105 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sputcn32_0001  CDS  NC_009438  147  1532  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_001181536  unclonable  5.1e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0051  CDS  NC_009438  59840  61030  1191  putative plasmid transfer protein  YP_001181586  unclonable  6.49628e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0292  CDS  NC_009438  308360  309217  858  RNA polymerase factor sigma-32  YP_001181824  unclonable  1.07182e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0401  CDS  NC_009438  433725  435896  2172  TonB-dependent receptor  YP_001181932  unclonable  5.84805e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0490  CDS  NC_009438  528363  529598  1236  cell division protein FtsA  YP_001182021  unclonable  4.56423e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0491  CDS  NC_009438  529632  530819  1188  cell division protein FtsZ  YP_001182022  unclonable  2.54603e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0574  CDS  NC_009438  624214  625263  1050  rod shape-determining protein MreB  YP_001182105  unclonable  1.61982e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0682  CDS  NC_009438  767861  768235  375  hypothetical protein  YP_001182211  unclonable  1.32631e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0683  CDS  NC_009438  768324  768953  630  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_001182212  unclonable  3.88278e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0781  CDS  NC_009438  870454  871515  1062  porin  YP_001182310  unclonable  2.1464e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_0800  CDS  NC_009438  891145  892395  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_001182329  unclonable  1.39394e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1008  CDS  NC_009438  1123080  1123388  309  hypothetical protein  YP_001182536  unclonable  6.57187e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1140  CDS  NC_009438  1282988  1284055  1068  putative adenylate/guanylate cyclase  YP_001182667  unclonable  3.08183e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1141  CDS  NC_009438  1284178  1284849  672  DNA mismatch repair protein  YP_001182668  unclonable  5.91813e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1142  CDS  NC_009438  1285537  1286061  525  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001182669  unclonable  3.33704e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1296  CDS  NC_009438  1461022  1461711  690  two component transcriptional regulator  YP_001182823  unclonable  4.60678e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1297  CDS  NC_009438  1461791  1463089  1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  YP_001182824  unclonable  5.048e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1489  CDS  NC_009438  1698687  1699991  1305  trigger factor  YP_001183013  unclonable  6.1134e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1490  CDS  NC_009438  1700081  1700689  609  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  YP_001183014  unclonable  4.29428e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1515  CDS  NC_009438  1729902  1731110  1209  porin  YP_001183039  unclonable  3.37456e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1516  CDS  NC_009438  1731880  1734681  2802  TonB-dependent receptor  YP_001183040  unclonable  1.31421e-05  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1577  CDS  NC_009438  1796957  1797481  525  hypothetical protein  YP_001183101  unclonable  2.16707e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1578  CDS  NC_009438  1797499  1797669  171  50S ribosomal protein L32  YP_001183102  unclonable  4.27195e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1579  CDS  NC_009438  1797685  1798713  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001183103  unclonable  2.78649e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1580  CDS  NC_009438  1798723  1799682  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001183104  unclonable  1.6033e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1581  CDS  NC_009438  1799770  1800696  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001183105  unclonable  9.59703e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1582  CDS  NC_009438  1800706  1801452  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001183106  unclonable  4.002e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1583  CDS  NC_009438  1801617  1801850  234  acyl carrier protein  YP_001183107  unclonable  2.66609e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1598  CDS  NC_009438  1820531  1821850  1320  Na+/H+ antiporter NhaC  YP_001183122  unclonable  1.51079e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1599  CDS  NC_009438  1822237  1822842  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001183123  unclonable  3.61763e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1600  CDS  NC_009438  1822925  1823599  675  ribonuclease T  YP_001183124  unclonable  7.38709e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1601  CDS  NC_009438  1823742  1824611  870  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_001183125  unclonable  1.9607e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1607  CDS  NC_009438  1830037  1831365  1329  translocation protein TolB  YP_001183131  unclonable  