262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4257 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.50254e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  100 
 
 
77 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.71762e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.45086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.6335e-08  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0129  tRNA-Gln  94.67 
 
 
75 bp  117  4e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  9.54421e-05  normal  0.381097 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0127  tRNA-Gln  94.67 
 
 
75 bp  117  4e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0027737  normal  0.534366 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.46626e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.20492e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.16325e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.75027e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.18199e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.02885e-06  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.95722e-08  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.86361e-08  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.74137e-07  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  90.67 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  2.3217e-05  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0037  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000166881  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.57252e-07  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  90.67 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.16845e-05  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.10301e-08  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0036  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000169223  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0040  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  6.73061e-07  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  96.36 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.37452e-07  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.00776e-05  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  94.64 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  91.18 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  91.18 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.37477e-05  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  91.18 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.19427e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  9.80988e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.74074e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.58561e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.74735e-05  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.19757e-05  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.06309e-08  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0072  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212883  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  4.62888e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.49408e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0071  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.429355  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.68732e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  6.66816e-08  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  7.22917e-05  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.21705e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.08898e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.352e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3152t  tRNA-Gln  90.14 
 
 
72 bp  85.7  1e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  9.38948e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3147t  tRNA-Gln  90.14 
 
 
72 bp  85.7  1e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  9.9101e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3145t  tRNA-Gln  90.14 
 
 
72 bp  85.7  1e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.07062e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3143t  tRNA-Gln  90.14 
 
 
72 bp  85.7  1e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000544986  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  5.82426e-06  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  7.84737e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.67269e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  5.20956e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.53053e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.37072e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.6844e-09  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.14888e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.24601e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  5.56049e-05  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  3.63695e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  83.8  5e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  8.94711e-10  hitchhiker  5.11472e-10 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  90 
 
 
75 bp  83.8  5e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.1091e-08  hitchhiker  4.74372e-10 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  89.71 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  89.71 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.37672e-07  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  89.71 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.60011e-06  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  89.71 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.61751e-07  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  88 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.09766e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.37072e-08  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.12561e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  88 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.64709e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  88 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.20589e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  88 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.66514e-13  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>