444  CDS  NC_008532  388843  389589  747  transcriptional repressor  YP_819926  unclonable  1.46734e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0464  CDS  NC_008532  410469  410972  504  hypothetical protein  YP_819943  unclonable  1.05619e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0465  CDS  NC_008532  411049  411801  753  MutT/nudix family protein  YP_819944  unclonable  2.31456e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0467  CDS  NC_008532  413316  414668  1353  glutamate dehydrogenase  YP_819946  unclonable  0.000753679  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0499  CDS  NC_008532  446705  447886  1182  transaminase  YP_819973  unclonable  7.51793e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0500  CDS  NC_008532  448015  449037  1023  N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase  YP_819974  unclonable  1.18597e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0520  CDS  NC_008532  466814  467692  879  F0F1 ATP synthase subunit gamma  YP_819994  unclonable  4.07991e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0531  CDS  NC_008532  477478  478713  1236  ammonia permease  YP_820005  unclonable  0.000144186  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0542  CDS  NC_008532  488505  489896  1392  gamma-aminobutyrate permease or related permease  YP_820014  unclonable  0.000937541  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0580  CDS  NC_008532  527605  528648  1044  S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase  YP_820046  unclonable  3.56523e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0588  CDS  NC_008532  534956  535939  984  hypothetical protein  YP_820053  unclonable  6.31193e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0589  CDS  NC_008532  536118  536222  105  hypothetical protein  YP_820054  unclonable  1.28823e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0590  CDS  NC_008532  536327  536821  495  hypothetical protein  YP_820055  unclonable  7.80468e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0591  CDS  NC_008532  536900  537670  771  phosphorylase, Pnp/Udp family, putative  YP_820056  unclonable  2.46027e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0592  CDS  NC_008532  537761  538444  684  hypothetical protein  YP_820057  unclonable  2.51129e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0676  CDS  NC_008532  612771  614177  1407  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_820131  unclonable  0.00095762  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0701  CDS  NC_008532  637762  638310  549  macrophage infectivity potentiator-related protein, putative  YP_820155  unclonable  7.64627e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0708  CDS  NC_008532  642368  642979  612  hypothetical protein  YP_820160  unclonable  6.02959e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0726  CDS  NC_008532  661282  661821  540  biotin synthase  YP_820178  unclonable  1.4315e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0727  CDS  NC_008532  661916  662200  285  hypothetical protein  YP_820179  unclonable  8.64307e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0734  CDS  NC_008532  668657  669934  1278  hypothetical protein  YP_820186  unclonable  0.000182503  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0768  CDS  NC_008532  700585  701022  438  iron ABC transporter  YP_820215  unclonable  6.12083e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0769  CDS  NC_008532  701133  701339  207  hypothetical protein  YP_820216  unclonable  6.08155e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0770  CDS  NC_008532  701332  702300  969  glucose kinase  YP_820217  unclonable  1.45403e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0786  CDS  NC_008532  718808  720070  1263  manganese transporter NRAMP  YP_820232  unclonable  0.000167899  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0822  CDS  NC_008532  752708  753064  357  phage related protein  YP_820264  unclonable  2.19608e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0869  CDS  NC_008532  801379  802032  654  PP-loop superfamily ATPase  YP_820302  unclonable  3.38884e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0891  CDS  NC_008532  823822  824709  888  putative glucose uptake permease  YP_820320  unclonable  9.19677e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0895  CDS  NC_008532  827191  828735  1545  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  YP_820321  unclonable  0.00479451  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0898  CDS  NC_008532  829864  830871  1008  hypothetical protein  YP_820324  unclonable  2.68128e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0904  CDS  NC_008532  835778  836107  330  PhnA-like protein  YP_820328  unclonable  7.73889e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0912  CDS  NC_008532  842490  844052  1563  GMP synthase  YP_820333  unclonable  0.00396953  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0915  CDS  NC_008532  845349  846911  1563  signal recognition particle  YP_820336  unclonable  0.00279212  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0916  CDS  NC_008532  847013  847540  528  hypothetical protein  YP_820337  unclonable  1.35961e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0917  CDS  NC_008532  847564  848079  516  small molecule binding protein  YP_820338  unclonable  1.58366e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0940  CDS  NC_008532  870419  872095  1677  acetolactate synthase  YP_820359  unclonable  0.00979223  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0971  CDS  NC_008532  896640  896969  330  hypothetical protein  YP_820384  unclonable  1.96536e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0984  CDS  NC_008532  906574  908025  1452  dipeptide/tripeptide permease  YP_820396  unclonable  0.00152732  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0993  CDS  NC_008532  913452  914795  1344  Na+/alanine symporter  YP_820401  unclonable  0.000614522  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_0995  CDS  NC_008532  917711  919024  1314  O-acetylhomoserine sulfhydrylase  YP_820403  unclonable  0.000385718  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1017  CDS  NC_008532  940910  942391  1482  4-alpha-glucanotransferase  YP_820423  unclonable  0.00219663  