56 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
DhcVS_1008  CDS  NC_013552  943338  943937  +  600  hypothetical protein  YP_003330453  unclonable  0.000000000000337741  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1009  CDS  NC_013552  944100  945236  +  1137  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003330454  unclonable  0.0000000000512645  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1025  CDS  NC_013552  955970  956599  +  630  peptidylprolyl isomerase  YP_003330470  unclonable  0.000000000000366369  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1043  CDS  NC_013552  969154  970374  +  1221  argininosuccinate synthase  YP_003330488  unclonable  0.000000000173868  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1068  CDS  NC_013552  994237  995421  -  1185  serine protease, DegP/HtrA family  YP_003330513  unclonable  0.000000000137948  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1078  CDS  NC_013552  1002493  1003035  -  543  DNA-binding response regulator  YP_003330523  unclonable  0.00000000000063084  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1079  CDS  NC_013552  1003412  1004521  +  1110  hypothetical protein  YP_003330524  unclonable  0.000000000122089  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1138  CDS  NC_013552  1050047  1051663  +  1617  hypothetical protein  YP_003330580  unclonable  0.0000000071313  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1166  CDS  NC_013552  1075899  1077155  -  1257  tRNA I(6) A37 thitransferase miaB family  YP_003330607  unclonable  0.000000000228736  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1189  CDS  NC_013552  1099904  1101178  -  1275  transcription termination factor  YP_003330629  unclonable  0.000000000172016  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1228  CDS  NC_013552  1134960  1135571  -  612  membrane transporter, MarC family  YP_003330663  unclonable  0.000000000000452598  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1304  CDS  NC_013552  1200659  1201375  -  717  hypothetical protein  YP_003330731  unclonable  0.000000000000971089  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_131  CDS  NC_013552  131346  133379  -  2034  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase protein  YP_003329632  unclonable  0.000000174101  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1390  CDS  NC_013552  1285616  1286140  -  525  hypothetical protein  YP_003330817  unclonable  0.000000000000265316  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1464  CDS  NC_013552  1362791  1363795  -  1005  hypothetical protein  YP_003330889  unclonable  0.0000000000238574  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1513  CDS  NC_013552  1404951  1405757  -  807  TPR repeat-containing protein  YP_003330937  unclonable  0.0000000000018853  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1514  CDS  NC_013552  1405971  1406189  +  219  NifU domain protein  YP_003330938  unclonable  0.0000000000000120627  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_1515  CDS  NC_013552  1406247  1407464  -  1218  aspartate kinase, monofunctional class  YP_003330939  unclonable  0.000000000110315  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_172  CDS  NC_013552  169213  170898  +  1686  hypothetical protein  YP_003329671  unclonable  0.0000000114775  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_256  CDS  NC_013552  240106  243024  -  2919  UvrD/REP helicase  YP_003329746  unclonable  0.0000753871  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_275  CDS  NC_013552  267712  269061  -  1350  protein-export membrane protein, preprotein translocase SecD subunit  YP_003329764  unclonable  0.000000000478055  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_276  CDS  NC_013552  269075  270580  -  1506  polymerase  YP_003329765  unclonable  0.00000000457601  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_283  CDS  NC_013552  276872  278098  +  1227  cell division protein FtsA  YP_003329772  unclonable  0.0000000000752805  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_286  CDS  NC_013552  280260  282545  +  2286  ribonucleotide reductase  YP_003329775  unclonable  0.00000168014  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_291  CDS  NC_013552  285831  287603  -  1773  hypothetical protein  YP_003329780  unclonable  0.0000000223386  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_292  CDS  NC_013552  287790  288152  +  363  hypothetical protein  YP_003329781  unclonable  0.0000000000000220389  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_308  CDS  NC_013552  298821  299954  +  1134  carboxyl-terminal protease  YP_003329795  unclonable  0.000000000103744  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_321  CDS  NC_013552  312780  313517  -  738  ribosomal protein S2  YP_003329808  unclonable  0.00000000000206427  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_333  