65 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Mmc1_0048  CDS  NC_008576  50570  50905  336  DsrC family protein  YP_863983  unclonable  2.43579e-11  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0177  CDS  NC_008576  194853  196163  1311  ammonium transporter  YP_864110  unclonable  6.94522e-09  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0194  CDS  NC_008576  211950  215048  3099  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_864127  unclonable  0.000134562  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0233  CDS  NC_008576  262544  264322  1779  cyclic nucleotide-binding protein  YP_864166  unclonable  8.91781e-08  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0869  CDS  NC_008576  1066186  1066554  369  30S ribosomal protein S13  YP_864794  unclonable  1.82214e-11  hitchhiker  0.00600411  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_0933  CDS  NC_008576  1145372  1145992  621  putative type II secretion system protein  YP_864857  unclonable  1.26033e-10  normal  0.0149078  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1116  CDS  NC_008576  1401861  1402937  1077  hypothetical protein  YP_865038  unclonable  1.22639e-09  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1196  CDS  NC_008576  1491905  1493110  1206  hypothetical protein  YP_865113  unclonable  2.70508e-09  decreased coverage  9.5719e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1386  CDS  NC_008576  1684327  1686537  2211  peptidase M28  YP_865303  unclonable  1.35431e-06  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1409  CDS  NC_008576  1708949  1710790  1842  citrate transporter  YP_865326  unclonable  1.18186e-07  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1449  CDS  NC_008576  1761348  1763954  2607  DNA mismatch repair protein MutS  YP_865364  unclonable  1.77149e-05  normal  0.302427  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1473  CDS  NC_008576  1796762  1798825  2064  hypothetical protein  YP_865388  unclonable  8.67218e-07  normal  0.298549  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1501  CDS  NC_008576  1835290  1835865  576  hypothetical protein  YP_865416  unclonable  1.0842e-10  normal  0.0102039  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1502  CDS  NC_008576  1835832  1836218  387  ArsR family transcriptional regulator  YP_865417  unclonable  3.71011e-11  hitchhiker  0.00988638  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1583  CDS  NC_008576  1952090  1953541  1452  adenylate/guanylate cyclase  YP_865498  unclonable  3.36338e-08  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1584  CDS  NC_008576  1953914  1954786  873  extracellular solute-binding protein  YP_865499  unclonable  1.21386e-09  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1653  CDS  NC_008576  2054217  2054906  690  hypothetical protein  YP_865568  unclonable  1.17481e-10  normal  0.338305  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1685  CDS  NC_008576  2088082  2088774  693  hypothetical protein  YP_865600  unclonable  1.80742e-10  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1696  CDS  NC_008576  2098001  2098399  399  hypothetical protein  YP_865611  unclonable  8.02562e-11  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1704  CDS  NC_008576  2108726  2109082  357  DsrE family protein  YP_865619  unclonable  7.86463e-11  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1741  CDS  NC_008576  2151478  2153511  2034  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain-containing protein  YP_865655  unclonable  8.84979e-07  normal  0.0471242  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1771  CDS  NC_008576  2190208  2190801  594  RNA polymerase sigma factor RpoE  YP_865685  unclonable  5.06111e-11  hitchhiker  0.000648476  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1772  CDS  NC_008576  2190903  2191382  480  positive regulator of sigma(E), RseC/MucC  YP_865686  unclonable  3.38989e-11  hitchhiker  0.000593819  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1773  CDS  NC_008576  2191616  2193085  1470  protease Do  YP_865687  unclonable  2.25032e-08  hitchhiker  0.000850393  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1774  CDS  NC_008576  2193231  2193509  279  hypothetical protein  YP_865688  unclonable  1.30964e-11  hitchhiker  0.000526124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1775  CDS  NC_008576  2193807  2194010  204  SSU ribosomal protein S21P  YP_865689  unclonable  6.00029e-12  decreased coverage  9.32106e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1776  CDS  NC_008576  2194201  2197155  2955  ribonuclease E  YP_865690  unclonable  9.43072e-05  decreased coverage  0.00020345  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1797  CDS  NC_008576  2224709  2225929  1221  permease  YP_865711  unclonable  3.23943e-09  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1810  CDS  NC_008576  2240060  2240815  756  molybdopterin binding domain-containing protein  YP_865724  unclonable  2.30071e-10  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1811  CDS  NC_008576  2241442  2242410  969  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_865725  unclonable  7.28339e-10  normal  0.835393  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1829  CDS  NC_008576  2268642  2270906  2265  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  YP_865743  unclonable  1.10456e-06  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_1877  CDS  NC_008576  2332906  2333490  585  hypothetical protein  YP_865791  unclonable  4.71771e-11  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2119  CDS  NC_008576  2599787  2601349  1563  NAD(P) transhydrogenase