57 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Gmet_0091  CDS  NC_007517  115137  116111  975  lipid A biosynthesis acyltransferase  YP_383065  unclonable  3.20125e-16  hitchhiker  7.6375e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0182  CDS  NC_007517  210642  212915  2274  RNA binding S1  YP_383153  unclonable  2.67713e-10  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0226  CDS  NC_007517  257812  258468  657  HAD family hydrolase  YP_383196  normal  unclonable  4.68138e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0227  CDS  NC_007517  258617  259876  1260  hypothetical protein  YP_383197  normal  unclonable  1.06408e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0228  CDS  NC_007517  260209  260928  720  hypothetical protein  YP_383198  normal  unclonable  5.55039e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0229  CDS  NC_007517  261186  262439  1254  IS204/IS1001/IS1096/IS1165 transposase  YP_383199  normal  0.013108  unclonable  1.06408e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0230  CDS  NC_007517  262523  262933  411  DoxX  YP_383200  hitchhiker  0.00162868  unclonable  3.19876e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0231  CDS  NC_007517  263106  264068  963  alcohol dehydrogenase  YP_383201  hitchhiker  5.70336e-07  unclonable  8.70956e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0232  CDS  NC_007517  264085  264930  846  hypothetical protein  YP_383202  hitchhiker  2.31333e-14  unclonable  5.60773e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0233  CDS  NC_007517  265343  265723  381  hypothetical protein  YP_383203  unclonable  3.86465e-19  hitchhiker  8.74497e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0338  CDS  NC_007517  377293  378195  903  hypothetical protein  YP_383306  hitchhiker  0.000696753  unclonable  2.75244e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0339  CDS  NC_007517  378250  379629  1380  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  YP_383307  hitchhiker  3.60791e-13  unclonable  4.10956e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_0340  CDS  NC_007517  379793  379993  201  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_383308  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.24663e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
 
Gmet_0341  CDS  NC_007517  380130  380432  303  hypothetical protein  YP_383309  unclonable  7.95144e-20  unclonable  7.63806e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
 
Gmet_0816  CDS  NC_007517  899262  902708  3447  pyruvate carboxylase  YP_383783  unclonable  1.67673e-07  hitchhiker  6.44662e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1085  CDS  NC_007517  1209663  1210253  591  hypothetical protein  YP_384050  unclonable  5.60528e-18  hitchhiker  9.2747e-06  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1267  CDS  NC_007517  1427611  1428639  1029  hypothetical protein  YP_384228  unclonable  3.13698e-16  decreased coverage  2.43562e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
 
Gmet_1290  CDS  NC_007517  1449945  1451114  1170  S-adenosylmethionine synthetase  YP_384251  unclonable  1.34106e-15  hitchhiker  2.1958e-06  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1294  CDS  NC_007517  1454255  1455685  1431  S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase  YP_384255  unclonable  7.92408e-15  hitchhiker  2.66691e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1357  CDS  NC_007517  1519234  1521018  1785  aspartyl-tRNA synthetase  YP_384316  hitchhiker  3.12068e-12  unclonable  2.29944e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1590  CDS  NC_007517  1792001  1792267  267  30S ribosomal protein S15  YP_384547  unclonable  1.18687e-19  normal  0.0361736  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1596  CDS  NC_007517  1798274  1798813  540  hypothetical protein  YP_384553  unclonable  1.37805e-18  normal  0.312319  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1608  CDS  NC_007517  1808018  1808308  291  histone-like DNA-binding protein  YP_384565  unclonable  5.49082e-20  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1613  CDS  NC_007517  1810253  1812727  2475  AMP-dependent synthetase and ligase:phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_384569  unclonable  1.1138e-09  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1631  CDS  NC_007517  1827511  1828896  1386  threonine synthase  YP_384587  unclonable  9.88233e-15  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1671  CDS  NC_007517  1878288  1880369  2082  penicillin-binding protein 1A  YP_384627  unclonable  3.43648e-11  normal  0.536303  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1763  CDS  NC_007517  1977967  1978518  552  hypothetical protein  YP_384719  unclonable  1.47838e-18  normal  0.040844  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1766  CDS  NC_007517  1980477  1982366  1890  GTP-binding protein LepA  YP_384722  unclonable  1.7953e-12  normal  0.0160194  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1852  CDS  NC_007517  2065231  2065869  639  SARP family transcriptional regulator  YP_384806  unclonable  1.31253e-17  normal  0.969216  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1890  CDS  NC_007517  2104068  2105894  1827  FtsH peptidase  YP_384844  unclonable  1.86964e-12  hitchhiker  9.19555e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_1973  CDS  NC_007517  2203609  2204265  657  HhH-GPD  YP_384927  unclonable  1.75329e-18  normal  0.0273848  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2048  CDS  NC_007517  2299699  2300721  1023  cytochrome c family protein  YP_385002  unclonable  2.36956e-16  hitchhiker  2.8762e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2051  CDS  NC_007517  2303281  2303505  225  host factor Hfq  YP_385005  unclonable  3.56987e-20  hitchhiker  1.3657e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2088  CDS  NC_007517  2349629  2350774  1146  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_385042  unclonable  2.79295e-15  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2248  CDS  NC_007517  2543297  2544931  1635  hypothetical protein  YP_385200  unclonable  2.24157e-13  decreased coverage  4.9576e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2384  CDS  NC_007517  2694617  2695654  1038  tRNA 2-selenouridine synthase  YP_385334  unclonable  5.55321e-16  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2481  CDS  NC_007517  2823456  2824190  735  hypothetical protein  YP_385431  unclonable  1.03219e-17  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
 
