135 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PP_0013  CDS  NC_002947  13330  15750  2421  DNA gyrase subunit B  NP_742183  normal  0.571026  unclonable  3.087e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0014  CDS  NC_002947  17133  19166  2034  transposase, putative  NP_742184  normal  0.285018  unclonable  2.81565e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0015  CDS  NC_002947  19163  20122  960  AAA ATPase  NP_742185  normal  unclonable  2.41771e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0016  CDS  NC_002947  20198  22114  1917  hypothetical protein  NP_742186  normal  0.490672  unclonable  3.81885e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0017  CDS  NC_002947  22171  22530  360  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  NP_742187  normal  0.499101  unclonable  1.89493e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0018  CDS  NC_002947  23176  24018  843  hypothetical protein  NP_742188  normal  unclonable  2.27401e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0019  CDS  NC_002947  24000  24698  699  hypothetical protein  NP_742189  normal  0.61176  unclonable  1.99426e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0020  CDS  NC_002947  24695  25570  876  hypothetical protein  NP_742190  normal  0.0111189  unclonable  2.3208e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0056  CDS  NC_002947  64943  66595  1653  GMC family oxidoreductase  NP_742226  normal  unclonable  6.20913e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0057  CDS  NC_002947  66693  68312  1620  major facilitator family transporter  NP_742227  normal  0.0623075  unclonable  5.33342e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0058  CDS  NC_002947  68487  69272  786  phospholipid/glycerol acyltransferase  NP_742228  hitchhiker  0.000912039  unclonable  3.85865e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0059  CDS  NC_002947  69319  69846  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  NP_742229  normal  unclonable  3.31509e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0060  CDS  NC_002947  69850  71904  2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  NP_742230  normal  unclonable  5.38802e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0061  CDS  NC_002947  71901  72848  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  NP_742231  normal  unclonable  3.78016e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0062  CDS  NC_002947  72932  73483  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  NP_742232  normal  unclonable  3.18334e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0063  CDS  NC_002947  73525  74412  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  NP_742233  normal  unclonable  3.74186e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0064  CDS  NC_002947  74510  74824  315  TPR domain-containing protein  NP_742234  normal  unclonable  3.02311e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0065  CDS  NC_002947  74836  76209  1374  potassium transporter peripheral membrane component  NP_742235  normal  0.948816  unclonable  4.48887e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0066  CDS  NC_002947  76233  77543  1311  sun protein  NP_742236  normal  unclonable  5.06957e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0067  CDS  NC_002947  77540  78472  933  methionyl-tRNA formyltransferase  NP_742237  normal  0.196453  unclonable  4.39837e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0068  CDS  NC_002947  78533  79039  507  peptide deformylase  NP_742238  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0069  CDS  NC_002947  79246  80343  1098  DNA protecting protein DprA  NP_742239  normal  0.0131518  unclonable  5.61308e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0155  CDS  NC_002947  164019  165455  1437  NAD(P)(+) transhydrogenase (AB-specific)  NP_742325  normal  unclonable  8.48763e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0156    NC_002947  165458  166905  1448      normal  0.174307  unclonable  7.52228e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0159  CDS  NC_002947  169597  170817  1221  CAIB/BAIF family protein  NP_742328  unclonable  8.39359e-05  hitchhiker  9.73372e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0358  CDS  NC_002947  436399  437286  888  RarD protein, DMT superfamily transporter  NP_742525  unclonable  1.08784e-05  normal  0.875961  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0387  CDS  NC_002947  471083  472933  1851  RNA polymerase sigma factor RpoD  NP_742554  unclonable  0.00859546  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0438  CDS  NC_002947  531034  531783  750  pantothenate kinase  NP_742604  normal  0.0443405  unclonable  2.3208e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0439  CDS  NC_002947  531752  532216  465  hypothetical protein  NP_742605  decreased coverage  0.000459183  unclonable  2.25098e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0440  CDS  NC_002947  532734  533927  1194  elongation factor Tu  NP_742606  normal  0.0580271  unclonable  3.02311e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0441  CDS  NC_002947  534102  534470  369  preprotein translocase subunit SecE  NP_742607  hitchhiker  0.00228107  unclonable  2.75788e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0442  CDS  NC_002947  534480  535013  534  transcription antitermination protein NusG  NP_742608  normal  0.122371  unclonable  2.84446e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0443  CDS  NC_002947  535133  535564  432  50S ribosomal protein L11  NP_742609  normal  0.273232  unclonable  2.5949e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0444  CDS  