72 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Sde_0323  CDS  NC_007912  401230  403242  2013  TonB-like  YP_525799  unclonable  4.16946e-09  normal  0.597274  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0341  CDS  NC_007912  424592  425788  1197  topoisomerase IV, subunit B  YP_525817  unclonable  1.862e-12  normal  0.195257  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0676  CDS  NC_007912  861793  862344  552  hypothetical protein  YP_526150  normal  0.0390701  unclonable  1.07509e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0677  CDS  NC_007912  862360  863163  804  chitooligosaccharide deacetylase-like  YP_526151  normal  0.457424  unclonable  1.36805e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0678  CDS  NC_007912  863183  863767  585  hypothetical protein  YP_526152  normal  0.182465  unclonable  1.42494e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0679  CDS  NC_007912  863897  864166  270  hypothetical protein  YP_526153  normal  0.0290339  unclonable  1.2497e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0680  CDS  NC_007912  864211  864531  321  XRE family transcriptional regulator  YP_526154  normal  0.0200863  unclonable  1.30101e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0690  CDS  NC_007912  893144  894007  864  dihydroneopterin aldolase  YP_526164  normal  unclonable  5.02165e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0691  CDS  NC_007912  893994  894584  591  7, 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase  YP_526165  normal  unclonable  4.27811e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0692  CDS  NC_007912  894577  895776  1200  hypothetical protein  YP_526166  normal  unclonable  5.07336e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0693  CDS  NC_007912  895885  896658  774  triosephosphate isomerase  YP_526167  normal  0.444699  unclonable  4.2345e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0694  CDS  NC_007912  896963  897802  840  hypothetical protein  YP_526168  normal  0.0969715  unclonable  5.07336e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0695  CDS  NC_007912  897873  898814  942  hypothetical protein  YP_526169  normal  0.826864  unclonable  5.38974e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0696  CDS  NC_007912  899044  901956  2913  hypothetical protein  YP_526170  unclonable  6.64901e-06  unclonable  1.49874e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0697  CDS  NC_007912  902152  903846  1695  hypothetical protein  YP_526171  unclonable  1.89598e-10  hitchhiker  5.24761e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0698  CDS  NC_007912  903943  904929  987  hypothetical protein  YP_526172  unclonable  1.66533e-13  hitchhiker  0.000562778  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0822  CDS  NC_007912  1070683  1071840  1158  Alpha-L-arabinofuranosidase  YP_526296  unclonable  1.862e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0854  CDS  NC_007912  1108779  1109690  912  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_526328  unclonable  4.48339e-14  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0885  CDS  NC_007912  1143788  1144369  582  SecE subunit of protein translocation complex  YP_526359  unclonable  2.05445e-15  hitchhiker  6.30572e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0886  CDS  NC_007912  1144561  1145199  639  transcription antitermination protein NusG  YP_526360  unclonable  2.69191e-15  hitchhiker  6.87026e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0889  CDS  NC_007912  1148014  1150992  2979  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  YP_526363  hitchhiker  1.14339e-05  unclonable  1.38215e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0912  CDS  NC_007912  1177098  1177334  237  hypothetical protein  YP_526386  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  8.81745e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0959  CDS  NC_007912  1244548  1244859  312  30S ribosomal protein S10  YP_526433  hitchhiker  2.33604e-13  unclonable  5.72443e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_0996  CDS  NC_007912  1278410  1278937  528  single-stranded DNA-binding protein  YP_526470  unclonable  2.69191e-15  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1093  CDS  NC_007912  1398972  1402448  3477  TonB-dependent receptor  YP_526567  unclonable  0.000168671  normal  0.12204  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1101  CDS  NC_007912  1419370  1422405  3036  TonB-dependent receptor  YP_526575  unclonable  1.97247e-05  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1120  CDS  NC_007912  1450940  1452880  1941  RNAse R  YP_526594  unclonable  2.76354e-09  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1175  CDS  NC_007912  1511685  1513481  1797  agarase  YP_526649  unclonable  2.32044e-10  unclonable  1.1081e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1176  CDS  NC_007912  1513741  1516074  2334  agarase  YP_526650  hitchhiker  5.15097e-05  unclonable  1.39638e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1263  CDS  NC_007912  1616296  1619058  2763  TonB-dependent receptor  YP_526737  unclonable  5.16737e-06  unclonable  2.62574e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1264  CDS  NC_007912  1619516  1622287  2772  TonB-dependent receptor  YP_526738  hitchhiker  2.54862e-06  unclonable  2.23641e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1280  CDS  NC_007912  1642344  1643174  831  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  YP_526754  unclonable  8.94745e-14  normal  0.234685  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1281  CDS  NC_007912  1643219  1644469  1251  hypothetical protein  YP_526755  unclonable  2.10096e-12  normal  0.378196  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1282  CDS  NC_007912  1644719  1646002  1284  hypothetical protein  YP_526756  unclonable  3.26624e-12  normal  0.558668  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1508  CDS  NC_007912  1944846  1947722  2877  TonB-dependent receptor  YP_526982  unclonable  6.51564e-06  unclonable  2.59897e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1576  CDS  NC_007912  2024224  2026725  2502  ClpX, ATPase regulatory subunit  YP_527050  unclonable  3.3468e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1593  CDS  NC_007912  2048836  