132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0046 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0046  conjugal transfer protein TrbA  100 
 
 		 122 aa  250  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.91014  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4275  conjugal transfer protein TrbA  72.65 
 
 		 120 aa  161  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  6.75879e-22  normal  0.733184 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6591  conjugal transfer protein TrbA  71.79 
 
 		 120 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000102889  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  64.96 
 
 		 118 aa  159  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6501  conjugal transfer protein TrbA  70.94 
 
 		 120 aa  158  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000173415  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 197 aa  51.2  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 194 aa  50.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  48.1  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 186 aa  48.1  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  48.1  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 186 aa  48.1  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 252 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 152 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.4 
 
 		 305 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.29 
 
 		 316 aa  47.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  35.94 
 
 		 75 aa  47.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  33.82 
 
 		 232 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.51 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  36.9 
 
 		 245 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.35 
 
 		 305 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 197 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 204 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  33.85 
 
 		 215 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.74 
 
 		 309 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  44.3  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 189 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 69 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 220 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.86 
 
 		 194 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 115 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 67 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  37.7 
 
 		 196 aa  43.5  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  38 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0490  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.100624 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 189 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 75 aa  42  0.003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 178 aa  41.6  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  42.19 
 
 		 489 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 201 aa  42  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 93 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 255 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 71 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 71 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  44.19 
 
 		 67 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 197 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 489 aa  41.6  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 210 aa  41.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 224 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1606  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 404 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0568777  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 99 aa  41.2  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 201 aa  41.2  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 192 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0813  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.284678  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 199 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0026  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 435 aa  41.2  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0122456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 219 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 115 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 490 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>