125 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cthe_0018  CDS  NC_009012  25946  26260  315  hypothetical protein  YP_001036453  unclonable  2.54635e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0061  CDS  NC_009012  93207  93755  549  BioY protein  YP_001036495  unclonable  3.03529e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0093  CDS  NC_009012  127090  127890  801  septum site-determining protein MinD  YP_001036527  unclonable  2.03093e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0142  CDS  NC_009012  180470  182107  1638  metal dependent phosphohydrolase  YP_001036576  unclonable  6.94732e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0143  CDS  NC_009012  182307  183608  1302  phosphopyruvate hydratase  YP_001036577  unclonable  5.22536e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0144  CDS  NC_009012  183772  184023  252  preprotein translocase, SecG subunit  YP_001036578  unclonable  2.27972e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0234  CDS  NC_009012  282265  284796  2532  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_001036666  unclonable  5.91284e-05  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0243  CDS  NC_009012  293795  294643  849  copper amine oxidase-like protein  YP_001036675  unclonable  2.58984e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0290  CDS  NC_009012  362395  363681  1287  homoserine dehydrogenase  YP_001036722  unclonable  4.35351e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0298  CDS  NC_009012  372821  374623  1803  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_001036729  unclonable  3.37227e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0299  CDS  NC_009012  374726  376096  1371  MATE efflux family protein  YP_001036730  unclonable  1.80901e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0307  CDS  NC_009012  385137  385514  378  hypothetical protein  YP_001036738  unclonable  5.34508e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0412  CDS  NC_009012  516253  518940  2688  glycoside hydrolase family protein  YP_001036843  unclonable  0.000331233  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0445  CDS  NC_009012  560151  561281  1131  cell division protein FtsZ  YP_001036876  unclonable  1.49361e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0504  CDS  NC_009012  614616  615851  1236  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  YP_001036934  unclonable  2.99856e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0612  CDS  NC_009012  750623  752134  1512  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  YP_001037040  unclonable  2.14976e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0637  CDS  NC_009012  784388  784690  303  hypothetical protein  YP_001037065  unclonable  5.50955e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0714  CDS  NC_009012  869041  871125  2085  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  YP_001037142  unclonable  3.69991e-06  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0743  CDS  NC_009012  905340  906794  1455  MATE efflux family protein  YP_001037171  unclonable  1.92336e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0750  CDS  NC_009012  916109  917167  1059  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  YP_001037178  unclonable  1.46357e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0765  CDS  NC_009012  930003  930347  345  50S ribosomal protein L19  YP_001037193  unclonable  3.8778e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0790  CDS  NC_009012  955302  955586  285  hythetical protein  YP_001037218  unclonable  4.12009e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0791  CDS  NC_009012  955606  956073  468  hypothetical protein  YP_001037219  unclonable  1.58069e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0792  CDS  NC_009012  956159  956863  705  hypothetical protein  YP_001037220  unclonable  8.22407e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0837  CDS  NC_009012  1016342  1016746  405  hypothetical protein  YP_001037265  unclonable  1.05699e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0876  CDS  NC_009012  1050392  1051684  1293  glycosyl transferase family protein  YP_001037303  unclonable  3.59561e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0881  CDS  NC_009012  1057225  1058355  1131  diguanylate cyclase  YP_001037308  unclonable  2.28326e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0904  CDS  NC_009012  1080830  1082167  1338  protein-export membrane protein SecD  YP_001037331  unclonable  1.9832e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0917  CDS  NC_009012  1099458  1101200  1743  glutaminyl-tRNA synthetase  YP_001037344  unclonable  2.34027e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0929  CDS  NC_009012  1117753  1118013  261  stage V sporulation protein S  YP_001037356  unclonable  1.57372e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_0976  CDS  NC_009012  1166013  1167005  993  phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_001037401  unclonable  6.21258e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1004  CDS  NC_009012  1200649  1201356  708  uridylate kinase  YP_001037429  unclonable  7.58242e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1005  CDS  NC_009012  1201497  1202144  648  elongation factor Ts  YP_001037430  unclonable  6.92768e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1006  