102 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mfla_0002  CDS  NC_007947  1688  2791  1104  DNA polymerase III, beta subunit  YP_544114  unclonable  1.46926e-09  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0064  CDS  NC_007947  62289  63488  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_544176  unclonable  2.40526e-09  normal  0.291627  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0226  CDS  NC_007947  236267  237277  1011  murein-DD-endopeptidase  YP_544338  unclonable  7.65633e-10  normal  0.882233  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0250  CDS  NC_007947  260347  261033  687  hexulose-6-phosphate synthase  YP_544362  unclonable  1.3709e-10  normal  0.0274377  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0273  CDS  NC_007947  279096  283325  4230  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  YP_544385  unclonable  0.0012908  unclonable  4.65088e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0274  CDS  NC_007947  283420  283797  378  30S ribosomal protein S12  YP_544386  unclonable  1.34966e-11  unclonable  8.17173e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0275  CDS  NC_007947  283834  284304  471  30S ribosomal protein S7  YP_544387  unclonable  2.13948e-11  unclonable  9.69286e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0276  CDS  NC_007947  284336  286429  2094  elongation factor G  YP_544388  hitchhiker  1.25345e-06  unclonable  1.75981e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0277  CDS  NC_007947  286472  287662  1191  elongation factor Tu  YP_544389  hitchhiker  1.5281e-06  unclonable  1.33625e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0278  CDS  NC_007947  287747  288055  309  30S ribosomal protein S10  YP_544390  hitchhiker  7.8248e-09  unclonable  9.40306e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0279  CDS  NC_007947  288155  288799  645  50S ribosomal protein L3  YP_544391  hitchhiker  3.338e-09  unclonable  1.02958e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0280  CDS  NC_007947  288799  289425  627  50S ribosomal protein L4P  YP_544392  unclonable  1.53249e-10  hitchhiker  1.73013e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0292  CDS  NC_007947  294230  294535  306  30S ribosomal protein S14  YP_544404  unclonable  2.53774e-11  hitchhiker  2.11438e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0293  CDS  NC_007947  294550  294945  396  SSU ribosomal protein S8P  YP_544405  unclonable  3.01121e-11  hitchhiker  2.01574e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_0294  CDS  NC_007947  294956  295489  534  50S ribosomal protein L6P  YP_544406  unclonable  5.50047e-11  hitchhiker  2.13592e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_0295  CDS  NC_007947  295499  295852  354  50S ribosomal protein L18  YP_544407  unclonable  1.64906e-11  hitchhiker  2.15768e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0296  CDS  NC_007947  295868  296377  510  30S ribosomal protein S5  YP_544408  unclonable  5.23035e-11  hitchhiker  2.24205e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0297  CDS  NC_007947  296383  296580  198  50S ribosomal protein L30P  YP_544409  unclonable  8.59668e-12  hitchhiker  2.07421e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0298  CDS  NC_007947  296580  297014  435  50S ribosomal protein L15P  YP_544410  unclonable  2.86334e-11  hitchhiker  2.13592e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0364  CDS  NC_007947  372551  374185  1635  chaperonin GroEL  YP_544476  unclonable  1.74436e-08  decreased coverage  0.00158274  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0365  CDS  NC_007947  374232  374522  291  co-chaperonin GroES  YP_544477  unclonable  2.41312e-11  hitchhiker  0.00832872  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0383  CDS  NC_007947  391387  392817  1431  carboxyl-terminal protease  YP_544495  unclonable  6.3116e-09  normal  0.361886  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0535  CDS  NC_007947  560102  562030  1929  NHL repeat-containing protein  YP_544646  unclonable  3.86483e-08  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0585  CDS  NC_007947  609538  610275  738  VacJ-like lipoprotein  YP_544696  unclonable  1.97626e-10  normal  0.0896852  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0783  CDS  NC_007947  825339  827234  1896  membrane protease FtsH catalytic subunit  YP_544892  unclonable  3.94436e-08  unclonable  2.72669e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0784  CDS  NC_007947  827319  828158  840  dihydropteroate synthase  YP_544893  normal  0.362908  unclonable  1.50876e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0785  CDS  NC_007947  828192  829553  1362  phosphoglucosamine mutase  YP_544894  normal  unclonable  1.75981e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0810  CDS  NC_007947  856562  857032  471  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_544919  unclonable  3.46494e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0811  CDS  NC_007947  857132  857884  753  serine O-acetyltransferase  YP_544920  unclonable  1.61338e-10  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0818  CDS  NC_007947  864379  865935  1557  TonB-dependent receptor, plug  YP_544927  unclonable  1.36965e-08  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0819  CDS  NC_007947  866145  866519  375  hypothetical protein  YP_544928  unclonable  3.9081e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0873  CDS  NC_007947  913194  915080  1887  heat shock protein 90  YP_544982  unclonable  7.21641e-08  normal  0.181903  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_0874  CDS  NC_007947  915328  915945  618  30S ribosomal protein S4  YP_544983  unclonable  1.57973e-10  normal  0.0803992  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1018  CDS  NC_007947  1058360  1058977  618  30S ribosomal