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1024  CDS  NC_008532  947511  948389  879  hypothetical protein  YP_820429  unclonable  3.997e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1041  CDS  NC_008532  966458  967111  654  uracil-DNA glycosylase  YP_820442  unclonable  2.82189e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1089  CDS  NC_008532  1008184  1008714  531  translation initiation factor IF-3  YP_820479  unclonable  1.88384e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1098    NC_008532  1014339  1015516  1178      unclonable  8.15318e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1106  CDS  NC_008532  1021111  1021857  747  nitro/flavin reductase  YP_820495  unclonable  1.15125e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1131  CDS  NC_008532  1042861  1044264  1404  glycosyltransferase  YP_820520  unclonable  0.00129132  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1144  CDS  NC_008532  1056546  1056893  348  50S ribosomal protein L19  YP_820532  unclonable  3.66814e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1145  CDS  NC_008532  1057021  1058247  1227  chloride channel protein EriC  YP_820533  unclonable  0.000190492  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1148  CDS  NC_008532  1060190  1060633  444  flavodoxin  YP_820536  unclonable  1.05619e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1149  CDS  NC_008532  1060718  1061089  372  hypothetical protein  YP_820537  unclonable  3.55616e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1150  CDS  NC_008532  1061101  1061820  720  proteinase  YP_820538  unclonable  1.04115e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1151  CDS  NC_008532  1061940  1062722  783  esterase  YP_820539  unclonable  3.0129e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1154  CDS  NC_008532  1065445  1066314  870  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  YP_820542  unclonable  4.9546e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1155  CDS  NC_008532  1066324  1067325  1002  ABC transporter substrate-binding protein  YP_820543  unclonable  1.38162e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1171  CDS  NC_008532  1081831  1083393  1563  2-isopropylmalate synthase  YP_820558  unclonable  0.0051552  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1215  CDS  NC_008532  1120208  1120951  744  acyl-ACP thioesterase, putative  YP_820600  unclonable  1.17573e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1262  CDS  NC_008532  1170327  1170836  510  hypothetical protein  YP_820642  unclonable  8.29567e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1263  CDS  NC_008532  1170974  1171504  531  hypothetical protein  YP_820643  unclonable  1.58366e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1291  CDS  NC_008532  1199423  1200517  1095  sensor histidine kinase  YP_820667  unclonable  2.27861e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1305  CDS  NC_008532  1210845  1211510  666  hypothetical protein  YP_820680  unclonable  7.16173e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1324  CDS  NC_008532  1231832  1232464  633  NAD(P)H nitroreductase, putative  YP_820696  unclonable  3.67676e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1326  CDS  NC_008532  1233308  1234150  843  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  YP_820698  unclonable  2.98135e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1448  CDS  NC_008532  1355769  1356878  1110  RNA polymerase sigma factor RpoD  YP_820806  unclonable  4.54729e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1466  CDS  NC_008532  1372923  1373654  732  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  YP_820822  unclonable  8.08741e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1504  CDS  NC_008532  1408319  1409581  1263  folylpolyglutamate synthase / dihydrofolate synthase  YP_820853  unclonable  0.000264137  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1506  CDS  NC_008532  1409996  1410268  273  30S ribosomal protein S16  YP_820855  unclonable  1.48464e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1519  CDS  NC_008532  1422447  1423709  1263  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_820868  unclonable  0.000238182  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1564  CDS  NC_008532  1466697  1467233  537  hypothetical protein  YP_820911  unclonable  9.26495e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1587  CDS  NC_008532  1486549  1487463  915  DMT family permease  YP_820933  unclonable  8.14807e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1616  CDS  NC_008532  1512364  1512588  225  hypothetical protein  YP_820959  unclonable  6.59135e-09  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1619  CDS  NC_008532  1514680  1515510  831  amino acid ABC transporter periplasmic protein  YP_820962  unclonable  2.31456e-06  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1694  CDS  NC_008532  1583876  1585465  1590  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_821033  unclonable  0.0047408  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1716  CDS  NC_008532  1606338  1606793  456  late competence protein required for DNA binding and uptake  YP_821055  unclonable  6.12083e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1776  CDS  NC_008532  1660099  1660413  315  thioredoxin  YP_821109  unclonable  2.24157e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1790  CDS  NC_008532  1673060  1673395  336  ribonuclease P  YP_821118  unclonable  2.76815e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1814  CDS  NC_008532  1694510  1695208  699  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase  YP_821138  unclonable  8.25508e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1829  CDS  NC_008532  1704428  1705090  663  metal-dependent membrane protease  YP_821152  unclonable  1.68416e-07  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1834  CDS  NC_008532  1706819  1708012  1194  acetate kinase  YP_821156  unclonable  4.32075e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1835  CDS  NC_008532  1708068  1709024  957  hypothetical protein  YP_821157  unclonable  1.76209e-05  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
STER_1855  CDS  NC_008532  1733251  1733616  366  alkaline-shock protein  YP_821176  unclonable  2.04659e-08  n/a    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>