173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4155 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  100 
 
 
119 aa  242  1e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  93.28 
 
 
119 aa  231  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  99.07 
 
 
108 aa  221  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.57593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  218  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  218  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  218  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  218  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  218  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  89.08 
 
 
119 aa  217  4e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  88.24 
 
 
119 aa  215  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  86.55 
 
 
119 aa  211  3e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  84.03 
 
 
119 aa  206  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  87.04 
 
 
108 aa  196  1e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  86.11 
 
 
108 aa  195  2e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  87.04 
 
 
108 aa  194  4e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.47963e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  63.03 
 
 
119 aa  159  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  56.14 
 
 
115 aa  141  4e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  59.46 
 
 
120 aa  139  1e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  57.39 
 
 
118 aa  137  4e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  54.95 
 
 
120 aa  131  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  54.39 
 
 
119 aa  131  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  53.91 
 
 
118 aa  130  4e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  53.04 
 
 
118 aa  130  4e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  53.91 
 
 
118 aa  130  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  130  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  57.02 
 
 
118 aa  130  7e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  130  8e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  130  8e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  130  8e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  56.14 
 
 
118 aa  128  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  52.17 
 
 
118 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  54.95 
 
 
120 aa  127  4e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  51.26 
 
 
120 aa  125  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  53.15 
 
 
118 aa  125  2e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  55.05 
 
 
117 aa  123  8e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  54.37 
 
 
107 aa  118  4e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.92203e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  49.58 
 
 
134 aa  112  2e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  48.25 
 
 
133 aa  110  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  46.28 
 
 
128 aa  109  1e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  46.61 
 
 
134 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  47.37 
 
 
133 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  47.79 
 
 
133 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  46.61 
 
 
134 aa  105  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  46.61 
 
 
134 aa  105  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  47.06 
 
 
130 aa  103  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  44.76 
 
 
128 aa  100  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  45.54 
 
 
128 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  44.92 
 
 
135 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  44.92 
 
 
135 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  43.86 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  43.4 
 
 
162 aa  97.1  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  41.67 
 
 
114 aa  90.1  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  41.67 
 
 
114 aa  90.1  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  39.5 
 
 
119 aa  88.2  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  43.48 
 
 
122 aa  87.4  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  43.1 
 
 
132 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  41.67 
 
 
116 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  38.18 
 
 
120 aa  82.8  2e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4180  ribonuclease P protein component  100 
 
 
37 aa  79.7  1e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  4.0396e-12  normal  0.023392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  37.61 
 
 
132 aa  79  2e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  38.32 
 
 
123 aa  74.7  4e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  32.11 
 
 
123 aa  73.6  8e-13  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  36.84 
 
 
130 aa  69.7  1e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  36.61 
 
 
127 aa  69.7  1e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  34.58 
 
 
123 aa  66.6  1e-10  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  31.93 
 
 
122 aa  63.5  8e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  33.64 
 
 
123 aa  61.6  4e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  31.3 
 
 
121 aa  60.5  8e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  31.86 
 
 
130 aa  60.1  9e-09  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  33.96 
 
 
135 aa  58.9  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  47.17 
 
 
99 aa  58.5  3e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  35.71 
 
 
113 aa  57.8  5e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  32.04 
 
 
123 aa  56.2  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  36.29 
 
 
130 aa  55.8  2e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  38 
 
 
121 aa  56.2  2e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2315  ribonuclease P  38.38 
 
 
121 aa  54.7  4e-07  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  36.04 
 
 
123 aa  54.7  4e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  32.77 
 
 
121 aa  54.7  5e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  32.95 
 
 
116 aa  53.9  7e-07  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  2.04064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  27.72 
 
 
115 aa  52.8  1e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  6.762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  34.91 
 
 
116 aa  52.8  2e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  34.91 
 
 
116 aa  52.8  2e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  46.81 
 
 
55 aa  51.6  3e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  3.63404e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  38.64 
 
 
153 aa  52  3e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3156  ribonuclease P protein component  38.64 
 
 
153 aa  52  3e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  1.28302e-05 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  32.32 
 
 
109 aa  51.6  4e-06  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  51.02 
 
 
170 aa  51.6  4e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  32.17 
 
 
161 aa  51.2  4e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  38.1 
 
 
169 aa  51.2  5e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  4.56921e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  33.04 
 
 
139 aa  50.8  6e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  37.5 
 
 
153 aa  50.8  6e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  37.5 
 
 
153 aa  50.8  6e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>