68 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
VSAL_I0085  CDS  NC_011312  86057  86602  546  putative transferase  YP_002261637  unclonable  3.67586e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0150  CDS  NC_011312  189820  191661  1842  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  YP_002261699  unclonable  0.000286157  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0189  CDS  NC_011312  230590  231048  459  hypothetical protein  YP_002261732  unclonable  1.32097e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0190  CDS  NC_011312  231313  231480  168  50S ribosomal protein L33  YP_002261733  unclonable  7.60061e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0191  CDS  NC_011312  231494  231730  237  50S ribosomal protein L28  YP_002261734  unclonable  8.9275e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0312  CDS  NC_011312  354867  356954  2088  elongation factor G  YP_002261846  unclonable  0.000568119  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0313  CDS  NC_011312  357073  358257  1185  elongation factor Tu  YP_002261847  unclonable  8.36704e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0330  CDS  NC_011312  368658  369029  372  50S ribosomal protein L14  YP_002261862  unclonable  2.13819e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0331  CDS  NC_011312  369040  369357  318  50S ribosomal protein L24  YP_002261863  unclonable  2.07405e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0332  CDS  NC_011312  369385  369924  540  50S ribosomal protein L5  YP_002261864  unclonable  3.06823e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0406  CDS  NC_011312  444332  444952  621  FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_002261935  unclonable  2.88823e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0407  CDS  NC_011312  445092  445754  663  opacity-associated protein A  YP_002261936  unclonable  3.5664e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0434  CDS  NC_011312  469479  473276  3798  hypothetical protein  YP_002261963  unclonable  0.00651214  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0531  CDS  NC_011312  586955  587341  387  diacylglycerol kinase  YP_002262052  unclonable  1.13671e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0532  CDS  NC_011312  588313  589449  1137  membrane-bound lytic murein transglycosylase C precursor  YP_002262053  unclonable  7.12177e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0533  CDS  NC_011312  589560  589832  273  hypothetical protein  YP_002262054  unclonable  9.20147e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0534  CDS  NC_011312  589835  590887  1053  A/G-specific adenine glycosylase  YP_002262055  unclonable  5.06444e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0577  CDS  NC_011312  634052  634312  261  30S ribosomal protein S20  YP_002262097  unclonable  7.29927e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0578  CDS  NC_011312  634534  636093  1560  virulence factor MviN homolog  YP_002262098  unclonable  0.000238357  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0592  CDS  NC_011312  652796  654778  1983  cell division protein FtsH  YP_002262112  unclonable  0.000468831  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0627  CDS  NC_011312  691624  693708  2085  elongation factor G  YP_002262146  unclonable  0.00051334  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0666  CDS  NC_011312  738205  740790  2586  chaperone ClpB (heat-shock protein)  YP_002262184  unclonable  0.00205546  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I0784  CDS  NC_011312  870657  871748  1092  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_002262294  unclonable  0.000100332  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I1760  CDS  NC_011312  1871587  1873515  1929  threonyl-tRNA synthetase  YP_002263168  unclonable  0.000746645  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I1918  CDS  NC_011312  2051215  2052375  1161  MFS transporter  YP_002263313  unclonable  7.71845e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I1963  CDS  NC_011312  2104217  2105389  1173  putative secretion protein, HlyD family  YP_002263352  unclonable  7.2673e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2138  CDS  NC_011312  2289942  2292845  2904  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  YP_002263508  unclonable  0.00227594  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2220  CDS  NC_011312  2387396  2389069  1674  30S ribosomal protein S1  YP_002263586  unclonable  0.000298041  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2222  CDS  NC_011312  2389129  2389410  282  integration host factor subunit beta  YP_002263587  unclonable  1.09165e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2223  CDS  NC_011312  2389599  2389883  285  inner membrane protein  YP_002263588  unclonable  1.12515e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2224  CDS  NC_011312  2389891  2391060  1170  tetratricopeptide repeat protein  YP_002263589  unclonable  8.11789e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2226  CDS  NC_011312  2391897  2393957  2061  methionyl-tRNA synthetase  YP_002263591  unclonable  0.000556353  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2241  CDS  NC_011312  2411210  2411947  738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_002263606  