More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3883 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
315 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
315 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
315 aa  644    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  82.8 
 
 
314 aa  551  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 
315 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  78.03 
 
 
315 aa  518  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  79.42 
 
 
313 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 
315 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 
315 aa  508  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  75.87 
 
 
315 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 
315 aa  508  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  75.8 
 
 
315 aa  508  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  76.19 
 
 
315 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 
315 aa  508  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 
315 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  76.75 
 
 
315 aa  507  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  77.49 
 
 
313 aa  501  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  75.48 
 
 
315 aa  501  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  75.48 
 
 
315 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  75.16 
 
 
315 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  75.48 
 
 
315 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  75.48 
 
 
315 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  75.48 
 
 
315 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  64.01 
 
 
321 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  66.67 
 
 
317 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  63.38 
 
 
315 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  66.13 
 
 
318 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
318 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
318 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  62.54 
 
 
315 aa  410  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
318 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  65.16 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  65.92 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  61.27 
 
 
315 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  63.87 
 
 
321 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  63.87 
 
 
329 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  63.23 
 
 
324 aa  391  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
320 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  63.67 
 
 
319 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  60.26 
 
 
312 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  61.61 
 
 
320 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  63.52 
 
 
318 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 
315 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  58.65 
 
 
316 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  57.1 
 
 
311 aa  371  1e-102  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  58.97 
 
 
314 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  55.16 
 
 
311 aa  354  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  55.11 
 
 
327 aa  349  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 
310 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 
310 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 
310 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  56.05 
 
 
314 aa  345  7e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  56.45 
 
 
310 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  57.64 
 
 
314 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  54.75 
 
 
312 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  55.95 
 
 
319 aa  342  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  56.37 
 
 
314 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  54.84 
 
 
310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  57.24 
 
 
322 aa  335  7.999999999999999e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  55.33 
 
 
308 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 
314 aa  332  7.000000000000001e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 
314 aa  332  7.000000000000001e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  53.82 
 
 
325 aa  321  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  53.47 
 
 
318 aa  320  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  54.7 
 
 
311 aa  315  5e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  49.04 
 
 
314 aa  310  2e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 
332 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  48.72 
 
 
314 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  51.58 
 
 
323 aa  302  5.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  52.35 
 
 
325 aa  300  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  51.96 
 
 
307 aa  298  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  54.82 
 
 
309 aa  292  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  51.48 
 
 
307 aa  289  4e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 
310 aa  287  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 
307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  46.01 
 
 
320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
308 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  51.6 
 
 
357 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0129  methionyl-tRNA formyltransferase  50.8 
 
 
328 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  48.18 
 
 
307 aa  276  3e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  51.01 
 
 
320 aa  275  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 
322 aa  275  8e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  47.52 
 
 
307 aa  275  9e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  49.66 
 
 
320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 
327 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 
327 aa  271  9e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 
344 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  43.94 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  46.64 
 
 
312 aa  269  4e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>