39 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Acid345_0001  CDS  NC_008009  33  1418  1386  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_589080  unclonable  7.04659e-08  normal  0.0525005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0638  CDS  NC_008009  783336  786545  3210  hypothetical protein  YP_589717  unclonable  4.6909e-05  normal  0.0437117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0933  CDS  NC_008009  1183677  1187261  3585  Cna B-type protein  YP_590010  unclonable  0.000219871  decreased coverage  0.000250734  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0934  CDS  NC_008009  1187429  1188829  1401  pyridoxal-dependent decarboxylase  YP_590011  unclonable  2.18274e-07  decreased coverage  0.000132275  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0982  CDS  NC_008009  1242900  1244834  1935  molecular chaperone DnaK  YP_590059  unclonable  3.39197e-07  unclonable  1.80058e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0983  CDS  NC_008009  1245283  1248042  2760  peptidase M48, Ste24p  YP_590060  hitchhiker  0.00288747  unclonable  1.95095e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_0984  CDS  NC_008009  1248416  1250869  2454  ABC efflux pump, inner membrane subunit  YP_590061  normal  unclonable  1.76456e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1098  CDS  NC_008009  1375299  1375604  306  chaperonin Cpn10/GroES  YP_590175  unclonable  3.47589e-10  hitchhiker  0.000183313  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1114  CDS  NC_008009  1391491  1392162  672  UbiE/COQ5 methyltransferase  YP_590191  normal  unclonable  1.19347e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1115  CDS  NC_008009  1392393  1393214  822  NmrA-like  YP_590192  normal  unclonable  1.2808e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1116  CDS  NC_008009  1393251  1393718  468  hypothetical protein  YP_590193  normal  unclonable  1.03626e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1117  CDS  NC_008009  1394158  1394427  270  hypothetical protein  YP_590194  normal  unclonable  9.74902e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1118  CDS  NC_008009  1394638  1395201  564  hypothetical protein  YP_590195  normal  unclonable  1.13456e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1119  CDS  NC_008009  1395232  1395654  423  putative phophoslipid binding protein  YP_590196  normal  unclonable  1.11186e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1120  CDS  NC_008009  1395880  1396407  528  hypothetical protein  YP_590197  normal  unclonable  1.23032e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1121  CDS  NC_008009  1397357  1398160  804  hypothetical protein  YP_590198  normal  unclonable  1.13456e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1122  CDS  NC_008009  1398160  1399176  1017  XRE family transcriptional regulator  YP_590199  normal  unclonable  1.13456e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1123  CDS  NC_008009  1399177  1399713  537  hypothetical protein  YP_590200  normal  0.772439  unclonable  9.74902e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1124  CDS  NC_008009  1399813  1402827  3015  vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase  YP_590201  normal  0.0740505  unclonable  1.99078e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1125  CDS  NC_008009  1403598  1403954  357  CopG family transcriptional regulator  YP_590202  decreased coverage  1.21555e-06  unclonable  6.92901e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1126  CDS  NC_008009  1403951  1404235  285  addiction module toxin, RelE/StbE  YP_590203  decreased coverage  1.06734e-06  unclonable  6.65595e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1127  CDS  NC_008009  1404454  1405533  1080  DNA-cytosine methyltransferase  YP_590204  hitchhiker  0.000503374  unclonable  8.8158e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1128  CDS  NC_008009  1405545  1405952  408  T/G mismatch-specific endonuclease  YP_590205  hitchhiker  8.97003e-06  unclonable  7.21328e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1129  CDS  NC_008009  1405949  1406764  816  HNH endonuclease  YP_590206  hitchhiker  4.97129e-09  unclonable  7.89585e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1130  CDS  NC_008009  1407127  1407957  831  cyclic nucleotide-binding protein  YP_590207  hitchhiker  0.000651756  unclonable  7.50922e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1224  CDS  NC_008009  1510559  1511746  1188  elongation factor Tu  YP_590300  hitchhiker  3.27734e-05  unclonable  1.29395e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1225  CDS  NC_008009  1511813  1512184  372  30S ribosomal protein S10  YP_590301  hitchhiker  0.00268366  unclonable  8.99576e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1226  CDS  NC_008009  1512255  1512989  735  50S ribosomal protein L3  YP_590302  normal  0.0600156  unclonable  9.85108e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1227  CDS  NC_008009  1513055  1513708  654  50S ribosomal protein L4  YP_590303  normal  0.150568  unclonable  1.01553e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1228  CDS  NC_008009  1513708  1514004  297  50S ribosomal protein L23  YP_590304  normal  0.195733  unclonable  9.45894e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1229  CDS  NC_008009  1514067  1514894  828  50S ribosomal protein L2  YP_590305  normal  0.624705  unclonable  1.21783e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1538  CDS  NC_008009  1878137  1881835  3699  TonB-dependent receptor  YP_590614  unclonable  0.000318851  normal  0.580638  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_1898  CDS  NC_008009  2276280  2279531  3252  glycosyl hydrolase  YP_590973  unclonable  4.19875e-05  unclonable  2.13557e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_2072  CDS  NC_008009  2484085  2484954  870  putative outer membrane protein B, OmpB  YP_591147  unclonable  1.03201e-08  unclonable  1.00522e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_2073  CDS  NC_008009  2485158  2486021  864  parallel beta-helix repeat-containing protein  YP_591148  unclonable  6.71194e-09  unclonable  1.05741e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
 
Acid345_3229  CDS  NC_008009  3821333  3822580  1248  transcription termination factor Rho  YP_592304  unclonable  5.48676e-08  normal  0.0477745  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_3272  CDS  NC_008009  3875888  3877537  1650  hypothetical protein  YP_592347  unclonable  1.23414e-07  normal  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_3909  CDS  NC_008009  4624580  4628041  3462  TonB-dependent receptor  YP_592983  unclonable  6.52763e-05  hitchhiker  0.00581227  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Acid345_4483  CDS  NC_008009  5321235  5323448  2214  TonB-dependent receptor  YP_593557  unclonable  2.31942e-06  normal  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>