98 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sfri_0001  CDS  NC_008345  23  1408  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_748702  unclonable  2.63579e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0002  CDS  NC_008345  1428  2528  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_748703  unclonable  5.44098e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0032  CDS  NC_008345  35614  36996  1383  amidohydrolase  YP_748733  unclonable  1.14541e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0126  CDS  NC_008345  139747  140526  780  glutamate racemase  YP_748827  unclonable  1.53552e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0127  CDS  NC_008345  140574  141017  444  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_748828  unclonable  3.40315e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0138  CDS  NC_008345  155195  155896  702  50S ribosomal protein L1  YP_748839  unclonable  3.76196e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0143  CDS  NC_008345  165847  166221  375  30S ribosomal protein S12  YP_748844  unclonable  8.77595e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0144  CDS  NC_008345  166304  166774  471  30S ribosomal protein S7  YP_748845  unclonable  1.70326e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0145  CDS  NC_008345  166853  168949  2097  elongation factor G  YP_748846  unclonable  3.55615e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0146  CDS  NC_008345  169019  170203  1185  elongation factor Tu  YP_748847  unclonable  3.78684e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0147  CDS  NC_008345  170557  170868  312  ribosomal protein S10  YP_748848  unclonable  4.95355e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0148  CDS  NC_008345  170896  171534  639  50S ribosomal protein L3  YP_748849  unclonable  2.84118e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0154  CDS  NC_008345  173951  174640  690  30S ribosomal protein S3  YP_748855  unclonable  5.51432e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0155  CDS  NC_008345  174652  175062  411  50S ribosomal protein L16  YP_748856  unclonable  1.3379e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0156  CDS  NC_008345  175062  175253  192  50S ribosomal protein L29  YP_748857  unclonable  6.36656e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0157  CDS  NC_008345  175253  175501  249  ribosomal protein S17  YP_748858  unclonable  1.17396e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0158  CDS  NC_008345  175678  176046  369  50S ribosomal protein L14  YP_748859  unclonable  2.51869e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0159  CDS  NC_008345  176057  176371  315  50S ribosomal protein L24  YP_748860  unclonable  1.58735e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0160  CDS  NC_008345  176385  176924  540  50S ribosomal protein L5  YP_748861  unclonable  3.87746e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0161  CDS  NC_008345  176935  177240  306  30S ribosomal protein S14  YP_748862  unclonable  1.42165e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0162  CDS  NC_008345  177265  177657  393  30S ribosomal protein S8  YP_748863  unclonable  1.80901e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0163  CDS  NC_008345  177668  178201  534  50S ribosomal protein L6  YP_748864  unclonable  3.87746e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0168  CDS  NC_008345  179715  181055  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_748869  unclonable  1.14541e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0169  CDS  NC_008345  181079  181192  114  50S ribosomal protein L36  YP_748870  unclonable  4.09443e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0170  CDS  NC_008345  181309  181665  357  30S ribosomal protein S13  YP_748871  unclonable  1.07267e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0171  CDS  NC_008345  181683  182075  393  30S ribosomal protein S11  YP_748872  unclonable  1.37898e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0172  CDS  NC_008345  182108  182728  621  30S ribosomal protein S4  YP_748873  unclonable  5.08668e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0185  CDS  NC_008345  193486  194025  540  redoxin domain-containing protein  YP_748886  unclonable  1.21029e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0189  CDS  NC_008345  206187  208835  2649  phosphoenolpyruvate carboxylase  YP_748890  unclonable  6.83526e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0277  CDS  NC_008345  305590  306555  966  hypothetical protein  YP_748978  unclonable  1.63126e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0313  CDS  NC_008345  343068  343559  492  spheroplast protein y precursor, putative  YP_749014  unclonable  1.63608e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0619  CDS  NC_008345  722546  722917  372  hypothetical protein  YP_749317  unclonable  8.09735e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0620  CDS  NC_008345  723008  723637  630  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  YP_749318  unclonable  2.75655e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0701  CDS  NC_008345  826565  826894  330  iojap-like protein  YP_749397  unclonable  1.19797e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0983  CDS  NC_008345  1147902  1149875  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_749674  unclonable  2.96667e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1001  CDS  NC_008345  1171592  1172431  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_749692  unclonable  9.19402e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
 
Sfri_1039  CDS  NC_008345  1223465  1223869  405  transcription antitermination protein NusB  YP_749730  unclonable  4.4365e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1080  CDS  NC_008345  1277280  1280564  3285  peptidase S41  YP_749771  unclonable  7.59167e-05  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1136  CDS  NC_008345  1335999  1337351  1353  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_749827  unclonable  1.10023e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1280  CDS  NC_008345  1514873  1515895  1023  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_749971  unclonable  1.97403e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1464  CDS  NC_008345  1748027  1748764  738  hypothetical protein  YP_750154  unclonable  1.3069e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1496  CDS  NC_008345  1786243  1787271  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_750185  unclonable  4.8222e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1497  CDS  NC_008345  1787280  1788239  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_750186  unclonable  4.06338e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1498  CDS  NC_008345  1788272  1789198  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_750187  unclonable  3.42481e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1499  CDS  NC_008345  1789209  1789955  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_750188  unclonable  1.26797e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1500  CDS  NC_008345  1790119  1790352  234  acyl carrier protein  YP_750189  unclonable  7.7006e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1604  CDS  NC_008345  1908250  1909908  1659  peptidase M28  YP_750293  unclonable  5.77255e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
 
