171 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
LACR_0072  CDS  NC_008527  68154  68351  198  hypothetical protein  YP_808121  unclonable  1.37598e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0073  CDS  NC_008527  68387  69007  621  esterase  YP_808122  unclonable  9.37464e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0074  CDS  NC_008527  69075  70244  1170  lactoylglutathione lyase related lyase  YP_808123  unclonable  6.32777e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0075  CDS  NC_008527  70255  70845  591  hypothetical protein  YP_808124  unclonable  4.47764e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0076  CDS  NC_008527  70927  71076  150  50S ribosomal protein L33  YP_808125  unclonable  6.89148e-07  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0096  CDS  NC_008527  88837  89460  624  HAD superfamily hydrolase  YP_808144  unclonable  1.47851e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0097  CDS  NC_008527  89594  90991  1398  amino acid transporter  YP_808145  unclonable  0.000513472  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0111  CDS  NC_008527  102583  103365  783  hypothetical protein  YP_808157  unclonable  5.42137e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0112  CDS  NC_008527  103551  103871  321  membrane transporter  YP_808158  unclonable  6.3895e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0113  CDS  NC_008527  103994  105157  1164  major facilitator superfamily permease  YP_808159  unclonable  0.000201698  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0168  CDS  NC_008527  153846  154634  789  transcriptional repressor CodY  YP_808209  unclonable  3.03115e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0173  CDS  NC_008527  159824  161164  1341  Na+-driven multidrug efflux pump  YP_808214  unclonable  0.000291986  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0197  CDS  NC_008527  182631  183065  435  hypothetical protein  YP_808237  unclonable  4.91203e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0234  CDS  NC_008527  217965  218324  360  hypothetical protein  YP_808274  unclonable  4.52598e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0245  CDS  NC_008527  227827  228198  372  transcriptional regulator  YP_808285  unclonable  4.76333e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0246  CDS  NC_008527  228279  228455  177  30S ribosomal protein S21  YP_808286  unclonable  2.59877e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0262  CDS  NC_008527  243086  244360  1275  flavoprotein  YP_808296  unclonable  0.000227955  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0284  CDS  NC_008527  263918  264961  1044  hypothetical protein  YP_808317  unclonable  0.000141879  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0345  CDS  NC_008527  314065  314415  351  PadR family transcriptional regulator  YP_808374  unclonable  3.92744e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0346  CDS  NC_008527  314712  316451  1740  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  YP_808375  unclonable  0.00335685  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0348  CDS  NC_008527  318623  319888  1266  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  YP_808377  unclonable  0.000283018  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0377  CDS  NC_008527  344070  345245  1176  arabinose efflux permease  YP_808406  unclonable  0.000232651  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0389  CDS  NC_008527  356220  357872  1653  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  YP_808418  unclonable  0.00148523  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0402  CDS  NC_008527  374882  376261  1380  gamma-aminobutyrate permease related permease  YP_808431  unclonable  0.000611596  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0408  CDS  NC_008527  379679  380359  681  RelA_SpoT domain-containing protein  YP_808437  unclonable  2.50379e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0412  CDS  NC_008527  383226  384659  1434  amino acid transporter  YP_808441  unclonable  0.000422224  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0413  CDS  NC_008527  384819  385622  804  hypothetical protein  YP_808442  unclonable  2.47794e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0419  CDS  NC_008527  390788  391828  1041  hypothetical protein  YP_808447  unclonable  0.000120524  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0420  CDS  NC_008527  391936  392010  75  hypothetical protein  YP_808448  unclonable  9.88499e-07  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0421  CDS  NC_008527  392046  392990  945  L-lactate dehydrogenase  YP_808449  unclonable  7.01213e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0426    NC_008527  398051  399462  1412      unclonable  0.000546553  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0438  CDS  NC_008527  411562  411951  390  single-stranded DNA-binding protein  YP_808464  unclonable  8.30836e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0439  CDS  NC_008527  412070  412354  285  co-chaperonin GroES  YP_808465  unclonable  4.91203e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0452  CDS  NC_008527  422242  