CDS  NC_009012  1202340  1203098  759  30S ribosomal protein S2  YP_001037431  unclonable  1.28012e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1016  CDS  NC_009012  1216468  1217526  1059  cell wall hydrolase/autolysin  YP_001037441  unclonable  6.34005e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1020  CDS  NC_009012  1220262  1221641  1380  extracellular solute-binding protein  YP_001037445  unclonable  1.24434e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1027  CDS  NC_009012  1228942  1229445  504  hypothetical protein  YP_001037452  unclonable  7.75006e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1038  CDS  NC_009012  1241562  1242587  1026  germination protease  YP_001037463  unclonable  7.6763e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1039  CDS  NC_009012  1242708  1243055  348  ribosomal protein S20  YP_001037464  unclonable  5.62255e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1040  CDS  NC_009012  1243141  1244169  1029  DNA polymerase III, delta subunit  YP_001037465  unclonable  9.02231e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1151  CDS  NC_009012  1368803  1369870  1068  hypothetical protein  YP_001037576  unclonable  9.20746e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1156  CDS  NC_009012  1373054  1375117  2064  zinc finger, CHC2-type  YP_001037581  unclonable  1.42218e-06  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1157  CDS  NC_009012  1375216  1375503  288  hypothetical protein  YP_001037582  unclonable  9.73204e-13  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1283  CDS  NC_009012  1559012  1559653  642  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  YP_001037708  unclonable  4.27752e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1346  CDS  NC_009012  1638158  1640641  2484  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_001037771  unclonable  5.97878e-05  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1364  CDS  NC_009012  1657460  1658638  1179  hypothetical protein  YP_001037789  unclonable  2.4275e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1377  CDS  NC_009012  1680926  1681369  444  hypothetical protein  YP_001037802  unclonable  5.8538e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1378  CDS  NC_009012  1681546  1683066  1521  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  YP_001037803  unclonable  4.58361e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1404  CDS  NC_009012  1720661  1722811  2151  GTP-binding protein, HSR1-related  YP_001037828  unclonable  2.64351e-06  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1420  CDS  NC_009012  1739177  1739773  597  hypothetical protein  YP_001037844  unclonable  3.56412e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1421  CDS  NC_009012  1740053  1741033  981  signal peptide peptidase SppA, 36K type  YP_001037845  unclonable  3.60798e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1458  CDS  NC_009012  1777408  1778217  810  extracellular solute-binding protein  YP_001037880  unclonable  1.25438e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1609  CDS  NC_009012  1938931  1940499  1569  recombinase  YP_001038026  unclonable  4.18639e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1631  CDS  NC_009012  1958009  1959793  1785  hypothetical protein  YP_001038048  unclonable  2.89868e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1748  CDS  NC_009012  2067664  2069217  1554  hypothetical protein  YP_001038162  unclonable  3.15273e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1766  CDS  NC_009012  2088334  2089167  834  gamma-glutamyl kinase  YP_001038180  unclonable  1.41606e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1767  CDS  NC_009012  2089411  2090412  1002  hypothetical protein  YP_001038181  unclonable  3.872e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1783  CDS  NC_009012  2103995  2104432  438  50S ribosomal protein L13  YP_001038197  unclonable  1.18025e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1840  CDS  NC_009012  2184775  2185710  936  cysteine synthase  YP_001038254  unclonable  2.92185e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1858  CDS  NC_009012  2203047  2204174  1128  peptidase M23B  YP_001038272  unclonable  2.19165e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1859  CDS  NC_009012  2204242  2205126  885  cell division protein FtsX  YP_001038273  unclonable  2.15986e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1860  CDS  NC_009012  2205095  2205802  708  cell division ATP-binding protein FtsE  YP_001038274  unclonable  3.00417e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1910  CDS  NC_009012  2271729  2272976  1248  hypothetical protein  YP_001038322  unclonable  7.07151e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1917  CDS  NC_009012  2285111  2287828  2718  ATPase, P-type (transporting), HAD superfamily, subfamily IC  YP_001038329  unclonable  0.000324305  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1935  CDS  NC_009012  2310240  2311934  1695  arginyl-tRNA synthetase  YP_001038346  unclonable  9.50947e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_1936  CDS  NC_009012  2311897  2312364  468  hypothetical protein  YP_001038347  unclonable  1.254e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2019  CDS  NC_009012  2397727  2399574  1848  hypothetical protein  YP_001038424  unclonable  