69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0058 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  100 
 
 		 159 aa  330  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 163 aa  107  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 162 aa  103  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  40.4 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  51.02 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  38.41 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  46.94 
 
 		 162 aa  94  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  46.94 
 
 		 161 aa  94  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  50.5 
 
 		 162 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  45.92 
 
 		 162 aa  91.3  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  47.96 
 
 		 162 aa  91.3  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  49.5 
 
 		 162 aa  90.5  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  31.52 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  32.92 
 
 		 165 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  34.19 
 
 		 165 aa  73.6  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  40.78 
 
 		 177 aa  72  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  32.58 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  36.73 
 
 		 167 aa  64.3  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  34.62 
 
 		 167 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  31.74 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  33.64 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.02 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  35 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  31.68 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  31.78 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0046  hypothetical protein  36.36 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  31.78 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  31.78 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  31.78 
 
 		 168 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  33.66 
 
 		 166 aa  53.9  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  27.33 
 
 		 179 aa  53.9  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  31.78 
 
 		 168 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  31.78 
 
 		 168 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  31.78 
 
 		 166 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  32.65 
 
 		 168 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  32.04 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0040  hypothetical protein  35.23 
 
 		 177 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  34.31 
 
 		 173 aa  52  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  35.58 
 
 		 170 aa  50.8  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  32.32 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  28.71 
 
 		 175 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  31.97 
 
 		 178 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  31.58 
 
 		 153 aa  47.8  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  31.37 
 
 		 179 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  26.5 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  33.75 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  25.64 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  27.66 
 
 		 196 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  29 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  26.42 
 
 		 266 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  27.13 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  29.52 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1111  transcription termination/antitermination factor NusG  26.36 
 
 		 299 aa  42.4  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.106729  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  30.84 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>