81 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
DehaBAV1_0038  CDS  NC_009455  35186  35794  609  methyltransferase type 11  YP_001213508  unclonable  3.54346e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0039  CDS  NC_009455  35805  35999  195  hypothetical protein  YP_001213509  unclonable  4.45596e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0040  CDS  NC_009455  36141  36512  372  hypothetical protein  YP_001213510  unclonable  8.97213e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0041  CDS  NC_009455  36648  37094  447  C_GCAxxG_C_C family protein  YP_001213511  unclonable  1.04538e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0042  CDS  NC_009455  37091  38194  1104  GTP-dependent nucleic acid-binding protein EngD  YP_001213512  unclonable  3.18827e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0100  CDS  NC_009455  100821  101420  600  hypothetical protein  YP_001213569  unclonable  1.69664e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0168  CDS  NC_009455  168301  169266  966  integral membrane protein TerC  YP_001213637  unclonable  1.20388e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0169  CDS  NC_009455  169433  171118  1686  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  YP_001213638  unclonable  4.71101e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0300  CDS  NC_009455  308790  309389  600  hypothetical protein  YP_001213764  unclonable  1.1922e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0314  CDS  NC_009455  322188  323684  1497  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  YP_001213778  unclonable  1.79563e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0320  CDS  NC_009455  328856  329905  1050  S-adenosyl-methyltransferase MraW  YP_001213784  unclonable  2.21131e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0321  CDS  NC_009455  329976  331202  1227  cell division protein FtsA  YP_001213785  unclonable  2.52759e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0322  CDS  NC_009455  331242  332372  1131  cell division protein FtsZ  YP_001213786  unclonable  2.12149e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0323  CDS  NC_009455  332516  333043  528  transcriptional regulator NrdR  YP_001213787  unclonable  1.11081e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0324  CDS  NC_009455  333045  335645  2601  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit alpha  YP_001213788  unclonable  3.74976e-05  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0325  CDS  NC_009455  335639  335758  120  hypothetical protein  YP_001213789  unclonable  3.06711e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0328  CDS  NC_009455  338112  338561  450  GatB/Yqey domain-containing protein  YP_001213792  unclonable  9.06873e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0329  CDS  NC_009455  338563  338757  195  30S ribosomal protein S21  YP_001213793  unclonable  3.10011e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0330  CDS  NC_009455  338931  340652  1722  hypothetical protein  YP_001213794  unclonable  4.66055e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0331  CDS  NC_009455  340905  341219  315  hypothetical protein  YP_001213795  unclonable  4.50707e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0346  CDS  NC_009455  352061  353194  1134  carboxyl-terminal protease  YP_001213809  unclonable  3.71247e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0347  CDS  NC_009455  353310  354350  1041  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001213810  unclonable  2.47571e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0359  CDS  NC_009455  366021  366758  738  30S ribosomal protein S2  YP_001213822  unclonable  3.54346e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0370  CDS  NC_009455  378429  380243  1815  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_001213833  unclonable  6.86263e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0371  CDS  NC_009455  380315  381145  831  endonuclease IV  YP_001213834  unclonable  5.3245e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0372  CDS  NC_009455  381265  381609  345  iojap-like protein  YP_001213835  unclonable  4.45596e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0398  CDS  NC_009455  401580  402353  774  extracellular solute-binding protein  YP_001213861  unclonable  4.44097e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0436  CDS  NC_009455  440818  441141  324  hypothetical protein  YP_001213899  unclonable  3.7567e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0447  CDS  NC_009455  450195  450629  435  30S ribosomal protein S12  YP_001213910  unclonable  9.45225e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0465  CDS  NC_009455  459887  460282  396  30S ribosomal protein S8  YP_001213928  unclonable  4.55878e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0526  CDS  NC_009455  514001  515563  1563  RpoD family RNA polymerase sigma factor  YP_001213989  unclonable  1.72392e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0530  CDS  NC_009455  520940  521509  570  hypothetical protein  YP_001213993  unclonable  8.60812e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0531  CDS  NC_009455  521567  521800  234  hypothetical protein  YP_001213994  unclonable  1.62896e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0542  CDS  NC_009455  529294  529542  249  30S ribosomal protein S16  YP_001214005  unclonable  1.53303e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0564  CDS  NC_009455  547445  548623  1179  tubulin/FtsZ, GTPase  YP_001214027  unclonable  2.65914e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0565  CDS  NC_009455  548711  549718  1008  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase  YP_001214028  unclonable  1.07769e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0620  CDS  NC_009455  608537  609550  1014  periplasmic binding protein  YP_001214083  unclonable  2.16594e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0630  CDS  NC_009455  617866  618189  324  thioredoxin  YP_001214093  unclonable  7.62931e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0665  CDS  NC_009455  655214  655600  387  FmdB family regulatory protein  YP_001214127  unclonable  5.63996e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0666  CDS  NC_009455  655779  656576  798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_001214128  unclonable  3.69604e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0680  