279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ser-5 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  100 
 
 		 67 bp  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0040  tRNA-Gly  98.08 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.346214  normal  0.248839 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0038  tRNA-Gly  98.08 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  100 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  100 
 
 		 108 bp  89.7  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0018  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0002  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.101258 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0046  tRNA-Gly  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0037  tRNA-OTHER  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0001  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.89126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30863e-30 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0066  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309271  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0062  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.588176  normal  0.0646028 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0049  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00351411  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0065  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.109951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0028  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000281549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0051  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0500664 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0019  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00502278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0050  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000555856  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0001  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0149399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0036  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.890438 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0060  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.481193  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>