1.08344e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1608  CDS  NC_009438  1831412  1831948  537  OmpA domain-containing protein  YP_001183132  unclonable  2.67608e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1609  CDS  NC_009438  1831973  1832722  750  tetratricopeptide domain-containing protein  YP_001183133  unclonable  6.16267e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1610  CDS  NC_009438  1833636  1834391  756  hypothetical protein  YP_001183134  unclonable  5.46178e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1683  CDS  NC_009438  1920578  1921294  717  fatty acid metabolism regulator  YP_001183207  unclonable  3.33704e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1687  CDS  NC_009438  1926439  1927023  585  superoxide dismutase  YP_001183211  unclonable  4.04322e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1775  CDS  NC_009438  2020914  2022458  1545  MltD domain-containing protein  YP_001183299  unclonable  1.57284e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1829  CDS  NC_009438  2090071  2092458  2388  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001183351  unclonable  1.86413e-06  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1876  CDS  NC_009438  2147266  2148444  1179  hypothetical protein  YP_001183398  unclonable  4.89639e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_1877  CDS  NC_009438  2148554  2149081  528  flavodoxin FldA  YP_001183399  unclonable  1.40867e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2001  CDS  NC_009438  2287659  2288318  660  hypothetical protein  YP_001183521  unclonable  3.04908e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2011  CDS  NC_009438  2293713  2296403  2691  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_001183531  unclonable  1.46975e-05  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2039  CDS  NC_009438  2324315  2325475  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_001183559  unclonable  5.1e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2040  CDS  NC_009438  2325477  2325752  276  hypothetical protein  YP_001183560  unclonable  8.97334e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2041  CDS  NC_009438  2325875  2326162  288  integration host factor subunit beta  YP_001183561  unclonable  7.05182e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2042  CDS  NC_009438  2326238  2327905  1668  30S ribosomal protein S1  YP_001183562  unclonable  3.89287e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2043  CDS  NC_009438  2328009  2328701  693  cytidylate kinase  YP_001183563  unclonable  2.46913e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2047  CDS  NC_009438  2332911  2336249  3339  glycoside hydrolase family protein  YP_001183567  unclonable  0.000114958  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2063  CDS  NC_009438  2358050  2358985  936  glycoside hydrolase family protein  YP_001183583  unclonable  2.84349e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2064  CDS  NC_009438  2359059  2359775  717  GntR domain-containing protein  YP_001183584  unclonable  1.13894e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2143  CDS  NC_009438  2460085  2460990  906  alpha-L-glutamate ligase  YP_001183663  unclonable  1.19851e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2292  CDS  NC_009438  2641136  2642002  867  LysR family transcriptional regulator  YP_001183812  unclonable  1.23532e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2293  CDS  NC_009438  2642563  2643054  492  hypothetical protein  YP_001183813  unclonable  2.27874e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2365  CDS  NC_009438  2731621  2732649  1029  cell division protein ZipA  YP_001183885  unclonable  1.98089e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2394  CDS  NC_009438  2773488  2774504  1017  putative periplasmic protease  YP_001183914  unclonable  2.16852e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2445  CDS  NC_009438  2833636  2834871  1236  beta-ketoacyl synthase  YP_001183965  unclonable  4.00584e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2446  CDS  NC_009438  2834986  2837028  2043  FAD dependent oxidoreductase  YP_001183966  unclonable  2.88925e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2474  CDS  NC_009438  2870951  2874178  3228  acriflavin resistance protein  YP_001183994  unclonable  6.79191e-05  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2499  CDS  NC_009438  2901539  2902948  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001184019  unclonable  1.72182e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2641  CDS  NC_009438  3063511  3065067  1557  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  YP_001184161  unclonable  3.51887e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2758  CDS  NC_009438  3193964  3195601  1638  CTP synthetase  YP_001184276  unclonable  2.21418e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2765  CDS  NC_009438  3208065  3210272  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001184283  unclonable  5.17482e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2787  CDS  NC_009438  3234161  3237301  3141  acriflavin resistance protein  YP_001184305  unclonable  3.04862e-05  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2823  CDS  NC_009438  3279760  3280599  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_001184341  unclonable  