Gmet_2687  CDS  NC_007517  3034065  3034334  270  hypothetical protein  YP_385630  unclonable  2.61614e-20  normal  0.326659  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2902  CDS  NC_007517  3285351  3285623  273  cytochrome c3  YP_385845  unclonable  2.89288e-20  normal  0.597549  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2989  CDS  NC_007517  3375509  3375973  465  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_385929  unclonable  2.2519e-18  normal  0.394533  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_2990  CDS  NC_007517  3376130  3376591  462  cytochrome c family protein, putative  YP_385930  unclonable  1.70101e-18  normal  0.382415  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3053  CDS  NC_007517  3449164  3449706  543  SNase-like nuclease  YP_385993  unclonable  1.12762e-18  normal  0.298628  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3174  CDS  NC_007517  3571193  3572707  1515  cytochrome c family protein  YP_386112  unclonable  1.39741e-13  normal  0.372287  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3195  CDS  NC_007517  3596902  3597210  309  50S ribosomal protein L21  YP_386133  decreased coverage  9.73006e-17  unclonable  7.71694e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3196  CDS  NC_007517  3597292  3597549  258  50S ribosomal protein L27  YP_386134  hitchhiker  8.40306e-15  unclonable  7.87501e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3197  CDS  NC_007517  3597639  3598655  1017  GTPase ObgE  YP_386135  hitchhiker  3.12232e-08  unclonable  1.844e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3198  CDS  NC_007517  3598666  3599787  1122  gamma-glutamyl kinase  YP_386136  hitchhiker  4.19132e-06  unclonable  1.82515e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3199  CDS  NC_007517  3599883  3601139  1257  gamma-glutamyl phosphate reductase  YP_386137  hitchhiker  2.41705e-05  unclonable  2.3922e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3200  CDS  NC_007517  3601171  3601821  651  nicotinate-nucleotide adenylyltransferase  YP_386138  hitchhiker  3.09683e-12  unclonable  9.91422e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3201  CDS  NC_007517  3601811  3602206  396  Iojap-related protein  YP_386139  unclonable  1.12867e-19  unclonable  7.41028e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3202  CDS  NC_007517  3602203  3602667  465  hypothetical protein  YP_386140  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3203  CDS  NC_007517  3602698  3604236  1539  phosphoglyceromutase  YP_386141  hitchhiker  3.45113e-12  unclonable  3.71745e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3204  CDS  NC_007517  3604335  3604754  420  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_386142  hitchhiker  3.15399e-17  unclonable  7.04694e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3217  CDS  NC_007517  3617404  3617589  186  twin-arginine translocation protein TatA/E  YP_386155  unclonable  2.66972e-20  hitchhiker  0.000106815  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3272  CDS  NC_007517  3680901  3681881  981  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III  YP_386210  unclonable  1.75395e-16  hitchhiker  0.00897579  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3355  CDS  NC_007517  3772207  3772563  357  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3  YP_386292  unclonable  4.40239e-19  normal  0.0126749  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
-
 
Gmet_3540  CDS  NC_007517  3973146  3974435  1290  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  YP_386470  unclonable  5.0948e-15  normal  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria 
 
 
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>