CDS  NC_009455  670295  670768  474  translation initiation factor 3  YP_001214142  unclonable  9.16638e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0681  CDS  NC_009455  670919  672667  1749  threonyl-tRNA synthetase  YP_001214143  unclonable  3.23411e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0694  CDS  NC_009455  685062  685391  330  hypothetical protein  YP_001214156  unclonable  3.57098e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0724  CDS  NC_009455  714175  714729  555  hypothetical protein  YP_001214186  unclonable  7.39859e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0841  CDS  NC_009455  827590  828360  771  hypothetical protein  YP_001214302  unclonable  6.64436e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0856  CDS  NC_009455  846047  846679  633  membrane protein  YP_001214316  unclonable  2.7794e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0868  CDS  NC_009455  858441  859025  585  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_001214328  unclonable  1.76842e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0888  CDS  NC_009455  873655  874857  1203  elongation factor Tu  YP_001214348  unclonable  6.21917e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0906  CDS  NC_009455  894253  894420  168  hypothetical protein  YP_001214366  unclonable  1.71367e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0907  CDS  NC_009455  894502  895101  600  hypothetical protein  YP_001214367  unclonable  1.41413e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0918  CDS  NC_009455  904778  905593  816  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  YP_001214378  unclonable  7.13648e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0962  CDS  NC_009455  951254  951685  432  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001214420  unclonable  6.36353e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_0973  CDS  NC_009455  960533  961264  732  hypothetical protein  YP_001214431  unclonable  6.57349e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1017  CDS  NC_009455  1008151  1009419  1269  hypothetical protein  YP_001214475  unclonable  6.09148e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1031  CDS  NC_009455  1025486  1025854  369  hypothetical protein  YP_001214489  unclonable  5.20266e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1032  CDS  NC_009455  1025915  1026676  762  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  YP_001214490  unclonable  3.54346e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1033  CDS  NC_009455  1026840  1027385  546  cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase  YP_001214491  unclonable  1.56509e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1034  CDS  NC_009455  1027406  1028503  1098  D-fructose 1,6-bisphosphatase  YP_001214492  unclonable  1.76813e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1035  CDS  NC_009455  1028507  1029106  600  RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase  YP_001214493  unclonable  1.54841e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1036  CDS  NC_009455  1029280  1030416  1137  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001214494  unclonable  3.28779e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1053  CDS  NC_009455  1048629  1049255  627  peptidylprolyl isomerase  YP_001214511  unclonable  4.44097e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1070  CDS  NC_009455  1060828  1061718  891  hypothetical protein  YP_001214528  unclonable  2.32812e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1071  CDS  NC_009455  1061781  1063001  1221  argininosuccinate synthase  YP_001214529  unclonable  1.03773e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1072  CDS  NC_009455  1063002  1064387  1386  argininosuccinate lyase  YP_001214530  unclonable  1.43666e-07  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1073  CDS  NC_009455  1064397  1064585  189  50S ribosomal protein L28  YP_001214531  unclonable  4.50707e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1096  CDS  NC_009455  1086876  1088060  1185  2-alkenal reductase  YP_001214554  unclonable  4.50263e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1182  CDS  NC_009455  1157213  1157785  573  NADPH-dependent FMN reductase  YP_001214639  unclonable  2.38882e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1183  CDS  NC_009455  1157787  1158761  975  dihydroorotate dehydrogenase 1B  YP_001214640  unclonable  2.40078e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1213  CDS  NC_009455  1189266  1189754  489  exonuclease-like protein  YP_001214670  unclonable  1.73216e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1214  CDS  NC_009455  1190270  1193356  3087  hypothetical protein  YP_001214671  unclonable  0.000319926  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1215  CDS  NC_009455  1193631  1194905  1275  transcription termination factor Rho  YP_001214672  unclonable  5.39864e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1216  CDS  NC_009455  1194992  1195642  651  putative translaldolase  YP_001214673  unclonable  4.04996e-09  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1295  CDS  NC_009455  1265757  1266182  426  ferric uptake regulator family protein  YP_001214752  unclonable  4.94544e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1296  CDS  NC_009455  1266227  1266775  549  SsrA-binding protein  YP_001214753  unclonable  8.70079e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1377  CDS  NC_009455  1334385  1334603  219  NifU domain-containing protein  YP_001214832  unclonable  4.65416e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_1378  CDS  NC_009455  1334661  1335878  1218  aspartate kinase  YP_001214833  unclonable  4.55127e-08  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0015  tRNA  NC_009455  655617  655691  75  tRNA-Met    unclonable  1.25426e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0028  tRNA  NC_009455  874886  874961  76  tRNA-Thr    unclonable  2.77136e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0029  tRNA  NC_009455  875024  875107  84  tRNA-Tyr    unclonable  3.26134e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0030  tRNA  NC_009455  875147  875219  73  tRNA-Thr    unclonable  2.91549e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
DehaBAV1_R0033  tRNA  NC_009455  895133  895209  77  tRNA-Glu    unclonable  1.14551e-10  n/a    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>