protein S4  YP_545127  unclonable  1.0559e-10  normal  0.0144942  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1197  CDS  NC_007947  1249731  1250300  570  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_545306  unclonable  8.54978e-11  normal  0.901596  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1287  CDS  NC_007947  1367484  1368476  993  serine/threonine protein kinase  YP_545396  unclonable  3.10497e-10  hitchhiker  0.00149361  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1288  CDS  NC_007947  1368700  1368825  126  50S ribosomal protein L36  YP_545397  unclonable  5.81838e-12  hitchhiker  0.0037053  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1296  CDS  NC_007947  1376208  1376693  486  proteinase inhibitor I11, ecotin  YP_545405  unclonable  4.82651e-11  hitchhiker  0.00123661  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1412  CDS  NC_007947  1520127  1520402  276  histone-like DNA-binding protein  YP_545521  unclonable  2.77772e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1413  CDS  NC_007947  1520823  1522703  1881  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_545522  unclonable  6.08147e-08  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1571  CDS  NC_007947  1683678  1684958  1281  adenylate/guanylate cyclase  YP_545680  unclonable  3.52613e-09  hitchhiker  3.80859e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1574  CDS  NC_007947  1687389  1687988  600  recombination protein RecR  YP_545683  normal  0.045793  unclonable  1.62046e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1575  CDS  NC_007947  1688032  1688721  690  phosphoglycolate phosphatase  YP_545684  normal  0.099799  unclonable  1.63733e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1576  CDS  NC_007947  1688725  1689414  690  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  YP_545685  normal  0.0819441  unclonable  1.65496e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1577  CDS  NC_007947  1689411  1690778  1368  N-ethylammeline chlorohydrolase  YP_545686  normal  0.0236916  unclonable  2.39085e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1578  CDS  NC_007947  1690841  1691932  1092  OmpA/MotB  YP_545687  unclonable  1.10923e-09  unclonable  2.19993e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1579  CDS  NC_007947  1692014  1692724  711  hypothetical protein  YP_545688  unclonable  1.82235e-10  unclonable  1.74169e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1580  CDS  NC_007947  1692721  1693296  576  hypothetical protein  YP_545689  hitchhiker  2.89305e-05  unclonable  1.63733e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1581  CDS  NC_007947  1693293  1694738  1446  dihydropteroate synthase, DHPS  YP_545690  hitchhiker  0.00143208  unclonable  2.36622e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1582  CDS  NC_007947  1694783  1695331  549  flavoprotein  YP_545691  normal  0.0132931  unclonable  1.70598e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1583  CDS  NC_007947  1695339  1696661  1323  adenylosuccinate synthetase  YP_545692  normal  0.147694  unclonable  2.27018e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1584  CDS  NC_007947  1696683  1697846  1164  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  YP_545693  normal  0.495225  unclonable  2.22283e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1585  CDS  NC_007947  1697869  1698054  186  hypothetical protein  YP_545694  normal  0.60479  unclonable  1.60377e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1586  CDS  NC_007947  1698070  1698954  885  HflC protein  YP_545695  normal  0.258127  unclonable  2.24598e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1587  CDS  NC_007947  1698954  1700129  1176  HflK protein  YP_545696  normal  unclonable  2.87062e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1588  CDS  NC_007947  1700155  1701282  1128  small GTP-binding protein domain-containing protein  YP_545697  normal  unclonable  2.78278e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1589  CDS  NC_007947  1701305  1701550  246  RNA-binding protein Hfq  YP_545698  normal  unclonable  1.94767e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1590  CDS  NC_007947  1701798  1703201  1404  glutamyl-tRNA synthetase  YP_545699  normal  unclonable  2.81277e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1591  CDS  NC_007947  1703326  1704771  1446  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  YP_545700  normal  unclonable  2.92967e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1592  CDS  NC_007947  1704768  1707881  3114  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  YP_545701  normal  0.0951856  unclonable  4.69931e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1593  CDS  NC_007947  1707894  1709096  1203  secretion protein HlyD  YP_545702  hitchhiker  3.4507e-08  unclonable  2.61884e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1594  CDS  NC_007947  1709223  1709855  633  TetR family transcriptional regulator  YP_545703  unclonable  1.48614e-10  unclonable  2.09189e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1595  CDS  NC_007947  1709896  1710243  348  hypothetical protein  YP_545704  unclonable  4.58784e-11  unclonable  1.70598e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1596  CDS  NC_007947  1710269  1711594  1326  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  YP_545705  unclonable  3.18709e-09  unclonable  2.44003e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1597  CDS  NC_007947  1711654  1712430  777  zinc/iron permease  YP_545706  unclonable  2.07833e-10  unclonable  1.94767e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1598  CDS  NC_007947  1712573  1713364  792  hypothetical protein  YP_545707  unclonable  1.63018e-10  unclonable  2.04973e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1599  CDS  NC_007947  1713414  