121 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sden_0001  CDS  NC_007954  10  1398  1389  chromosomal replication initiation protein  YP_561021  unclonable  2.11976e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0002  CDS  NC_007954  1418  2518  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_561022  unclonable  2.00886e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0011  CDS  NC_007954  15084  18281  3198  amidohydrolase  YP_561031  unclonable  1.14616e-05  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0032  CDS  NC_007954  37525  38919  1395  amidohydrolase  YP_561052  unclonable  3.61378e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0099  CDS  NC_007954  110599  112518  1920  chemotaxis sensory transducer  YP_561119  unclonable  1.52719e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0157  CDS  NC_007954  179455  179826  372  preprotein translocase subunit SecE  YP_561177  unclonable  6.28053e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0158  CDS  NC_007954  179836  180387  552  transcription termination/antitermination factor NusG  YP_561178  unclonable  1.71251e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0159  CDS  NC_007954  180516  180944  429  50S ribosomal protein L11  YP_561179  unclonable  1.14645e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0160  CDS  NC_007954  180949  181650  702  50S ribosomal protein L1  YP_561180  unclonable  4.1056e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0168  CDS  NC_007954  194785  195969  1185  elongation factor Tu  YP_561188  unclonable  1.00576e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0169  CDS  NC_007954  196309  196620  312  30S ribosomal protein S10  YP_561189  unclonable  5.85443e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0170  CDS  NC_007954  196648  197286  639  50S ribosomal protein L3  YP_561190  unclonable  2.9478e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0171  CDS  NC_007954  197304  197909  606  50S ribosomal protein L4  YP_561191  unclonable  2.51e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0179  CDS  NC_007954  201006  201254  249  ribosomal protein S17  YP_561199  unclonable  2.65086e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0192  CDS  NC_007954  207061  207417  357  30S ribosomal protein S13  YP_561212  unclonable  9.85744e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0281  CDS  NC_007954  318090  318881  792  hypothetical protein  YP_561300  unclonable  1.08782e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0282  CDS  NC_007954  319081  319437  357  hypothetical protein  YP_561301  unclonable  5.34779e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_0283  CDS  NC_007954  319489  319809  321  hypothetical protein  YP_561302  unclonable  4.69346e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0360  CDS  NC_007954  402712  403632  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_561378  unclonable  2.38422e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0361  CDS  NC_007954  403637  404089  453  hypothetical protein  YP_561379  unclonable  1.15827e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0437  CDS  NC_007954  506724  509012  2289  transcriptional regulatory protein-like protein  YP_561452  unclonable  8.09247e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0521  CDS  NC_007954  590199  591605  1407  replicative DNA helicase  YP_561536  unclonable  4.37695e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0527  CDS  NC_007954  595482  596720  1239  hypothetical protein  YP_561542  unclonable  1.03666e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0638  CDS  NC_007954  740960  742141  1182  phosphate-selective porin O and P  YP_561651  unclonable  2.22961e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0690  CDS  NC_007954  798861  799442  582  SH3, type 3  YP_561703  unclonable  1.76512e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0691  CDS  NC_007954  799566  800834  1269  phosphate transporter  YP_561704  unclonable  7.5079e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0711  CDS  NC_007954  820440  821786  1347  putative esterase  YP_561724  unclonable  3.50604e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0717  CDS  NC_007954  829567  830370  804  hypothetical protein  YP_561730  unclonable  1.02421e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0718  CDS  NC_007954  830510  830992  483  regulatory protein, MarR  YP_561731  unclonable  1.3596e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0719  CDS  NC_007954  831047  831898  852  hypothetical protein  YP_561732  unclonable  9.83282e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0720  CDS  NC_007954  831921  833096  1176  major facilitator transporter  YP_561733  unclonable  7.97636e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0721  CDS  NC_007954  833273  834748  1476  hypothetical protein  YP_561734  unclonable  4.60382e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0729  CDS  NC_007954  843047  845017  1971  TonB-dependent receptor, plug  YP_561742  unclonable  1.81168e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0790  CDS  NC_007954  907591  909663  2073  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  YP_561803  unclonable  1.10471e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0820  