2050062  1227  ribosomal protein S32  YP_527067  unclonable  1.5241e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1609  CDS  NC_007912  2068121  2069416  1296  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_527083  unclonable  5.78423e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1618  CDS  NC_007912  2079630  2080283  654  integral membrane protein  YP_527092  unclonable  1.93362e-14  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1684  CDS  NC_007912  2151745  2153973  2229  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  YP_527156  unclonable  2.5647e-08  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1778  CDS  NC_007912  2268126  2270135  2010  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  YP_527250  unclonable  2.96468e-09  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1875  CDS  NC_007912  2365617  2366909  1293  hypothetical protein  YP_527347  unclonable  3.04391e-12  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_1893  CDS  NC_007912  2389080  2391704  2625  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_527365  unclonable  1.0006e-06  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2234  CDS  NC_007912  2838192  2839082  891  hypothetical protein  YP_527706  unclonable  1.3903e-13  unclonable  1.43962e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2250  CDS  NC_007912  2857694  2858368  675  secretion protein HlyD  YP_527722  unclonable  4.71731e-15  normal  0.0806236  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2261  CDS  NC_007912  2868030  2870528  2499  hypothetical protein  YP_527733  unclonable  4.43628e-07  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2288  CDS  NC_007912  2910436  2913219  2784  peptidase M24A  YP_527760  unclonable  3.2845e-06  unclonable  3.80326e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2289  CDS  NC_007912  2913333  2915945  2613  outer membrane protein  YP_527761  decreased coverage  1.76254e-05  unclonable  3.3388e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2632  CDS  NC_007912  3329473  3331296  1824  HflK  YP_528104  unclonable  1.43868e-09  normal  0.498277  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2652  CDS  NC_007912  3357476  3361108  3633  3-dehydroquinate synthase  YP_528124  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2656  CDS  NC_007912  3370836  3371774  939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  YP_528128  unclonable  1.3903e-13  normal  0.883759  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2695  CDS  NC_007912  3421590  3422690  1101  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit, glutamine-dependent  YP_528167  unclonable  3.19474e-13  decreased coverage  0.000345849  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2742  CDS  NC_007912  3470910  3471362  453  hypothetical protein  YP_528214  unclonable  1.60217e-16  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2798  CDS  NC_007912  3529208  3531268  2061  TonB-dependent receptor  YP_528267  unclonable  8.16891e-09  hitchhiker  1.36093e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2827  CDS  NC_007912  3564704  3566656  1953  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  YP_528296  unclonable  3.05574e-09  hitchhiker  0.00171331  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2833  CDS  NC_007912  3577049  3578389  1341  hypothetical protein  YP_528302  unclonable  5.39183e-12  normal  0.0320979  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2839  CDS  NC_007912  3586312  3587415  1104  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  YP_528308  unclonable  4.72325e-13  normal  0.357499  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2946  CDS  NC_007912  3743893  3746094  2202  hypothetical protein  YP_528415  unclonable  1.53655e-08  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2985  CDS  NC_007912  3789988  3791991  2004  hypothetical protein  YP_528454  unclonable  4.00495e-09  hitchhiker  0.00618409  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_2991  CDS  NC_007912  3801424  3804465  3042  hypothetical protein  YP_528460  unclonable  2.83322e-05  hitchhiker  3.25565e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3035  CDS  NC_007912  3877481  3880159  2679  TonB-dependent receptor  YP_528504  unclonable  1.63798e-06  decreased coverage  2.14604e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3094  CDS  NC_007912  3947745  3948545  801  GntR family transcriptional regulator  YP_528563  unclonable  4.66752e-14  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3192  CDS  NC_007912  4069368  4070399  1032  rod shape-determining protein MreB  YP_528661  unclonable  4.67509e-13  normal  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3272  CDS  NC_007912  4176251  4177909  1659  hypothetical protein  YP_528739  unclonable  1.09169e-10  hitchhiker  0.00653931  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3276  CDS  NC_007912  4184499  4185350  852  hypothetical protein  YP_528743  unclonable  3.78061e-14  hitchhiker  0.00588252  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3317  CDS  NC_007912  4232058  4235582  3525  Beta-xylosidase-like  YP_528784  unclonable  0.00018095  hitchhiker  7.02951e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3376  CDS  NC_007912  4305690  4307021  1332  poly(A) polymerase  YP_528843  unclonable  5.90256e-12  normal  0.326432  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3447  CDS  NC_007912  4386669  4389914  3246  pectin methylesterase-like  YP_528914  unclonable  0.000110016  hitchhiker  0.000230846  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3589  CDS  NC_007912  4549071  4550075  1005  putative CheA signal transduction histidine kinases  YP_529056  unclonable  1.85942e-13  normal  0.227845  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3590  CDS  NC_007912  4550173  4550670  498  hypothetical protein  YP_529057  unclonable  1.85848e-15  normal  0.312334  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_3881  CDS  NC_007912  4894705  4896948  2244  Pectate lyase-like  YP_529348  unclonable  3.60789e-08  normal  0.117799  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Sde_4006  CDS  NC_007912  5042840  5045794  2955  TonB-dependent receptor  YP_529473  unclonable  1.0552e-05  normal  0.168301  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>