unclonable  3.19418e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2242  CDS  NC_011312  2412442  2413683  1242  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  YP_002263607  unclonable  9.73225e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2270  CDS  NC_011312  2445467  2446783  1317  outer membrane protein transport protein  YP_002263632  unclonable  0.000125338  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2359  CDS  NC_011312  2534422  2534931  510  PTS system glucose-specific transporter subunit  YP_002263715  unclonable  2.07405e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2515  CDS  NC_011312  2693718  2695358  1641  CTP synthetase  YP_002263863  unclonable  0.000298041  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2607  CDS  NC_011312  2823105  2824430  1326  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  YP_002263950  unclonable  0.000156252  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2639  CDS  NC_011312  2855249  2856166  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_002263977  unclonable  5.6559e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2640  CDS  NC_011312  2856272  2857507  1236  cell division protein FtsZ  YP_002263978  unclonable  0.000115675  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2694  CDS  NC_011312  2915221  2916237  1017  putative DNA-binding/iron metalloprotein/AP endonuclease  YP_002264032  unclonable  8.36704e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2796  CDS  NC_011312  3028498  3029004  507  putative periplasmic protein CpxP  YP_002264132  unclonable  2.03252e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2797  CDS  NC_011312  3029199  3029882  684  transcriptional regulator, CpxR  YP_002264133  unclonable  2.88823e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2868  CDS  NC_011312  3109369  3109863  495  50S ribosomal protein L10  YP_002264198  unclonable  1.40329e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2869  CDS  NC_011312  3110109  3110813  705  50S ribosomal protein L1  YP_002264199  unclonable  2.34009e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2870  CDS  NC_011312  3110818  3111246  429  50S ribosomal protein L11  YP_002264200  unclonable  1.38901e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2871  CDS  NC_011312  3111366  3111911  546  transcription antitermination protein NusG  YP_002264201  unclonable  2.36415e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I2883  CDS  NC_011312  3128367  3128852  486  putative RNA binding protein  YP_002264213  unclonable  1.82039e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3071r  rRNA  NC_011312  87125  88661  1537  16S ribosomal RNA    unclonable  0.000353761  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3073r  rRNA  NC_011312  91976  92095  120  5S ribosomal RNA    unclonable  7.52328e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3077r  rRNA  NC_011312  94571  97458  2888  23S ribosomal RNA    unclonable  0.00180107  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3078r  rRNA  NC_011312  97552  97671  120  5S ribosomal RNA    unclonable  6.47094e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3079r  rRNA  NC_011312  98079  99614  1536  16S ribosomal RNA    unclonable  0.0002482  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3084r  rRNA  NC_011312  103225  103344  120  5S ribosomal RNA    unclonable  3.84102e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3118t  tRNA  NC_011312  587496  587568  73  tRNA-Asn    unclonable  5.13556e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3119t  tRNA  NC_011312  587579  587651  73  tRNA-Phe    unclonable  4.73964e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3120t  tRNA  NC_011312  587662  587734  73  tRNA-Thr    unclonable  5.34878e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3121t  tRNA  NC_011312  587814  587886  73  tRNA-Asn    unclonable  5.18835e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3122t  tRNA  NC_011312  587896  587968  73  tRNA-Phe    unclonable  5.56833e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3123t  tRNA  NC_011312  587979  588051  73  tRNA-Thr    unclonable  5.29436e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3124t  tRNA  NC_011312  588131  588203  73  tRNA-Phe    unclonable  6.66953e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3149t  tRNA  NC_011312  869657  869730  74  tRNA-Met    unclonable  7.67874e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3150t  tRNA  NC_011312  869766  869847  82  tRNA-Leu    unclonable  7.67874e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3151t  tRNA  NC_011312  869910  869967  58  tRNA-Gln    unclonable  8.49018e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3152t  tRNA  NC_011312  869967  870038  72  tRNA-Gln    unclonable  9.38948e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3153t  tRNA  NC_011312  870092  870173  82  tRNA-Leu    unclonable  9.97462e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_I3154t  tRNA  NC_011312  870276  870349  74  tRNA-Met    unclonable  9.67763e-06  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
VSAL_II0835  CDS  NC_011313  920870  921763  894  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  YP_002265138  unclonable  5.1165e-05  n/a    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>