More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4153 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  79.53 
 
 
457 aa  746  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  66.73 
 
 
495 aa  656  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  79.53 
 
 
462 aa  754  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 
462 aa  761  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  91.86 
 
 
466 aa  869  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  82.94 
 
 
468 aa  781  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  91.67 
 
 
467 aa  871  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  80.26 
 
 
461 aa  767  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 
462 aa  761  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  95.46 
 
 
463 aa  911  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  78.76 
 
 
462 aa  750  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  unclonable  1.36332e-10 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 
462 aa  761  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  68.53 
 
 
455 aa  641  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  66.6 
 
 
478 aa  637  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  91.86 
 
 
466 aa  869  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 
462 aa  761  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
462 aa  956  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  99.78 
 
 
450 aa  927  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.34969e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  91.67 
 
 
467 aa  875  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  79.65 
 
 
460 aa  756  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  79.61 
 
 
462 aa  762  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  91.67 
 
 
467 aa  871  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  80.13 
 
 
461 aa  758  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  67.52 
 
 
451 aa  637  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  79.87 
 
 
460 aa  758  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  79.87 
 
 
460 aa  758  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.37 
 
 
474 aa  729  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  91.86 
 
 
466 aa  869  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  91.86 
 
 
466 aa  869  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  88.47 
 
 
533 aa  642  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  9.17685e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  80.52 
 
 
459 aa  762  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  61.74 
 
 
507 aa  635  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  92.54 
 
 
465 aa  889  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  92.7 
 
 
464 aa  879  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  66.95 
 
 
452 aa  646  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  83.76 
 
 
472 aa  798  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.6 
 
 
461 aa  721  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  66.95 
 
 
452 aa  646  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  91.38 
 
 
483 aa  866  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  79.74 
 
 
461 aa  763  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  91.86 
 
 
466 aa  869  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  65.79 
 
 
494 aa  649  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  79.65 
 
 
460 aa  758  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  93.33 
 
 
465 aa  888  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  93.51 
 
 
462 aa  888  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  83.58 
 
 
468 aa  774  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  91.88 
 
 
467 aa  874  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  83.37 
 
 
468 aa  773  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.52796e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
462 aa  956  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  63.01 
 
 
511 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  66.67 
 
 
451 aa  629  1e-179  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.48 
 
 
511 aa  628  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  66.67 
 
 
451 aa  629  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  62.62 
 
 
510 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  67.1 
 
 
449 aa  624  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  61.64 
 
 
511 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  62.16 
 
 
514 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  62.77 
 
 
505 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  62.65 
 
 
506 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  3.64152e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  62.11 
 
 
512 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.24 
 
 
516 aa  613  1e-174  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  3.522e-07  unclonable  7.22922e-12 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  60.77 
 
 
524 aa  604  1e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  63.06 
 
 
487 aa  598  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.89853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.71 
 
 
455 aa  590  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  61.22 
 
 
452 aa  579  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  5.82235e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.32 
 
 
467 aa  577  1e-163  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.849e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.48 
 
 
469 aa  573  1e-162  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.48 
 
 
442 aa  570  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.96 
 
 
458 aa  563  1e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  59.78 
 
 
449 aa  553  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.82 
 
 
470 aa  534  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.33107e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  55.01 
 
 
476 aa  512  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.77 
 
 
452 aa  512  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.77 
 
 
452 aa  512  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  54.84 
 
 
442 aa  502  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  52.81 
 
 
465 aa  491  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.0295e-06  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  55.53 
 
 
443 aa  488  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  50 
 
 
500 aa  481  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0001  chromosomal replication initiation protein  48.56 
 
 
525 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470928  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  52.51 
 
 
457 aa  481  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  51.31 
 
 
468 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0001  chromosomal replication initiation protein  48.56 
 
 
525 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.375862  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0001  chromosomal replication initiation protein  48.37 
 
 
525 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.54964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0001  chromosomal replication initiation protein  48.73 
 
 
518 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000470324 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  50.87 
 
 
473 aa  471  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0001  chromosomal replication initiation protein  48.17 
 
 
524 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57647  hitchhiker  1.95718e-05 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  50.87 
 
 
473 aa  472  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3182  chromosomal replication initiation protein  47.98 
 
 
525 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.143434  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  51.53 
 
 
475 aa  466  1e-130  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0001  chromosomal replication initiation protein  50.44 
 
 
483 aa  466  1e-130  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.43 
 
 
475 aa  463  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.77 
 
 
474 aa  461  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0001  chromosomal replication initiation protein  54.27 
 
 
443 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0296464  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0001  chromosomal replication initiation protein  53.83 
 
 
443 aa  461  1e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0269853  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  47.69 
 
 
522 aa  463  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>