69 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Paes_0015  CDS  NC_011059  17535  19469  1935  DNA gyrase, B subunit  YP_002014728  normal  unclonable  1.55334e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0016  CDS  NC_011059  19561  19944  384  hypothetical protein  YP_002014729  normal  0.204452  unclonable  8.83308e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0017  CDS  NC_011059  19959  20579  621  ribonuclease HII  YP_002014730  hitchhiker  0.00136282  unclonable  9.28974e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0018  CDS  NC_011059  20672  20863  192  hypothetical protein  YP_002014731  hitchhiker  5.2269e-05  unclonable  8.39886e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0019  CDS  NC_011059  20912  22567  1656  ribonuclease, Rne/Rng family  YP_002014732  decreased coverage  2.01428e-07  unclonable  1.66802e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0020  CDS  NC_011059  22582  23445  864  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_002014733  unclonable  1.49214e-10  hitchhiker  2.15065e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0159  CDS  NC_011059  168722  169192  471  single-strand binding protein  YP_002014865  unclonable  3.21111e-11  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0274  CDS  NC_011059  286929  289124  2196  photosystem P840 reaction center, large subunit  YP_002014978  unclonable  5.80216e-08  unclonable  3.20304e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0366  CDS  NC_011059  400056  401609  1554  transcription elongation factor NusA  YP_002015070  unclonable  6.47313e-09  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0387  CDS  NC_011059  420024  421859  1836  ABC transporter related  YP_002015091  unclonable  3.1667e-08  normal  0.0347309  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0388  CDS  NC_011059  422001  422276  276  30S ribosomal protein S20  YP_002015092  unclonable  1.2628e-11  normal  0.0229043  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0399  CDS  NC_011059  433377  434081  705  hypothetical protein  YP_002015103  unclonable  9.21027e-11  unclonable  2.18864e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0400  CDS  NC_011059  434216  436699  2484  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  YP_002015104  unclonable  1.08596e-06  unclonable  4.5929e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0472  CDS  NC_011059  506174  507238  1065  protein of unknown function DUF900 hydrolase family protein  YP_002015175  unclonable  4.024e-10  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0550  CDS  NC_011059  593009  594214  1206  6-phosphofructokinase  YP_002015253  unclonable  1.01268e-09  normal  0.239253  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0668  CDS  NC_011059  705853  708240  2388  ribonuclease R  YP_002015363  unclonable  5.70881e-07  normal  0.0119217  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0695  CDS  NC_011059  739387  741954  2568  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_002015389  unclonable  1.86841e-06  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0696  CDS  NC_011059  742125  742403  279  hypothetical protein  YP_002015390  unclonable  7.64679e-12  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0697  CDS  NC_011059  742550  742960  411  hypothetical protein  YP_002015391  unclonable  1.88698e-11  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0698  CDS  NC_011059  743738  745015  1278  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_002015392  unclonable  1.55998e-09  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0751  CDS  NC_011059  802226  802687  462  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002015445  unclonable  1.45376e-11  normal  0.0872971  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0871  CDS  NC_011059  949218  950552  1335  protein of unknown function DUF107  YP_002015563  unclonable  1.76034e-09  normal  0.0484156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_0957  CDS  NC_011059  1057245  1058459  1215  aspartate aminotransferase  YP_002015647  unclonable  4.23208e-10  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1014  CDS  NC_011059  1117077  1118426  1350  signal recognition particle protein  YP_002015700  unclonable  1.30193e-09  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1044  CDS  NC_011059  1146709  1147935  1227  amidohydrolase  YP_002015730  hitchhiker  2.10114e-08  unclonable  1.94036e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1045  CDS  NC_011059  1148162  1149136  975  fructose-bisphosphate aldolase  YP_002015731  hitchhiker  4.68946e-09  unclonable  1.68547e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1046  CDS  NC_011059  1149282  1151363  2082  carboxyl-terminal protease  YP_002015732  unclonable  1.42201e-07  unclonable  1.92026e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1047  CDS  NC_011059  1151402  1152784  1383  argininosuccinate lyase  YP_002015733  hitchhiker  0.00526091  unclonable  1.55334e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1125  CDS  NC_011059  1230823  1232451  1629  hydroxylamine reductase  YP_002015804  unclonable  9.7703e-09  normal  0.234741  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1146  CDS  NC_011059  1250071  1250595  525  hypothetical protein  YP_002015822  unclonable  1.52892e-11  normal  0.179177  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1228  CDS  NC_011059  1335207  1335938  732  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_002015901  unclonable  4.33811e-11  normal  0.0161608  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1229  CDS  NC_011059  1336761  1337216  456  hypothetical protein  YP_002015902  unclonable  1.17695e-11  normal  0.0155727  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1230  CDS  NC_011059  1337305  1338174  870  hypothetical protein  YP_002015903  unclonable  1.03931e-10  normal  0.016668  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1231  CDS  NC_011059  1338477  1339250  774  acid phosphatase (Class B)  YP_002015904  unclonable  1.00818e-10  normal  0.0153766  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1336  CDS  NC_011059  1454858  1458445  3588  hypothetical protein  YP_002016006  