423171  930  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  YP_808478  unclonable  6.39628e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0481  CDS  NC_008527  456252  456737  486  phosphotransferase system IIA component  YP_808504  unclonable  7.21757e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0498  CDS  NC_008527  472160  473017  858  hypothetical protein  YP_808519  unclonable  3.09355e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0538  CDS  NC_008527  505771  506856  1086  muramidase (flagellum-specific)  YP_808554  unclonable  0.000149562  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0550  CDS  NC_008527  515190  516473  1284  trigger factor  YP_808565  unclonable  0.000250017  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0588  CDS  NC_008527  544787  545749  963  OxaA-like protein precursor  YP_808581  unclonable  3.75081e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0589  CDS  NC_008527  545924  546682  759  HAD superfamily hydrolase  YP_808582  unclonable  1.54059e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0590  CDS  NC_008527  546777  547367  591  hypothetical protein  YP_808583  unclonable  9.37464e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0591    NC_008527  547384  547920  537      unclonable  7.36611e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0592  CDS  NC_008527  547913  548608  696  phosphopantothenate--cysteine ligase  YP_808584  unclonable  1.54059e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0642  CDS  NC_008527  583724  585142  1419  6-phosphogluconate dehydrogenase  YP_808631  unclonable  0.000463294  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0644  CDS  NC_008527  587560  589575  2016  K+ transporter  YP_808633  unclonable  0.00948742  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0645  CDS  NC_008527  589628  589798  171  hypothetical protein  YP_808634  unclonable  8.09018e-07  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0646  CDS  NC_008527  589993  590658  666  hypothetical protein  YP_808635  unclonable  1.06961e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0647  CDS  NC_008527  590790  591674  885  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_808636  unclonable  4.32758e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0657  CDS  NC_008527  600183  600695  513  adenine phosphoribosyltransferase  YP_808644  unclonable  4.91203e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0658  CDS  NC_008527  600886  601449  564  DNA-directed RNA polymerase subunit delta  YP_808645  unclonable  8.82542e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0659  CDS  NC_008527  601585  603225  1641  aminodeoxychorismate lyase  YP_808646  unclonable  0.00259316  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0668  CDS  NC_008527  610447  611748  1302  phosphopyruvate hydratase  YP_808655  unclonable  0.000444589  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0707  CDS  NC_008527  654490  654750  261  transposase  YP_808691  unclonable  2.30067e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0729  CDS  NC_008527  676847  678649  1803  amylopullulanase  YP_808712  unclonable  0.00401162  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0730  CDS  NC_008527  678725  678982  258  XRE family transcriptional regulator  YP_808713  unclonable  2.39544e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0731  CDS  NC_008527  679082  679231  150  hypothetical protein  YP_808714  unclonable  1.43266e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0801  CDS  NC_008527  745561  746451  891  transposase  YP_808780  unclonable  5.83007e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0802    NC_008527  746509  746814  306      unclonable  4.21377e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0803  CDS  NC_008527  747244  748650  1407  hypothetical protein  YP_808781  unclonable  0.00119738  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0813  CDS  NC_008527  756119  756592  474  hypothetical protein  YP_808788  unclonable  3.88693e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0847  CDS  NC_008527  786599  787108  510  hypothetical protein  YP_808821  unclonable  6.07562e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0855  CDS  NC_008527  791511  791801  291  transposase  YP_808828  unclonable  2.59877e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0856  CDS  NC_008527  792015  793037  1023  N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase  YP_808829  unclonable  0.000126902  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0868  CDS  NC_008527  807193  808533  1341  amino acid permease  YP_808841  unclonable  0.000444589  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0869  CDS  NC_008527  808693  808860  168  hypothetical protein  YP_808842  unclonable  2.03901e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0870  CDS  NC_008527  808863  809708  846  HAD superfamily hydrolase  YP_808843  unclonable  5.25914e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0871  CDS  NC_008527  809718  810269  552  hypothetical protein  YP_808844  unclonable  1.02728e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0885  CDS  NC_008527  824830  826089  1260  NADH dehydrogenase  