NC_002947  535564  536259  696  50S ribosomal protein L1  NP_742610  normal  0.833491  unclonable  2.90351e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0445  CDS  NC_002947  536457  536957  501  50S ribosomal protein L10  NP_742611  normal  0.470652  unclonable  2.41771e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0446  CDS  NC_002947  537035  537400  366  50S ribosomal protein L7/L12  NP_742612  normal  0.690504  unclonable  2.16154e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0447  CDS  NC_002947  537621  541694  4074  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  NP_742613  normal  0.4615  unclonable  1.04807e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0448  CDS  NC_002947  541759  545958  4200  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  NP_742614  normal  0.402854  unclonable  1.1362e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0449  CDS  NC_002947  546170  546541  372  30S ribosomal protein S12  NP_742615  normal  0.245069  unclonable  3.02311e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0450  CDS  NC_002947  546648  547118  471  30S ribosomal protein S7  NP_742616  normal  0.0295757  unclonable  3.15052e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0451  CDS  NC_002947  547149  549296  2148  elongation factor G  NP_742617  normal  0.163293  unclonable  5.17484e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0452  CDS  NC_002947  549324  550517  1194  elongation factor Tu  NP_742618  normal  0.536518  unclonable  3.02311e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0453  CDS  NC_002947  550659  550970  312  30S ribosomal protein S10  NP_742619  normal  0.0704355  unclonable  1.89493e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0454  CDS  NC_002947  551051  551686  636  50S ribosomal protein L3  NP_742620  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0455  CDS  NC_002947  551699  552301  603  50S ribosomal protein L4  NP_742621  normal  0.035261  unclonable  1.91468e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0456  CDS  NC_002947  552298  552597  300  50S ribosomal protein L23  NP_742622  normal  0.0420406  unclonable  1.64588e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0457  CDS  NC_002947  552612  553436  825  50S ribosomal protein L2  NP_742623  normal  0.271317  unclonable  2.09689e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0458  CDS  NC_002947  553453  553728  276  30S ribosomal protein S19  NP_742624  normal  unclonable  1.66272e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0459  CDS  NC_002947  553740  554072  333  50S ribosomal protein L22  NP_742625  normal  0.292472  unclonable  1.7309e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0460  CDS  NC_002947  554086  554772  687  30S ribosomal protein S3  NP_742626  normal  0.521801  unclonable  1.8203e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_0461  CDS  NC_002947  554785  555198  414  50S ribosomal protein L16  NP_742627  normal  0.632913  unclonable  1.62921e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1117  CDS  NC_002947  1278734  1279993  1260  hypothetical protein  NP_743278  normal  0.142464  unclonable  4.82056e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1118  CDS  NC_002947  1281215  1282906  1692  recombinase-related protein  NP_743279  normal  0.236338  unclonable  6.08507e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1285  CDS  NC_002947  1468686  1470140  1455  Sel1 domain protein repeat-containing protein  NP_743445  unclonable  0.000475097  normal  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1715  CDS  NC_002947  1915858  1916295  438  hypothetical protein  NP_743872  unclonable  3.38135e-07  normal  0.0231665  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1901  CDS  NC_002947  2144698  2144883  186  hypothetical protein  NP_744056  normal  unclonable  3.21593e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1902  CDS  NC_002947  2144880  2145644  765  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  NP_744057  normal  unclonable  3.81885e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1903  CDS  NC_002947  2145644  2146108  465  protein tyrosine phosphatase  NP_744058  normal  unclonable  3.52137e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1904  CDS  NC_002947  2146069  2147124  1056  UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase  NP_744059  normal  0.488696  unclonable  4.72337e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1905  CDS  NC_002947  2147241  2150516  3276  ribonuclease, Rne/Rng family  NP_744060  normal  0.879394  unclonable  9.47805e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1906    NC_002947  2151314  2152270  957      normal  unclonable  3.24884e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1907  CDS  NC_002947  2152274  2152948  675  HAD superfamily hydrolase  NP_744061  normal  unclonable  2.7861e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1908  CDS  NC_002947  2152955  2153944  990  signal peptide peptidase SppA, 36K type  NP_744062  normal  unclonable  3.05573e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1909  CDS  NC_002947  2154154  2154768  615  Maf-like protein  NP_744063  normal  unclonable  2.70228e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1910  CDS  NC_002947  2154829  2155356  528  hypothetical protein  NP_744064  normal  unclonable  2.22818e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1911  CDS  NC_002947  2155370  2155552  183  50S ribosomal protein L32  NP_744065  normal  0.361385  unclonable  1.74861e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1912  CDS  NC_002947  2155556  2156566  1011  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  