5.97906e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2841  CDS  NC_009438  3301362  3303335  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001184359  unclonable  3.56985e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2866  CDS  NC_009438  3328847  3329494  648  nicotinate (nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase  YP_001184384  unclonable  2.95825e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2867  CDS  NC_009438  3329602  3329931  330  iojap-like protein  YP_001184385  unclonable  8.6194e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2868  CDS  NC_009438  3329931  3330401  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001184386  unclonable  1.63704e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_2873  CDS  NC_009438  3335478  3336653  1176  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  YP_001184391  unclonable  3.40933e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3010  CDS  NC_009438  3489885  3490655  771  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_001184522  unclonable  3.61763e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3128  CDS  NC_009438  3634957  3635400  444  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_001184639  unclonable  1.88351e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3129  CDS  NC_009438  3635577  3636476  900  glutamate--tRNA ligase  YP_001184640  unclonable  9.21619e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3130  CDS  NC_009438  3636592  3638076  1485  poly(A) polymerase  YP_001184641  unclonable  1.72182e-08  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3160  CDS  NC_009438  3679254  3680033  780  deoxyribonuclease I  YP_001184671  unclonable  6.48022e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3276  CDS  NC_009438  3814974  3815564  591  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001184787  unclonable  2.62245e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3412  CDS  NC_009438  3971978  3974020  2043  endothelin-converting protein 1  YP_001184922  unclonable  1.9891e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3567  CDS  NC_009438  4145305  4147416  2112  general secretion pathway protein D  YP_001185075  unclonable  1.9891e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3636  CDS  NC_009438  4237309  4239723  2415  TonB-dependent receptor  YP_001185143  unclonable  1.34979e-06  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3706  CDS  NC_009438  4313903  4314418  516  shikimate kinase I  YP_001185213  unclonable  1.03243e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3738  CDS  NC_009438  4351261  4351374  114  50S ribosomal protein L36  YP_001185244  unclonable  2.24875e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3739  CDS  NC_009438  4351396  4352736  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001185245  unclonable  6.05107e-09  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3740  CDS  NC_009438  4352744  4353178  435  50S ribosomal protein L15  YP_001185246  unclonable  6.97996e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3747  CDS  NC_009438  4355525  4356064  540  50S ribosomal protein L5  YP_001185253  unclonable  3.84321e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3748  CDS  NC_009438  4356077  4356391  315  50S ribosomal protein L24  YP_001185254  unclonable  8.44667e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3749  CDS  NC_009438  4356403  4356771  369  50S ribosomal protein L14  YP_001185255  unclonable  1.23635e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3750  CDS  NC_009438  4356950  4357198  249  30S ribosomal protein S17  YP_001185256  unclonable  7.7178e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3751  CDS  NC_009438  4357198  4357389  192  50S ribosomal protein L29  YP_001185257  unclonable  4.62888e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3759  CDS  NC_009438  4360920  4361558  639  50S ribosomal protein L3  YP_001185265  unclonable  3.58076e-10  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_3863  CDS  NC_009438  4483413  4485614  2202  TonB-dependent siderophore receptor  YP_001185368  unclonable  5.67085e-07  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_4005  CDS  NC_009438  4658786  4658923  138  50S ribosomal protein L34  YP_001185507  unclonable  1.52105e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0030  tRNA  NC_009438  1832865  1832940  76  tRNA-Lys    unclonable  1.78627e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0031  tRNA  NC_009438  1833000  1833075  76  tRNA-Lys    unclonable  1.37565e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0032  tRNA  NC_009438  1833114  1833189  76  tRNA-Lys    unclonable  1.14848e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0033  tRNA  NC_009438  1833248  1833323  76  tRNA-Lys    unclonable  1.29521e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0034  tRNA  NC_009438  1833380  1833455  76  tRNA-Lys    unclonable  1.47574e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0035  tRNA  NC_009438  1833514  1833589  76  tRNA-Lys    unclonable  1.75048e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0046  tRNA  NC_009438  2028303  2028379  77  tRNA-Asp    unclonable  1.7154e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Sputcn32_R0053  tRNA  NC_009438  2117576  2117651  76  tRNA-Asn    unclonable  3.03697e-11  n/a    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>