51 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Rmet_0409  CDS  NC_007973  436756  437100  345  hypothetical protein  YP_582564  unclonable  8.45037e-13  normal  0.0652986  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_0537  CDS  NC_007973  571191  571811  621  MotA/TolQ/ExbB proton channel  YP_582692  hitchhiker  1.3307e-08  unclonable  5.88107e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_0538  CDS  NC_007973  572770  574215  1446  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_582693  hitchhiker  8.39459e-08  unclonable  8.60109e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_1200  CDS  NC_007973  1319777  1320355  579  phasin  YP_583355  unclonable  1.22357e-12  normal  0.77319  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2312  CDS  NC_007973  2531693  2532100  408  MerR family transcriptional regulator  YP_584460  unclonable  6.78056e-13  hitchhiker  2.6005e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2330  CDS  NC_007973  2543456  2545735  2280  helicase-like protein  YP_584476  hitchhiker  0.00169623  unclonable  3.04607e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2331  CDS  NC_007973  2545874  2546473  600  hypothetical protein  YP_584477  hitchhiker  2.58774e-06  unclonable  1.53991e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2332  CDS  NC_007973  2546470  2547114  645  hypothetical protein  YP_584478  hitchhiker  4.01183e-05  unclonable  1.6196e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2333  CDS  NC_007973  2547127  2547864  738  hypothetical protein  YP_584479  hitchhiker  0.000189055  unclonable  1.95999e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2334  CDS  NC_007973  2547846  2548436  591  lytic transglycosylase, catalytic  YP_584480  hitchhiker  3.70979e-05  unclonable  2.0611e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2335  CDS  NC_007973  2548433  2548981  549  hypothetical protein  YP_584481  hitchhiker  8.90552e-06  unclonable  2.0611e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2336  CDS  NC_007973  2548986  2551175  2190  hypothetical protein  YP_584482  hitchhiker  3.7751e-06  unclonable  4.07207e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2337  CDS  NC_007973  2551172  2551921  750  hypothetical protein  YP_584483  unclonable  6.77124e-12  unclonable  2.10338e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2338  CDS  NC_007973  2551962  2554586  2625  hypothetical protein  YP_584484  decreased coverage  2.20057e-06  unclonable  3.61106e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2339  CDS  NC_007973  2554596  2555321  726  hypothetical protein  YP_584485  decreased coverage  1.43796e-10  unclonable  1.36454e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2340  CDS  NC_007973  2555360  2556262  903  hypothetical protein  YP_584486  decreased coverage  4.06719e-10  unclonable  1.55562e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2341  CDS  NC_007973  2556262  2556915  654  hypothetical protein  YP_584487  hitchhiker  9.34236e-10  unclonable  1.52413e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2342  CDS  NC_007973  2557226  2558140  915  AAA ATPase, central region  YP_584488  hitchhiker  4.34105e-08  unclonable  1.75529e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2343  CDS  NC_007973  2558158  2558733  576  hypothetical protein  YP_584489  hitchhiker  1.44588e-06  unclonable  1.52413e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2344  CDS  NC_007973  2558730  2559200  471  excisionase/Xis, DNA-binding  YP_584490  hitchhiker  4.12399e-06  unclonable  1.44936e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2345  CDS  NC_007973  2559404  2559787  384  hypothetical protein  YP_584491  hitchhiker  2.4781e-06  unclonable  1.35076e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2346  CDS  NC_007973  2559784  2560017  234  hypothetical protein  YP_584492  hitchhiker  2.85142e-07  unclonable  1.25887e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2347  CDS  NC_007973  2560034  2560393  360  hypothetical protein  YP_584493  hitchhiker  5.71758e-07  unclonable  1.18502e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2348  CDS  NC_007973  2560406  2560804  399  hypothetical protein  YP_584494  hitchhiker  2.06285e-06  unclonable  1.25887e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2349  CDS  NC_007973  2560801  2561493  693  hypothetical protein  YP_584495  hitchhiker  2.52441e-07  unclonable  1.39231e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2350  CDS  NC_007973  2561490  2562401  912  hypothetical protein  YP_584496  decreased coverage  7.28086e-07  