88 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
TRQ2_0019  CDS  NC_010483  17807  19843  2037  flagellar biosynthesis protein FlhA  YP_001738064  unclonable  0.000195555  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0031  CDS  NC_010483  26179  27189  1011  galactose-1-phosphate uridylyltransferase  YP_001738076  unclonable  3.63361e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0054  CDS  NC_010483  48173  50551  2379  ATPase  YP_001738099  unclonable  0.000677637  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0081  CDS  NC_010483  73258  73656  399  cytidine deaminase  YP_001738126  unclonable  3.94049e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0082  CDS  NC_010483  73595  74962  1368  hypothetical protein  YP_001738127  unclonable  1.82254e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0094  CDS  NC_010483  86091  88001  1911  DNA gyrase, B subunit  YP_001738139  unclonable  0.000129942  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0124  CDS  NC_010483  121882  123120  1239  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase 2  YP_001738169  unclonable  1.91922e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0151  CDS  NC_010483  143919  145991  2073  translation initiation factor IF-2  YP_001738195  unclonable  0.000351563  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0164  CDS  NC_010483  156606  157394  789  30S ribosomal protein S2  YP_001738208  unclonable  1.19331e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0282  CDS  NC_010483  264962  265492  531  hypothetical protein  YP_001738324  unclonable  6.07371e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0319  CDS  NC_010483  304917  305321  405  PilT domain-containing protein  YP_001738359  unclonable  2.27934e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0320  CDS  NC_010483  305324  306106  783  hypothetical protein  YP_001738360  unclonable  1.12261e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0330  CDS  NC_010483  314168  314503  336  uncharacterized protein-like protein  YP_001738369  unclonable  7.501e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0400  CDS  NC_010483  389781  392057  2277  hypothetical protein  YP_001738439  unclonable  0.000863332  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0431  CDS  NC_010483  421034  421312  279  co-chaperonin GroES  YP_001738470  unclonable  3.15226e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0457  CDS  NC_010483  446989  448194  1206  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_001738496  unclonable  9.97958e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0458  CDS  NC_010483  448277  449479  1203  S-layer domain-containing protein  YP_001738497  unclonable  6.1041e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0459  CDS  NC_010483  449514  450755  1242  hypothetical protein  YP_001738498  unclonable  7.56367e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0461  CDS  NC_010483  451484  452779  1296  hypothetical protein  YP_001738500  unclonable  1.21148e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0485  CDS  NC_010483  479706  479858  153  hypothetical protein  YP_001738524  unclonable  2.47048e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0486  CDS  NC_010483  479949  480611  663  FAD-dependent thymidylate synthase  YP_001738525  unclonable  2.14395e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0487  CDS  NC_010483  480608  482743  2136  surface antigen (D15)  YP_001738526  unclonable  0.00051966  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0532  CDS  NC_010483  531630  532937  1308  ammonium transporter  YP_001738569  unclonable  7.56367e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0558  CDS  NC_010483  561513  563303  1791  molecular chaperone DnaK  YP_001738595  unclonable  7.12029e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0559  CDS  NC_010483  563537  566539  3003  acriflavin resistance protein  YP_001738596  unclonable  0.0052837  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0563  CDS  NC_010483  568337  569446  1110  major facilitator transporter  YP_001738600  unclonable  1.1277e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0614  CDS  NC_010483  618361  620541  2181  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001738650  unclonable  0.000274586  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0615  CDS  NC_010483  620498  620824  327  alkylhydroperoxidase  YP_001738651  unclonable  2.57403e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0616  CDS  NC_010483  620817  621074  258  membrane protein-like protein  YP_001738652  unclonable  1.9753e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0617  CDS  NC_010483  621169  621342  174  YHS domain-containing protein  YP_001738653  unclonable  1.02849e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0618  CDS  NC_010483  621365  622324  960  aldo/keto reductase  YP_001738654  unclonable  2.65496e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0619  CDS  NC_010483  622338  623315  978  oxidoreductase domain-containing protein  YP_001738655  unclonable  2.52275e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0643  CDS  NC_010483  652177  653232  1056  gamma-glutamyl kinase  YP_001738679  unclonable  3.63361e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0661  CDS  NC_010483  675118  676365  1248  extracellular solute-binding protein  YP_001738697  unclonable  6.89748e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0688  CDS  NC_010483  708887  709555  669  hypothetical protein  YP_001738724  unclonable  1.15743e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0689  CDS  NC_010483  709552  710463  912  D-alanyl-alanine synthetase A  YP_001738725  unclonable  2.34965e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0691  CDS  NC_010483  712272  713306  1035  metal dependent phosphohydrolase  YP_001738727  unclonable  5.85513e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0692  CDS  NC_010483  713269  713661  393  hypothetical protein  YP_001738728  unclonable  4.27096e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0693  CDS  NC_010483  713686  713898  213  50S ribosomal protein L28  YP_001738729  unclonable  2.18766e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0694  CDS  NC_010483  713949  714401  453  SsrA-binding protein  YP_001738730  unclonable  5.43524e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0721  CDS  NC_010483  737245  737718  474  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  YP_001738757  unclonable  3.89921e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0751  CDS  NC_010483  768742  769656  915  PP-loop domain-containing protein  YP_001738786  unclonable  3.1572e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0752  CDS  NC_010483  769665  770156  492  hypothetical protein  YP_001738787  unclonable  8.63743e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0761  CDS  NC_010483  777203  778630  1428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001738796  unclonable  1.8791e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0802  