NP_744066  normal  unclonable  2.36854e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1913  CDS  NC_002947  2156694  2157632  939  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  NP_744067  normal  unclonable  2.27401e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1914  CDS  NC_002947  2157648  2158388  741  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  NP_744068  normal  0.225982  unclonable  2.5173e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1915  CDS  NC_002947  2158592  2158828  237  acyl carrier protein  NP_744069  hitchhiker  0.00426402  unclonable  2.16154e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1916  CDS  NC_002947  2159016  2160260  1245  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II  NP_744070  normal  0.136863  unclonable  2.96271e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1917  CDS  NC_002947  2160260  2161075  816  4-amino-4-deoxychorismate lyase  NP_744071  normal  0.307364  unclonable  2.54306e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1918  CDS  NC_002947  2161050  2162315  1266  aminodeoxychorismate lyase  NP_744072  normal  0.204138  unclonable  3.31509e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1919    NC_002947  2162325  2162693  369      normal  unclonable  2.36854e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1920  CDS  NC_002947  2164314  2165534  1221  hypothetical protein  NP_744073  normal  unclonable  4.53482e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1921  CDS  NC_002947  2166934  2168097  1164  hypothetical protein  NP_744074  normal  0.198639  unclonable  4.22513e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1922  CDS  NC_002947  2168785  2169633  849  hypothetical protein  NP_744075  normal  unclonable  3.70327e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1923  CDS  NC_002947  2169737  2170738  1002  hypothetical protein  NP_744076  normal  unclonable  4.58124e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1924  CDS  NC_002947  2171865  2172425  561  phosphinothricin N-acetyltransferase, putative  NP_744077  normal  0.407385  unclonable  2.87357e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1925  CDS  NC_002947  2172418  2173500  1083  monooxygenase, putative  NP_744078  normal  unclonable  3.62928e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1926  CDS  NC_002947  2173526  2174029  504  phosphatase family protein, putative  NP_744079  normal  unclonable  2.7861e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1927  CDS  NC_002947  2174034  2174759  726  arsenical resistance protein ArsH, putative  NP_744080  normal  0.329058  unclonable  3.087e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1928  CDS  NC_002947  2174771  2175259  489  arsenate reductase  NP_744081  normal  0.245596  unclonable  2.5949e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1929  CDS  NC_002947  2175256  2176539  1284  arsenite efflux transporter  NP_744082  normal  0.110099  unclonable  4.0176e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1930  CDS  NC_002947  2176569  2176955  387  arsenic resistance transcriptional regulator  NP_744083  normal  0.406567  unclonable  2.64829e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1931  CDS  NC_002947  2177762  2179198  1437  hypothetical protein  NP_744084  normal  0.0640277  unclonable  4.58124e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1932  CDS  NC_002947  2179803  2180060  258  hypothetical protein  NP_744085  normal  0.777876  unclonable  2.70228e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1933  CDS  NC_002947  2180519  2180746  228  hypothetical protein  NP_744086  normal  unclonable  2.7861e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1934  CDS  NC_002947  2180776  2181432  657  hypothetical protein  NP_744087  normal  unclonable  3.15052e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1935  CDS  NC_002947  2181724  2182032  309  Cro/CI family transcriptional regulator  NP_744088  normal  unclonable  2.87357e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1936  CDS  NC_002947  2184669  2187605  2937  hypothetical protein  NP_744089  normal  unclonable  1.06944e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1937  CDS  NC_002947  2189200  2192388  3189  helicase, putative  NP_744090  normal  unclonable  1.34724e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1938  CDS  NC_002947  2192592  2192903  312  hypothetical protein  NP_744091  normal  unclonable  4.82056e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1939    NC_002947  2193326  2193469  144      normal  unclonable  4.6755e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1940  CDS  NC_002947  2193511  2195661  2151  methyl-accepting chemotaxis transducer  NP_744092  normal  unclonable  1.08039e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1941  CDS  NC_002947  2196384  2196986  603  hypothetical protein  NP_744093  normal  unclonable  5.61308e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1942  CDS  NC_002947  2197023  2197985  963  LysR family transcriptional regulator  NP_744094  normal  unclonable  6.80141e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1943  CDS  NC_002947  2198238  2199098  861  formyltetrahydrofolate deformylase  NP_744095  normal  unclonable  6.6655e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1944  CDS  NC_002947  2199132  2200409  1278  aminomethyltransferase, putative  NP_744096  normal  unclonable  8.57452e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
PP_1945  CDS  NC_002947  2200424  2201299  876  5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase  NP_744097  normal  unclonable  6.39942e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>