299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3087 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3229  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  100 
 
 
148 aa  300  6e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.59864  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3087  putative competence protein ComEA  100 
 
 
148 aa  300  6e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.07347e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3048  hypothetical protein  99.32 
 
 
148 aa  297  4e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872404  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1100  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.34 
 
 
129 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628696  hitchhiker  2.43122e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3259  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.59 
 
 
121 aa  92.8  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.569705  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3063  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  55.38 
 
 
130 aa  90.9  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1053  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.59 
 
 
121 aa  90.1  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2871  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  56.92 
 
 
122 aa  90.1  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.616145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0502  competence protein ComEA  42.86 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.160916 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0909  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.88 
 
 
129 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0495  competence protein ComEA  42.86 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0493  competence protein ComEA  42.86 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0512  competence protein ComEA  42.86 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0318575  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0556  competence protein ComEA  42.86 
 
 
124 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0365  competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.9  6e-15  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.195685  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3167  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  53.12 
 
 
123 aa  80.9  6e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0593952  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0478  competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.9  6e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0555173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0528  competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.9  6e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.740577 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0519  competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.9  6e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000437229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3190  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.5  8e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.550856  normal  0.0175566 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00398  hypothetical protein  53.12 
 
 
123 aa  80.5  8e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.829915  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0485  competence protein ComEA  53.12 
 
 
123 aa  80.1  8e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00167718  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00394  hypothetical protein  53.12 
 
 
123 aa  80.5  8e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887023  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1813  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.25 
 
 
112 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3898  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  50 
 
 
111 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23480  hypothetical protein  44.87 
 
 
109 aa  73.9  7e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00152182  hitchhiker  0.00697209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1415  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  54.1 
 
 
110 aa  73.2  1e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0694411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.28 
 
 
121 aa  73.2  1e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1507  hypothetical protein  53.23 
 
 
103 aa  73.2  1e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.24688e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1646  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.37 
 
 
122 aa  72.4  2e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330475  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2731  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.37 
 
 
122 aa  72.4  2e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0259304 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1392  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  52.46 
 
 
111 aa  72.4  2e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0637588  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3635  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.29 
 
 
120 aa  72.4  2e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.37256 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1612  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.37 
 
 
122 aa  72.4  2e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1623  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.37 
 
 
122 aa  72.4  2e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4041  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.29 
 
 
111 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.203214  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1813  DNA-binding protein, putative  39.45 
 
 
121 aa  70.9  6e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.64 
 
 
121 aa  69.3  1e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004039  DNA uptake protein  40.51 
 
 
97 aa  69.7  1e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000258752  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0126  ComE operon protein (competence protein)  54.1 
 
 
111 aa  70.1  1e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  39.64 
 
 
121 aa  69.3  2e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2142  flagellar motor switch protein FliM  42.31 
 
 
119 aa  69.3  2e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1757  competence protein, putative  40.51 
 
 
109 aa  68.9  2e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.610163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1987  hypothetical protein  48.39 
 
 
107 aa  68.9  2e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1984  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.44 
 
 
107 aa  66.6  1e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0142259  normal  0.337896 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0824  hypothetical protein  37.66 
 
 
98 aa  65.5  2e-10  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.138646  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1879  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.77 
 
 
107 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382969  normal  0.520774 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  53.23 
 
 
206 aa  65.5  2e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0558  Fis family transcriptional regulator  46.77 
 
 
99 aa  66.2  2e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340752  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  56.36 
 
 
265 aa  65.1  3e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3219  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.77 
 
 
104 aa  65.5  3e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20070  ComEA-related protein  44.26 
 
 
110 aa  62.4  2e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1561  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.06 
 
 
105 aa  62.8  2e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.230085  hitchhiker  7.35026e-05 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  40.54 
 
 
198 aa  62.4  2e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  39.53 
 
 
105 aa  62.4  2e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.3 
 
 
181 aa  62.8  2e-09  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01422  hypothetical protein  43.55 
 
 
95 aa  61.6  3e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.98 
 
 
102 aa  61.6  3e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4064  comE operon protein 1  36.36 
 
 
199 aa  61.6  3e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0884227  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2474  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  39.39 
 
 
137 aa  61.6  3e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4226  comE operon protein 1  36.36 
 
 
199 aa  61.6  3e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0993  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.44 
 
 
90 aa  61.2  4e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0367342  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2489  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.44 
 
 
99 aa  61.2  4e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.632838  normal  0.0131987 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.3 
 
 
181 aa  61.2  4e-09  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  36.36 
 
 
199 aa  61.6  4e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4553  ComE operon protein 1  36.36 
 
 
198 aa  61.6  4e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0361747  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1508  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  48.39 
 
 
127 aa  60.8  6e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0790  comE operon protein 1  39.19 
 
 
198 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0708257  hitchhiker  1.31461e-07 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
199 aa  60.5  7e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3003  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.3 
 
 
91 aa  59.7  1e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4408  comE operon protein 1  40.85 
 
 
198 aa  60.1  1e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4349  comE operon protein 1  36.36 
 
 
198 aa  59.7  1e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.84477e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4460  comE operon protein 1  44.26 
 
 
198 aa  59.7  1e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.56919e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1644  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 
109 aa  59.3  2e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.374375  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1714  DNA transport competence protein  42.19 
 
 
109 aa  59.3  2e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0133378  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0113  putative competence DNA binding protein ComEA  47.62 
 
 
115 aa  59.3  2e-08  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.203684  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0843  hypothetical protein  43.55 
 
 
105 aa  58.5  3e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.15 
 
 
200 aa  58.2  4e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0979  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.55 
 
 
108 aa  58.2  4e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160032  normal  0.0718361 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1673  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  43.55 
 
 
87 aa  58.2  4e-08  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0872  hypothetical protein  43.55 
 
 
105 aa  57.8  5e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1548  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.28 
 
 
89 aa  57.8  5e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2087  comE operon protein 1, putative  46.27 
 
 
254 aa  57.8  6e-08  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2375  putative comE operon protein 1  46.27 
 
 
254 aa  57.4  6e-08  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02250  DNA transport competence protein  41.27 
 
 
96 aa  57.4  7e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  51.79 
 
 
207 aa  57.4  7e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.91 
 
 
135 aa  57  9e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  1.93107e-06 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  50.91 
 
 
107 aa  57  9e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  46.03 
 
 
143 aa  57  9e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.214821  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  50.91 
 
 
135 aa  57  9e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1218  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.62 
 
 
94 aa  56.6  1e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.206485 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.31 
 
 
225 aa  56.6  1e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  53.57 
 
 
184 aa  56.6  1e-07  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  48.21 
 
 
231 aa  56.6  1e-07  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0767  competence protein ComE, putative  45 
 
 
116 aa  56.2  2e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.33 
 
 
114 aa  55.8  2e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  4.63906e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2573  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.3 
 
 
112 aa  55.5  2e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.73465  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1175  DNA uptake protein related DNA-binding protein  43.86 
 
 
246 aa  55.1  3e-07  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  2.09814e-05  hitchhiker  7.60392e-06 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  40.54 
 
 
128 aa  55.1  3e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.49772e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0398  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  41.18 
 
 
136 aa  55.1  3e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0049521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>