99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3544 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  83.89 
 
 		 149 aa  268  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  83.22 
 
 		 149 aa  267  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  79.19 
 
 		 156 aa  253  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  78.52 
 
 		 149 aa  251  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  84.56 
 
 		 149 aa  244  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  73.79 
 
 		 147 aa  223  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  73.79 
 
 		 147 aa  223  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  73.79 
 
 		 147 aa  223  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  73.79 
 
 		 160 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  73.79 
 
 		 160 aa  222  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  221  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  221  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  221  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  221  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  221  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  72.41 
 
 		 147 aa  220  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 160 aa  220  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  72.41 
 
 		 147 aa  220  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  71.72 
 
 		 147 aa  218  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  71.03 
 
 		 147 aa  214  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  54.11 
 
 		 154 aa  177  5.999999999999999e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  51.05 
 
 		 147 aa  163  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  44.83 
 
 		 147 aa  130  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  45.14 
 
 		 156 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.38 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.11 
 
 		 153 aa  121  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.29 
 
 		 163 aa  120  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.07 
 
 		 156 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  40.56 
 
 		 150 aa  116  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.94 
 
 		 153 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.28 
 
 		 149 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.38 
 
 		 156 aa  114  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  39.16 
 
 		 150 aa  113  6.9999999999999995e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.79 
 
 		 154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.79 
 
 		 154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.79 
 
 		 154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.13 
 
 		 174 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.13 
 
 		 174 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.13 
 
 		 167 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  40.65 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.31 
 
 		 176 aa  110  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.13 
 
 		 174 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  43.24 
 
 		 149 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000200147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  42.55 
 
 		 157 aa  106  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  41.83 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  35.92 
 
 		 140 aa  98.2  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  38.3 
 
 		 142 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  38.3 
 
 		 142 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  36.17 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  36.88 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  35.46 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  35.46 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  35.25 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.17 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  34.75 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.46 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  30.94 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  30.94 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.06 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  30.5 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.78 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  34.72 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  29.93 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.93 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  32 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.33 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  29.37 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.69 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  29.37 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  31.62 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  27.86 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.97 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  33.05 
 
 		 138 aa  53.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  31.25 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.57 
 
 		 169 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.83 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  27.64 
 
 		 144 aa  51.2  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  32.88 
 
 		 149 aa  50.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.85 
 
 		 146 aa  50.4  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.07 
 
 		 146 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1224  DNA polymerase III chi subunit  29.29 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.009619  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.07 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.33 
 
 		 140 aa  45.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  25.83 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  31.2 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.2 
 
 		 166 aa  44.3  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  29.79 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  33.87 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  29.84 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  26.67 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0050  putative DNA polymerase III, chi subunit  25.61 
 
 		 151 aa  40.8  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.443992 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.35 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.62 
 
 		 155 aa  40.4  0.009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>