YP_808856  unclonable  0.000409251  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0886  CDS  NC_008527  826230  828236  2007  NADH dehydrogenase  YP_808857  unclonable  0.00969206  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0892  CDS  NC_008527  833115  833261  147  hypothetical protein  YP_808863  unclonable  1.9569e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0896  CDS  NC_008527  838457  839683  1227  30S ribosomal protein S1  YP_808867  unclonable  0.000252731  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0908  CDS  NC_008527  852217  853635  1419  dipeptidase PepV  YP_808878  unclonable  0.000716409  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0921  CDS  NC_008527  867306  868193  888  bifunctional 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10-methylene-tetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_808891  unclonable  6.59615e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0922  CDS  NC_008527  868349  869617  1269  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_808892  unclonable  0.000320124  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0925  CDS  NC_008527  871035  872180  1146  glycerate kinase  YP_808895  unclonable  0.000221042  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0943  CDS  NC_008527  889273  890163  891  transposase  YP_808913  unclonable  5.48004e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0944  CDS  NC_008527  890250  890924  675  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  YP_808914  unclonable  2.331e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_0959  CDS  NC_008527  900796  902667  1872  hypothetical protein  YP_808928  unclonable  0.00543894  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1005  CDS  NC_008527  946133  946579  447  hypothetical protein  YP_808965  unclonable  4.62083e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1006  CDS  NC_008527  946663  946989  327  hypothetical protein  YP_808966  unclonable  3.54976e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1025  CDS  NC_008527  964096  965139  1044  heat-inducible transcription repressor  YP_808985  unclonable  7.23404e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1037  CDS  NC_008527  978849  979139  291  transposase  YP_808997  unclonable  4.47764e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1038  CDS  NC_008527  979417  980742  1326  hypothetical protein  YP_808998  unclonable  0.000431275  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1042  CDS  NC_008527  983246  985108  1863  cation transport ATPase  YP_809001  unclonable  0.0059101  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1054  CDS  NC_008527  996085  996888  804  formate/nitrate transporter  YP_809013  unclonable  4.64668e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1094  CDS  NC_008527  1033838  1035655  1818  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  YP_809051  unclonable  0.00431745  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1217  CDS  NC_008527  1132400  1133485  1086  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  YP_809170  unclonable  0.000151125  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1218  CDS  NC_008527  1133608  1134360  753  sortase (surface protein transpeptidase)  YP_809171  unclonable  1.6214e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1226  CDS  NC_008527  1142912  1144420  1509  fumarate reductase flavoprotein subunit  YP_809178  unclonable  0.00121043  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1253  CDS  NC_008527  1167494  1168222  729  Acyl-ACP thioesterase  YP_809203  unclonable  2.23791e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1267  CDS  NC_008527  1178424  1178708  285  hypothetical protein  YP_809217  unclonable  1.80579e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1268  CDS  NC_008527  1178989  1179498  510  rRNA methylase (SpoU class)  YP_809218  unclonable  6.65769e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1280  CDS  NC_008527  1187857  1189143  1287  homoserine dehydrogenase  YP_809230  unclonable  0.000268679  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1289  CDS  NC_008527  1197484  1198680  1197  major facilitator superfamily permease  YP_809239  unclonable  0.000157601  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1360  CDS  NC_008527  1270251  1271426  1176  transposase  YP_809303  unclonable  0.000208004  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1387  CDS  NC_008527  1297552  1298067  516  50S ribosomal protein L10  YP_809327  unclonable  1.23079e-05  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1394    NC_008527  1305060  1306302  1243      unclonable  0.000185603  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1404  CDS  NC_008527  1312930  1313169  240  hypothetical protein  YP_809342  unclonable  2.4693e-06  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1405  CDS  NC_008527  1313320  1314579  1260  diaminopimelate decarboxylase  YP_809343  unclonable  0.000283018  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
LACR_1429  CDS  NC_008527  1344937  1346664  1728  hypothetical protein  YP_809365  unclonable  0.00343203  n/a    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>