106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4237 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  9.25021e-13  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.69177e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0071  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0114475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0101  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00407806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.20142e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.11443e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.14996e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.39962e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0058  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392765  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0043  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  9.26476e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.41588e-06  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.66309e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  5.88832e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.52195e-07  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.46163e-05  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.3796e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0051  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21603e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.3606e-06  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.98028e-06  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.15835e-05  hitchhiker  1.26474e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t063  tRNA-Cys  90.41 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.0127e-05  hitchhiker  8.85042e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t072  tRNA-Cys  90.41 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.13196e-10  normal  0.0212572 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  90.62 
 
 
71 bp  79.8  8e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  92.59 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  91.07 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.91059e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  87.32 
 
 
71 bp  69.9  8e-11  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  5.10343e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.66451e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.75423e-06  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  9.5495e-06  hitchhiker  1.43723e-10 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.00865e-08  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  9.57331e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  2.93612e-06  hitchhiker  4.18527e-07 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  4.65953e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.2319e-09  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  9.13492e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0067  tRNA-Cys  89.29 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.42266e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.04834e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.85366e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  91.49 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  8e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  8e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  89.58 
 
 
74 bp  56  1e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0043  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  56  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00614253  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  89.58 
 
 
74 bp  56  1e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.11 
 
 
74 bp  52  2e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  87.04 
 
 
71 bp  52  2e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  2e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  2e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  90.24 
 
 
71 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0044  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  90.24 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  90.24 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  90.24 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>