CDS  NC_007954  939251  939559  309  hypothetical protein  YP_561832  unclonable  3.37164e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0856  CDS  NC_007954  980353  980823  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_561867  unclonable  3.1317e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0857  CDS  NC_007954  980824  981153  330  Iojap-related protein  YP_561868  unclonable  1.12346e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0911  CDS  NC_007954  1039093  1041210  2118  chemotaxis sensory transducer  YP_561922  unclonable  4.03524e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0937  CDS  NC_007954  1069937  1071655  1719  hypothetical protein  YP_561948  unclonable  1.54044e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_0993  CDS  NC_007954  1130476  1131093  618  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_562004  unclonable  1.48802e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1000  CDS  NC_007954  1138527  1140497  1971  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_562011  unclonable  5.44697e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1023  CDS  NC_007954  1170024  1171286  1263  nucleoside transporter  YP_562034  unclonable  2.39256e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_1024  CDS  NC_007954  1171613  1172500  888  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_562035  unclonable  2.82973e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1089  CDS  NC_007954  1247056  1249143  2088  endothelin-converting protein 1  YP_562100  unclonable  3.91271e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1186  CDS  NC_007954  1377217  1377855  639  transciptional regulator  YP_562195  unclonable  1.78331e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1193  CDS  NC_007954  1387859  1390066  2208  RelA/SpoT family protein  YP_562202  unclonable  3.49735e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1266  CDS  NC_007954  1477553  1478704  1152  hypothetical protein  YP_562275  unclonable  9.46938e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_1273  CDS  NC_007954  1487218  1491099  3882  phosphoribosylformylglycinamidine synthase  YP_562282  unclonable  0.000193442  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1357  CDS  NC_007954  1577048  1578517  1470  amino acid/peptide transporter  YP_562366  unclonable  3.17071e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1361  CDS  NC_007954  1581140  1582168  1029  threonine aldolase  YP_562370  unclonable  1.21527e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1394  CDS  NC_007954  1624669  1625997  1329  translocation protein TolB  YP_562403  unclonable  2.03609e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1395  CDS  NC_007954  1626021  1626557  537  OmpA/MotB  YP_562404  unclonable  2.29219e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1396  CDS  NC_007954  1626618  1627403  786  tetratricopeptide TPR_2  YP_562405  unclonable  1.08782e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1409  CDS  NC_007954  1640820  1643231  2412  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_562418  unclonable  3.45823e-07  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1413  CDS  NC_007954  1648044  1649186  1143  secretion protein HlyD  YP_562422  unclonable  7.66158e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1428  CDS  NC_007954  1663086  1664999  1914  heat shock protein 90  YP_562437  unclonable  6.80402e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1594  CDS  NC_007954  1853162  1853923  762  NAD-dependent deacetylase  YP_562601  unclonable  7.56784e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1595  CDS  NC_007954  1853916  1854410  495  hypothetical protein  YP_562602  unclonable  1.0265e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1597  CDS  NC_007954  1856912  1859092  2181  peptidyl-dipeptidase Dcp  YP_562604  unclonable  2.88176e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1598  CDS  NC_007954  1859327  1859725  399  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  YP_562605  unclonable  4.83764e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1599  CDS  NC_007954  1859741  1860985  1245  hypothetical protein  YP_562606  unclonable  6.52534e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1626  CDS  NC_007954  1890635  1891750  1116  ribonuclease D  YP_562633  unclonable  1.03666e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1654  CDS  NC_007954  1919092  1919991  900  protein of unknown function RIO1  YP_562661  unclonable  3.63916e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1673  CDS  NC_007954  1944126  1945274  1149  hypothetical protein  YP_562680  unclonable  1.17038e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1721  CDS  NC_007954  2025433  2026119  687  putative solute/DNA competence effector  YP_562728  unclonable  5.11987e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1725  CDS  NC_007954  2031680  2033728  2049  hypothetical protein  YP_562732  unclonable  1.49613e-08  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1743  CDS  NC_007954  2061947  2064745  2799  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_562750  unclonable  1.55833e-06  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1752  