CDS  NC_013552  325106  326605  -  1500  ATP-dependent metalloprotease, cell division protein  YP_003329819  unclonable  0.00000000228185  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_334  CDS  NC_013552  326992  327744  -  753  hypothetical protein  YP_003329820  unclonable  0.00000000000260704  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_335  CDS  NC_013552  327936  328286  +  351  hypothetical protein  YP_003329821  unclonable  0.0000000000000506445  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_336  CDS  NC_013552  328287  328715  -  429  nucleoside diphosphate kinase  YP_003329822  unclonable  0.0000000000000506445  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_362  CDS  NC_013552  348229  349011  -  783  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  YP_003329847  unclonable  0.000000000000733431  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_41  CDS  NC_013552  35065  35673  -  609  SAM dependent methyltransferase, UbiE family  YP_003329546  unclonable  0.00000000000057615  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_42  CDS  NC_013552  35684  35878  -  195  hypothetical protein  YP_003329547  unclonable  0.0000000000000133403  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_438  CDS  NC_013552  410924  411679  +  756  methionine aminopeptidase  YP_003329921  unclonable  0.00000000000226178  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_440  CDS  NC_013552  411689  411910  +  222  translation initiation factor 1 (IF-1)  YP_003329922  unclonable  0.0000000000000138941  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_446  CDS  NC_013552  414935  415675  +  741  pseudouridylate synthase  YP_003329928  unclonable  0.00000000000332106  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_47  CDS  NC_013552  38232  39491  +  1260  DNA polymerase III, delta subunit  YP_003329551  unclonable  0.000000000202582  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_490  CDS  NC_013552  457715  460294  -  2580  DNA repair ATPase  YP_003329972  unclonable  0.0000109294  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_494  CDS  NC_013552  464839  467115  -  2277  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase  YP_003329976  unclonable  0.00000095153  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_495  CDS  NC_013552  467416  467985  +  570  hypothetical protein  YP_003329977  unclonable  0.000000000000100237  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_496  CDS  NC_013552  468043  468276  +  234  hypothetical protein  YP_003329978  unclonable  0.00000000000000569038  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_506  CDS  NC_013552  475526  475753  -  228  hypothetical protein  YP_003329988  unclonable  0.0000000000000251154  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_507  CDS  NC_013552  475769  476017  -  249  ribosomal protein S16  YP_003329989  unclonable  0.0000000000000394154  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_508  CDS  NC_013552  476163  476834  +  672  nfi endonuclease V  YP_003329990  unclonable  0.00000000000219342  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_529  CDS  NC_013552  494054  495232  -  1179  GTPase domain, tubulin/FtsZ  YP_003330010  unclonable  0.000000000114898  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_659  CDS  NC_013552  616171  617919  -  1749  threonyl-tRNA synthetase (thrS)  YP_003330126  unclonable  0.0000000328118  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_673  CDS  NC_013552  629995  630225  +  231  ATPase C subunit  YP_003330138  unclonable  0.00000000000000716672  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_674  CDS  NC_013552  630294  630623  -  330  hypothetical protein  YP_003330139  unclonable  0.0000000000000147632  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_703  CDS  NC_013552  658431  659228  +  798  stationary-phase survival protein  YP_003330168  unclonable  0.00000000000177307  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_704  CDS  NC_013552  659361  659915  +  555  hypothetical protein  YP_003330169  unclonable  0.000000000000262498  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_849  CDS  NC_013552  790291  791589  -  1299  adenylosuccinate synthase  YP_003330305  unclonable  0.000000000104861  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_906  CDS  NC_013552  840339  841094  +  756  serine protease, DegP/HtrA family  YP_003330354  unclonable  0.00000000000453115  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_908  CDS  NC_013552  842249  845293  -  3045  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_003330356  unclonable  0.0001157  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
DhcVS_952  CDS  NC_013552  887228  887809  -  582  hypothetical protein  YP_003330399  unclonable  0.000000000000542228  n/a    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>