subunit alpha  YP_866026  unclonable  3.19763e-08  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2140  CDS  NC_008576  2624621  2625121  501  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  YP_866047  unclonable  6.63162e-11  normal  0.818163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2180  CDS  NC_008576  2732270  2734894  2625  TolC family type I secretion outer membrane protein  YP_866087  unclonable  4.61522e-06  normal  0.954774  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2245  CDS  NC_008576  2867357  2867941  585  hypothetical protein  YP_866152  unclonable  9.71008e-11  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2538  CDS  NC_008576  3230045  3230458  414  hypothetical protein  YP_866444  unclonable  7.331e-11  normal  0.112678  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2543  CDS  NC_008576  3235157  3237295  2139  adenylate/guanylate cyclase  YP_866449  unclonable  1.18563e-06  normal  0.086844  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_2990  CDS  NC_008576  3741300  3742604  1305  outer membrane efflux protein  YP_866887  unclonable  1.36016e-08  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3058  CDS  NC_008576  3824854  3826731  1878  Fe-S protein assembly chaperone HscA  YP_866955  normal  0.156857  unclonable  1.09357e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3059  CDS  NC_008576  3826817  3827440  624  co-chaperone Hsc20  YP_866956  normal  unclonable  6.68017e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3060  CDS  NC_008576  3827523  3827864  342  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  YP_866957  normal  unclonable  6.28621e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3061  CDS  NC_008576  3827867  3828259  393  scaffold protein  YP_866958  normal  0.969828  unclonable  6.68017e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3062  CDS  NC_008576  3828368  3829579  1212  cysteine desulfurase IscS  YP_866959  normal  0.635367  unclonable  8.59331e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3063  CDS  NC_008576  3829707  3830858  1152  aminotransferase, class V  YP_866960  normal  0.0588987  unclonable  8.17205e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3064  CDS  NC_008576  3830855  3831328  474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_866961  hitchhiker  5.52074e-05  unclonable  6.47935e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3065  CDS  NC_008576  3831340  3832053  714  serine O-acetyltransferase  YP_866962  hitchhiker  4.02378e-08  unclonable  6.54619e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3079  CDS  NC_008576  3850359  3850571  213  cold-shock DNA-binding protein family protein  YP_866976  unclonable  1.05073e-11  normal  0.0700259  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3125  CDS  NC_008576  3896893  3899151  2259  hypothetical protein  YP_867021  unclonable  1.84854e-06  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3161  CDS  NC_008576  3934780  3937905  3126  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  YP_867057  normal  0.362215  unclonable  2.13823e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3162  CDS  NC_008576  3937905  3939074  1170  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_867058  unclonable  4.20577e-09  unclonable  1.05041e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3168  CDS  NC_008576  3948357  3951137  2781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_867064  unclonable  2.40071e-05  normal  0.0523799  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3253  CDS  NC_008576  4051124  4051960  837  hypothetical protein  YP_867149  hitchhiker  5.42333e-09  unclonable  6.8187e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3254  CDS  NC_008576  4052164  4052658  495  hypothetical protein  YP_867150  unclonable  2.51063e-11  unclonable  6.8187e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3506  CDS  NC_008576  4376466  4378691  2226  peptidase M23B  YP_867397  unclonable  1.24744e-06  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3518  CDS  NC_008576  4397780  4398643  864  hypothetical protein  YP_867409  unclonable  3.57422e-10  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3746  CDS  NC_008576  4703895  4704119  225  SirA family protein  YP_867637  hitchhiker  0.00371656  unclonable  5.91857e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3747  CDS  NC_008576  4704617  4705114  498  hypothetical protein  YP_867638  hitchhiker  0.00168857  unclonable  7.31696e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3748  CDS  NC_008576  4705361  4705936  576  hypothetical protein  YP_867639  hitchhiker  0.00286744  unclonable  7.61757e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3749  CDS  NC_008576  4706134  4707438  1305  hypothetical protein  YP_867640  unclonable  7.67974e-09  unclonable  1.1385e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3750  CDS  NC_008576  4707651  4708568  918  chromosome segregation DNA-binding protein  YP_867641  unclonable  6.52126e-10  unclonable  1.02935e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_3751  CDS  NC_008576  4708768  4709541  774  chromosome segregation ATPase  YP_867642  hitchhiker  6.26525e-09  unclonable  8.59331e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0021  tRNA  NC_008576  2333735  2333809  75  tRNA-Gly    unclonable  2.05707e-12  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0022  tRNA  NC_008576  2333837  2333913  77  tRNA-Cys    unclonable  1.9175e-12  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Mmc1_R0023  tRNA  NC_008576  2333922  2333996  75  tRNA-Gly    unclonable  2.14158e-12  normal  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>