normal  unclonable  3.1071e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1337    NC_011059  1458830  1459043  214      normal  0.695349  unclonable  9.77002e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1338  CDS  NC_011059  1459087  1460106  1020  ApbE family lipoprotein  YP_002016007  normal  0.337899  unclonable  1.41849e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1339  CDS  NC_011059  1460546  1462192  1647  glucose-6-phosphate isomerase  YP_002016008  normal  0.0803183  unclonable  1.58602e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1340  CDS  NC_011059  1462232  1462651  420  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  YP_002016009  hitchhiker  0.00268511  unclonable  1.09238e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1341  CDS  NC_011059  1462939  1464267  1329  ammonium transporter  YP_002016010  hitchhiker  4.98095e-05  unclonable  1.43333e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1342  CDS  NC_011059  1464290  1464631  342  nitrogen regulatory protein P-II  YP_002016011  hitchhiker  3.01067e-09  unclonable  1.08063e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1343  CDS  NC_011059  1464681  1465355  675  hypothetical protein  YP_002016012  unclonable  6.16367e-11  unclonable  1.16041e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1344  CDS  NC_011059  1465552  1465995  444  putative transcriptional regulator, CopG family  YP_002016013  hitchhiker  7.23092e-08  unclonable  1.08063e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1345  CDS  NC_011059  1465976  1466827  852  hypothetical protein  YP_002016014  hitchhiker  5.31806e-07  unclonable  1.25757e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1346  CDS  NC_011059  1466980  1467576  597  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  YP_002016015  normal  0.0137458  unclonable  1.05881e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1523  CDS  NC_011059  1664171  1664359  189  hypothetical protein  YP_002016190  unclonable  7.1269e-12  normal  0.1677  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1550  CDS  NC_011059  1690502  1690936  435  6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase and hypothetical protein  YP_002016216  unclonable  4.1663e-11  hitchhiker  0.000140534  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1551  CDS  NC_011059  1691004  1691522  519  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_002016217  unclonable  6.5475e-11  hitchhiker  0.000144401  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1552  CDS  NC_011059  1691786  1692379  594  hypothetical protein  YP_002016218  unclonable  4.99206e-11  hitchhiker  0.000157671  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1553  CDS  NC_011059  1692781  1693149  369  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  YP_002016219  unclonable  6.98293e-12  decreased coverage  1.95705e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1554    NC_011059  1693146  1693568  423      unclonable  8.53943e-12  decreased coverage  2.0897e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1564  CDS  NC_011059  1702469  1702951  483  transcription elongation factor GreA  YP_002016229  unclonable  2.90434e-11  hitchhiker  0.000735134  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1565  CDS  NC_011059  1703133  1704641  1509  protease Do  YP_002016230  unclonable  9.01531e-09  hitchhiker  0.00330598  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1588  CDS  NC_011059  1730166  1730756  591  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_002016253  unclonable  5.25017e-11  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1649  CDS  NC_011059  1794276  1795373  1098  hypothetical protein  YP_002016314  unclonable  3.67615e-10  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1668  CDS  NC_011059  1815960  1816838  879  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_002016333  unclonable  1.07141e-10  normal  0.242712  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1669  CDS  NC_011059  1817094  1817702  609  phosphoesterase PA-phosphatase related  YP_002016334  unclonable  2.73408e-11  normal  0.218841  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1674  CDS  NC_011059  1823034  1824032  999  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_002016339  unclonable  2.01501e-10  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1709  CDS  NC_011059  1865777  1869019  3243  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_002016374  unclonable  3.89774e-05  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1732  CDS  NC_011059  1891006  1891758  753  protein of unknown function DUF218  YP_002016397  unclonable  7.09574e-11  normal  0.252079  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_1792  CDS  NC_011059  1956537  1957760  1224  rod shape-determining protein RodA  YP_002016452  unclonable  8.20178e-10  normal  0.0217876  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2112  CDS  NC_011059  2292263  2292616  354  preprotein translocase, YajC subunit  YP_002016764  unclonable  2.10725e-11  normal  0.92109  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2113  CDS  NC_011059  2292626  2293741  1116  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_002016765  unclonable  9.82338e-10  normal  0.988223  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2116  CDS  NC_011059  2295649  2297076  1428  Radical SAM domain protein  YP_002016767  unclonable  4.36427e-09  normal  0.738755  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_2117  CDS  NC_011059  2297181  2297606  426  cytochrome c class I  YP_002016768  unclonable  1.39618e-11  normal  0.419433  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0021  tRNA  NC_011059  743257  743329  73  tRNA-Gln    unclonable  2.3675e-12  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0022  tRNA  NC_011059  743368  743444  77  tRNA-Arg    unclonable  2.7529e-12  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0023  tRNA  NC_011059  743484  743557  74  tRNA-Glu    unclonable  2.72439e-12  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Paes_R0024  tRNA  NC_011059  743579  743655  77  tRNA-Met    unclonable  3.29716e-12  normal  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>