More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2977 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.48 
 
 
496 aa  678    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.75 
 
 
498 aa  641    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.89 
 
 
502 aa  784    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4663  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.62 
 
 
501 aa  660    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.29 
 
 
496 aa  676    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.69 
 
 
496 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.48 
 
 
496 aa  676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3343  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  78.08 
 
 
503 aa  812    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3107  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  65.48 
 
 
496 aa  663    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.281488  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.89 
 
 
496 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.05 
 
 
501 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000699732  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.5 
 
 
496 aa  673    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.8 
 
 
501 aa  659    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  99.8 
 
 
508 aa  1051    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
508 aa  1053    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1584  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  63.69 
 
 
498 aa  649    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000121824  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2928  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  65.48 
 
 
496 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250419  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.5 
 
 
496 aa  669    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  65.29 
 
 
496 aa  662    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10059  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.06 
 
 
499 aa  669    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1334  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  78.63 
 
 
503 aa  805    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.69 
 
 
496 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.89 
 
 
496 aa  674    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  99.41 
 
 
508 aa  1049    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.9 
 
 
506 aa  721    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3003  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  78.63 
 
 
503 aa  803    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4044  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.99 
 
 
498 aa  629  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.69 
 
 
497 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.69 
 
 
497 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.37 
 
 
497 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.57 
 
 
497 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4746  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.91 
 
 
505 aa  624  1e-178  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.49 
 
 
509 aa  621  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262954  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  59.37 
 
 
497 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0098  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.52 
 
 
498 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.78 
 
 
497 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.95 
 
 
504 aa  618  1e-176  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00766  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.5 
 
 
496 aa  621  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.17 
 
 
497 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.97 
 
 
497 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3248  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.94 
 
 
509 aa  618  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0372  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.57 
 
 
501 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.43 
 
 
499 aa  618  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4104  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.52 
 
 
505 aa  616  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3662  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.91 
 
 
496 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.38 
 
 
497 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3456  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.52 
 
 
505 aa  616  1e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  61.71 
 
 
505 aa  615  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.75 
 
 
499 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.55 
 
 
499 aa  615  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.46 
 
 
505 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4593  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.16 
 
 
498 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.52 
 
 
508 aa  614  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0414  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  58.78 
 
 
498 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.35 
 
 
499 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.54 
 
 
499 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1126  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.08 
 
 
496 aa  610  1e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.71 
 
 
507 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.71 
 
 
507 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3021  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.93 
 
 
497 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.13552  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02392  transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  61.75 
 
 
499 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.84 
 
 
512 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4293  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.13 
 
 
505 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.74921  normal  0.50186 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.48 
 
 
498 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4060  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.91 
 
 
496 aa  598  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5814  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.87 
 
 
507 aa  601  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.57 
 
 
499 aa  599  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0780531  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.65 
 
 
512 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4052  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.73 
 
 
523 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3349  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.76 
 
 
498 aa  598  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.894288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4314  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.73 
 
 
505 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389944  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3203  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.53 
 
 
505 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.69 
 
 
497 aa  595  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1697  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  58.53 
 
 
505 aa  598  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1657  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
505 aa  595  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.908997  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.84 
 
 
508 aa  597  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2023  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.25 
 
 
507 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794475  normal  0.0299094 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0606  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57 
 
 
502 aa  596  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
505 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.174243 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3730  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
505 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.83 
 
 
499 aa  595  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.63 
 
 
508 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.76 
 
 
540 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2931  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.63 
 
 
508 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 
552 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0202  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.63 
 
 
508 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.05 
 
 
560 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0157  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 
552 aa  591  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918228  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3996  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.43 
 
 
508 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.46 
 
 
503 aa  593  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3524  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  58.82 
 
 
506 aa  593  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132108  normal  0.367269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.06 
 
 
507 aa  593  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.63 
 
 
508 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.76 
 
 
540 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25753  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1097  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 
531 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.856592  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13890  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.49 
 
 
498 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0371215  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0493  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 
560 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0676107  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1453  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.25 
 
 
531 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.454102  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.12 
 
 
506 aa  588  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4438  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.49 
 
 
518 aa  591  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68099  normal  0.139719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>