3.618e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2021  CDS  NC_009012  2401083  2401475  393  hypothetical protein  YP_001038426  unclonable  4.03727e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2066  CDS  NC_009012  2458313  2459059  747  serine O-acetyltransferase  YP_001038466  unclonable  1.10078e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2090  CDS  NC_009012  2485653  2486231  579  hypothetical protein  YP_001038490  unclonable  4.77931e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2100  CDS  NC_009012  2496719  2496958  240  AbrB family transcriptional regulator  YP_001038500  unclonable  1.45229e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2101  CDS  NC_009012  2497080  2497922  843  hypothetical protein  YP_001038501  unclonable  9.56385e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2102  CDS  NC_009012  2497915  2498670  756  methyltransferase small  YP_001038502  unclonable  5.96088e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2143  CDS  NC_009012  2546886  2547227  342  hypothetical protein  YP_001038540  unclonable  2.42142e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2174  CDS  NC_009012  2587649  2589610  1962  transcription termination factor Rho  YP_001038569  unclonable  6.72374e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2180  CDS  NC_009012  2596971  2598278  1308  Cl- channel, voltage gated  YP_001038575  unclonable  4.26596e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2249  CDS  NC_009012  2675408  2677648  2241  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  YP_001038644  unclonable  7.21338e-06  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2327  CDS  NC_009012  2773136  2773927  792  beta-lactamase-like protein  YP_001038722  unclonable  2.11578e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2334  CDS  NC_009012  2781498  2783342  1845  polysaccharide biosynthesis protein CapD  YP_001038729  unclonable  2.7e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2335  CDS  NC_009012  2783469  2784941  1473  polysaccharide biosynthesis protein  YP_001038730  unclonable  2.5001e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2347  CDS  NC_009012  2798883  2800163  1281  lipopolysaccharide biosynthesis  YP_001038742  unclonable  9.37745e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2357  CDS  NC_009012  2811392  2812564  1173  hypothetical protein  YP_001038752  unclonable  2.00113e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2358  CDS  NC_009012  2812608  2813261  654  accessory gene regulator B  YP_001038753  unclonable  3.60105e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2427  CDS  NC_009012  2900096  2901052  957  hypothetical protein  YP_001038822  unclonable  2.56327e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2434  CDS  NC_009012  2907176  2907763  588  electron transport complex, RnfABCDGE type, A subunit  YP_001038829  unclonable  2.05255e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2462  CDS  NC_009012  2934900  2935646  747  BRO-like protein  YP_001038857  unclonable  4.68179e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2501  CDS  NC_009012  2967690  2968121  432  hypothetical protein  YP_001038896  unclonable  3.40404e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2531  CDS  NC_009012  3000447  3001517  1071  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  YP_001038926  unclonable  7.83626e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2610  CDS  NC_009012  3080278  3082032  1755  hypothetical protein  YP_001039003  unclonable  1.87127e-07  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2625  CDS  NC_009012  3103245  3103685  441  (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase  YP_001039017  unclonable  1.37292e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2662  CDS  NC_009012  3140695  3141117  423  RNA binding S1  YP_001039054  unclonable  1.44376e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2676  CDS  NC_009012  3156409  3157839  1431  GumN  YP_001039068  unclonable  1.84674e-08  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2686  CDS  NC_009012  3170039  3171142  1104  type IV pilus assembly protein PilM  YP_001039078  unclonable  5.84895e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2690  CDS  NC_009012  3176029  3176934  906  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  YP_001039082  unclonable  2.03093e-10  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2691  CDS  NC_009012  3176948  3177484  537  galactoside O-acetyltransferase  YP_001039083  unclonable  1.93243e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2692  CDS  NC_009012  3177533  3178636  1104  glycosyl transferase, group 1  YP_001039084  unclonable  2.35502e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2711  CDS  NC_009012  3198798  3199979  1182  hypothetical protein  YP_001039103  unclonable  2.4275e-09  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2726  CDS  NC_009012  3218844  3219083  240  50S ribosomal protein L7AE  YP_001039118  unclonable  1.68835e-12  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2748  CDS  NC_009012  3241796  3242260  465  SsrA-binding protein  YP_001039140  unclonable  1.19247e-11  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Cthe_2761  CDS  NC_009012  3258151  3260274  2124  glycoside hydrolase family protein  YP_001039153  unclonable  2.61631e-06  n/a    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>