1715816  2403  TonB-dependent receptor, plug  YP_545708  unclonable  3.04489e-07  unclonable  4.04036e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_1600  CDS  NC_007947  1715935  1716153  219  hypothetical protein  YP_545709  hitchhiker  1.90484e-10  unclonable  1.57146e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1601  CDS  NC_007947  1716303  1716959  657  hypothetical protein  YP_545710  hitchhiker  2.42222e-07  unclonable  2.02861e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1602  CDS  NC_007947  1717036  1717653  618  hypothetical protein  YP_545711  hitchhiker  1.71448e-06  unclonable  2.29382e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1603  CDS  NC_007947  1717745  1720060  2316  TonB-dependent receptor, plug  YP_545712  normal  0.0535477  unclonable  5.14373e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1604  CDS  NC_007947  1720109  1721152  1044  hemin-degrading  YP_545713  normal  0.837253  unclonable  3.65455e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1605  CDS  NC_007947  1721170  1722009  840  periplasmic binding protein  YP_545714  normal  unclonable  2.78278e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1606  CDS  NC_007947  1722006  1723112  1107  transport system permease protein  YP_545715  normal  unclonable  3.30558e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1645  CDS  NC_007947  1760922  1761416  495  peptidase A24A, prepilin type IV  YP_545754  unclonable  1.34327e-10  normal  0.272827  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1652  CDS  NC_007947  1767122  1767658  537  formaldehyde-activating enzyme  YP_545761  unclonable  1.63018e-10  normal  0.176505  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1653  CDS  NC_007947  1768011  1768556  546  hexulose-6-phosphate isomerase  YP_545762  unclonable  1.57973e-10  normal  0.272827  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1654  CDS  NC_007947  1768673  1769302  630  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_545763  unclonable  1.68104e-10  normal  0.271517  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1717  CDS  NC_007947  1837666  1839528  1863  Pyrrolo-quinoline quinone  YP_545826  unclonable  5.84084e-08  unclonable  4.29175e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1718  CDS  NC_007947  1839792  1840472  681  hypothetical protein  YP_545827  unclonable  1.44169e-10  unclonable  2.29382e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_1719  CDS  NC_007947  1840910  1841092  183  Sel1  YP_545828  hitchhiker  2.10899e-07  unclonable  1.90842e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1720  CDS  NC_007947  1841264  1842097  834  hypothetical protein  YP_545829  hitchhiker  5.50451e-05  unclonable  2.49022e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1780  CDS  NC_007947  1915653  1916195  543  hypothetical protein  YP_545889  unclonable  1.5167e-10  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1843  CDS  NC_007947  1981769  1982374  606  hypothetical protein  YP_545951  unclonable  8.049e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_1989  CDS  NC_007947  2123681  2125708  2028  TonB-dependent receptor  YP_546097  unclonable  4.19445e-08  normal  0.710455  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2251  CDS  NC_007947  2401155  2401892  738  hypothetical protein  YP_546359  hitchhiker  0.00851758  unclonable  1.39128e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2252  CDS  NC_007947  2402101  2403531  1431  XRE family transcriptional regulator  YP_546360  hitchhiker  9.06633e-06  unclonable  1.83294e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2253  CDS  NC_007947  2403697  2404443  747  hypothetical protein  YP_546361  unclonable  3.07297e-10  unclonable  1.43416e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_2254  CDS  NC_007947  2404535  2406208  1674  formate-tetrahydrofolate ligase  YP_546362  hitchhiker  0.000171666  unclonable  2.24598e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2313  CDS  NC_007947  2467548  2468465  918  extracellular solute-binding protein  YP_546421  hitchhiker  0.000951817  unclonable  2.29382e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2314  CDS  NC_007947  2468602  2470479  1878  Pyrrolo-quinoline quinone  YP_546422  decreased coverage  1.00555e-06  unclonable  3.20672e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_2395  CDS  NC_007947  2557536  2559596  2061  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_546501  unclonable  1.61382e-07  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2396  CDS  NC_007947  2559663  2560163  501  hypothetical protein  YP_546502  unclonable  8.90188e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2397  CDS  NC_007947  2560349  2560882  534  hypothetical protein  YP_546503  unclonable  7.208e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_2453  CDS  NC_007947  2630730  2631935  1206  hypothetical protein  YP_546559  unclonable  1.46926e-09  normal  0.807051  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2657  CDS  NC_007947  2866970  2867860  891  enoyl-CoA hydratase  YP_546761  unclonable  1.76785e-10  normal  0.751321  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2708  CDS  NC_007947  2919660  2920220  561  hypothetical protein  YP_546812  unclonable  9.84161e-11  normal  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2730  CDS  NC_007947  2933554  2933796  243  hypothetical protein  YP_546834  hitchhiker  1.85514e-09  unclonable  1.14972e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Mfla_2731  CDS  NC_007947  2934493  2935146  654  hypothetical protein  YP_546835  unclonable  4.68219e-11  unclonable  1.44909e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
 
Mfla_2732  CDS  NC_007947  2935315  2936238  924  Sel1  YP_546836  hitchhiker  1.35758e-05  unclonable  1.52447e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>