CDS  NC_007954  2074020  2074703  684  cytidylate kinase  YP_562759  unclonable  9.25539e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1764  CDS  NC_007954  2084415  2086862  2448  acyl-CoA dehydrogenase  YP_562771  unclonable  1.69157e-07  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1765  CDS  NC_007954  2087111  2087887  777  glutamine amidotransferase, class-II  YP_562772  unclonable  1.13281e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1766  CDS  NC_007954  2088017  2088892  876  hypothetical protein  YP_562773  unclonable  2.74538e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1840  CDS  NC_007954  2166761  2167507  747  UMP phosphatase  YP_562847  unclonable  4.53857e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1841  CDS  NC_007954  2167797  2168768  972  C32 tRNA thiolase  YP_562848  unclonable  1.26519e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1901  CDS  NC_007954  2233023  2234864  1842  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_562907  unclonable  2.9404e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1907  CDS  NC_007954  2238822  2240651  1830  hypothetical protein  YP_562913  unclonable  5.6708e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1958  CDS  NC_007954  2320270  2321670  1401  asparaginyl-tRNA synthetase  YP_562964  unclonable  3.80108e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_1995  CDS  NC_007954  2359795  2361138  1344  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein  YP_563001  unclonable  4.24647e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2129  CDS  NC_007954  2526929  2527525  597  cytochrome B561  YP_563134  unclonable  4.82046e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2130  CDS  NC_007954  2527785  2528648  864  heat shock protein HtpX  YP_563135  unclonable  1.29108e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2140  CDS  NC_007954  2540423  2540905  483  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_563145  unclonable  3.03836e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2141  CDS  NC_007954  2540998  2542311  1314  lytic murein transglycosylase  YP_563146  unclonable  4.51146e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2273  CDS  NC_007954  2698338  2699288  951  hypothetical protein  YP_563276  unclonable  4.7797e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
 
Sden_2292  CDS  NC_007954  2717168  2717401  234  acyl carrier protein  YP_563295  unclonable  3.08066e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2293  CDS  NC_007954  2717564  2718310  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_563296  unclonable  7.12528e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2295  CDS  NC_007954  2719389  2720348  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_563298  unclonable  2.69031e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2296  CDS  NC_007954  2720357  2721388  1032  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_563299  unclonable  2.28955e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2297  CDS  NC_007954  2721403  2721573  171  50S ribosomal protein L32  YP_563300  unclonable  1.39706e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2298  CDS  NC_007954  2721591  2722115  525  hypothetical protein  YP_563301  unclonable  9.85744e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2337  CDS  NC_007954  2766148  2767962  1815  sulfatase  YP_563340  unclonable  9.69509e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2380  CDS  NC_007954  2833280  2833612  333  hypothetical protein  YP_563383  unclonable  8.06852e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2427  CDS  NC_007954  2887182  2890082  2901  TonB-dependent receptor, plug  YP_563430  unclonable  1.8893e-06  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2465  CDS  NC_007954  2940263  2940778  516  3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase  YP_563468  unclonable  3.7503e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2496  CDS  NC_007954  2975847  2977151  1305  trigger factor  YP_563499  unclonable  4.60382e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2515  CDS  NC_007954  3002206  3003216  1011  cell division protein ZipA  YP_563518  unclonable  2.31315e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2533  CDS  NC_007954  3027216  3028637  1422  glutamyl-tRNA synthetase  YP_563536  unclonable  3.8789e-10  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2539  CDS  NC_007954  3037333  3038082  750  electron transfer flavoprotein beta-subunit  YP_563541  unclonable  7.95792e-12  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2711  CDS  NC_007954  3248973  3249311  339  nitrogen regulatory protein P-II  YP_563713  unclonable  6.34529e-13  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2730  CDS  NC_007954  3268724  3270238  1515  amino acid carrier protein  YP_563732  unclonable  1.65436e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2767  CDS  NC_007954  3308462  3309376  915  peptidase S26A, signal peptidase I  YP_563769  unclonable  5.72836e-11  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Sden_2768  CDS  NC_007954  3309658  3311448  1791  GTP-binding protein LepA  YP_563770  unclonable  3.63833e-09  n/a    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>