More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4154 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_4152  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
46 aa  89.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  1.70449e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4178  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
46 aa  89.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  3.72649e-12  normal  0.0228547 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4249  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
46 aa  89.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.56775e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4154  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
46 aa  89.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.84291e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  97.83 
 
 
46 aa  87.8  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  86.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  93.48 
 
 
46 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  76.3  1e-13  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  3.90368e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.9  2e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  1.11229e-06 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.9  2e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.9  2e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.83755e-10  hitchhiker  5.52795e-09 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.9  2e-13  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  7.27123e-06  unclonable  4.68434e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.5  2e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  74.3  4e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 
44 aa  73.6  9e-13  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  72  2e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.55667e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 
44 aa  72.4  2e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  71.6  3e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  71.6  3e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4174  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.269876  normal  0.806071 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3916  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.06535e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4052  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00017191  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4067  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.13234e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4213  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.47628e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4231  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00039981  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5133  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000882386  normal  0.0201303 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03530  hypothetical protein  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0943664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4267  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  5.37896e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4124  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00205237  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4222  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.12613e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03586  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.164339  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4070  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00184884  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4292  50S ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00044524  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4263  ribosomal protein L34  95.65 
 
 
46 aa  71.2  4e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0238859  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  70.5  7e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  70.5  7e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 
44 aa  70.5  7e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  70.1  9e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  70.1  9e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.417e-05 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 
44 aa  69.7  1e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4295  ribosomal protein L34  93.48 
 
 
46 aa  69.7  1e-11  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00232531  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  68.9  2e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  76.74 
 
 
44 aa  68.2  3e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.4236e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  68.2  3e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  68.6  3e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  8.49089e-06  hitchhiker  1.10171e-09 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  67.4  6e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  75.56 
 
 
47 aa  66.6  9e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  75.56 
 
 
55 aa  66.6  9e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  76.74 
 
 
44 aa  65.9  2e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 
45 aa  65.1  3e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.97783e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  65.1  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  65.1  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  75.56 
 
 
52 aa  65.5  3e-10  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  1.48872e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0446  50S ribosomal protein L34  71.11 
 
 
51 aa  63.5  8e-10  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  75.56 
 
 
53 aa  63.5  9e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  75.56 
 
 
52 aa  63.5  9e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  71.11 
 
 
52 aa  63.5  1e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  71.11 
 
 
52 aa  62.4  2e-09  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  73.33 
 
 
52 aa  62.4  2e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  73.33 
 
 
48 aa  62.4  2e-09  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  62  2e-09  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  71.11 
 
 
50 aa  61.6  3e-09  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  61.2  4e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0133  ribosomal protein L34  84.44 
 
 
47 aa  61.2  5e-09  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0261196  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  71.11 
 
 
53 aa  61.2  5e-09  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3318  50S ribosomal protein L34  93.55 
 
 
44 aa  61.2  5e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  61.2  5e-09  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  73.81 
 
 
44 aa  60.8  6e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  70.45 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  6.49644e-07  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.1  9e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf883  ribosomal protein L34  68.89 
 
 
48 aa  60.1  9e-09  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4204  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  60.1  1e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000294632  decreased coverage  0.00182284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  65.91 
 
 
44 aa  59.7  1e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 
46 aa  58.9  2e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  68.89 
 
 
46 aa  58.9  2e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  59.3  2e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  64.44 
 
 
49 aa  58.5  3e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0100  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
53 aa  58.5  3e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5053  ribosomal protein L34  87.1 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.43123  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2763  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
52 aa  58.2  3e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  2.2911e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  68.89 
 
 
51 aa  58.5  3e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  66.67 
 
 
53 aa  58.5  3e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.89497e-09  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1194  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
57 aa  58.2  4e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  6.42694e-07  decreased coverage  0.000208827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3852  ribosomal protein L34  66.67 
 
 
52 aa  57.8  4e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.699914 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
49 aa  58.2  4e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1540  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  4.1199e-07  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  57.4  6e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2950  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.4  7e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  3.18423e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>