unclonable  1.68621e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2351  CDS  NC_007973  2562391  2563809  1419  hypothetical protein  YP_584497  hitchhiker  0.000118679  unclonable  2.41983e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2352  CDS  NC_007973  2563790  2564230  441  hypothetical protein  YP_584498  hitchhiker  4.32269e-07  unclonable  1.5715e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2353  CDS  NC_007973  2564230  2567121  2892  hypothetical protein  YP_584499  decreased coverage  4.63521e-06  unclonable  4.7318e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2354  CDS  NC_007973  2567146  2567910  765  hypothetical protein  YP_584500  hitchhiker  1.9812e-06  unclonable  1.47886e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2355  CDS  NC_007973  2568086  2568580  495  DNA repair protein RadC  YP_584501  hitchhiker  9.60813e-06  unclonable  1.32381e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2356  CDS  NC_007973  2568745  2569191  447  hypothetical protein  YP_584502  hitchhiker  7.38169e-06  unclonable  1.24616e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2357  CDS  NC_007973  2569188  2570138  951  hypothetical protein  YP_584503  hitchhiker  0.000499719  unclonable  1.65257e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2358  CDS  NC_007973  2570148  2571542  1395  hypothetical protein  YP_584504  hitchhiker  3.47039e-05  unclonable  1.92089e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2359  CDS  NC_007973  2571539  2571895  357  hypothetical protein  YP_584505  hitchhiker  6.86199e-08  unclonable  1.13838e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2360  CDS  NC_007973  2571911  2573458  1548  hypothetical protein  YP_584506  decreased coverage  4.03378e-08  unclonable  2.01998e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2361  CDS  NC_007973  2573474  2573833  360  hypothetical protein  YP_584507  decreased coverage  1.68319e-09  unclonable  1.22129e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_2453  CDS  NC_007973  2664867  2665706  840  AraC family transcriptional regulator  YP_584599  unclonable  5.37916e-12  normal  0.591211  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_3316  CDS  NC_007973  3579914  3580534  621  50S ribosomal protein L4  YP_585457  unclonable  2.98046e-12  normal  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_3343  CDS  NC_007973  3619049  3620293  1245  nucleoside recognition  YP_585484  unclonable  5.2654e-11  normal  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6093  CDS  NC_007971  207697  209484  1788  putative hemagglutinin-related transmembrane  YP_581902  unclonable  4.25854e-15  normal  0.476994  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6183  CDS  NC_007972  32442  34127  1686  putative mercuric reductase  YP_581992  hitchhiker  0.00236829  unclonable  9.13433e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6340  CDS  NC_007972  29099  29659  561  hypothetical protein  YP_003518264  hitchhiker  1.92595e-08  unclonable  5.53775e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6341  CDS  NC_007972  30066  30350  285  'toxin of a toxin/antitoxin system, parE-like; Plasmid stabilization system protein (IncP-1beta multiresistance plasmid pB8)Addiction module toxin, RelE/StbE'  YP_003518265  hitchhiker  1.79089e-05  unclonable  4.7635e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6342  CDS  NC_007972  30347  30625  279  antitoxin of a toxin/antitoxin system  YP_003518266  hitchhiker  0.000639771  unclonable  4.91006e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6343    NC_007972  30864  31229  366      hitchhiker  0.00153722  unclonable  4.7635e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6344  CDS  NC_007972  31226  31714  489  Hg(II) resistance regulatory protein MerR  YP_003518267  hitchhiker  0.000851109  unclonable  5.37327e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6345  CDS  NC_007972  31732  32082  351  mercuric ion transport protein MerT  YP_003518268  hitchhiker  0.000789879  unclonable  4.48474e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6346  CDS  NC_007972  32095  32370  276  Hg(II) resistance protein MerP  YP_003518269  hitchhiker  0.000621364  unclonable  4.48474e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_6615  CDS  NC_007974  148293  148493  201  hypothetical protein  YP_003518091  unclonable  3.00049e-15  normal  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Rmet_R0041  tRNA  NC_007973  2664646  2664721  76  tRNA-Asn    unclonable  7.66368e-14  normal  0.537941  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>