Sfri_1605  CDS  NC_008345  1910067  1910813  747  UMP phosphatase  YP_750294  unclonable  1.09056e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1747  CDS  NC_008345  2055788  2056372  585  superoxide dismutase  YP_750435  unclonable  4.73936e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1793  CDS  NC_008345  2114600  2115736  1137  alanine dehydrogenase  YP_750481  unclonable  6.26319e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1910  CDS  NC_008345  2261955  2262482  528  flavodoxin FldA  YP_750594  unclonable  1.90222e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1930  CDS  NC_008345  2289335  2290522  1188  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_750614  unclonable  6.99486e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1931  CDS  NC_008345  2290702  2291262  561  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_750615  unclonable  3.33496e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1958  CDS  NC_008345  2326702  2328771  2070  endothelin-converting protein 1  YP_750642  unclonable  4.35105e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2079  CDS  NC_008345  2469255  2472239  2985  TonB-dependent receptor  YP_750763  unclonable  2.80363e-05  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2118  CDS  NC_008345  2520186  2521028  843  short chain dehydrogenase  YP_750802  unclonable  1.43066e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2119  CDS  NC_008345  2521139  2521837  699  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_750803  unclonable  5.35005e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2120  CDS  NC_008345  2521906  2523066  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_750804  unclonable  4.10522e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2121  CDS  NC_008345  2523068  2523376  309  hypothetical protein  YP_750805  unclonable  8.51455e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2122  CDS  NC_008345  2523487  2523774  288  integration host factor subunit beta  YP_750806  unclonable  5.93472e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2123  CDS  NC_008345  2523852  2525519  1668  30S ribosomal protein S1  YP_750807  unclonable  3.59988e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2144  CDS  NC_008345  2550723  2552738  2016  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_750828  unclonable  4.26277e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2145  CDS  NC_008345  2552902  2554746  1845  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_750829  unclonable  2.33078e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2155  CDS  NC_008345  2564911  2566971  2061  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  YP_750839  unclonable  4.13371e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2203  CDS  NC_008345  2636489  2637826  1338  hypothetical protein  YP_750887  unclonable  1.81796e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2297  CDS  NC_008345  2741234  2743660  2427  phosphoenolpyruvate synthase  YP_750981  unclonable  5.05096e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2400  CDS  NC_008345  2863949  2864941  993  hypothetical protein  YP_751083  unclonable  1.4454e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2406  CDS  NC_008345  2870824  2871156  333  hypothetical protein  YP_751089  unclonable  5.26111e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2407  CDS  NC_008345  2871300  2874119  2820  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_751090  unclonable  8.37393e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2463  CDS  NC_008345  2930638  2934072  3435  chromosome segregation protein SMC  YP_751146  unclonable  0.000141924  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2464  CDS  NC_008345  2934233  2935006  774  putative sulfate transport protein CysZ  YP_751147  unclonable  1.3069e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2594  CDS  NC_008345  3101319  3103670  2352  ATP-dependent protease La  YP_751273  unclonable  1.42236e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2595  CDS  NC_008345  3103802  3105082  1281  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_751274  unclonable  1.44337e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2628  CDS  NC_008345  3143255  3145861  2607  TonB-dependent receptor  YP_751307  unclonable  1.98241e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2687  CDS  NC_008345  3229445  3230728  1284  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_751366  unclonable  9.55558e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2688  CDS  NC_008345  3230929  3231990  1062  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_751367  unclonable  2.61317e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2714  CDS  NC_008345  3261885  3263294  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_751393  unclonable  1.69422e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2856  CDS  NC_008345  3440781  3441047  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_751534  unclonable  1.04071e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2867  CDS  NC_008345  3449102  3450958  1857  hypothetical protein  YP_751545  unclonable  1.60677e-07  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3238  CDS  NC_008345  3875779  3876531  753  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_751913  unclonable  1.61464e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3597  CDS  NC_008345  4271344  4271766  423  OsmC family protein  YP_752263  unclonable  9.50914e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3603  CDS  NC_008345  4276814  4278022  1209  porin  YP_752269  unclonable  9.08733e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3710  CDS  NC_008345  4399965  4400693  729  single-strand binding protein  YP_752376  unclonable  5.68362e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3711  CDS  NC_008345  4400759  4402126  1368  major facilitator transporter  YP_752377  unclonable  1.34514e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3720  CDS  NC_008345  4418534  4419901  1368  hypothetical protein  YP_752386  unclonable  1.07792e-08  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3766  CDS  NC_008345  4476532  4476918  387  hypothetical protein  YP_752432  unclonable  2.39528e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3767  CDS  NC_008345  4476962  4477267  306  hypothetical protein  YP_752433  unclonable  2.12391e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3796  CDS  NC_008345  4526231  4528951  2721  preprotein translocase subunit SecA  YP_752460  unclonable  5.47853e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3799  CDS  NC_008345  4530394  4531314  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_752463  unclonable  7.08565e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3800  CDS  NC_008345  4531525  4532691  1167  cell division protein FtsZ  YP_752464  unclonable  3.71095e-09  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3988  CDS  NC_008345  4754160  4756556  2397  TonB-dependent receptor  YP_752652  unclonable  2.35152e-06  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_4065  CDS  NC_008345  4844328  4844684  357  ribonuclease P  YP_752729  unclonable  1.40717e-10  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_4066  CDS  NC_008345  4844697  4844834  138  50S ribosomal protein L34  YP_752730  unclonable  5.70066e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0100  tRNA  NC_008345  3261213  3261288  76  tRNA-Val    unclonable  3.89381e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0101  tRNA  NC_008345  3261330  3261405  76  tRNA-Val    unclonable  3.12411e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0102  tRNA  NC_008345  3261438  3261513  76  tRNA-Val    unclonable  2.71468e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0103  tRNA  NC_008345  3261553  3261628  76  tRNA-Val    unclonable  2.79802e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0104  tRNA  NC_008345  3263399  3263474  76  tRNA-Ala    unclonable  2.07184e-11  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>