59 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
AFE_0252  CDS  NC_011761  228273  229289  1017  CDP-6-deoxy-L-threo-D-glycero-4-hexulose-3- dehydrase reductase, putative  YP_002424759  unclonable  0.00410911  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0253  CDS  NC_011761  229352  229720  369  hypothetical protein  YP_002424760  unclonable  0.00023327  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0306  CDS  NC_011761  274144  274797  654  OmpA family protein  YP_002424813  unclonable  0.000558154  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0307  CDS  NC_011761  274789  274986  198  hypothetical protein  YP_002424814  unclonable  9.63451e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0308  tRNA  NC_011761  275027  275111  85  tRNA-Tyr    unclonable  5.22223e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0367  CDS  NC_011761  314585  315328  744  AhpC/TSA family/glutaredoxin domain protein  YP_002424870  unclonable  0.000740319  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0368  CDS  NC_011761  315464  316447  984  phosphoserine phosphatase  YP_002424871  unclonable  0.00427946  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0382  CDS  NC_011761  331796  332839  1044  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  YP_002424884  unclonable  0.00597114  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0522  CDS  NC_011761  453529  454305  777  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PPIC-type  YP_002425014  unclonable  0.000852615  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0530  CDS  NC_011761  463114  464055  942  carbohydrate kinase, PfkB family  YP_002425022  unclonable  0.00148509  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0536  CDS  NC_011761  468611  469483  873  phosphoribulokinase  YP_002425028  unclonable  0.00207145  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0544  CDS  NC_011761  476519  477349  831  hypothetical protein  YP_002425036  unclonable  0.00193081  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0569  CDS  NC_011761  506987  507832  846  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family  YP_002425061  unclonable  0.00260954  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0995  CDS  NC_011761  909231  910280  1050  site-specific recombinase, phage integrase family  YP_002425468  unclonable  0.00503137  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0996  CDS  NC_011761  910130  910489  360  DNA binding protein, excisionase family  YP_002425469  unclonable  0.000176087  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0997  CDS  NC_011761  910510  910932  423  hypothetical protein  YP_002425470  unclonable  0.000287867  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_0998  CDS  NC_011761  911295  912026  732  transcriptional regulator, putative  YP_002425471  unclonable  0.000689636  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1044  CDS  NC_011761  942655  942924  270  hypothetical protein  YP_002425516  unclonable  0.000183384  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1045  CDS  NC_011761  942952  943341  390  hypothetical protein  YP_002425517  unclonable  0.000366285  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1051  CDS  NC_011761  947295  947564  270  hypothetical protein  YP_002425523  unclonable  8.88837e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1052  CDS  NC_011761  947587  947796  210  hypothetical protein  YP_002425524  unclonable  7.48972e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1072  CDS  NC_011761  966834  967562  729  hypothetical protein  YP_002425544  unclonable  0.000933482  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1073  CDS  NC_011761  967633  968574  942  BRO family protein  YP_002425545  unclonable  0.00174599  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1074  CDS  NC_011761  968571  968825  255  hypothetical protein  YP_002425546  unclonable  8.28244e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1075  CDS  NC_011761  968890  970008  1119  hypothetical protein  YP_002425547  unclonable  0.00702033  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1085  CDS  NC_011761  976486  977310  825  thiol:disulfide interchange domain protein  YP_002425557  unclonable  0.00153173  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1145  CDS  NC_011761  1022137  1023042  906  tyrosine recombinase, phage integrase family  YP_002425617  unclonable  0.00135559  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1146  CDS  NC_011761  1023249  1023611  363  hypothetical protein  YP_002425618  unclonable  0.000174281  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1147  CDS  NC_011761  1023623  1023889  267  hypothetical protein  YP_002425619  unclonable  0.000115522  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1197  CDS  NC_011761  1036579  1037418  840  hypothetical protein  YP_002425634  unclonable  0.00120009  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1221  CDS  NC_011761  1075392  1076006  615  modification methylase, putative  YP_002425657  unclonable  0.000763333  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1222  CDS  NC_011761  1076212  1076925  714  hypothetical protein  YP_002425658  unclonable  0.00121289  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1223  CDS  NC_011761  1076987  1077580  594  hypothetical protein  YP_002425660  unclonable  0.000755507  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1224  CDS  NC_011761  1076934  1077062  129  hypothetical protein  YP_002425659  unclonable  8.11597e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1225  CDS  NC_011761  1077701  1077793  93  hypothetical protein  YP_002425661  unclonable  5.49164e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1244  CDS  NC_011761  1090726  1091016  291  hypothetical protein  YP_002425680  unclonable  0.000149959  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1245  CDS  NC_011761  1091016  1091528  513  hypothetical protein  YP_002425681  unclonable  0.000341314  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1498  CDS  NC_011761  1299188  1300111  924  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  YP_002425926  unclonable  0.00436727  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1557  CDS  NC_011761  1348643  1348876  234  hypothetical protein  YP_002425985  unclonable  0.000105482  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1559  CDS  NC_011761  1349087  1349365  279  hypothetical protein  YP_002425986  unclonable  0.000127709  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1560  CDS  NC_011761  1349368  1349706  339  hypothetical protein  YP_002425987  unclonable  0.000179699  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1583  CDS  NC_011761  1373270  1373593  324  integration host factor, alpha subunit, putative  YP_002426010  unclonable  0.000127709  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1584  CDS  NC_011761  1373660  1373935  276  DNA-binding protein HU family protein  YP_002426011  unclonable  0.000100307  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1693  CDS  NC_011761  1465595  1466452  858  hypothetical protein  YP_002426115  unclonable  0.00150047  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1783  CDS  NC_011761  1547506  1548657  1152  glutamate 5-kinase  YP_002426201  unclonable  0.00674296  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1881  CDS  NC_011761  1638285  1639073  789  hypothetical protein  YP_002426295  unclonable  0.00135559  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_1922  CDS  NC_011761  1673774  1674991  1218  ammonium transporter family protein  YP_002426331  unclonable  0.00667378  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2019  CDS  NC_011761  1764539  1765516  978  hypothetical protein  YP_002426423  unclonable  0.00266391  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2369  CDS  NC_011761  2116745  2117047  303  transcriptional regulator, ArsR family  YP_002426759  unclonable  0.000230878  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2811  CDS  NC_011761  2497202  2497507  306  lipoprotein, putative  YP_002427181  unclonable  0.000106575  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2940  CDS  NC_011761  2627701  2628435  735  TonB-dependent receptor domain protein  YP_002427307  unclonable  0.00105315  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2941  CDS  NC_011761  2629162  2629293  132  hypothetical protein  YP_002427309  unclonable  8.98042e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_2942  CDS  NC_011761  2628629  2629207  579  hypothetical protein  YP_002427308  unclonable  0.000655601  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3145  CDS  NC_011761  2828694  2828810  117  hypothetical protein  YP_002427507  unclonable  8.45231e-05  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3146  CDS  NC_011761  2828862  2829425  564  rusticyanin  YP_002427508  unclonable  0.000525489  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3147  CDS  NC_011761  2829793  2829987  195  cytochrome c oxidase, aa3-type, subunit IV  YP_002427509  unclonable  0.000109854  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3148  CDS  NC_011761  2830028  2830582  555  cytochrome c oxidase, aa3-type, subunit III  YP_002427510  unclonable  0.000456698  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3240  CDS  NC_011761  2917446  2917973  528  Rrf2 family protein  YP_002427593  unclonable  0.000396914  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
AFE_3295  CDS  NC_011761  2969801  2970685  885  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  YP_002427648  unclonable  0.00238421  n/a    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>