CDS  NC_010483  826129  827349  1221  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_001738837  unclonable  1.24908e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0910  CDS  NC_010483  940863  942362  1500  hypothetical protein  YP_001738944  unclonable  2.19182e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0945  CDS  NC_010483  981569  981769  201  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  YP_001738979  unclonable  2.76652e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0973  CDS  NC_010483  1010981  1012012  1032  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  YP_001739006  unclonable  6.23082e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_0983  CDS  NC_010483  1025284  1026951  1668  alpha amylase catalytic region  YP_001739016  unclonable  9.65574e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1046  CDS  NC_010483  1091116  1091568  453  hypothetical protein  YP_001739076  unclonable  5.83244e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1096  CDS  NC_010483  1140116  1141327  1212  S-layer domain-containing protein  YP_001739125  unclonable  9.1055e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1139  CDS  NC_010483  1181322  1182395  1074  TPR repeat-containing protein  YP_001739167  unclonable  4.5072e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1140  CDS  NC_010483  1182503  1183660  1158  thiamine biosynthesis protein ThiI  YP_001739168  unclonable  9.1055e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1154  CDS  NC_010483  1193272  1194039  768  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001739182  unclonable  1.23031e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1160  CDS  NC_010483  1198996  1199256  261  FlhB domain-containing protein  YP_001739187  unclonable  2.62881e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1209  CDS  NC_010483  1241342  1244209  2868  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  YP_001739236  unclonable  0.00300001  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1232  CDS  NC_010483  1261223  1261960  738  tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  YP_001739259  unclonable  1.75059e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1233  CDS  NC_010483  1261954  1262532  579  uncharacterized protein-like protein  YP_001739260  unclonable  9.65726e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1241  CDS  NC_010483  1269737  1272352  2616  preprotein translocase subunit SecA  YP_001739268  unclonable  0.00118655  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1311  CDS  NC_010483  1340763  1341380  618  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  YP_001739338  unclonable  9.26866e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1325  CDS  NC_010483  1356840  1358036  1197  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001739352  unclonable  1.00855e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1326  CDS  NC_010483  1358038  1358454  417  hypothetical protein  YP_001739353  unclonable  4.72266e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1327  CDS  NC_010483  1358405  1358800  396  CoA-binding domain-containing protein  YP_001739354  unclonable  3.52253e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1328  CDS  NC_010483  1358757  1359287  531  glycerol-3-phosphate responsive antiterminator, GlpP  YP_001739355  unclonable  9.36682e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1329  CDS  NC_010483  1359272  1360054  783  dimethyladenosine transferase  YP_001739356  unclonable  2.82219e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1337  CDS  NC_010483  1366843  1368474  1632  RNA-binding S1 domain-containing protein  YP_001739364  unclonable  6.10744e-05  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1369  CDS  NC_010483  1393226  1393603  378  30S ribosomal protein S13  YP_001739396  unclonable  3.85836e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1370  CDS  NC_010483  1393619  1393735  117  50S ribosomal protein L36  YP_001739397  unclonable  1.9753e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1371  CDS  NC_010483  1393753  1393977  225  translation initiation factor IF-1  YP_001739398  unclonable  2.57403e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1372  CDS  NC_010483  1393979  1394731  753  methionine aminopeptidase, type I  YP_001739399  unclonable  1.59906e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1386  CDS  NC_010483  1401033  1401233  201  50S ribosomal protein L29  YP_001739413  unclonable  2.47048e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1387  CDS  NC_010483  1401230  1401658  429  50S ribosomal protein L16  YP_001739414  unclonable  7.34854e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1388  CDS  NC_010483  1401673  1402302  630  ribosomal protein S3  YP_001739415  unclonable  1.47374e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1389  CDS  NC_010483  1402312  1402791  480  50S ribosomal protein L22  YP_001739416  unclonable  7.88979e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1390  CDS  NC_010483  1402803  1403090  288  30S ribosomal protein S19  YP_001739417  unclonable  2.62881e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1391  CDS  NC_010483  1403104  1403934  831  50S ribosomal protein L2  YP_001739418  unclonable  2.32502e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1399  CDS  NC_010483  1409737  1410120  384  30S ribosomal protein S12  YP_001739426  unclonable  3.81794e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1625  CDS  NC_010483  1643294  1646548  3255  glycoside hydrolase family 42 protein  YP_001739644  unclonable  0.00573488  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1786  CDS  NC_010483  1799846  1802989  3144  hypothetical protein  YP_001739800  unclonable  0.00635446  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1812  CDS  NC_010483  1839240  1839479  240  SirA family protein  YP_001739826  unclonable  2.07986e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_1813    NC_010483  1839495  1840494  1000      unclonable  4.2827e-06  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0007  tmRNA  NC_010483  421508  421863  356      unclonable  3.38261e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0013  tRNA  NC_010483  479200  479286  87  tRNA-Tyr    unclonable  2.23303e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0014  tRNA  NC_010483  479296  479371  76  tRNA-Thr    unclonable  1.87798e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0015  tRNA  NC_010483  479395  479467  73  tRNA-Met    unclonable  2.05808e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0016  tRNA  NC_010483  479574  479649  76  tRNA-Met    unclonable  1.69837e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0035  tRNA  NC_010483  1199288  1199364  77  tRNA-Pro    unclonable  1.2695e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
TRQ2_R0036  tRNA  NC_010483  1199533  1199607  75  tRNA-Glu    unclonable  1.49055e-07  n/a    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>